Pairing strength and proton characters of the N7,N9-dimethylated GC and at base pairs: A density functional theory investigation

New Journal of Chemistry

Volumn 31, Issue 8, 2007, Pages 1514-1524

  Xing, Dianxiang ^a,b   Chen, Xiaohua ^a   Bu, Yuxiang ^a  

^a SHANDONG UNIVERSITY   (China)

^b QILU UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENINE DERIVATIVE; CYTOSINE DERIVATIVE; GUANINE DERIVATIVE; PROTON; PYRIMIDINE DERIVATIVE; THYMINE DERIVATIVE;

ARTICLE; BASE PAIRING; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DISSOCIATION; ENERGY; METHYLATION; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTON TRANSPORT; STRENGTH;

EID: 34547463661     PISSN: 11440546     EISSN: 13699261     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b702640d     Document Type: Article

References (59)

1. A. M. Lamsabhi M. Alcamí O. Mó M. Yáñez J. Phys. Chem. A 2006 110 1943 1950
2. I. A. Topol S. K. Burt M. Toscano N. J. Russo Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998 430 41 49
3. A. G. Harrison Mass Spectrom. Rev. 1997 16 201
4. C. Munôz-Caro A. Ninô M. L. Senent J. M. Leal S. Ibeas J. Org. Chem. 2000 65 405
5. A. A. Bliznyuk H. F. Schaefer I. J. Amster J. Am. Chem. Soc. 1993 115 5149
6. O. N. Ventura J. B. Rama L. Turi J. J. Dannenberg J. Am. Chem. Soc. 1993 115 5754
7. P. P. Bera H. F. Schaefer Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005 102 6698
8. M. C. Lind P. P. Bera N. A. Richardson S. E. Wheeler H. F. Schaefer Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006 103 7554
9. J. Florián J. Leszczyñski J. Am. Chem. Soc. 1996 118 3010
10. R. Purrello M. Molina Y. Wang G. Smulevich J. Fossella J. R. Fresco T. G. Spiro J. Am. Chem. Soc. 1993 115 760
11. F. A. Evangelista A. Paul H. F. Schaefer J. Phys. Chem. A 2004 108 3565
12. N. Russo M. Toscano A. Grand F. Jolibois J. Comput. Chem. 1998 19 989
13. I. A. Topol S. K. Burt N. Russo M. Toscano J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999 10 318
14. P. Li Y. X. Bu H. Q. Ai Z. H. Cao J. Phys. Chem. A 2004 108 4069
15. B. Song J. Zhao R. Griesser C. Meiser H. Sigel B. Lippert Chem. Eur. J. 1999 5 2374
16. B. Lippert Coord. Chem. Rev. 2000 200-202 487 516
17. J. V. Burda J. Sponer P. Hobza J. Phys. Chem. 1996 100 7250
18. J. K. Snyder L. M. Stock J. Org. Chem. 1980 45 1990
19. R. Saffhill G. P. Margison P. Oconnor Biochim. Biophys. Acta 1985 823 111
20. J. V. Burda J. Sponer J. Hrabakova M. Zeizinger J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2003 107 5349
21. S. Boiteux J. Laval Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983 110 552
22. T. R. Oconnor S. Boiteux J. Laval Nucleic Acids Res. 1988 16 5879
23. B. Tudek S. Boiteux J. Laval Nucleic Acids Res. 1992 20 3079
24. K. O. Roland S. E. Freisinger B. Lippert J. Biol. Inorg. Chem. 2000 5 287
25. L. J. Marnett P. C. Burcham Chem. Res. Toxicol. 1993 6 771
26. T. Lindahl B. Sedgwick M. Sekiguchi Y. Nakabeppu Annu. Rev. Biochem. 1988 57 133
27. D. T. Beranek C. C. Weis D. H. Swenson Carcinogenesis. 1980 1 595 606
28. P. D. Lawley, Chemical Carcinogenesis; ACS Monograph 182, ed., C. E. Searle,, American Chemical Society, Washington, DC, 1984, vol. 1, p. 325
29. G. K. Forde A. E. Forde G. Hill A. Ford A. Nazario J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2006 110 15564
30. K. S. Ekanayake R. L. Pierrer J. Comput. Chem. 2006 27 277
31. C. F. Guerra T. Wijst F. M. Bickelhaupt Chem. Eur. J. 2006 12 3032 3042
32. C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt J. G. Snijders E. Baerends Chem. Eur. J. 1999 5 3581 3594
33. J. Bertran A. Oliva L. Rodriguez-Santiago M. Sodupe J. Am. Chem. Soc. 1998 120 8159 8167
34. J. Sponer M. Sabat L. Gorb J. Leszczynski B. Lippert P. Hobza J. Phys. Chem. B 2000 104 7535 7544
35. L. X. Sun Y. X. Bu J. Phys. Chem. B 2005 109 593
36. M. Noguera J. Bertran M. Sodupe J. Phys. Chem. A 2004 108 333 341
37. J. V. Burda J. Sÿponer J. Leszczynski P. Hobza J. Phys. Chem. B 1997 101 9670 9677
38. J. Sÿponer J. V. Burda M. Sabat J. Leszczynski P. Hobza J. Phys. Chem. A 1998 102 5951 5957
39. M. Brandl M. Meyer J. Sühnel J. Am. Chem. Soc. 1999 121 2605
40. M. Meyer M. Brandl J. Sühnel J. Phys. Chem. A 2001 105 8223
41. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
42. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785
43. P. J. Stephens F. J. Devlin C. F. Chabalowski M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1994 98 11623
44. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, Jr, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, GAUSSIAN 98, Gaussian Inc., Pittsburgh, PA, 1998
45. J. M. Galbraith H. F. Schaefer J. Chem. Phys. 1996 105 862
46. N. Roesch S. B. Trickey J. Chem. Phys. 1997 106 8940
47. S. S. Wesolowski M. L. Leininger P. N. Pentchew H. F. Schaefer J. Am. Chem. Soc. 2001 123 4023
48. J. C. Rienstra-Kiracofe C. J. Barden S. T. Brown H. F. Schaefer J. Phys. Chem. A 2001 105 524
49. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553
50. A. Reed L. A. Curtiss F. Weinhold Chem. Rev. 1988 88 899
51. A. Reed F. Weinhold L. A. Curtiss D. Pochatko J. Chem. Phys. 1986 84 5687
52. A. Reed F. Weinhold J. Chem. Phys. 1985 83 1736
53. A. Reed R. B. Weinstock F. Weinhold J. Chem. Phys. 1985 83 735
54. X. Li Z. Cai M. D. Sevilla J. Phys. Chem. B 2001 105 10115
55. A. O. Colson B. Besler M. D. Sevilla J. Phys. Chem. 1992 96 9787
56. A. O. Colson B. Besler D. M. Close M. D. Sevilla J. Phys. Chem. 1992 96 661
57. P. O. Löwdin Adv. Quantum Chem. 1965 2 213
58. P. O. Löwdin, in Electronic Aspects of Biochemistry, ed., B. Pullman,, Academic Press, New York, 1964, p. 167
59. P. O. Löwdin Mutation Res. 1965 2 218