The influence of N7 guanine modifications on the strength of Watson-Crick base pairing and guanine Ni acidity: Comparison of gas-phase and condensed-phase trends

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 22, 2003, Pages 5349-5356

  Burda, Jaroslav V ^a   Sponer, Jiří ^b,c,d   Hrabáková, Jana ^a   Zeizinger, Michal ^a   Leszczynski, Jerzy ^e  

^a CHARLES UNIVERSITY   (Czech Republic)

^b INSTITUTE OF MATHEMATICS   (Czech Republic)

^c MASARYK UNIVERSITY   (Czech Republic)

^d J HEYROVSKÝ INSTITUTE OF PHYSICAL CHEMISTRY   (Czech Republic)

^e JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACIDITY; ELECTROSTATICS; POLARIZATION; POSITIVE IONS; SOLUTIONS;

DEPROTONATION ENERGY;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 0037833728     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp027850g     Document Type: Article

References (74)

1. Metal Ions in Genetic Information Transfer; Elsevier: New York, 1981; Vol. 3.
2. Interactions of Metal Ions with Nucleotides, Nucleic Acids and Their Constituents; Marcel Dekker: New York, 1996; Vol. 32.
3. Probing of Nucleic Acids by Metal Ion Complexes of Small Molecules; Marcel Dekker: New York, 1996; Vol. 33.
4. Pyle, A. M.; Barton, J. K. Prog. Inorg. Chem. 1990, 38, 413-475.
5. Martin, R. B. Acc. Chem. Res. 1985, 18, 32-38.
6. Lippert, B. Prog. Inorg. Chem. 1989, 37, 1 -9.
7. Lippert, B. Coord. Chem. Rev. 2000, 200, 487-516.
8. Houlton, A. Adv. Inorg. Chem. 2002, 53, 87-158.
9. Burda, J. V.: Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9670-9677.
10. Šponer, J.; Burda, J. V.; Sabat, M.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5951-5957.
11. Munoz, J.; Gelpi, J. L.; Soler-Lopez, M.; Subirana, J. A.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 8849-8857.
12. Meyer, M.; Steinke, T.; Brandi, M.; Suhnel, J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 109-124.
13. Famulari, A.; Moroni, F.; Sironi, M.: Gianinetti, E.; Raimondi, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000, 529, 209-217.
14. Pelmenschikov, A.; Zilberberg, I.; Leszczynski, J.; Famulari, A.; Sironi, M.; Raimondi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 496-500.
15. Carloni, P.: Sprik, M.; Andreoni, W. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 823-835.
16. Petrov, A. S.: Lamm, G.; Pack, G. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3294-3300.
17. Russo. N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10272-10279.
18. Luna, A.; Gevrey. S.; Tortajada, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 110-118.
19. Burda, J. V.; Šponer, J.; Leszczynski, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4404-4411.
20. Burda, J. V.; Šponer, J.: Leszczynski, J. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 178-188.
21. Sponer, J. E.; Leszczynski, J.; Glahe, F.; Lippert. B.: Šponer, J. Inorg. Chem. 2001, 40, 3269-3278.
22. Deubel, D. V. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5834-5842.
23. Baik, M. H.: Friesner, R. A.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4495-4503.
24. Schmidt, K. S.; Reedijk, J.; Weisz, K.; Janke, E. M. B.; Sponer, J. E.: Sponer, J.; Lippert, B. Inorg. Chem. 2002, 41, 2855-2863.
25. Stewart, G. M.; Tiekink, E. R. T.; Buntine, M. A. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5368-5373.
26. Martinez, J. M.; Elmroth, S. K. C.; Kloo, L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12279-12289.
27. Špaèková, N.; Berger, I.; Sponer, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5519-5534.
28. Elizondo-Riojas, M. A.: Kozelka, J. J. Mol. Biol. 2001, 314, 1227-1243.
29. Beveridge, D. L.; McConnell, K. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 182-196.
30. Gresh, N.; Policar, C.: Giessner-Prettre, C. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11A-11A.
31. Garmer, D. R.; Gresh, N.; Roques, B. P. Proteins Struct. Funct. Cenet. 1998, 31, 42-60.
32. Šponer, J.; Sabat, M.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Lippen. B.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7535-7544.
33. Bruning, W.; Sigel, R. K. O.; Freisinger, E.; Lippert, B. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 3397.
34. Sigel, R. K. O.; Lippert, B. Chem. Commun. 1999, 2167.
35. Sigel, R. K. O.; Freisinger. E.: Lippert, B. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 287-299.
36. Lippert, B.; Schollhorn, H.; Thewalt, U. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6616-6621.
37. Zamora, F.; Kunsman, M.: Sabat, M.; Lippert, B. Inorg. Chem. 1991,36, 1583-1587.
38. Velders, A. H.; van der Geest, B.; Kooijman, H.; Spek, A. L.; Haasnoot, J. G.; Reedijk, J. Eur. J. Inorg. Chem. 2001, 2, 369-372.
39. Sponer, J.; Sponer, J. E.; Gorb, L.: Leszczynski, J.: Lippert, B. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 11406-11413.
40. Carloni, P.; Andreoni, W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17797-17800.
41. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117-4128.
42. Rulíxfoek, L.; Havlas, Z. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10428-10439.
43. Dudev, T.; Lim, C. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6759-6766.
44. Ryde, U.; Olsen, L.; Nilsson, K. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1058-1070.
45. Lippert, B. Cisplatin: Chemistry and Biochemistry of a leading anticancer drug.; Wiley-VCH: Wienheim, Germany. 1999.
46. Schmidt, K. S.: Boudvillain, M.; Schwartz, A.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Reedijk, J.; Lippert, B. Chem. - Eur. J. 2002, 8, 5566-5570.
47. Muller, J.; Drumm, M.; Boudvillain, M.; Leng, M.; Sletten, E.; Lippert, B. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 603-611.
48. Navarro, J. A. R.; Lippert, B. Coord. Chem. Rev. 2001, 222, 219-250.
49. Dolg, M.; Stoll, H.; Preuss, H.; Pitzer, R. M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 5852.
50. Rulisek, L.; Šponer, J. J. Phys. Chem. B, in press.
51. Weigend, F.; Haser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331-340.
52. Weigend, F.; Haeser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 143-152.
53. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169.
54. Jurecka, P.; Nachtigall, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 5, 4578-4582.
55. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.lx; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
56. Burda, J. V.; Leszczynski, J., submitted for publication.
57. Blomberg, M.; Yi, S. S.; Noll, R. J.; Weisshaar, J. C. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7254-7267.
58. Bridgeman, A. J.; Cavigliasso, G.; Harris, N.; Young, N. A. Chem. Phys. Lett. 2002, 351, 319-326.
59. Broo, A.; Holmen, A. Chem. Phys. 1996, 227, 147-161.
60. Chong, D. P.; Aplincourt, P.; Bureau, C. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 356-362.
61. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6308-6313.
62. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001, 61.
63. Nir, E.; Plutzer, C.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 317-329.
64. Nir, E.; Janzen, C.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4604-4611.
65. Nir, E.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Nature 2000, 408, 949-951.
66. Weinkauf, R.; Schermann, J. P.; de Vries. M. S.; Kleinermanns, K. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 309-316.
67. Desfrancois, C.; Abdoulcarime, H.; Schulz, C. P.; Schermann, J. P. Science 1995, 269, 1707-1709.
68. Desfrancois, C.; Carles, S.; Schermann, J. P. Chem. Rev. 2000, 100, 3943-3962.
69. Shelkovsky, V. S.; Stepanian, S. G.; Galetich, I. K.; Kosevieh, M. V.; Adamowicz, L. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 421-430.
70. Chin, W.; Mons, M.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Elhanine, M. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 347-355.
71. Dong, F.; Miller, R. E. Science 2002, 298, 1227-1230.
72. Gidden, J.; Bowers, M. T. Eur. Phys, J. D 2002, 20, 409-419.
73. Gutowski, M.; Dabkowska, I.; Rak, J.; Xu, S.; Nilles, J. M.; Radisic, D.; Bowen, K. H. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 431-439.
74. Gabelica, V.; De Pauw, E. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 151-159.