A systematic MS-based approach for identifying in vitro substrates of PKA and PKG in rat uteri

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 7, 2007, Pages 2674-2684

  Huang, Sheng Yu ^a   Tsai, Mei Ling ^a   Chen, Guan Yuan ^a   Wu, Chin Jen ^a   Chen, Shu Hui ^a  

^a NATIONAL CHENG KUNG UNIVERSITY   (Taiwan)

Author keywords

IMAC; Kinase substrate; Mass spectrometry; Phosphoproteomics; PKA; PKG; Protein phosphorylation; Rat uteri

Indexed keywords

ACTIN BINDING PROTEIN; ACTIN RELATED PROTEIN 3; ALPHA 1 ANTITRYPSIN; ALPHA ACTININ 4; CALNEXIN; CERULOPLASMIN; CONNECTIN; CONTRAPSIN; CREATINE KINASE BB; CYCLIC AMP DEPENDENT PROTEIN KINASE; CYCLIC GMP DEPENDENT PROTEIN KINASE; DESMIN; DESMUSLIN; EUKARYOTIC TRANSLATION ELONGATION FACTOR 1 BETA 2; FETUB PROTEIN; FILAMIN; FILAMIN A; FILAMIN C; GLYCEROL; HEAT SHOCK PROTEIN 1 ALPHA; HEAT SHOCK PROTEIN 27; HEAT SHOCK PROTEIN 90; KHELLIN; LIPOCORTIN 1; MYOSIN; MYOSIN 11; NUCLEOPROTEIN; PROTEIN; SERUM DEPRIVATION RESPONSE PROTEIN; TELOKIN; UNCLASSIFIED DRUG;

ANIMAL EXPERIMENT; ANIMAL TISSUE; ARTICLE; CONTROLLED STUDY; FEMALE; IN VITRO STUDY; MALE; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PREGNANCY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEOMICS; RAT;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CYCLIC AMP-DEPENDENT PROTEIN KINASES; CYCLIC GMP-DEPENDENT PROTEIN KINASES; FEMALE; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEINS; PROTEOMICS; RATS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SUBSTRATE SPECIFICITY; UTERUS;

RATTUS;

EID: 34547196340     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr070134c     Document Type: Article

References (48)

1. Berwick, D. C.; Tavare, J. M. Trends Biochem. Sci. 2004, 29, 227-232.
2. Johnson, S. A.; Hunter, T. Nat. Methods 2005, 2, 17-25.
3. Yaffe, M. B.; Leparc, G. G.; Lai, J.; Obata, T.; Volinia, S.; Cantley, L. C. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 348-353.
4. Falquet, L.; Pagni, M.; Bucher, P.; Hulo, N.; Sigrist, C. J.; Hofmann, K.; Bairoch, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 235-238.
5. Rychlewski, L.; Kschischo, M.; Dong, L.; Schutkowski, M.; Reimer, U. J. Mol. Biol. 2004, 336, 307-311.
6. Doppler, H.; Storz, P.; Li, J.; Comb, M. J.; Toker, A. J. Biol. Chem. 2005, 280, 15013-15019.
7. Gronborg, M.; Kristiansen, T. Z.; Stensballe, A.; Andersen, J. S.; Ohara, O.; Mann, M.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 517-527.
8. Hjerrild, M.; Gammeltoft, S. FEBS Lett. 2006, 580, 4764-4770.
9. Schmelzle, K.; White, F. M. Curr. Opin. Biotechnol. 2006, 17, 406-414.
10. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
11. Mann, M.; Ong, S. E.; Gronborg, M.; Steen, H.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Trends Biotechnol 2002, 20, 261-268.
12. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 591-602.
13. Brill, L. M.; Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Mukherji, M.; Stettler-Gill, M.; Peters, E. C. Anal. Chem. 2004, 76, 2763-2772.
14. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130-12135.
15. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
16. Nuhse, T. S.; Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Peck, S. C. Mol. Cell Proteomics 2003, 2, 1234-1243.
17. Trinidad, J. C.; Specht, C. G.; Thalhammer, A.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. Mol. Cell Proteomics 2006, 5, 914-922.
18. Moser, K.; White, F. M. J. Proteome Res. 2006, 5, 98-104.
19. Yang, F.; Stenoien, D. L.; Strittmatter, E. F.; Wang, J.; Ding, L.; Lipton, M. S.; Monroe, M. E.; Nicora, C. D.; Gristenko, M. A.; Tang, K.; Fang, R.; Adkins, J. N.; Camp, D. G.; Chen, D. I.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2006, 5, 1252-1260.
20. Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Brill, L. M.; Brinker, A.; Phung, Q. T.; Ericson, C.; Sauer, K.; Brock, A.; Horn, D. M.; Schultz, P. G.; Peters, E. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 443-448.
21. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648.
22. Kim, J. E.; Tannenbaum, S. R.; White, F. M. J. Proteome Res. 2005, 4, 1339-1346.
23. Cohen, P.; Knebel, A. Biochem. J. 2006, 393, 1-6.
24. Knebel, A.; Morrice, N.; Cohen, P. EMBO J. 2001, 20, 4360-4369.
25. Troiani, S.; Uggeri, M.; Moll, J.; Isacchi, A.; Kalisz, H. M.; Rusconi, L.; Valsasina, B. J. Proteome Res. 2005, 4, 1296-1303.
26. Shah, K.; Liu, Y.; Deirmengian, C.; Shokat, K. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 3565-3570.
27. Allen, J. J.; Lazerwith, S. E.; and Shokat, K. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5288-5289.
28. Huang, S. Y.; Tsai, M. L., Wu, C. J.; Hsu, J. L.; Ho, S. H.; Chen, S. H. Proteomics 2006, 6, 1722-1734.
29. Dostmann, W. R.; Nickl, C.; Thiel, S.; Tsigeiny, I.; Frank, R.; Tegge, W. J. Pharmacol. Ther. 1999, 82(2-3), 373-387.
30. Tegge, W.; Frank, R.; Hofmann, F.; Dostmann, W. R. Biochemistry 1995, 34(33), 10569-10577.
31. Do, K. L.; Mokhtari, A.; Harbon, S. J. Pharmacol. Exp. Ther. 1986, 239, 236-242.
32. Blom, N.; Sicheritz-Ponten, T.; Gupta, R.; Gammeltoft, S.; Brunak, S. Proteomics 2004, 4(6), 1633-1649.
33. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Shiea, J. T.; Huang, W. Y.; Chen, S. H. J. Proteome Res. 2005, 4, 101-108.
34. Woo, M. S.; Ohta, Y; Rabinovitz, I.; Stossel, T. P.; Blenis, J. Mol. Cell Biol. 2004, 24, 3025-3035.
35. Jay, D.; Garcia, E. J.; de la Luz Ibarra, M. Mol. Cell Biochem. 2004, 260, 49-53.
36. Butt, E.; Immler, D.; Meyer, H. E.; Kotlyarov, A.; Laass, K.; Gaestel, M. J. Biol. Chem. 2001, 276, 7108-7113.
37. Lavoie, J. N.; Gingras-Breton, G.; Tanguay, R. M.; Landry, I. J. Biol. Chem. 1993, 268, 3420-3429.
38. Gaestel, M.; Schroder, W.; Benndorf, R.; Lippmann, C.; Buchner, K.; Hucho, F.; Erdmann, V. A.; Bielka, H. J. Biol. Chem. 1991, 266, 14721-14724.
39. Zhang, W.; Ke, H.; Tretiakova, A. P.; Jameson, B.; and Colman, R. W. Protein Sci. 2001, 10, 1481-1489.
40. Wong, H. N.; Ward, M. A.; Bell, A. W.; Chevet, E.; Bains, S.; Blackstock, W. P.; Solari, R.; Thomas, D. Y.; Bergeron, J. J. J. Biol. Chem. 1998, 273, 17227-17235.
41. Borbiev, T.; Verin, A. D.; Shi, S.; Liu, F.; Garcia, J. G. Am. J. Physiol Lung Cell Mol. Physiol. 2001, 280, L983-L990.
42. Walker, L. A.; MacDonald, J. A.; Liu, X.; Nakamoto, R. K.; Haystead, T. A.; Somlyo, A. V.; Somlyo, A. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 24519-24524.
43. Hennan, J. K.; Diamond, J. Am. J. Physiol Heart Circ. Physiol. 2001, 280, H1565-H1580.
44. Varticovski, L.; Chahwala, S. B.; Whitman, M.; Cantley, L.; Schindler, D.; Chow, E. P.; Sinclair, L. K.; Pepinsky, R. B. Biochemistry 1998, 27, 3682-3690.
45. Ueda, K.; Murata-Hori, M.; Tatsuka, M.; Hosoya, H. Oncogene 2002, 21, 5852-5860.
46. Aboulaich, N.; Vainonen, J. P.; Stralfors, P.; Vener, A. V. Biochem. J. 2004, 383, 237-248.
47. Huang, T. J.; Lee, T. T.; Lee, W. C.; Lai, Y. K.; Yu, J. S.; Yang, S. D. J. Protein Chem. 1994, 13, 517-525.
48. MacDonald, J. A.; Walker, L. A.; Nakamoto, R. K.; Gorenne, I.; Somlyo, A. V.; Somlyo, A. P.; Haystead, T. A. FEBS Lett. 2000, 479, 83-88.