Utility of CE-MS data in protein identification

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 10, 2007, Pages 3850-3855

  Williams, Brad J ^a   Russell, William K ^a   Russell, David H ^a  

^a Texas AandM University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE TRANSFER; DATA REDUCTION; MATHEMATICAL MODELS;

CHARGE-STATE MARKERS; ELECTROMIGRATION MODELS;

PEPTIDES;

ARTICLE; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR MODEL; PEPTIDE ANALYSIS; PEPTIDE ELECTROMIGRATION MODEL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN MODIFICATION; PROTEIN PROCESSING; SURFACE CHARGE;

ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; IONS; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEINS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 34249029935     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac062395w     Document Type: Article

References (49)

1. Anderson, L.; Anderson, N. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 5421-5425.
2. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Electrophoresis 1991, 12, 883-906.
3. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5011-5015.
4. Pieper, R.; Gatlin, C. L.; Makusky, A. J.; Russo, P. S.; Schatz, C. R.; Miller, S. S.; Su, Q.; McGrath, A. M.; Estock, M. A.; Parmar, P. P.; Zhao, M.; Huang, S.-T.; Zhou, J.; Wang, F.; Esquer-Blasco, R.; Anderson, N. L.; Taylor, J.; Steiner, S. Proteomics 2003, 3, 1345-1364.
5. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
6. Fridriksson, E. K.; Beavil, A.; Holowka, D.; Gould, H. J.; Baird, B.; McLafferty, F. W. Biochemistry 2000, 39, 3369-3376.
7. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
8. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Haynes, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J. R.; Carucci, D. J. Nature (London, U. K.) 2002, 419, 520-526.
9. Champion, M. M.; Campbell, C. S.; Siegele, D. A.; Russell, D. H.; Hu, J. C. Mol. Microbiol. 2003, 47, 383-396.
10. Braunagel, S. C.; Russell, W. K.; Rosas-Acosta, G.; Russell, D. H.; Summers, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 9797-9802.
11. Shen, Y.; Smith, R. D. Electrophoresis 2002, 23, 3106-3124.
12. Cooper, J. W.; Wang, Y.; Lee, C. S. Electrophoresis 2004, 25, 3913-3926.
13. Eriksson, J.; Fenyö, D. J. Proteome Res. 2005, 4, 387-393.
14. Wolters, D.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
15. Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Veenstra, T. D.; Paša- Tolić, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 3349-3354.
16. Palmblad, M.; Ramström, M.; Markides, K. E.; Håkansson, P.; Bergquist, J. Anal. Chem. 2002, 74, 5826-5830.
17. Strittmatter, E. F.; Ferguson, P. L.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 980-991.
18. Palmblad, M.; Ramström, M.; Bailey, C. G.; McCutchen-Maloney, S. L.; Berquist, J.; Zeller, L. C. J. Chromatogr., B 2004, 803, 131-135.
19. Krokhin, O. V.; Ying, S.; Cortens, J. P.; Ghosh, D.; Spicer, V.; Ens, W.; Standing, K. G.; Beavis, R. C.; Wilkins, J. A. Anal. Chem. 2006, 78, 6265-6269.
20. Jaitly, N.; Monroe, M. E.; Petyuk, V. A.; Clauss, T. R. W.; Adkins, J. N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2006, 78, 8374-8385..
21. Dongré, A. R.; Eng, J. K.; Yates, J. R., III Trends Biotechnol. 1997, 15, 418-425.
22. Shen, Y.; Smith, R. D.; Unger, K. K.; Kumar, D.; Lubda, D. Anal. Chem. 2005, 77, 6692-6701.
23. Walker, K. L.; Chiu, R. W.; Monnig, C. A.; Wilkins, C. L. Anal. Chem. 1995, 67, 4197-4204.
24. Nagra, D. S.; Li, L. J. Chromatogr. A 1995, 711, 235-245.
25. Johnson, T.; Bergquist, J.; Ekman, R.; Nordhoff, E.; Schürenberg, M.; Klöppel, K.-D.; Müller, M.; Lehrach, H.; Gobom, J. Anal. Chem. 2001, 73, 1670-1675.
26. Wall, D. B.; Berger, S. J.; Finch, J. W.; Cohen, S. A.; Richardson, K.; Chapman, R.; Drabble, D.; Brown, J.; Gostick, D. Electrophoresis 2002, 23, 3193-3204.
27. Rosas-Acosta, G.; Russell, W. K.; Deyrieux, A.; Russell, D. H.; Wilson, V. G. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 56-72.
28. Kaiser, T.; Hermann, A.; Kielstein, J. T.; Wittke, S.; Bartel, S.; Krebs, R.; Hausadel, F.; Hillmann, M.; Golovko, I.; Koester, P.; Haller, H.; Weissinger, E. M.; Fliser, D.; Mischak, H. J. Chromatogr. A 2003, 1013, 157-171.
29. Kaiser, T.; Wittke, S.; Just, I.; Krebs, R.; Bartel, S.; Fliser, D.; Mischak, H.; Weissinger, E. M. Electrophoresis 2004, 25, 2044-2055.
30. Theodorescu, D.; Fliser, D.; Wittke, S.; Mischak, H.; Krebs, R.; Walden, M.; Ross, M.; Eltze, E.; Bettendorf, O.; Wulfing, C.; Semjonow, A. Electrophoresis 2005, 26, 2797-2808.
31. Wittke, S.; Fliser, D.; Haubitz, M.; Bartel, S.; Krebs, R.; Hausadel, F.; Hillmann, M.; Golovko, I.; Koester, P.; Haller, H.; Kaiser, T.; Mischak, H.; Weissinger, E. M. J. Chromatogr. A 2003, 1013, 173-181.
32. Wittke, S.; Mischak, H.; Walden, M.; Kolch, W.; Rädler, T.; Wiedemann, K. Electrophoresis 2005, 26, 1476-1487.
33. Williams, B. J.; Russell, W. K.; Russell, D. H. Proceedings of the 54th American Society for Mass Spectrometry Conference on Mass Spectrometry an Allied Topics 2006, Seattle, WA, June 2006.
34. Offord, R. E. Nature 1966, 211, 591-593.
35. Park, Z.-Y.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2000, 72, 2667-2670.
36. Perkins, S. L.; Niu, L.; Hu, J. C.; Russell, D. H. Anal. Biochem. In press.
37. Smirnov, I. P.; Zhu, X.; Taylor, T.; Huang, Y.; Ross, P.; Papayanopoulos, I. A.; Martin, S. A.; Pappin, D. J. Anal. Chem. 2004, 76, 2958-2965.
38. Edmondson, R. D.; Russell, D. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 995-1001.
39. Koomen, J. M.; Russell, W. K.; Hettick, J. M.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2000, 72, 3860-3866.
40. Burgi, D. S.; Chien, R.-L. Anal. Chem. 1991, 63, 2042-2047.
41. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 18, 3551-3567.
42. Adamson, N. J.; Reynolds, E. C. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 1997, 699, 133-147.
43. Cifuentes, A.; Poppe, H. Electrophoresis 1997, 18, 2362-2376.
44. Castagnola, M.; Rossetti, D. V.; Corda, M.; Pellegrini, M.; Misiti, F.; Olianas, A.; Giardina, B.; Messana, I. Electrophoresis 1998, 19, 2273-2277.
45. Janini, G. M.; Metral, C. J.; Issaq, H. J.; Muschik, G. M. J. Chromatogr. A 1999, 848, 417-433.
46. Kim, J.; Zand, R.; Lubman, D. M. Electrophoresis 2002, 23, 782-793.
47. Jalali-Heravi, M.; Shen, Y.; Hassanisadi, M.; Khaledi, M. G. Electrophoresis 2005, 26, 1874-1885.
48. http://www.innovagen.se/custom-peptide-synthesis/peptide-property- calculator/peptide-property-calculator.asp.
49. Zimmer, J. S. D.; Monroe, M. E.; Qian, W.-J.; Smith, R. D. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 450-482.