Frequency analysis of amide-linked rotaxane mimetics

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 47, 2006, Pages 12963-12970

  Reckien, Werner ^a   Kirchner, Barbara ^a   Peyerimhoff, Sigrid D ^a  

^a UNIVERSITY OF BONN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR VIBRATIONS; NEGATIVE IONS; REACTION KINETICS; SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY;

AMIDES; CATENANES; KNOTANES; ROTAXANE;

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 33846091202     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065327m     Document Type: Article

References (82)

1. Arunan, E.; Klein, R. A. "IUPAC workshop "Hydrogen Bonding and Other Molecular Interactions", Pisa, Italy 5-9 September 2005", see also http://institut.physiochem.uni-bonn.de/IUPACPisa2005/Workshop.html.
2. Kar, T.; Scheiner, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9161.
3. Klein, R. A.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5851.
4. Lakshmi, B.; Samuelson, A. G.; José, K. V. J.; Gadre, S. R.; Arunan, E. New J. Chem. 2005, 29, 371.
5. Steiner, T.; Desiraju, G. R. The weak hydrogen bond; Oxford University Press: New York, 1999.
6. Jäger, R.; Vögtle, F. Angew. Chem. 1997, 109, 967.
7. Schalley, C. A.; Reckien, W.; Peyerimhoff, S. D.; Baytekin, B.; Vogtle, F. Chem-Eur. J. 2004, 10, 4777.
8. Seel, C.; Parham, A. H.; Safarofsky, O.; Hübner, G. M.; Vögtle, F. J. Org. Chem. 1999, 64, 7236.
9. Hübner, G. M.; Gläser, J.; Seel, C.; Vögtle, F. Angew. Chem. 1999, 111, 395.
10. Ghosh, P.; Mermagen, O.; Schalley, C. A. Chem. Commun. 2002, 22, 2628.
11. Schalley, C. A.; Silva, G.; Nising, C. F.; Linnartz, P. Helv. Chim. Acta 2002, 1578.
12. Reuter, C.; Schmieder, R.; Vögtle, F. Pure Appl. Chem. 2000, 72, 2233.
13. Biscarini, F.; Cavallini, M.; Leigh, D. A.; Leon, S.; Teat, S. J.; Wong, J. Zerbetto, F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 225.
14. Pearson, R. G. Chem. Rev. 1985, 85, 42.
15. That, J.; Kirchner, B. J. Phys. Chem. A 2005, 110, 4229.
16. Pimentell, G. C.; McClellan, A. L. The Hydrogen Bond; Freeman: San Francisco, CA, 1997.
17. Steiner, T.; Saenger, W. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4540.
18. Budesinsky, M.; Fiedler, P.; Arnold, Z. Synthesis 1989, 858.
19. Li, X.; Liu, L.; Schlegel, H. B. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9639.
20. van der Veken, B. J.; Herrebout, W. A.; Szostak, R.; Shchepkin, D. N.; Havlas, Z.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12290.
21. Rutkowski, K. S.; Rodziewicz, P.; Melikova, S. M.; Herrebout, W. A.; van der Veken, B. J.; Koll, A. Chem. Phys. 2005, 313, 225.
22. Kar, T.; Scheiner, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9161.
23. Hobza, P.; Havlas, Z. Chem. Rev. 2000, 100, 4253.
24. Chang, H. C.; Jiang, J. C.; Chuang, C. W.; Lin, S. H. Chem. Phys. Lett. 2004, 397, 205.
25. Vijayakumar, S.; Kolandaivel, P. J. Mol. Struct. 2005, 734, 157.
26. Chocholousova, J.; Spirko, V.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 37.
27. Zierkiewicz, W.; Jurecka, P.; Hobza, P. ChemPhysChem 2005, 6, 609.
28. Gu, Y.; Kar, T.; Scheiner, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9411.
29. Scheiner, S.; Grabowski, S. J.; Kar, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10607.
30. Scheiner, S.; Kar, T. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 1784.
31. Masunov, A.; Dannenberg, J. J.; Contreras, R. H. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4737.
32. Hermansson, K. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4695.
33. Bent, H. A. Chem. Rev. 1961, 61, 275.
34. Alabugin, I. V.; Manoharan, M.; Peabody, S.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5973.
35. Reiher, M.; Kirchner, B. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 4141.
36. Reiher, M.; Sellmann, D.; Hess, B. A. Theor. Chem. Acc. 2001, 106, 379.
37. Parthasarathi, R.; Subramanian, V.; Sathyamurthy, N. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 3349.
38. Reckien, W.; Peyerimhoff, S. D. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 9634.
39. Bünker, R. J.; Peyerimhoff, S. D. Chem. Phys. Lett. 1969, 3, 37.
40. Bünker, R. J.; Peyerimhoff, S. D. Theor. Chim. Acta 1974, 35, 33.
41. Bünker, R. J.; Peyerimhoff, S. D. Theor. Chim. Acta 1975, 39, 217.
42. Morokuma, K.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1968, 48, 3275.
43. Dimitrova, Y.; Peyerimhoff, S. D. Chem. Phys. Lett. 1994, 227, 384.
44. Dimitrova, Y.; Peyerimhoff, S. D. Z. Physik 1994, 32, 241.
45. Marand, E.; Hu, Q.; Gibson, H. W.; Veytsman, B. Macromolecules 1996, 29, 2555.
46. Gale, G. M.; Gallot, G.; Hache, F.; Lascoux, N.; Bratos, S.; Leicknam, J. C. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 1068.
47. Asbury, J. B.; Steimel, T.; Stromberg, C.; Gaffney, K. J.; Piletic, I. R.; Groun, A.; Fayer, M. D. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 237402.
48. Nie, B.; Stutzman, J.; Xie, A. Biophys. J. 2005, 88, 2833.
49. Rubtsov, I. V.; Kumar, K.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2005, 402, 439.
50. Fecko, C. J.; Loparo, J. J.; andA. Tokmakoff, S. T. R. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054506.
51. Park, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2006, 323, 78.
52. Mikhaylova, Y.; Adam, G.; Haussler, L.; Eichhorn, K. J.; Voit, B. J. Mol. Struct. 2006, 788, 88.
53. Wu, C. C.; Jiang, J. C.; Hahndorf, I.; Chaudhuri, C.; Lee, Y. T.; Chang, H. C. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 9556.
54. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10389.
55. Lu, J.; Zhou, Z.; Wu, Q.; Zhao, G. J. Mol. Struct. 2005, 724, 107.
56. Bende, A.; Suhai, S. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 841.
57. Hayashi, T.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 9747.
58. Park, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2006, 323, 78.
59. Li, X.; Yang, D. Chem. Commun. 2006, 3367.
60. Grabowski, S. J.; Sokalski, W. A.; Leszcynski, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4772.
61. Ha, J. H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2006, 124, 064508.
62. Fanti, M.; Fustin, C. A.; Leigh, D. A.; Murphy, A.; Rudolf, P.; Caudano, R.; Zamboni, R.; Zerbetto, F. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5782.
63. Larsen, O. F. A.; Bodis, P.; Buma, W. J.; Hannam, J. S.; Leigh, D. A.; Woutersen, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 13378.
64. Delonno, E.; Tseng, H. R.; Harvey, D. D.; Stoddart, J. F.; Health, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7609.
65. Furer, V. L.; Borisoglebskaya, E. I.; Zverev, V. V.; Kovalenko, V. I. Spectrochim. Acta Part A 2006, 63, 207.
66. Brouwer, A. M.; Frochot, C.; Gatti, F. G.; Leigh, D. A.; Mottier, L.; Paolucci, F.; Roffia, S.; Wurpel, G. W. H. Science 2001, 291, 2124.
67. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
68. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
69. The turbomole basis set library is available via anonymous ftp from ftp://ftp.chemie.uni-karlsruhe.de/pub/basen.
70. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165 Current version: see http://www.turbomole.de.
71. Neugebauer, J.; Reiher, M.; Kind, C.; Hess, B. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 895.
72. Sambrook, M. R.; Beer, P. D.; Wisner, J. A.; Paul, R. L.; Cowley, A. R.; Szemes, F.; Drews, M. G. B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2292.
73. Beer, P. D.; Sambrook, M. R.; Curiel, D. Chem. Commun. 2006, 2105.
74. Kavallieratos, K.; de Gala, S. R.; Austin, D. J.; Crabtree, R. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2325.
75. Kavallieratos, K.; Bertao, C. M.; Crabtree, R. H. J. Org. Chem. 1999, 64, 1675.
76. Bondy, C.; Loeb, S. J. Coord. Chem. Rev. 2003, 240, 77.
77. Gale, P. A. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 465.
78. Schrader, T., Hamilton, A. D., Eds.; Functional Synthetic Receptors', Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2005.
79. Kirchner, B. J. Chem. Phys. 2005, 123, 204116.
80. Steiner, T.; Desiraju, G. R. Chem. Commun. 1998, 8, 891.
81. Dannenberg, J. J. J. Mol. Struct. 2002, 615, 219.
82. Herrebout, W. A.; Melikova, S. M.; Delanoye, S. N.; Rutkowski, K. S.; Shchepkin, D. N.; van der Veken, B. J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3038.