Structure and energetics of channel-forming protein-polysaccharide complexes inferred via computational statistical thermodynamics

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 49, 2006, Pages 25091-25100

  Mamonova, Tatyana ^a   Kurnikova, Maria ^a  

^a CARNEGIE MELLON UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL METHODS; MOLECULAR STRUCTURE; POLYSACCHARIDES; PROTEINS; STATISTICAL MECHANICS; SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY;

HEMOLYSIN; ION CHANNEL PROTEINS; SUPRAMOLECULAR COMPLEXES; UMBRELLA SAMPLING (US);

COMPLEXATION;

EID: 33846079272     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065009n     Document Type: Article

References (41)

1. Bayley, H.; Cremer, P. S. Nature 2001, 413, 226-230.
2. Buranda, T.; Huang, J.; Ramarao, G. V.; Ista, L. K.; Larson, R. S.; Ward, T. L.; Sklar, L. A.; Lopez, G. P. Langmuir 2003, 19, 1654-1663.
3. Eisenberg, B. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 117-123.
4. Keusgen, M. Naturwissenschaften 2002, 89, 433-444.
5. Percec, V.; Bera, T. K. Biomacromolecules 2002, 3, 167-181.
6. Trojanowicz, M. Fresenius J. Anal. Chem. 2001, 371, 246-260.
7. Song, L.; Hobaugh, M. R.; Shustak, C.; Cheley, S.; Bayley, H.; Gouaux, J. E. Science (Washington, D.C.) 1996, 274, 1859-1866.
8. Kasianowicz, J. J. Dis. Markers 2002, 18, 185-191.
9. Astier, Y.; Braha, O,; Bayley, H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1705-1710.
10. Braha, O.; Walker, B.; Cheley, S.; Kasianowicz, J. J.; Song, L. Z.; Gouaux, J. E.; Bayley, H. Chem. Biol. 1997, 4, 497-505.
11. Kasianowicz, J. J.; Burden, D. L.; Han, L. C.; Cheley, S.; Bayley, H. Biophys. J. 1999, 76, 837-845.
12. Walker, B.; Kasianowicz, J.; Krishnasastry, M.; Bayley, H. Protein Eng. 1994, 7, 655-662.
13. Minami, H.; Sugawara, M.; Odashima, K.; Umezawa, Y.; Uto, M.; Michaelis, E. K.; Kuwana, T. Anal. Chem. 1991, 63, 2787-2795.
14. Nakane, J.; Akeson, M.; Marziali, A. Electrophoresis 2002, 23, 2592-2601.
15. Rekharsky, M. V.; Inoue, Y. Chem. Rev. 1998, 98, 1875-1917.
16. Gu, L. Q.; Braha, O.; Conlan, S.; Cheley, S.; Bayley, H. Nature 1999, 398, 686-690.
17. Gu, L. Q.; Bayley, H. Biophys. J. 2000, 79, 1967-1975.
18. Gu, L. Q.; Dalla Serra, M.; Vincent, J. B.; Vigh, G.; Cheley, S.; Braha, O.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3959-3964.
19. Shilov, I. Y.; Kurnikova, M. G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7189-7201.
20. Gu, L. Q.; Cheley, S.; Bayley, H. J. Gen. Physiol. 2001, 118, 481-493.
21. Pang, Y. P.; Miller, J. L.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1717-1725.
22. Souaille, M.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 2001, 135, 40-57.
23. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199.
24. Zhang, L.; Hermans, J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11915-11921.
25. Czaplewski, C.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Liwo, A.; Ripoll, D. R.; Wawak, R. J.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 2000, 9, 1235-1245.
26. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
27. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339-1350.
28. Allen, T. W.; Bastug, T.; Kuyucak, S.; Chung, S. H. Biophys. J. 2003, 84, 2159-2168.
29. Tobi, D.; Elber, R.; Thirumalai, D. Biopolymers 2003, 68, 359-369.
30. Fukunishi, Y.; Mikami, Y.; Nakamura, H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13201-13210.
31. Sansom, M. S. P.; Kerr, I. D. Biophys. J. 1995, 69, 1334-1343.
32. Kerr, I. D.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 1997, 73, 581-602.
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
34. Leach, A. R. Molecular modelling: principles and applications, 2nd ed.; Prentice Hall: Harlow, England; Reading, MA, 2001.
35. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E. I.; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1-42.
36. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
37. Palma, R.; Himmel, M. E.; Brady, J. W. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7228-7234.
38. Czaplewski, C.; Ripoll, D. R.; Liwo, A.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Wawak, R. J.; Scheraga, H. A. Int. J. Quantum Chem. 2002, 88, 41-55.
39. Masunov, A.; Lazaridis, T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1722-1730.
40. Grossfield A. An implementation of WHAM: the Weighted Histogram Analysis Method, http://dasher.wustl.edu/alan/, 2004
41. Stickle, D. F.; Presta, L. G.; Dill, K. A.; Rose, G. D. J. Mol Biol. 1992, 226, 1143-1159.