DNA-encoded chemical libraries

QSAR and Combinatorial Science

Volumn 25, Issue 11, 2006, Pages 1081-1087

  Dumelin, Christoph E ^a   Scheuermann, Jörg ^a   Melkko, Samu ^a   Neri, Dario ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Affinity maturation; Combinatorial chemistry; DNA templated chemistry; Encoded self assembling chemical libraries; Lead identification

Indexed keywords

BIOCHIPS; LIBRARIES;

AFFINITY MATURATION; CHEMICAL LIBRARIES; COMBINATORIAL CHEMISTRY; DNA-TEMPLATED CHEMISTRY; ENCODED SELF-ASSEMBLING CHEMICAL LIBRARY; LEAD IDENTIFICATION; SELF-ASSEMBLING; TEMPLATED;

DNA;

OLIGONUCLEOTIDE; RESIN;

BINDING AFFINITY; COST EFFECTIVENESS ANALYSIS; DNA LIBRARY; DNA SYNTHESIS; DNA TEMPLATE; IMMOBILIZATION; PHARMACOPHORE; PRIORITY JOURNAL; SCREENING TEST; SHORT SURVEY;

EID: 33751540645     PISSN: 1611020X     EISSN: 16110218     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qsar.200640104     Document Type: Short Survey

References (29)

1. J. C. Venter, M. D. Adams, E. W. Myers, P. W. Li, R. J. Mural, G. G. Sutton, H. O. Smith, M. Yandell, C. A. Evans, R. A. Holt, J. D. Gocayne, P. Amanatides, R. M. Ballew, D. H. Huson, J. R. Wortman, Q. Zhang, C. D. Kodira, X. H. Zheng, L. Chen, M. Skupski, G. Subramanian, P. D. Thomas, J. Zhang, G. L. Gabor Miklos, C. Nelson, S. Broder, A. G. Clark, J. Nadeau, V. A. McKusick, N. Zinder, A. J. Levine, R. J. Roberts, M. Simon, C. Slayman, M. Hunkapiller, R. Bolanos, A. Delcher, I. Dew, D. Fasulo, M. Flanigan, L. Florea, A. Halpern, S. Hannenhalli, S. Kravitz, S. Levy, C. Mobarry, K. Reinert, K. Remington, J. Abu-Threideh, E. Beasley, K. Biddick, V. Bonazzi, R. Brandon, M. Cargill, I. Chandramouliswaran, R. Charlab, K. Chaturvedi, Z. Deng, V. Di Francesco, P. Dunn, K. Eilbeck, C. Evangelista, A. E. Gabrielian, W. Gan, W. Ge, F. Gong, Z. Gu, P. Guan, T. J. Heiman, M. E. Higgins, R. R. Ji, Z. Ke, K. A. Ketchum, Z. Lai, Y. Lei, Z. Li, J. Li, Y. Liang, X. Lin, F. Lu, G. V. Merkulov, N. Milshina, H. M. Moore, A. K. Naik, V. A. Narayan, B. Neelam, D. Nusskern, D. B. Rusch, S. Salzberg, W. Shao, B. Shue, J. Sun, Z. Wang, A. Wang, X. Wang, J. Wang, M. Wei, R. Wides, C. Xiao, C. Yan, A. Yao, J. Ye, M. Zhan, W. Zhang, H. Zhang, Q. Zhao, L. Zheng, F. Zhong, W. Zhong, S. Zhu, S. Zhao, D. Gilbert, S. Baumhueter, G. Spier, C. Carter, A. Cravchik, T. Woodage, F. Ali, H. An, A. Awe, D. Baldwin, H. Baden, M. Barnstead, I. Barrow, K. Beeson, D. Busam, A. Carver, A. Center, M. L. Cheng, L. Curry, S. Danaher, L. Davenport, R. Desilets, S. Dietz, K. Dodson, L. Doup, S. Ferriera, N. Garg, A. Gluecksmann, B. Hart, J. Haynes, C. Haynes, C. Heiner, S. Hladun, D. Hostin, J. Houck, T. Howland, C. Ibegwam, J. Johnson, F. Kalush, L. Kline, S. Koduru, A. Love, F. Mann, D. May, S. McCawley, T. McIntosh, I. McMullen, M. Moy, L. Moy, B. Murphy, K. Nelson, C. Pfannkoch, E. Pratts, V. Puri, H. Qureshi, M. Reardon, R. Rodriguez, Y. H. Rogers, D. Romblad, B. Ruhfel, R. Scott, C. Sitter, M. Smallwood, E. Stewart, R. Strong, E. Suh, R. Thomas, N. N. Tint, S. Tse, C. Vech, G. Wang, J. Wetter, S. Williams, M. Williams, S. Windsor, E. Winn-Deen, K. Wolfe, J. Zaveri, K. Zaveri, J. F. Abril, R. Guigo, M. J. Campbell, K. V. Sjolander, B. Karlak, A. Kejariwal, H. Mi, B. Lazareva, T. Hatton, A. Narechania, K. Diemer, A. Muruganujan, N. Guo, S. Sato, V. Bafna, S. Istrail, R. Lippert, R. Schwartz, B. Walenz, S. Yooseph, D. Allen, A. Basu, J. Baxendale, L. Blick, M. Caminha, J. Carnes-Stine, P. Caulk, Y. H. Chiang, M. Coyne, C. Dahlke, A. Mays, M. Dombroski, M. Donnelly, D. Ely, S. Esparham, C. Fosler, H. Gire, S. Glanowski, K. Glasser, A. Glodek, M. Gorokhov, K. Graham, B. Gropman, M. Harris, J. Heil, S. Henderson, J. Hoover, D. Jennings, C. Jordan, J. Jordan, J. Kasha, L. Kagan, C. Kraft, A. Levitsky, M. Lewis, X. Liu, J. Lopez, D. Ma, W. Majoros, J. McDaniel, S. Murphy, M. Newman, T. Nguyen, N. Nguyen, M. Nodell, S. Pan, J. Peck, M. Peterson, W. Rowe, R. Sanders, J. Scott, M. Simpson, T. Smith, A. Sprague, T. Stockwell, R. Turner, E. Venter, M. Wang, M. Wen, D. Wu, M. Wu, A. Xia, A. Zandieh, X. Zhu, Science 2001, 291, 1304-1351.
2. E. S. Lander, L. M. Linton, B. Birren, C. Nusbaum, M. C. Zody, J. Baldwin, K. Devon, K. Dewar, M. Doyle, W. Fitz-Hugh, R. Funke, D. Gage, K. Harris, A. Heaford, J. Howland, L. Kann, J. Lehoczky, R. LeVine, P. McEwan, K. McKernan, J. Meldrim, J. P. Mesirov, C. Miranda, W. Morris, J. Naylor, C. Raymond, M. Rosetti, R. Santos, A. Sheridan, C. Sougnez, N. Stange-Thomann, N. Stojanovic, A. Subramanian, D. Wyman, J. Rogers, J. Sulston, R. Ainscough, S. Beck, D. Bentley, J. Burton, C. Clee, N. Carter, A. Coulson, R. Deadman, P. Deloukas, A. Dunham, I. Dunham, R. Durbin, L. French, D. Grafham, S. Gregory, T. Hubbard, S. Humphray, A. Hunt, M. Jones, C. Lloyd, A. McMurray, L. Matthews, S. Mercer, S. Milne, J. C. Mullikin, A. Mungall, R. Plumb, M. Ross, R. Shownkeen, S. Sims, R. H. Waterston, R. K. Wilson, L. W. Hillier, J. D. McPherson, M. A. Marra, E. R. Mardis, L. A. Fulton, A. T. Chinwalla, K. H. Pepin, W. R. Gish, S. L. Chissoe, M. C. Wendl, K. D. Delehaunty, T. L. Miner, A. Delehaunty, J. B. Kramer, L. L. Cook, R. S. Fulton, D. L. Johnson, P. J. Minx, S. W. Clifton, T. Hawkins, E. Branscomb, P. Predki, P. Richardson, S. Wenning, T. Slezak, N. Doggett, J. F. Cheng, A. Olsen, S. Lucas, C. Elkin, E. Uberbacher, M. Frazier, R. A. Gibbs, D. M. Muzny, S. E. Scherer, J. B. Bouck, E. J. Sodergren, K. C. Worley, C. M. Rives, J. H. Gorrell, M. L. Metzker, S. L. Naylor, R. S. Kucherlapati, D. L. Nelson, G. M. Weinstock, Y. Sakaki, A. Fujiyama, M. Hattori, T. Yada, A. Toyoda, T. Itoh, C. Kawagoe, H. Watanabe, Y. Totoki, T. Taylor, J. Weissenbach, R. Heilig, W. Saurin, F. Artiguenave, P. Brottier, T. Bruls, E. Pelletier, C. Robert, P. Wincker, D. R. Smith, L. Doucette-Stamm, M. Rubenfield, K. Weinstock, H. M. Lee, J. Dubois, A. Rosenthal, M. Platzer, G. Nyakatura, S. Taudien, A. Rump, H. Yang, J. Yu, J. Wang, G. Huang, J. Gu, L. Hood, L. Rowen, A. Madan, S. Qin, R. W. Davis, N. A. Federspiel, A. P. Abola, M. J. Proctor, R. M. Myers, J. Schmutz, M. Dickson, J. Grimwood, D. R. Cox, M. V. Olson, R. Kaul, N. Shimizu, K. Kawasaki, S. Minoshima, G. A. Evans, M. Athanasiou, R. Schultz, B. A. Roe, F. Chen, H. Pan, J. Ramser, H. Lehrach, R. Reinhardt, W. R. McCombie, M. de la Bastide, N. Dedhia, H. Blocker, K. Hornischer, G. Nordsiek, R. Agarwala, L. Aravind, J. A. Bailey, A. Bateman, S. Batzoglou, E. Birney, P. Bork, D. G. Brown, C. B. Burge, L. Cerutti, H. C. Chen, D. Church, M. Clamp, R. R. Copley, T. Doerks, S. R. Eddy, E. E. Eichler, T. S. Furey, J. Galagan, J. G. Gilbert, C. Harmon, Y. Hayashizaki, D. Haussler, H. Hermjakob, K. Hokamp, W. Jang, L. S. Johnson, T. A. Jones, S. Kasif, A. Kaspryzk, S. Kennedy, W. J. Kent, P. Kitts, E. V. Koonin, I. Korf, D. Kulp, D. Lancet, T. M. Lowe, A. McLysaght, T. Mikkelsen, J. V. Moran, N. Mulder, V. J. Pollara, C. P. Ponting, G. Schuler, J. Schultz, G. Slater, A. F. Smit, E. Stupka, J. Szustakowski, D. Thierry-Mieg, J. Thierry-Mieg, L. Wagner, J. Wallis, R. Wheeler, A. Williams, Y. I. Wolf, K. H. Wolfe, S. P. Yang, R. F. Yen, F. Collins, M. S. Guyer, J. Peterson, A. Felsenfeld, K. A. Wetterstrand, A. Patrinos, M. J. Morgan, P. de Jong, J. J. Catanese, K. Osoegawa, H. Shizuya, S. Choi, Y. J. Chen, Nature 2001, 409, 860-921.
3. R. B. Stoughton, Annu. Rev. Biochem. 2005, 74, 53-82.
4. S. D. Patterson, R. H. Aebersold, Nat. Genet. 2003, 33 Suppl, 311-323.
5. R. L. Strausberg, S. L. Schreiber, Science 2003, 300, 294-295.
6. K. S. Lam, S. E. Salmon, E. M. Hersh, V. J. Hruby, W. M. Kazmierski, R. J. Knapp, Nature 1991, 354, 82-84.
7. R. A. Houghten, C. Pinilla, S. E. Blondelle, J. R. Appel, C. T. Dooley, J. H. Cuervo, Nature 1991, 354, 84-86.
8. A. Furka, F. Sebestyen, M. Asgedom, G. Dibo, Int. J. Pept. Protein Res. 1991, 37, 487-493.
9. G. P. Smith, Science 1985, 228, 1315-1317.
10. T. Clackson, H. R. Hoogenboom, A. D. Griffiths, G. Winter, Nature 1991, 352, 624-628.
11. E. T. Boder, K. D. Wittrup, Nat. Biotechnol. 1997, 15, 553-557.
12. J. Hanes, A. Pluckthun, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 4937-4942.
13. A. D. Griffiths, S. C. Williams, O. Hartley, I. M. Tomlinson, P. Waterhouse, W. L. Crosby, R. E. Kontermann, P. T. Jones, N. M. Low, T. J. Allison. et al., EMBO J. 1994, 13, 3245-3260.
14. S. Brenner, R. A. Lerner, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992, 89, 5381-5383.
15. J. Nielsen, S. Brenner, K. D. Janda, J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9812-9813.
16. D. R. Halpin, P. B. Harbury, PLoS Biol. 2004, 2, 1015-1021.
17. D. R. Halpin, J. A. Lee, S. J. Wrenn, P. B. Harbury, PLoS Biol. 2004, 2, 1031-1038.
18. Z. J. Gartner, B. N. Tse, R. Grubina, J. B. Doyon, T. M. Snyder, D. R. Liu, Science 2004, 305, 1601-1605.
19. X. Li, D. R. Liu, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2004, 43, 4848-4870.
20. C. E. Dumelin, J. Scheuermann, S. Melkko, D. Neri, Bioconjug. Chem. 2006, 17, 366-370.
21. R. Lerner, K. Janda, S. Brenner, J. Nielsen, WO9320242, 1993.
22. H. Pedersen, A. H. Gouilaev, K. C. Sams, F. A. Slok, P.-O. Freskgard, A. Holtmann, E. Kampmann Olsen, N. Husemoen Gitte, J. Felding, T. Franch, T. Thisted, L. Hyldtoft, N.-M. Mads, M. Anders Godskesen, G. S. Schroder, WO02103008, 2002.
23. H. Pedersen, A. Holtmann, T. Franch, A. H. Gouliaev, J. Felding, WO03078625, 2003.
24. P.-O. Freskgard, T. Franch, A. H. Gouliaev, M. D. Lundorf, J. Felding, E. K. Olsen, A. Holtmann, S. N. Jakobsen, C. Sams, S. S. Glad, K. B. Jensen, H. Pedersen, WO2004039825, 2004.
25. S. Melkko, J. Scheuermann, C. E. Dumelin, D. Neri, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 568-574.
26. S. Melkko, J. Sobek, G. Guarda, J. Scheuermann, C. E. Dumelin, D. Neri, Chimia 2005, 59, 798-802.
27. S. Melkko, C. E. Dumelin, J. Scheuermann, D. Neri, Chem. Biol. 2006, 13, 225-231.
28. K. I. Sprinz, D. M. Tagore, A. D. Hamilton, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 3908-3911.
29. I. Muckenschnabel, R. Falchetto, L. M. Mayr, I. Filipuzzi, Anal. Biochem. 2004, 324, 241-249.