Calculations of solute and solvent entropies from molecular dynamics simulations

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 8, Issue 46, 2006, Pages 5385-5395

  Carlsson, Jens ^a   Åqvist, Johan ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELL SURFACE RECEPTOR; CHYMOTRYPSIN; LIGAND; TRYPSIN;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; ENTROPY;

CHYMOTRYPSIN; COMPUTER SIMULATION; ENTROPY; LIGANDS; MODELS, CHEMICAL; RECEPTORS, CELL SURFACE; TRYPSIN;

EID: 33751344549     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b608486a     Document Type: Article

References (74)

1. B. Tidor M. Karplus J. Mol. Biol. 1994 238 405 414
2. Y. Y. Sham Z. T. Chu H. Tao A. Warshel Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000 39 393 407
3. J. Villa M. Strajbl T. M. Glennon Y. Y. Sham Z. T. Chu A. Warshel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 11899 11904
4. J. Hermans L. Wang J. Am. Chem. Soc. 1997 119 2707 2714
5. J. M. J. Swanson R. H. Henchman J. A. McCammon Biophys. J. 2004 86 67 74
6. M. K. Gilson J. A. Given B. L. Bush J. A. McCammon Biophys. J. 1997 72 1047 1069
7. A. Morton W. A. Baase B. W. Matthews Biochemistry 1995 34 8564 8575
8. J. A. D'Aquino E. Freire L. M. Amzel Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000 93 107
9. C. W. Murray M. L. Verdonk J. Comput. Aided Mol. Des. 2002 16 741 753
10. C. F. Wong J. A. McCammon Adv. Protein Chem. 2003 66 87 121
11. J. Janin Proteins: Struct., Funct., Genet. 1996 24 R1 R2
12. A. V. Finkelstein J. Janin Protein Eng. 1989 3 1 3
13. K. P. Murphy D. Xie K. S. Thompson L. M. Amzel E. Freire Proteins: Struct., Funct., Genet. 1994 18 63 67
14. M. S. Searle D. H. Williams J. Am. Chem. Soc. 1992 114 10690 10697
15. S. T. D. Hsu C. Peter W. F. van Gunsteren A. M. J. J. Bonvin Biophys. J. 2005 88 15 24
16. A. Velazquez-Campoy M. J. Todd E. Freire Biochemistry 2000 39 2201 2207
17. S. W. Homans ChemBioChem 2005 6 1585 1591
18. M. S. Searle D. H. Williams U. Gerhard J. Am. Chem. Soc. 1992 114 10697 10704
19. I. Luque M. J. Todd J. Gomez N. Semo E. Freire Biochemistry 1998 37 5791 5797
20. P. R. Andrews, in The Practice of Medicinal Chemistry, ed., C. G. Wermuth,, Academic Press, San Diego, 2nd edn, 1996, pp. 345-365
21. J. Carlsson J. Åqvist J. Phys. Chem. B 2005 109 6448 6456
22. H. B. Luo K. Sharp Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 10399 10404
23. A. Velazquez-Campoy Y. Kiso E. Freire Arch. Biochem. Biophys. 2001 390 169 175
24. C. F. Shuman M. D. Hamalainen U. H. Danielson J. Mol. Recognit. 2004 17 106 119
25. S. H. Fleischman C. L. Brooks J. Chem. Phys. 1987 87 3029 3037
26. S. Z. Wan R. H. Stote M. Karplus J. Chem. Phys. 2004 121 9539 9548
27. M. M. Kubo E. Gallicchio R. M. Levy J. Phys. Chem. B 1997 101 10527 10534
28. E. Gallicchio M. M. Kubo R. M. Levy J. Phys. Chem. B 2000 104 6271 6285
29. M. Karplus J. N. Kushick Macromolecules 1981 14 325 332
30. R. M. Levy M. Karplus J. Kushick D. Perahia Macromolecules 1984 17 1370 1374
31. I. Andricioaei M. Karplus J. Chem. Phys. 2001 115 6289 6292
32. J. Schlitter Chem. Phys. Lett. 1993 215 617 621
33. H. Schafer A. E. Mark W. F. van Gunsteren J. Chem. Phys. 2000 113 7809 7817
34. H. Schafer X. Daura A. E. Mark W. F. van Gunsteren Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 43 45 56
35. H. Schafer L. J. Smith A. E. Mark W. F. van Gunsteren Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002 46 215 224
36. Y. G. Mu D. S. Kosov G. Stock J. Phys. Chem. B 2003 107 5064 5073
37. D. Bakowies W. F. van Gunsteren J. Mol. Biol. 2002 315 713 736
38. S. A. Harris E. Gavathiotis M. S. Searle M. Orozco C. A. Laughton J. Am. Chem. Soc. 2001 123 12658 12663
39. D. Rinaldo M. J. Field Biophys. J. 2003 85 3485 3501
40. A. Noy A. Perez F. Lankas F. J. Luque M. Orozco J. Mol. Biol. 2004 343 627 638
41. C. E. Chang W. Chen M. K. Gilson J. Chem. Theory Comput. 2005 1 1017 1028
42. D. D. L. Minh J. M. Bui C. E. Chang T. Jain J. M. J. Swanson J. A. McCammon Biophys. J. 2005 89 L25 L27
43. M. Strajbl A. Shurki A. Warshel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 14834 14839
44. J. Florian A. Warshel J. Phys. Chem. B 1999 103 10282 10288
45. J. Åqvist C. Medina J. E. Samuelsson Protein Eng. 1994 7 385 391
46. C. Peter C. Oostenbrink A. van Dorp W. F. van Gunsteren J. Chem. Phys. 2004 120 2652 2661
47. J. Marelius K. Kolmodin I. Feierberg J. Åqvist J. Mol. Graphics Modell. 1998 16 213 225
48. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren and J. Hermans, in Intermolecular Forces, ed., B. Pullman,, Reidel, Dordrecht, 1981, pp. 331-342
49. F. S. Lee A. Warshel J. Chem. Phys. 1992 97 3100 3107
50. G. King A. Warshel J. Chem. Phys. 1989 91 3647 3661
51. J. Åqvist J. Phys. Chem. 1990 94 8021 8024
52. M. A. Burgess, Metal Ions in Solution, Ellis Horwood, Chichester, England, 1978
53. E. A. Moelwyn-Hughes, Physical Chemistry, Pergamon Press, Oxford, England, 2nd edn, 1961
54. A. Chaumont E. Engler G. Wipff Chem. - Eur. J. 2003 9 635 643
55. W. Blokzijl J. B. F. N. Engberts Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1993 32 1545 1579
56. D. Eisenberg A. D. Mclachlan Nature 1986 319 199 203
57. J. W. Pitera W. F. van Gunsteren J. Am. Chem. Soc. 2001 123 3163 3164
58. B. O. Brandsdal F. Österberg M. Almlöf I. Feierberg V. B. Luzhkov J. Åqvist Adv. Protein Chem. 2003 66 123 158
59. J. Åqvist T. Hansson J. Phys. Chem. 1996 100 9512 9521
60. B. O. Brandsdal J. Åqvist A. O. Smalås Protein Sci. 2001 10 1584 1595
61. J. Åqvist S. L. Mowbray J. Biol. Chem. 1995 270 9978 9981
62. K. B. Ljungberg J. Marelius D. Musil P. Svensson B. Norden J. Åqvist Eur. J. Pharm. Sci. 2001 12 441 446
63. H. Gutierrez-de-Teran M. Pastor N. B. Centeno J. Åqvist F. Sanz ChemBioChem 2004 5 841 849
64. K. Ersmark I. Feierberg S. Bjelic J. Hulten B. Samuelsson J. Åqvist A. Hallberg Bioorg. Med. Chem. 2003 11 3723 3733
65. K. Ersmark I. Feierberg S. Bjelic E. Hamelink F. Hackett M. J. Blackman J. Hulten B. Samuelsson J. Åqvist A. Hallberg J. Med. Chem. 2004 47 110 122
66. T. Hansson J. Marelius J. Åqvist J. Comput. Aided Mol. Des. 1998 12 27 35
67. M. Almlöf B. O. Brandsdal J. Åqvist J. Comput. Chem. 2004 25 1242 1254
68. J. Marelius M. Graffner-Nordberg T. Hansson A. Hallberg J. Åqvist J. Comput. Aided Mol. Des. 1998 12 119 131
69. K. Ersmark M. Nervall H. Gutierrez-de-Teran E. Hamelink L. K. Janka J. C. Clemente B. M. Dunn A. Gogoll B. Samuelsson J. Åqvist A. Hallberg Bioorg. Med. Chem. 2006 14 2197 2208
70. A. Ben-Naim Y. Marcus J. Chem. Phys. 1984 81 2016 2027
71. J. Marelius T. Hansson J. Åqvist Int. J. Quantum Chem. 1998 69 77 88
72. H. K. S. Leiros B. O. Brandsdal O. A. Andersen V. Os I. Leiros R. Helland J. Otlewski N. P. Willassen A. O. Smalas Protein Sci. 2004 13 1056 1070
73. J. Åqvist J. Comput. Chem. 1996 17 1587 1597
74. M. Almlöf J. Åqvist A. O. Smalås B. O. Brandsdal Biophys. J. 2006 90 433 442