Multidimensional proteomic analysis of the soluble subproteome of the emerging nosocomial pathogen Ochrobactrum anthropi

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 11, 2006, Pages 3145-3153

  Graham, Robert Leslie James ^a   Pollock, Catherine E ^a   O'Loughlin, S Naomi ^a   Ternan, Nigel G ^a   Weatherly, D Brent ^b   Jackson, Philip J ^c   Tarleton, Rick L ^b   McMullan, Geoff ^a  

^a UNIVERSITY OF ULSTER   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

^c Applied Biosystems   (United Kingdom)

Author keywords

2D LC MS MS; Ochrobactrum anthropi; Pathogen; Proteomics

Indexed keywords

PEPTIDE; PROTEOME; VIRULENCE FACTOR;

AMINO ACID METABOLISM; ARTICLE; AUTOANALYSIS; BIOSYNTHESIS; CATABOLISM; CITRIC ACID CYCLE; COMPUTER PROGRAM; FATTY ACID METABOLISM; GLYCOLYSIS; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; NUCLEIC ACID METABOLISM; OCHROBACTRUM ANTHROPI; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; VALIDATION PROCESS;

AMINO ACID SEQUENCE; AUTOMATION; BACTERIAL PROTEINS; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; OCHROBACTRUM ANTHROPI; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEOME; PROTEOMICS;

OCHROBACTRUM ANTHROPI;

EID: 33750971117     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr060293g     Document Type: Article

References (50)

1. Batut, J.; Anderson, S. G.; O'Callaghan, D. Nat. Rev. Microbiol. 2004, 2, 933-945.
2. Ugalade, R. A. Microbes Infect. 1999, 1, 1211-1219.
3. Teyssier, C.; Marchandin, H.; De Buochberg, M. S.; Ramuz, M.; Jumas-Bilak, E. J. Bacteriol. 2003, 185, 2901-2909.
4. Holmes, B.; Popoff, M.; Kiredjian, M.; Kersters, K. Int. J. Syst. Bacteriol. 1988, 38, 406-416.
5. Valesco, J.; Romero, C.; López-Goñi, I.; Leiva, J.; Díaz, R.; Moriyón. Int. J. Syst. Bacteriol. 1998, 48, 759-768.
6. Lebuhn, M.; Achouak, W.; Schloter, M.; Berge, O.; Meier, H.; Barakat, M.; Hartmann, A.; Heulin, T. Int. J. Syst. Evol Microbiol. 2000, 50, 2207-2223.
7. Asano, Y.; Nakazawa, A.; Kato, Y.; Kondo. J. Biol. Chem. 1989, 264, 14233-14239.
8. Fanuel, L.; Thamm, I.; Kostanjevecki, V.: Samyn, B.; Joris, B.; Goffin, C.; Brannigan, J.; Van Beeumen, J.; Frere, J. M. Cell. Mol. Life Sci. 1999, 55, 812-818.
9. Komeda, K.; Asano, Y. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 2028-2035.
10. Song, B.; Palleroni, N. J.; Haggblom, M. M. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 3446-3453.
11. Favaloro, B.; Tamburro, A.; Trofino, M. A.; Bologna, L.; Rotilio, D.; Heipieper, H. J. Biochem. J. 2000, 346, 553-559.
12. El-Sayed, W.; Ibrahim, M. K.; Abu-Shady, M.; EL-Beih, F.; Ohmura, N.; Saiki, H.; Ando, A. J. Biosci. Bioeng. 2003, 96, 310-312.
13. Jo, J.; Won, S. H.; Lee, B. H. Biotechnol. Lett. 2004, 26, 1391-1396.
14. Branco, R.; Alpoim, M. C.; Morais, P. V. Can. J. Microbiol. 2004, 50, 697-703.
15. Magalhaes Cruz, L.; De Souza, E. M.; Weber, O. B.; Baldani, J. I.; Dobeireiner, J.; Pedrosa Fde, O. Appl. Environ. Microbiol. 2001, 67, 2375-2379.
16. Ngom, A.; Nakagawa, Y.; Sawada, H.; Tsukahara, J.; Wakabayashi, S.; Uchiuimi, T.; Nuntagij, A.; Kotepong, S.; Suzuki, A, Higashi, S.; Abe, M. J. Gen. Appl. Microbiol. 2004, 50, 17-27.
17. Trujilo, M. E.; Willems, A.; Abril, A.; Planchuelo, A.-M.; Rivas, R.; Lundeña, D.; Mateos, P. F.; Martínez-Molina, E.; Velázquez, E. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 1318-1327.
18. Nadjar, D.; Labia, R.; Cerceau, C.; Bizet, C.; Philippon, A.; Arlet, G. Antimicrob. Agents Chemother. 2001, 45, 2342-2330.
19. Romero Gómez, M. P.; Esteban, A. M. P.; Daza, J. A. S.; Nieto, J. A. S.; Alvarez, D.; Garcia, P. P. J. Clin. Microbiol. 2004, 42, 3371-3373.
20. Brivet, F.; Guibert, M.; Kiredjian, M.; Dormont, J. Clin. Infect. Dis. 1993, 17, 516-518.
21. Cieslak, T. J.; Robb, M. L.; Drabick, C. J.; Fischer, G. W. Clin. Infect. Dis. 1992, 15, 1068-1069.
22. Haditsch, M.; Binder, L.; Tschurtschenthaler, G.; Watschinger, R.; Zauner, G.; Mittermayer, H. Infection 1994, 21, 306-310.
23. Earhart, K. C.; Boyce, K.; Bone, W. D.; Wallace, M. R. Clin. Infect. Dis. 1997, 24, 281-282.
24. Kern, W. V.; Oethinger, M.; Kaufhold, A.; Rozdzinski, E.; Marre, R. Infection 1993, 21, 306-310.
25. Jumas-Bilak, E.; Michaux-Charachon, S.; Bourg, G.; Ramuz, M.; Allardet-Servent, A. J. Bacteriol. 1998, 180, 2749-2755.
26. Teyssier, C.; Marchandin, H.; Masnou, A.; Jeannot, J.-L.; De Buochberg, M. S.; Jumas-Bilak, E. Electrophoresis 2005, 26, 2898-2907.
27. Sällström, B.; Andersson, S. G. Curr. Opin. Microbiol. 2005, 8, 579-585.
28. Hayes, V. E.; Ternan, N. G.; McMullan, G. FEMS Microbiol. Lett. 2000, 186, 171-175.
29. Bradford, M. M. Anal. Biochem. 1976, 72, 248-254.
30. Weatherly, D. B.; Atwood, J. A., III; Minning, T. A.; Cavola, C.; Tarleton, R. L.; Orlando, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 762-772.
31. Gardy, J. L.; Laird, M. R.; Chen, F.; Rey, S.; Walsh, C. J.; Ester, M.; Brinkman, F. S. L. Bioinformatics 2005, 21, 617-623.
32. Bendtsen, J. D.; Nielsen, H.; von Heijne, G.; Brunak, S. Mol. Biol. 2004, 340, 783-795.
33. Bendtsen, J. D.; Kiemer, L.; Fausbøll, A.; Brunak, S. Microbiology 2005, 5, 58-70.
34. Graham, R. L. J.; Pollock, C. E.; Ternan, N. G.; McMullan, G. J. Proteome Res. 2006, 5, 822-828.
35. Wagner, M. A.; Eschenbrenner, M.; Horn, T. A.; Kraycer, J. A.; Mujer, C. V.; Hagius, S.; Elzer, P.; DelVecchio, V. G. Proteomics 2002, 2, 1047-1060.
36. DelVecchio, V. G.; Wagner, M. A.; Eschenbrenner, M.; Horn, T. A.; Kraycer, J. A.; Estock, F.; Elzer, P.; Mujer, C. V. Vet. Microbiol. 2002, 90, 593-603.
37. Chong, P. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2005, 4, 1789-1798.
38. Takami, H.; Takaki Y.; Chee, G. J.; Nishi, S.; Shimamura, S.; Suzuki, H.; Matsui, S.; Uchiyama, I. Nucl. Acids Res. 2004, 32, 6292-6303.
39. Wasinger, V. C.; Urquhart, B. L.; Humphrey-Smith, I. Electrophoresis 1999, 20, 2196-2203.
40. Tjalsma, H.; Bolhuis, A.; Jongbloed, J. D. H.; Bron, S.; van Dijl, J. M. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000, 64, 515-547.
41. Pugsley, A. P. Microbiol. Rev. 1993, 57, 50-108.
42. Eisenstein, M. Nat. Methods 2006, 3, 420.
43. Djordjevic, M. A.; Chen, H. C.; Natera, S.; Van Noorden, G.; Menzel, C.; Taylor, S.; Renard, C.; Geiger, O.; Weiller, G. F. Mol. Plant-Microbe Interact. 2003, 16, 508-524.
44. Markaryan, A.; Zaborina, O.; Punj, V.; Chakrabarty, A. M. J. Bactriol. 2001, 183, 3345-3352.
45. Gewirtz, A. T.; Navas, T. A.; Lyons, S.; Godowski, P. J.; Madara, J. L. J. Immunol. 2001, 167, 1882-1885.
46. Fretin, D.; Fauconnier, A.; Kohler, S.; Halling, S.; Leonard, S.; Nijskens, C.; Ferooz, J.; Lestrate, P.; Delrue, R. M.; Danese, I.; Vandenhaute, J.; Tibor, A.; DeBolle, X.; Letesson, J. J. Cell Microbiol. 2005, 7, 687-698.
47. Chin, K. H.; Lin, F. Y., Hu, Y. C.; Sze, K. H., Lyu, P. C.; Chou, S. H. J. Biomol. NMR 2005, 31, 167-172.
48. Mantis, N. J.; Winas, S. C. J. Bacteriol. 1993, 175, 6626-6636.
49. Höppner, C.; Carle, A.; Sivanesan, D.; Hoeppner, S.; Baron, C. Microbiology 2005, 151, 3469-3482.
50. DelVecchio, V. G.; Kapatral, V.; Redkar, R. J.; Patra, G.; Mujer, C; Los, T.; Ivanova, N.; Anderson, I.; Bhattacharyya, A.; Lykidis, A.; Reznik, G.; Jablonski, L.; Larse, N.; D'Souza, M.; Bernal, A.; Mazur, M.; Goltsman, E.; Selkov, E.; Elzer, P. H.; Hagius, S.; O'Callaghan, D.; Letesson, J.-J.; Haselkorn, R.; Kyrpides, N.; Overbeek, R. PNAS 2002, 99, 443-448.