Top-down proteomic analysis of the soluble sub-proteome of the obligate thermophile, Geobacillus thermoleovorans T80: Insights into its cellular processes

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 4, 2006, Pages 822-828

  Graham, Robert Leslie James ^a   Pollock, Catherine E ^a   Ternan, Nigel G ^a   McMullan, Geoff ^a  

^a UNIVERSITY OF ULSTER   (United Kingdom)

Author keywords

2D LC MS MS; Geobacillus thermoleovorans; Proteomics; Thermophile

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; CIRCE PROTEIN; GENE PRODUCT; HRCA PROTEIN; PROTEOME; SIGMA A FACTOR; SIGMA FACTOR; SOLUBLE SUBPROTEOME; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CLASSIFICATION; COMPUTER PROGRAM; CYTOLOGY; FUNCTIONAL PROTEOMICS; GENETIC TRANSCRIPTION; GEOBACILLUS THERMOLEOVORANS; GEOBACILLUS THERMOLEOVORANS T80; GRAM POSITIVE BACTERIUM; HEAT SHOCK; LABORATORY AUTOMATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; OPERON; PHYSICAL CHEMISTRY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; STRESS; THERMOPHILIC BACTERIUM;

BACILLACEAE; BACTERIAL PROTEINS; CHEMISTRY, PHYSICAL; CHROMATOGRAPHY, ION EXCHANGE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DATABASES, PROTEIN; MASS SPECTROMETRY; PROTEOME; PROTEOMICS; SOLUBILITY; TRYPSIN;

BACTERIA (MICROORGANISMS); GEOBACILLUS THERMOLEOVORANS; POSIBACTERIA;

EID: 33645784124     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0504642     Document Type: Article

References (44)

1. Altermann, E. R.; Altermann, W. M.; Azcarate-Peril, M. A.; Barrangou, R.; Buck, B. L.; McAuliffe, O.; Souther, N.; Dobson, A.; Duong, T.; Callanan, M.; Lick, S.; Hamrick, A.; Cano, R.; Klaenhammer, T. R. PNAS 2005, 102, 3906-3912.
2. Read, T. D. P.; Tourasse, N.; Baillie, L. W.; Paulsen, I. T.; Nelson, K. E.; Tettelin, H.; Fouts, D. E.; Eisen, J. A.; Gill, E. K.; Okstad, O. A.; Helgason, E.; Rilstone, J.; Wu, M.; Kolonay, J. F.; Beanan, M. J.; Dodson, R. J.; Brinkac, L. M.; Gwinn, M.; DeBoy, R. T.; Madpu, R.; Daugherty, S. C.; Durkin, A. S.; Haft, D. H.; Nelson, W. C.; Peterson, J. D.; Pop, M.; Khouri, H. M.; Radune, D.; Benton, J. L.; Mahamoud, Y.; Jiang, L.; Hance, I. R.; Weidman, J. F.; Berry, K. J.; Plaut, R. D.; Wolf, A. M.; Watkins, K. L.; Nierman, W. C.; Hazen, A.; Cline, R.; Redmond, C.; Thwaite, J. E.; White, O.; Salzberg, S. L.; Thomason, B.; Friedlander, A. M.; Koehler, T. M.; Hanna, P. C.; Kolsto, A. B.; Fraser, C. M. Nature 2003, 423, 81-86.
3. Takami, H. N., K.; Takaki, Y.; Maeno, G.; Sasaki, R.; Masui, N.; Fuji, F.; Hirama, C.; Nakamura, Y.; Ogasawara, N.; Kuhara, S.; Horikoshi, K. Nucl. Acids Res. 2000, 28, 4317-4331.
4. Takami, H.; Takaki Y.; Uchiyama, I. Nucl. Acids Res. 2002, 30, 3927-3935.
5. Takami, H.; Takaki, Y.; Chee, G. J.; Nishi, S.; Shimamura, S.; Suzuki, H.; Matsui, S.; Uchiyama, I. Nucl. Acids Res. 2004, 32, 6292-6303.
6. Wisotzkey, J. D.; Jurtshuk, P., Jr.; Fox, G. E.; Deinhard, G.; Poralla, K. Int. J. Syst. Bacteriol. 1992, 42, 263-269.
7. Dufresne, S.; Bousquet, J.; Boissinot, M.; Guay, R. Int. J. Syst. Bacteriol. 1996, 46, 1056-1064.
8. Touzel, J. P.; O'Donohue, M.; Debeire, P.; Samain, E.; Breton, C. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002, 50, 315-320.
9. Ash, C.; Farrow, J. A. E.; Wallbanks, S.; Collins, M. D. Lett. Appl. Microbiol. 1991, 13, 202-206.
10. Rainey, F. A.; Fritze, D.; Stackebrandt, E. FEMS Microbiol. Lett. 1994, 115, 205-211.
11. Nazina, T. N.; Tourova, T. P.; Poltaraus, A. B.; Novikova, E. V.; Ivanova, A. E.; Grigoryan, A. A.; Lysenko, A. M.; Belyaev, S. S. Microbiology 2000, 69, 96-102.
12. Sharp, R. J.; Riley, P. W.; White, D. In Thermophilic Bacilli; Kristjansson, J. K., Ed.; CRC Press: New York, 1992; pp 19-50.
13. Maugeri, T. L.; Gugliandolo, C.; Caccamo, D.; Stackebrandt, E. Syst. Appl. Microbiol. 2002, 25, 450-455.
14. Nazina, T. N.; Tourova, T. P.; Poltaraus, A. B.; Novikova, E. V.; Grigoryan, A. A.; Ivanova, A. E.; Lysenko, A. M.; Petrunyaka, V. V.; Osipov, G. A.; Belyaev, S. S.; Ivanov, M. V. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001, 51, 433-446.
15. Maugeri, T. L.; Gugliandolo, C.; Caccamo, D.; Stackebrandt, E. Syst. Appl. Microbiol. 2002, 24, 572-587.
16. Obojska, A.; Ternan, N. G.; Lejczak, B.; Kafarski, P.; McMullan, G. Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 2081-2084.
17. Marchant, R.; Banal, I. M.; Rahman, T. J.; Berzano, M. Trends Microbiol. 2001, 10, 120-121.
18. Marchant, R.; Banat, I. M.; Rahman, T. J.; Berzano, M. Environ. Microbiol. 2002, 4, 595-602.
19. Sookkheo, B.; Sinchaikul, S.; Phutrakul, S.; Chen, S.-T. Protein Expres. Purif. 2000, 20, 142-151.
20. Uma Maheswar Rao, J. L.; Satyanarayana, T. Lett. Appl. Microbiol. 2003, 36, 191-196.
21. Lee, D.-W.; Kim, H.-W.; Lee, K.-W.; Kim, B.-C.; Choe, E.-A.; Lee, H. S.; Kim, D.-S.; Pyun, Y. R. Enzyme Microb. Technol. 2001, 29, 363-371.
22. Ben Messaoud, E.; Ben Ammar, Y.; Mellouli, L.; Bejar, S. Enzyme Microb. Technol. 2002, 31, 827-832.
23. Schiano Moriello, V.; Lama, L.; Poli, A.; Gugliandolo, C.; Maugeri, T. L.; Gamacorta, A.; Nicolaus, B. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2003, 30, 95-101.
24. Novotny, J. F.; Perry, J. J. Appl. Environ. Microbiol. 1992, 58, 2393-2396.
25. Bustard, M. T.; Whiting, S.; Cowan, D. A.; Wright, P. C. Extremophiles 2002, 6, 319-323.
26. McMullan, G.; Christie, J. M.; Rahman, T. J.; Banat, I. M.; Ternan, N. G.; Marchant, R. Biochem. Soc. Trans. 2004, 32, 214-217.
27. Bader, G. D.; Heilbut, A.; Andrews, B.; Tyers, M.; Hughes, T.; Boone, C. Trends Cell Biol. 2003, 13, 344-356.
28. Kim, H.; Page, G. P.; Barnes, S. Nutrition 2004, 20, 155-165.
29. Sookkheo, B.; Sinchaikul, S.; Thannan, H.; Thongprasong, O.; Phutrakul, S.; Chen, S. T. Proteomics 2002, 2, 1311-1315.
30. Topanurak, S.; Sinchaikul, S.; Phutrakul, S.; Sookkheo, B.; Chen, S. T. Proteomics 2005, 5, 3722-3730.
31. Ternan, N. G.; McMullan, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002, 290, 802-805.
32. Bradford, M. M. Anal. Biochem. 1976, 72, 248-254.
33. Eymann, C.; Dreisbach, A.; Albrecht, D.; Bernhardt, J.; Becher, D.; Gentner, S.; Tam, L. T.; Büttner, K.; Buurman, G.; Scharf, G.; Venz, S.; Völker, U.; Hecker, M. Proteomics 2004, 4, 2849-2876.
34. Elias, J. E.; Haas, W.; Faherty, B. K.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2005, 2, 667-675.
35. Schaefer, H.; Chervet, J. P.; Bunse, C.; Joppich, C.; Meyer, H. E.; Marcus, K. Proteomics 2004, 4, 2541-2544.
36. Chong, P. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2005, 4, 1789-1798.
37. Marchler-Bauer, A.; Bryant, S. H. Nucl. Acids Res. 2004, 32, W 327-331.
38. Chamrad, D.; Meyer, H. E. Nat. Methods 2005, 2, 647-648.
39. Zeigler, D. R. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005, 55, 1171-1179.
40. Mawuenyega, K. G.; Kaji, H.; Yamauchi, Y.; Shinkawa, T.; Saito, H.; Taoka, M.; Takahashi, N.; Isobe, T. J. Proteome Res. 2003, 2, 23-35.
41. Rosen, R.; Ron, E. Z. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 244-265.
42. Storz, G.; Hengge-Aronis, R. Bacterial Stress Responses; American Society for Microbiology Press: Washington, 2000.
43. Huang, X.; Gaballa, A.; Cao, M.; Helmann, J. D. Mol. Microbiol. 1999, 31, 361-371.
44. Sinchaikul, S.; Sookkheo, B.; Phutrakul, S.; Pan, F. M.; Chen, S. T. Proteomics 2002, 2, 1316-1324.