Measuring cooperativity in the formation of a three-stranded β sheet (double hairpin)

Biopolymers

Volumn 83, Issue 4, 2006, Pages 424-433

  Hudson, F Michael ^a   Andersen, Niels H ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

sheet model; Chemical shift deviations; NMR spectroscopy; Protein folding

Indexed keywords

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEATION; PROTEINS;

CHEMICAL SHIFT DEVIATIONS; CHEMICAL SHIFT MEASURES; HAIRPIN FORMATION; PROTEIN;

BIOPOLYMERS;

ASPARAGYLGYLCINE; GLYCINE DERIVATIVE; PROLYLGYLCINE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; BETA SHEET; COOPERATION; DNA STRAND; DNA STRUCTURE; ENTROPY; EQUILIBRIUM CONSTANT; GENE LOCUS; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE;

MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEINS;

EID: 33750589653     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.20575     Document Type: Article

References (47)

1. Cox, J. P. H.; Evans, P. A.; Packman, L. C.; Williams, D. H.; Woolfson, D. N. J Mol Biol 1993, 234, 483-492.
2. Kobayashi, N.; Endo, S.; Munekata, E. Pept Chem 1993, 278-280.
3. Blanco, F. J.; Rivas, G.; Serrano, L. Nat Struct Biol 1994, 1, 584-590.
4. Honda, S.; Kobayashi, N.; Munekata, E. J Mol Biol 2000, 295, 269-278.
5. Fesinmeyer, R. M.; Hudson, F. M.; Andersen, N. H. J Am Chem Soc 2004, 126, 7238-7243.
6. Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Herranz, J.; Rico, M.; Santoro, J.; Nieto, J. L. J Am Chem Soc 1993, 115, 5887-5888.
7. de Alba, E.; Jiménez, M. A.; Rico, M.; Nieto, J. L. Folding Design 1996, 1, 133-144.
8. Ramírez-Alvarado, M.; Blanco, F. J.; Serrano, L. Nat Struct Biol 1996, 3, 604-612.
9. Sibanda, B. L.; Thornton, J. M. Methods Enzymol 1991, 202, 59-82.
10. Maynard, A. J.; Sharman, G. J.; Searle, M. S. J Am Chem Soc 1998, 120, 1996-2007.
11. Karle, I. L.; Awasthi, S. K.; Balaram, P. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 8189-8193.
12. Haque, T. S.; Gellman, S. J Am Chem Soc 1997, 119, 2303-2304.
13. Syud, F. A.; Espinosa, J. F.; Gellman, S. H. J Am Chem Soc 1999, 121, 11577-11578.
14. Searle, M. S.; Williams, D. H.; Packman, L. C. Nat Struct Biol 1995, 2, 999-1006.
15. Sharman, G. J.; Searle, M. S. Chem Commun 1997, 1955-1956.
16. Kortemme, T.; Ramírez-Alvarado, M.; Serrano, L. Science 1998, 281, 253-256.
17. Schenck, H.; Gellman, S. J Am Chem Soc 1998, 120, 4869-4870.
18. de Alba, E.; Santoro, J.; Rico, M.; Jiménez, M. A. Protein Sci 1999, 8, 854-865.
19. Griffiths-Jones, S. R.; Searle, M. S. J Am Chem Soc 2000, 122, 8350-8356.
20. Lopez de la Paz, M.; Lacroix, E.; Ramírez-Alvarado, M.; Serrano, L. J Mol Biol 2001, 312, 229-246.
21. Santiveri, C. M.; Rico, M.; Jiménez, M. A.; Pastor, M. T.; Pérez-Payá, E. J Pept Res 2003, 61, 177-188.
22. Carulla, N.; Woodward, C.; Barany, G. Protein Sci 2002, 11, 1539-1551.
23. Syud, F. A.; Stanger, H. E.; Mortell, H. S.; Espinosa, J. F.; Fisk, J. D.; Fry, C. G.; Gellman, S. H. J Mol Biol 2003, 326, 553-568.
24. Andersen, N. H.; Dyer, R. B.; Fesinmeyer, R. M.; Gai, F.; Liu, Z.; Neidigh, J. W.; Tong, H. J Am Chem Soc 1999, 121, 9879-9880.
25. Cochran, A. G.; Skelton, N. J.; Starovasnik, M. A. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98, 5578-5583.
26. Guvench, O.; Brooks III, C. L. J Am Chem Soc 2005, 127, 4668-4674.
27. Muñoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196-199.
28. Andersen, N. H.; Dyer, R. B.; Fesinmeyer, R. M.; Gai, F.; Maness, S.; Werner, J. H. In Peptides 2000; Martinez, J., Fehrentz, Jean-Alain, Eds.; EDK: Paris, France, 2001; pp. 553-554.
29. Xu, Y.; Oyola, R.; Gai, F. J Am Chem Soc 2003, 125, 15388-15394.
30. Dyer, R. B.; Manas, E. S.; Peterson, E. S.; Franzen, S.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. Biochemistry 2004, 43, 11560-11566.
31. Snow, C. D.; Qiu, L.; Du, D.; Gai, F.; Hagen, S. J.; Pande, V. S. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 4077-4082.
32. Olsen, K. A.; Fesinmeyer, R. M.; Stewart, J. M.; Andersen, N. H. Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 15483-15487.
33. Stanger, H. E.; Syud, F. A.; Espinosa, J. F.; Giriat, I.; Muir, T.; Gellman, S. H. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98, 12015-12020.
34. Santiveri, C. M.; Santoro, J.; Rico, M.; Jiménez, M. A. Protein Sci 2004, 13, 1134-1147.
35. Fesinmeyer, R. M.; Hudson, F. M.; White, G. W. N.; Olsen, K. A.; Euser, A.; Andersen, N. H. J Biomol NMR 2005, 33: 213-231.
36. Sharman, G. J.; Searle, M. S. J Am Chem Soc 1998, 120, 5291-5300.
37. Espinosa, J. F.; Gellman, S. H. Angew Chem Int Ed 2000, 39, 2330-2333.
38. Syud, F. A.; Stanger, H. E.; Gellman, S. H. J Am Chem Soc 2001, 123, 8667-8677.
39. Espinosa, J. F.; Syud, F. A.; Gellman, S. H. Protein Sci 2002, 11, 1492-1505.
40. Searle, M. S.; Ciani, B. Cuir Opta Struct Biol 2004, 14, 1-7.
41. Roe, D. R.; Hornack, V.; Simmerling, C. J Mol Biol 2005, 352, 370-381.
42. Andersen, N. H.; Fesinmeyer, R. M.; Hudson, F. M. In Peptide Revolution: Genomics, Proteomics and Therapeutics; Chorev, M.; Sawyer, T. K., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 2004; pp. 462-463.
43. Piotto, M.; Saudek, V.; Sklenar, V. J Biomol NMR 1992, 2, 661-665.
44. Andersen, N. H.; Neidigh, J. W.; Harris, S. M.; Lee, G. M.; Liu, Z.; Tong, H. J Am Chem Soc 1997, 119, 8547-8561.
45. Cochran, A. G.; Tong, R. T.; Starovasnik, M. A.; Park, E. J.; McDowell, R. S.; Theaker, J. E.; Skelton, N. J. J Am Chem Soc 2001, 123, 625-632.
46. Matthews, B. W.; Nicholson, H.; Becktel, W. J. Proc Natl Acad Sci USA 1987, 84, 6663-6667.
47. Barua, B. Design and Study of Trp-cage Miniproteins; PhD Thesis; Department of Chemistry; University of Washington: Seattle, 2005; p. 158.