Hydrogen bonding pathways in human dihydroorotate dehydrogenase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 39, 2006, Pages 19704-19710

  Small, Yolanda A ^a   Guallar, Victor ^b,c   Soudackov, Alexander V ^a   Hammes Schiffer, Sharon ^a  

^a PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b WASHINGTON UNIVERSITY   (United States)

^c BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOSYNTHESIS; ENZYMES; MOLECULAR DYNAMICS; PROTONS; REDOX REACTIONS;

CARBOXYLATE GROUP; DEPROTONATION; DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE (DHOD); HYDROGEN BONDING PATHWAYS;

HYDROGEN BONDS;

EID: 33750316842     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065034t     Document Type: Article

References (51)

1. Rowland, P.; Nielsen, F. S.; Jensen, K. F.; Larsen, S. Structure 1997, 5, 239.
2. Rowland, P.; Bjornberg, O.; Nielsen, F. S.; Jensen, K. F.; Larsen, S. Protein Sci. 1998, 7, 1269.
3. Liu, S.; Neidhardt, E. A.; Grossman, T. H.; Ocain, T.; Clardy, J. J. Structure 2000, 8, 25.
4. Rowland, P.; Norager, S.; Jensen, K. F.; Larsen, S. Structure 2000, 8, 1227.
5. Elliott, W. L.; Sawick, D. P.; DeFrees, S. A.; Heinstein, P. F.; Cassady, J. M.; Morre, D. J. Biochim. Biophys. Acta 1984, 800, 194.
6. Weber, G. Cancer Res. 1983, 43, 3466.
7. Breedveld, F. C.; Dayer, J.-M. Ann. Rheum. Dis. 2000, 59, 841.
8. Palfey, B. A.; Bjornberg, O.; Jensen, K. F. J. Med. Chem. 2001, 44, 2861.
9. Cherwinski, H. M.; Byars, N.; Ballaron, S. J.; Nakano, G. M.; Young, J. M.; Ransom, J. T. Inflammation Res. 1995, 44, 317.
10. Cherwinski, H. M.; Cohn, R. G.; Cheung, P.; Webster, D. J.; Xu, Y. Z.; Caulfield, J. P.; Young, J. M.; Nakano, G. M.; Ransom, J. T. J. Pharmacol. Exp. Ther. 1995, 275, 1043.
11. Bjornberg, O.; Gruner, A.-C.; Roepstorff, P.; Jensen, K. F. Biochemistry 1999, 38, 2899.
12. Bjornberg, O.; Rowland, P.; Larsen, S.; Jensen, K. F. Biochemistry 1997, 36, 16197.
13. Palfey, B. A.; Bjornberg, O.; Jensen, K. F. Biochemistry 2001, 40, 4381.
14. Norager, S.; Jensen, K. F.; Bjornberg, O.; Larsen, S. Structure 2002, 10, 1211.
15. Pascal, R. A., Jr.; Walsh, C. T. Biochemistry 1984, 23, 2745.
16. Hines, V.; Johnston, M. Biochemistry 1989, 28, 1227.
17. Argyrou, A.; Washabaugh, M. W.; Pickart, C. M. Biochemistry 2000, 39, 10373.
18. Shi, J.; Palfey, B. A.; Dertouzos, J.; Jensen, K. F.; Gafni, A.; Steel, D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6914.
19. Norager, S.; Arent, S.; Bjornberg, O.; Ottosen, M.; Lo Leggio, L.; Jensen, K. F.; Larsen, S. J. Biol. Chem. 2003, 278, 28812.
20. Hansen, M.; Le Nours, J.; Johansson, E.; Antal, T.; Ullrich, A.; Loffler, M.; Larsen, S. Protein Sci. 2004, 13, 1031.
21. Jiang, W.; Locke, G.; Harpel, M. R.; Copeland, R. A.; Marcinkeviciene, J. Biochemistry 2000, 39, 7990.
22. Guallar, V.; Harris, D. L.; Batista, V. S.; Miller, W. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1430.
23. Lu, D.; Voth, G. A. PROTEINS: Struct., Funct., and Genet. 1998, 33, 119.
24. Toba, S.; Colombo, G.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2290.
25. Cukier, R. I. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1706, 134.
26. Xiang, J. Z.; Honig, B. JACKAL: A Protein Structure Modeling Package; Columbia University & Howard Hughes Medical Institute: New York, 2002.
27. IMPACT.; Schrodinger, Inc.: Portland, OR, 2000.
28. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
29. QSite; Schrodinger, Inc.: Portland, OR, 2005.
30. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1442.
31. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724.
32. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257.
33. Francl, M. M.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J.; Binkley, J. S.; Gordon, M. S.; DeFrees, D. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1982, 77, 3654.
34. Lee, C.; Yang, W.; Parr, P. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
35. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
36. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Interaction models for water in relation to protein hydration. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; D. Reidel Publishing Company: Dordrecht, 1981.
37. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361.
38. Chirlian, L. E.; Francl, M. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 894.
39. Woods, R. J.; Khalil, M.; Pell, W.; Moffat, S. H.; Smith, V. H. J. Comput. Chem. 1990, 11, 297.
40. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1994, 81, 3684.
41. Ewald, P. P. Ann. Phys. 1921, 64, 253.
42. Lindahl, E.; Hess, B.; Van der Spoel, D. J. Mol. Modelling 2001, 7, 306.
43. Berendsen, H. J. C.; Van der Spoel, D.; Van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
44. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
45. Schuettelkopf, A. W.; Van Aalten, D. M. F. Acta Crystallogr. 2004, D60, 1355.
46. Nose, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255.
47. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695.
48. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
49. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A. R.; Apol, E.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L. T. M.; Feenstra, K. A.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J. C. Gromacs User Manual Version 3.2, www.gromacs.org; 2004.
50. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon Press: Oxford, 1989.
51. Hines, V.; Keys, L. D., III; Johnston, M. J. Biol. Chem. 1986, 261, 1386.