A combined shotgun and multidimensional proteomic analysis of the insoluble subproteome of the obligate thermophile, Geobacillus thermoleovorans T80

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 9, 2006, Pages 2465-2473

  Graham, Robert Leslie James ^a   O'Loughlin, S Naomi ^a   Pollock, Catherine E ^a   Ternan, Nigel G ^a   Weatherly, D Brent ^b   Jackson, Philip J ^c   Tarleton, Rick L ^b   McMullan, Geoff ^a  

^a UNIVERSITY OF ULSTER   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

^c Applied Biosystems   (United Kingdom)

Author keywords

1D LC MS MS; Geobacillus thermoleovorans; Insoluble; Membrane; Proteomics; Shotgun; Thermophile

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; LIPOPROTEIN; PEPTIDE; PROTEOME; SIGNAL PEPTIDE;

ARTICLE; CELLULAR DISTRIBUTION; FRACTIONATION; GEOBACILLUS THERMOLEOVORANS; METHODOLOGY; NONHUMAN; PHASE SEPARATION; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN LOCALIZATION; PROTEIN TRANSPORT; PROTEOMICS; THERMOPHILIC BACTERIUM;

AMINO ACID SEQUENCE; BACILLACEAE; BACTERIAL PROTEINS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; COMPUTATIONAL BIOLOGY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEOMICS;

BACTERIA (MICROORGANISMS); GEOBACILLUS THERMOLEOVORANS;

EID: 33748304117     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0602444     Document Type: Article

References (36)

1. Romijin, E. P.; Krijgsveld, J.; Heck, A. J. J. Chromatogr., A 2003, 1000, 589-608.
2. Petricoin, E. F.; Liotta, L. A. J. Nutr. 2003, 133, 2476S-2484S.
3. Aivaliotis, M.; Corvey, C.; Tsirogianni, I.; Karas, M.; Tsiotis, G. Electrophoresis 2004, 25, 3468-3474.
4. Hoper, D.; Bernhardt, J.; Hecker, M. Proteomics 2006, 6, 1550-1562.
5. Altermann, E. R., W. M.; Azcarate-Peril, M. A.; Barrangou, R.; Buck, B. L.; McAulitfe, O.; Souther, N.; Dobson, A.; Duong, T.; Callanan, M.; Lick, S.; Hamrick, A.; Cano, R.; Klaenhammer, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3906-3912.
6. Read, T. D. P.; Tourasse, N.; Baillie, L. W.; Paulsen, I. T.; Nelson, K. E.; Tettelin, H.; Fouts, D. E.; Eisen, J. A.; Gill, E. K.; Okstad, O. A.; Helgason, E.; Rilstone, J.; Wu, M.; Kolonay, J. F.; Beanan, M. J.; Dodson, R. J.; Brinkac, L. M.; Gwinn, M.; DeBoy, R. T.; Madpu, R.; Daugherty, S. C.; Durkin, A. S.; Haft, D. H.; Nelson, W. C.; Peterson, J. D.; Pop, M.; Khouri, H. M.; Radune, D.; Benton, J. L.; Mahamoud, Y.; Jiang, L.; Hance, I. R.; Weidman, J. F.; Berry, K. J.; Plaut, R. D.; Wolf, A. M.; Watkins, K. L.; Nierman, W. C.; Hazen, A.; Cline, R.; Redmond, C.; Thwaite, J. E.; White, O.; Salzberg, S. L.; Thomason, B.; Friedlander, A. M.; Koehler, T. M.; Hanna, P. C.; Kolsto, A. B.; Fraser, C. M. Nature 2003, 423, 81-86.
7. Takami, H. N. K.; Takaki, Y.; Maeno, G.; Sasaki, R.; Masui, N.; Fuji, P.; Hirama, C.; Nakamura, Y.; Ogasawara, N.; Kuhara, S.; Horikoshi, K. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 4317-4331.
8. Takami, H.; Takaki Y.; Uchiyama, I. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3927-3935.
9. Takami, H.; Takaki Y.; Chee, G. J.; Nishi, S.; Shimamura, S.; Suzuki, H.; Matsui, S.; Uchiyama, I. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6292-6303.
10. Wisotzkey, J. D.; Jurtshuk, P., Jr.; Fox, G. E.; Deinhard, G.; Poralla, K. Int. J. Syst. Bacteriol. 1992, 42, 263-269.
11. Dufresne, S.; Bousquet, J.; Boissinot, M.; Guay, R. Int. J. Syst. Bacteriol. 1996, 46, 1056-1064.
12. Touzel, J. P.; O'Donohue, M.; Debeire, P.; Samain, E.; Breton, C. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002, 50, 315-320.
13. Ash, C.; Farrow, J. A. E.; Wallbanks, S.; Collins, M. D. Lett. Appl. Microbiol. 1991, 13, 202-206.
14. Rainey, F. A.; Fritze, D.; Stackebrandt, E. FEMS Microbiol. Lett. 1994, 115, 205-211.
15. Nazina, T. N.; Tourova, T. P.; Poltaraus, A. B.; Novikova, E. V.; Grigoryan, A. A.; Ivanova, A. E.; Lysenko, A. M.; Petrunyaka, V. V.; Osipov, G. A.; Belyaev, S. S.; Ivanov, M. V. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001, 51, 433-446.
16. Graham, R. L. J.; Pollock, C. E.; Ternan, N. G.; McMullan, G. J. Proteome Res. 2006, 5, 822-828.
17. Obojska, A.; Ternan, N. G.; Lejczak, B.; Kafarski, P.; McMullan, G. Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 2081-2084.
18. Mawuenyega, K. W.; Kaji, H.; Yamauchi, Y.; Shinkawa, T.; Saito, H.; Taoka, M.; Takahashi, N.; Isobe, T. J. Proteome Res. 2003, 2, 23-35.
19. Bradford, M. M. Anal. Biochem. 1976, 72, 248-254.
20. Weatherly, D. B.; Atwood, J. A., III; Minning, T. A.; Cavola, C.; Tarleton, R. L.; Orlando, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 762-772.
21. Gardy, J. L.; Laird, M. R.; Chen, F.; Rey, S.; Walsh, C. J.; Ester, M.; Brinkman, F. S. L. Bioinformatics 2005, 21, 617-623.
22. Bendtsen, J. D.; Nielsen, H.; von Heijne, G.; Brunak, S. Mol. Biol. 2004, 340, 783-795.
23. Bendtsen, J. D.; Kiemer, L.; Fausbøll, A.; Brunak, S. Microbiology 2005, 5, 58-70.
24. Bunai, K.; Yamane, K. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2005, 815, 227-236.
25. Hookeun, L.; Yi, E. C.; Wen, B.; Reily, T. P.; Pohl, L.; Nelson, S.; Aebersold, R.; Goodlett, D. R. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2004, 803, 101-110.
26. Washburn, M. P.; Yates, J. R., III. Curr. Opin. Microbiol. 2000, 3, 292-297.
27. Chong, P. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2005, 4, 1789-1798.
28. Zeigler, D. R. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005, 55, 1171-1179.
29. Marty-Mazars, D.; Horiuchi, S.; Tai, P. C.; Davis, B. D. J. Bacteriol. 1983, 154, 1381-1388.
30. Empadinhas, N.; Albuquerque, L.; Costa, J.; Zinder, S. H.; Santos, M. A. S.; Santos, H.; da Costa, M. S. J. Bacteriol. 2004, 186, 4075-4084.
31. Lamosa, P.; Martins, L. O.; da Costa, M. S.; Santos, H. Appl. Environ. Microbiol. 1998, 64, 3591-3598.
32. Tjalsma, H.; Bolhuis, A.; Jongbloed, J. D. H.; Bron, S.; van Dijl, J. M. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000, 64, 515-547.
33. Desvaux, M.; Dumas, E.; Chafsey, I.; Hebraud, M. FEMS Microbiol. Lett. 2006, 256, 1-15.
34. Tjalsma, H.; Antelmann, H.; Jongbloed, J. D. H.; Braun, P. G.; Darmon, E.; Dorenbos, R.; Dubois, J-Y. F.; Westers, H.; Zanen, G.; Quax, W. J.; Kuipers, O. P.; Bron, S.; Hecker, M.; van Dijl, J. M. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004, 68, 207-233.
35. Dashper, S. G.; Butler, C. A.; Lissel, J. P.; Paolini, R. A.; Hoffman, B.; Veith, P. D.; O'Brien-Simpson, N. M.; Snelgrove, S. L.; Tsiros, J. T.; Reynolds, E. C. J. Biol. Chem. 2005, 200, 28095-28102.
36. Lewis, K. Trends Biochem Sci. 1994, 19, 119-123.