Tuning the rate and pH accessibility of a conformational electron transfer gate

Inorganic Chemistry

Volumn 45, Issue 16, 2006, Pages 6338-6346

  Baddam, Saritha ^a   Bowler, Bruce E ^a  

^a UNIVERSITY OF DENVER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYC1 PROTEIN, S CEREVISIAE; CYTOCHROME C; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEIN;

AMINO ACID SUBSTITUTION; ARTICLE; CHEMISTRY; ELECTRON TRANSPORT; GENETICS; KINETICS; PH; PHYSIOLOGY; PROTEIN CONFORMATION;

AMINO ACID SUBSTITUTION; CYTOCHROMES C; ELECTRON TRANSPORT; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; KINETICS; PROTEIN CONFORMATION; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS;

EID: 33748271734     PISSN: 00201669     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic0603712     Document Type: Article

References (62)

1. Gray, H. B.; Winkler, J. R. Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 341-372.
2. Gray, H. B.; Winkler, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3534-3539.
3. (a) Davidson, V. L. Biochemistry 2002, 34, 14633-14636.
4. (b) Davidson, V. L. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 87-93.
5. Jeuken, L. J. C. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1604, 67-76.
6. (a) Blazyk, J. L.; Gassner, G. T.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17364-17376.
7. (b) Hoffman, B. M.; Celis, L. M.; Cull, D. A.; Patel, A. D.; Seifert, J. L.; Wheeler, K. E.; Wang, J.; Yao, J.; Kurnikov, I. V.; Nocek, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3564-3569.
8. (c) Di Bilio, A. J.; Dennison, C.; Gray, H. B.; Ramirez, B. E.; Sykes, A. G.; Winkler, J. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7551-7556.
9. (d) Kostić, N. M.; Ivkoviæ-Jensen, M. M. Biochemistry 1997, 36, 8135-8144.
10. (e) Mei, H.; Wang, K.; Peffer, N.; Weatherly, G.; Cohen D. S.; Miller, M.; Pielak, G.; Durham, B.; Millet, F. Biochemistry 1999, 38, 6846-6854.
11. (a) Chi, Q.; Farver, O.; Ulstrup, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16203-16208.
12. (b) Fujita, K.; Nakamura, N.; Ohno, H.; Leigh, B. S.; Niki, K.; Gray, H. B.; Richards, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13954-13961.
13. (c) Avila, A.; Gregory, B. W.; Niki, K.; Cotton, T. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 2759-2766.
14. (a) Rorabacher, D. B. Chem. Rev. 2004, 104, 651-697.
15. (b) Meagher, N. E.; Juntunen, K. L.; Salhi, C. A.; Ochrymowycz, L. A.; Rorabacher, D. B. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10411-10420.
16. (c) Wijetunge, P.; Kulatilleke, C. P.; Dressel, L. T.; Heeg, M. J.; Ochrymowycz, L. A.; Rorabacher, D. B. Inorg. Chem. 2000, 39, 2897-2905.
17. Baddam, S.; Bowler, B. E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9702-9703.
18. (a) Greenwood, C.; Palmer, G. J. Biol. Chem. 1965, 240, 3660-3663.
19. (b) Wilson, M. T.; Greenwood, C. Eur. J. Biochem. 1971, 22, 11-18.
20. (c) Hodges, H. L.; Holwerda, R. A.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 3132-3137.
21. (a) Rosell, F. I.; Ferrer, J. C.; Mauk, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11234-11245.
22. (b) Barker, P. D.; Mauk, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3619-3624.
23. (a) Raphael, A. L.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1038-1040.
24. (b) Feinberg, B. A.; Liu, X.; Ryan, M. D.; Schejter, A.; Zhang, C.; Margoliash, E. Biochemistry 1998, 37, 13091-13101.
25. Berghuis, A. M.; Brayer, G. D. J. Mol. Biol. 1992, 223, 959-976.
26. (a) Döpner, S.; Hildebrant, P.; Rosell, F. I.; Mauk, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11246-11255.
27. (b) Döpner, S.; Hildebrant, P.; Rosell, F. I.; Mauk, A. G.; von Walter, M.; Buse, G.; Soulimane, T. Eur. J. Biochem. 1999, 261, 379-391.
28. Moore, G. R.; Pettigrew, G. W. Cytochrome c: Evolutionary, Structural and Physicochemical Aspects; Springer-Verlag: New York, 1990; pp 184-196.
29. (a) Bai, Y.; Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Englander, S. W. Science 1995, 269, 192-197.
30. (b) Krishna, M. M. G.; Lin, Y.; Rumbley, J. N.; Englander, S. W. J. Mol. Biol. 2003, 331, 29-36.
31. Hoang, L.; Maity, H.; Krishna, M. M. G.; Lin, Y.; Englander, S. W. J. Mol. Biol. 2003, 331, 37-43.
32. Assfalg, M.; Bertini, I.; Dolfi, A.; Turano, P.; Mauk, A. G.; Rosell, F. I.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2913-2922.
33. (a) Godbole, S.; Dong, A.; Garbin, K.; Bowler, B. E. Biochemistry 1997, 36, 119-126.
34. (b) Godbole, S.; Bowler, B. E. Biochemistry 1999, 38, 487-495.
35. (c) Nelson, C. J.; Bowler, B. E. Biochemistry 2000, 39, 13584-13594.
36. (d) Kristinsson, R.; Bowler, B. E. Biochemistry 2005, 44, 2349-2359.
37. Hickey, D. R.; Berghuis, A. M.; Lafond, G.; Jaeger, J. A.; Cardillo, T. S.; McLendon, D.; Das, G.; Sherman, F.; Brayer, G. D.; McLendon, G. J. Biol. Chem. 1991, 266, 11686-11694.
38. Baddam, S.; Bowler, B. E. Biochemistry 2006, 45, 4611-4619.
39. Martinez, R. E.; Bowler, B. E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6751-6758.
40. Alber, T.; Dao-pin, J. A.; Muchmore, D. C.; Matthews, B. W. Biochemistry 1987, 26, 3754-3758.
41. Baddam, S.; Bowler, B. E. Biochemistry 2005, 44, 14956-15968.
42. Fergusson, J. E.; Love, J. L. Inorg. Synth. 1972, 13, 208-213.
43. Allen, A. D.; Senoff, C. V. Can. J. Chem. 1966, 45, 1337-1341.
44. Ramsey, R. R.; Koerber, S. C.; Singer, T. P. Biochemistry 1987, 26, 3045-3050.
45. Tonomura, B.; Nakatani, H.; Ohnishi, M.; Yamaguchi-Ito, J.; Hiromi, K. Anal. Biochem. 1978, 84, 370-383.
46. (a) Hoffman, B. M.; Ratner, M. A.; Wallin, S. A. In Adv. Chem. Ser.; Johnson, M. K., King, R. B., Kurtz, D. M., Jr., Kutal, C., Norton, M. L., Scott, R. A., Eds.; American Chemical Society, Washington, D. C., 1990; Vol. 226, pp 125-146.
47. (b) Brunschwig, B. S.; Sutin, N. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 7454-7465.
48. Wherland, S.; Gray, H. B. In Biological Aspects of Inorganic Chemistry; Addison, A. W., Cullen, W. R., Dolphin, D., James, B. R., Eds.; Wiley: New York, 1977; pp 289-368.
49. Baddam, S. M.S. Thesis, University of Denver, 2005.
50. (a) Wandschneider, E.; Hammack, B. N.; Bowler, B. E. Biochemistry 2003, 42, 10659-10666.
51. (b) Redzic, J. S.; Bowler, B. E. Biochemistry 2005, 44, 2900-2908.
52. Pearce, L. L.; Gärtner, A. L.; Smith, M.; Mauk, A. G. Biochemistry 1989, 28, 3152-3156.
53. (a) Bowler, B. E.; Raphael, A. L.; Gray, H. B. Prog. Inorg. Chem. 1990, 38, 259-322.
54. (b) Cusanovich, M. A.; Tollin, G. In Cytochrome c: A Multidiscplinary Approach; Scott, R. A., Mauk, A. G., Eds.; University Science Books: Sausalito, CA, 1996; pp 489-513.
55. Ferrer, J. C.; Guillemette, J. G.; Bogumil, R.; Inglis, S. C.; Smith, M.; Mauk, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 7507-7508.
56. Margoliash, E.; Bosshard, H. R. Trends Biochem. Sci. 1983, 8, 316-320.
57. (a) Ahmed, A. J.; Millet, F. J. Biol. Chem. 1981, 256, 1611-1615.
58. (b) Butler, J.; Davies, D. M.; Sykes, A. G.; Koppenol, W. H.; Osherhoff, N.; Margoliash, E. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 469-471.
59. (c) Butler, J.; Chapman, S. K.; Davies, D. M.; Sykes, A. G.; Speck, S. H.; Osherhoff, N.; Margoliash, E. J. Biol. Chem. 1983, 258, 6400-6404.
60. (d) Drake, P. L.; Hartshorn, R. T.; McGinnis, J.; Sykes, A. G. Inorg. Chem. 1989, 28, 1361-1366.
61. (e) Speh, S.; Elias, H. J. Biol. Chem. 1994, 269, 6370-6375.
62. (f) Cheddar, G.; Meyer, T. E.; Cusanovich, M. A.; Stout, C. D.; Tollin, G. Biochemistry 1989, 28, 6318-6322.