A profile of current methods for DNA methylation analysis

Current Analytical Chemistry

Volumn 2, Issue 3, 2006, Pages 309-322

  Hou, Peng ^a   Ji, Meiju ^a   Chen, Zaozao ^a   Lu, Zuhong ^a  

^a SOUTHEAST UNIVERSITY   (China)

Author keywords

DNA methylation; Epigenetic; Gene expression; Nonspecific methylation analysis; Specific methylation analysis

Indexed keywords

ALKYLATION; DNA; MAMMALS; METHYLATION;

'CURRENT; DNA METHYLATION; DNA METHYLATION ANALYSIS; EPIGENETIC MODIFICATION; EPIGENETICS; GENES EXPRESSION; METHYLATION ANALYSIS; NONSPECIFIC METHYLATION ANALYSE; SPECIFIC METHYLATION ANALYSE;

GENE EXPRESSION;

EID: 33745913933     PISSN: 15734110     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/157341106777698198     Document Type: Review

References (86)

1. Bestor, T.H.; Coxon, A. Curr. Biol., 1993, 3, 384.
2. Chiang, P.K.; Gordon, R.K.; Tal, J.; Zeng, G.C.; Doctor, B.P.; Pardhasaradhi, K.; McCann, P.P. FASEB J, 1996, 10, 471.
3. Christman, J.K. Anal. Biochem., 1982, 119, 38.
4. Okano, M.; Xie, S.; Li, E. Nat. Genet., 1998, 19, 219.
5. Bestor, T.H.; Laudano, A.; Mattaliano, R.; Ingram, V. J. Mol. Biol., 1988, 203, 971.
6. Bestor, T.H. Hum. Mol. Genet., 2000, 9, 2395.
7. Ramsahoye, B.H.; Biniszkiewicz, D.; Lyko, F.; Clark, V.; Bird, A.P.; Jaenisch, R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 5237.
8. Chan, M.F.; van Amerongen, R.; Nijjar, T.; Cuppen, E.; Jones, P.A.; Laird, P.W. Mol. Cell. Biol., 2001, 21, 7587.
9. Sved, J.; Bird, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1990, 87, 4692.
10. Robertson, K.D.; Wolffe, A.P. Nat. Rev. Genet., 2000, 1, 11.
11. Ordway, J.M.; Curran, T. Cell. Growth Differ., 2002, 13, 149.
12. Li, E. Nat. Rev. Genet., 2002, 3, 662.
13. Wade, P.A. Oncogene, 2001, 20, 3166.
14. Robertson, K.D. Oncogene, 2002, 21, 5361.
15. Grigg, G.; Clark, S. Bioessays, 1994, 16, 431.
16. Rein, T.; DePamphilis, M.L.; Zorbas, H. Nucleic Acids Res ., 1998, 26, 2255.
17. Saluz, H.; Jost, J.P. EXS, 1993, 64, 11.
18. Esteller, M.; Fraga, M.F.; Guo, M.; Garcia-Foncillas, J.; Hedenfalk, I.; Godwin, A.K.; Trojan, J.; Vaurs-Barriere, C.; Bignon, Y.J.; Ramus, S.; Benitez, J.; Caldes, T.; Akiyama, Y.; Yuasa, Y.; Launonen, V.; Canal, M.J.; Rodriguez, R.; Capella, G.; Peinado, M.A.; Borg, A.; Aaltonen, L.A.; Ponder, B.A.; Baylin, S.B.; Herman, J.G. Hum. Mol. Genet., 2001, 10, 3001.
19. Piyathilake, C.J.; Frost, A.R.; Bell, W.C.; Oelschlager, D.; Weiss, H.; Johanning, G.L.; Niveleau, A.; Heimburger, D.C.; Grizzle, W.E. Hum. Pathol., 2001, 32, 856.
20. Fraga, M.F.; Rodriguez, R.; Canal, M.J. Electrophoresis, 2000, 21, 2990.
21. Jones, P.L.; Wolffe, A.P. Semin. Cancer Biol., 1999, 9, 339.
22. Kuo, K.C.; McCune, R.A.; Gehrke, C.W.; Midgett, R.; Ehrlich, M. Nucleic Acids Res., 1980, 8, 4763.
23. Gomes, J.D.; Chang, C.J. Anal. Biochem., 1983, 129, 387.
24. Norwood, C.B.; Jackim, E.; Cheer, S. Anal. Biochem ., 1993, 213, 194.
25. Fraga, M.F.; Rodriguez, R.; Canal, M.J. Electrophoresis, 2000, 21, 2990.
26. Schmitt, F.; Oakeley, E.J.; Jost, J.P. J. Biol. Chem., 1997, 272, 1534.
27. Wu, J.; Issa, J.P.; Herman, J.; Bassett DE, Jr.; Nelkin, B.D.; Baylin, S.B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1993, 90, 8891.
28. Oakeley, E.J.; Schmitt, F.; Jost, J.P. Biotechniques, 1999, 27, 744.
29. Frommer, M.; McDonald, L.E.; Millar, D.S.; Collis, C.M.; Watt, F.; Grigg, G.W.; Molloy, P.L.; Paul, C.L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 1827.
30. Oakeley, E.J.; Podesta, A.; Jost, J.P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 11721.
31. Bird, A.P.; Southern, E.M. J. Mol. Biol., 1978, 118, 27.
32. Waalwijk, C.; Flavell, R.A. Nucleic Acids Res., 1978, 5, 4631.
33. Singer-Sam, J.; Grant, M.; LeBon, J.M.; Okuyama, K.; Chapman, V.; Monk, M.; Riggs, A.D. Mol. Cell. Biol., 1990, 10, 4987.
34. Maxam, A.M.; Gilbert, W. Methods Enzymol., 1980, 65, 499.
35. Pfeifer, G.P.; Steigerwald, S.D.; Mueller, P.R.; Wold, B.; Riggs, A.D. Science, 1989, 246, 810.
36. Fritzsche, E.; Hayatsu, H.; Igloi, G.L.; Iida, S.; Kossel, H. Nucleic Acids Res., 1987, 15, 5517.
37. Rubin, C.M.; Schmid, C.W. Nucleic Acids Res., 1980, 8, 4613.
38. Grange, T.; Bertrand, E.; Espinas, M.L.; Fromont-Racine, M.; Rigaud, G.; Roux, J.; Pictet, R. Methods, 1997, 11, 151.
39. Mueller, P.R.; Wold, B. Science, 1989, 246, 780.
40. Herman, J.G.; Graff, J.R.; Myohanen, S.; Nelkin, B.D.; Baylin, S.B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 9821.
41. Gonzalgo, M.L.; Jones, P.A. Nucleic Acids Res., 1997, 25, 2529.
42. Rein, T.; DePamphilis, M.L.; Zorbas, H. Nucleic Acids Res ., 1998, 26, 2255.
43. Esteller, M.; Sparks, A.; Toyota, M.; Sanchez-Cespedes, M.; Capella, G.; Peinado, M.A.; Gonzalez, S.; Tarafa, G.; Sidransky, D.; Meltzer, S.J.; Baylin, S.B.; Herman, J.G. Cancer Res., 2000, 60, 4366.
44. Stirzaker, C.; Millar, D.S.; Paul, C.L.; Warnecke, P.M.; Harrison, J.; Vincent, P.C.; Frommer, M.; Clark, S.J. Cancer Res., 1997, 57, 2229.
45. Xiong, Z.; Laird, P.W. Nucleic Acids Res., 1997, 25, 2532.
46. Bianco, T.; Hussey, D.; Dobrovic, A. Hum. Mutat., 1999, 14, 289.
47. Abrams, E.S.; Stanton VP, Jr. Methods Enzymol., 1992, 212, 71.
48. Aggerholm, A.; Guldberg, P.; Hokland, M.; Hokland, P. Cancer Res., 1999, 59, 436.
49. Worm, J.; Aggerholm, A.; Guldberg, P. Clin. Chem., 2001, 47, 1183.
50. Eads, C.A.; Danenberg, K.D.; Kawakami, K.; Saltz, L.B.; Blake, C.; Shibata, D.; Danenberg, P.V.; Laird, P.W. Nucleic Acids Res., 2000, 28, e32.
51. Xiao, W.; Oefner, P.J. Hum. Mutat., 2001, 17, 439.
52. Deng, D.; Deng, G.; Zhou, J.; Xin, H. Chin. J. Cancer Res., 2000, 12, 171.
53. Baumer, A.; Wiedemann, U.; Hergersberg, M.; Schinzel, A. Hum. Mutat., 2001, 17, 423.
54. Millan, K.M.; Mikkelsen, S.R. Anal. Chem., 1993, 65, 2317.
55. Wang, J. Nucleic Acids Res., 2000, 28, 3011.
56. Wang, J. Anal. chem.,. 1999, 71, 328R.
57. Palecek, E.; Fojta, M. Anal. Chem., 2001, 73, 74A.
58. Kerman, K.; Ozkan, D.; Kara, P.; Meric, B.; Gooding, J.J.; Ozsoz, M. Anal. Chim. Acta, 2002, 462, 39.
59. Hou, P.; Ji, M.J.; Ge, C.W.; Shen, J.Y.; Li, S.; He, N.Y.; Lu, Z.H. Nucleic Acids Res., 2003, 31, e92.
60. Ahrendt, S.A.; Halachmi, S.; Chow, J.T.; Wu, L.; Halachmi, N.; Yang, S.C.; Wehage, S.; Jen, J.; Sidransky, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1999, 96, 7382.
61. Favis, R.; Barany, F. Ann. NY. Acad. Sci., 2000, 906, 39.
62. Wen, W.H.; Bernstein, L.; Lescallett, J.; Beazer-Barclay, Y.; Sullivan-Halley, J.; White, M.; Press, M.F. Cancer Res., 2000, 60, 2716.
63. Ji, M.J.; Hou, P.; Li, S.; He, N.Y.; Lu, Z.H. Mutat. Res., 2004, 548, 97.
64. Hou, P.; Ji, M.J.; Lu, Z.H. Clin. Chem., 2004, 50, 1955.
65. Hacia, J.G. Nat. Genet., 1999, 21, 42.
66. Gitan, R.S.; Shi, H.; Chen, C.M.; Yan, P.S.; Huang, T.H. Genome Res., 2002, 12, 158.
67. Adorjan, P.; Distler, J.; Lipscher, E.; Model, F.; Muller, J.; Pelet, C.; Braun, A.; Florl, A.R.; Gutig, D.; Grabs, G.; Howe, A.; Kursar, M.; Lesche, R.; Leu, E.; Lewin, A.; Maier, S.; Muller, V.; Otto, T.; Scholz, C.; Schulz, W.A.; Seifert, H.H.; Schwope, I.; Ziebarth, H.; Berlin, K.; Piepenbrock, C.; Olek, A. Nucleic Acids Res ., 2002, 30, e21.
68. Hou, P.; Ji, M.J.; Liu, Z.C.; Shen, J.Y.; Cheng, L.; He, N.Y.; Lu, Z.H. Clin. Biochem., 2003, 36, 197.
69. Hou, P.; Shen, J.Y.; Ji, M.J.; He, N.Y.; Lu, Z.H. World J. Gastroenterol., 2004, 10, 3553.
70. Hou, P.; Ji, M.J.; Li, S.; He, N.Y.; Lu, Z.H. J. Biochem. Biophys. Methods, 2004, 60, 139.
71. Ji, M.J.; Hou, P.; Li, S.; He, N.Y.; Lu, Z.H. Clin. Chim. Acta, 2004, 342, 145.
72. Hatada, I.; Hayashizaki, Y.; Hirotsune, S.; Komatsubara, H.; Mukai, T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1991, 88, 9523.
73. Lindsay, S.; Bird, A.P. Nature, 1987, 327, 336.
74. Toyota, M.; Ho, C.; Ahuja, N.; Jair, K.W.; Li, Q.; Ohe-Toyota, M.; Baylin, S.B.; Issa, J.P. Cancer Res., 1999, 59, 2307.
75. Lisitsyn, N.; Lisitsyn, N.; Wigler, M. Science, 1993, 259, 946.
76. Gonzalgo, M.L.; Liang, G.; Spruck, C.H.; Zingg, J.M.; Rideout, W.M.; Jones, P.A. Cancer Res., 1997, 57, 594.
77. Benton, W.D.; Davis, R.W. Science, 1977, 196, 180.
78. Hara, E.; Kato, T.; Nakada, S.; Sekiya, S.; Oda, K. Nucleic Acids Res., 1991, 19, 7097.
79. LaRosa, G.J.; Gudas, L.J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, 85, 329.
80. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R.W.; Brown, P.O. Science, 1995, 270, 467.
81. Ramsay, G. Nat. Biotechnol., 1998, 16, 40.
82. Huang, T.H.; Perry, M.R.; Laux, D.E. Hum. Mol. Genet., 1999, 8, 459.
83. Tost, J.; Schatz, P.; Schuster, M.; Berlin, K.; Gut, I.G. Nucleic Acids Res., 2003, 31, e50.
84. Dupont, J.M.; Tost, J.; Jammes, H.; Gut, I.G. Anal. Biochem., 2004, 333, 119.
85. Suzuki, H.; Gabrielson, E.; Chen, W.; Anbazhagan, R.; van Engeland, M.; Weijenberg, M.P.; Herman, J.G.; Baylin, S.B. Nat. Gent., 2002, 31, 141.
86. Sato, N.; Fukushima, N.; Maitra, A.; Matsubayashi, H.; Yeo, C.J.; Cameron, J.L.; Hruban, R.H.; Goggins, M. Cancer Res., 2003, 63, 3735.