Leucine-rich repeats (LRRs): Structure, function, evolution and interaction with ligands

Drug Design Reviews Online

Volumn 2, Issue 4, 2005, Pages 305-322

  Matsushima, Norio ^a   Enkhbayar, Purevjav ^a,b,c   Kamiya, Masakatsu ^a,c   Osaki, Mitsuru ^c   Kretsinger, Robert H ^d  

^a SAPPORO MEDICAL UNIVERSITY   (Japan)

^b NATIONAL UNIVERSITY OF MONGOLIA   (Mongolia)

^c HOKKAIDO UNIVERSITY   (Japan)

^d UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

Author keywords

Evolution; Geometric parameters; Leucine rich repeats (LRRs); Ligand interaction; LRR super motif

Indexed keywords

AMINO ACID; ANGIOGENIN; BACTERIAL PROTEIN; CHEMOTACTIC FACTOR; DECORIN; ENZYME INHIBITOR; GLYCOPROTEIN; GLYCOPROTEIN IB ALPHA; HORMONE RECEPTOR; LEUCINE; LIGAND; MYELIN; NOGO 66 RECEPTOR; POLYGALACTURONASE; PROLINE DERIVATIVE; PROTEIN NOGO; PROTEOGLYCAN; RIBONUCLEASE; RIBONUCLEASE A; RNA; S PHASE KINASE ASSOCIATED PROTEIN 2; SMALL NUCLEAR RNA; THROMBIN; TOLL LIKE RECEPTOR; TROPOMODULIN; VON WILLEBRAND FACTOR;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ANIMAL; ANTIMICROBIAL ACTIVITY; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; EVOLUTION; GEOMETRY; HYDROPHOBICITY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; OLIGODENDROGLIA; PARAMETER; PLANT; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FOLDING; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN MOTIF; PROTEIN STRUCTURE; REVIEW; ROTATION;

EID: 23944518472     PISSN: 15672697     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1567269054087613     Document Type: Review

References (190)

1. Takahashi, N.; Takahashi, Y.; Putnam, F.W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1985, 82, 1906.
2. O'Donnell, L.C.; Druhan, L.J.; Avalos, B.R. J. Leukoc. Biol., 2002, 72, 478.
3. Kajava, A.V.; Vassart, G.; Wodak, S.J. Structure, 1995, 3, 867.
4. Ohyanagi, T.; Matsushima, N. FASEB J., 1997, 11, A949.
5. Kajava, A.V. J. Mol. Biol., 1998, 277, 519.
6. Hofsteenge, J.; Kieffer, B.; Matthies, R.; Hemmings, B.A.; Stone, S.R. Biochemistry, 1988, 27, 8537.
7. Lee, F.S.; Fox, E.A.; Zhou, H.M.; Strydom, D.J.; Vallee, B.L. Biochemistry, 1988, 27, 8545.
8. Schneider, R.; Schneider-Scherzer, E.; Thurnher, M.; Auer, B.; Schweiger, M. EMBO J., 1988, 7, 4151.
9. Matsushima, N.; Ohyanagi, T.; Tanaka, T.; Kretsinger, R.H. Proteins, 2000, 38, 210.
10. Kobe, B.; Deisenhofer, J. Curr. Opin. Struct. Biol., 1995, 5, 409.
11. Enkhbayar, P.; Kamiya, M.; Osaki, M.; Matsumoto, T.; Matsushima, N. Proteins, 2004, 54, 394.
12. Kobe, B.; Deisenhofer, J. Trends Biochem. Sci., 1994, 19, 415.
13. Kobe, B.; Deisenhofer, J. Curr. Opin. Struct. Biol., 1995, 5, 409.
14. Kobe, B.; Kajava, A.V. Curr. Opin. Struct. Biol., 2001
15. Kajava, A.V.; Kobe, B. Protein Sci., 2002, 11, 1082.
16. Shevchenko, D.V.; Akins, D.R.; Robinson, E.; Li, M., Popova, T.G.; Cox, D.L.; Radolf, J.D. J. Bacteriol., 1997, 179, 3188.
17. Sharma, A.; Sojar, H.T.; Glurich, I.; Honma, K.; Kuramitsu, H.K.; Genco, R.J. Infect. Immun., 1998, 66, 5703.
18. Kobe, B.; Deisenhofer, J. Nature, 1995, 374, 183.
19. Papageorgiou, A.C.; Shapiro, R.; Acharya, K.R. EMBO J., 1997, 16, 5162.
20. th.; Wittinghofer, A.; Becker, J. Mol. Cell, 1999, 3, 781.
21. Seewald, M.J.; Korner, C.; Wittinghofer, A.; Vetter, I.R. Nature, 2002, 415, 662.
22. Krieger, I.; Kostyukova, A.; Yamashita, A.; Nitanai, Y.; Maeda, Y. Biophys. J., 2002, 83, 2716.
23. Ding, H.; Qiu, S.; Bunzel, R.J.; Luo, D.; Arabashi, A.; Lu, S.; Symersky, J.; Nagy, L.A.; DeLucas, L.J.; Li, S.; Luo, M. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr., 2003, 59, 1106.
24. Schulman, B.A.; Carrano, A.C.; Jeffrey, P.D.; Bowen, Z.; Kinnucan, E.R.; Finnin, M.S.; Elledge, S.J.; Harper, J.W.; Pagano, M.; Pavletich, N.P. Nature, 2000, 408, 381.
25. Evdokimov, A.G.; Anderson, D.E.; Routzahn, K.M. J. Mol. Biol., 2001, 312, 807.
26. Zheng, N.; Schulman, B.A.; Song, L.; Miller, J.J.; Jeffrey, P.D.; Wang, P.; Chu, C.; Koepp, D.M.; Elledge, S.J.; Pagano, M.; Conaway, R.C.; Conaway, J.W.; Harper, J.W.; Pavletich, N.P. Nature, 2002, 416, 703.
27. Marino, M.; Braun, L.; Cossart, P.; Ghosh, P. Mol. Cell, 1999, 4, 1063.
28. Marino, M.; Banerjee, M.; Copp, J.; Dramsi, S.; Chapman, T.; van der Geer, P.; Cossart, P.; Ghosh, P. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, 316, 379.
29. Schubert, W.D.; Gobel, G.; Diepholz, M.; Darji, A.; Kloer, D.; Hain, T.; Chakraborty, T.; Wehland, J.; Domann, E.; Heinz, D.W. J. Mol. Biol., 2001, 312, 783.
30. Schubert, W.D.; Urbanke, C.; Ziehm, T.; Beier, V.; Machner, M.P.; Domann, E.; Wehland, J.; Chakraborty, T.; Heinz, D.W. Cell, 2002, 111, 825.
31. Price, S.R.; Evans, P.P.; Nagai, K. Nature, 1998, 394, 645.
32. Liker, E.; Fernandez, E.; Izaurralde, E.; Conti, E. EMBO J., 2000, 19, 5587.
33. Ho, D.N.; Coburn, G.A.; Kang, Y.; Cullen, B.R.; Georgiadis, M.M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 1888.
34. Zhang, H.; Seabra, M.C.; Deisenhofer, J. C. Struct. Fold , 2000, 8, 241.
35. Wu, H.; Maciejewski, M.W.; Marintchev, A.; Benashski, S.E.; Mullen, G.P.; King, S.M. Nat. Struct. Biol., 2000, 7, 575.
36. Wu, H.; Blackledge, M.; Maciejewski, M.W.; Mullen, G.P.; King, S.M. Biochemistry, 2003, 42, 57.
37. di Matteo, A.; Federici, L.; Mattei, B.; Salvi, G.; Johnson, K.A.; Savino, C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 10124.
38. He, X.L.; Bazan, J.F.; McDermott, G.; Park, J.B.; Wang, K.; Tessier-Lavigne. M.; He, Z.; Garcia, K.C. Neuron, 2003, 38, 177.
39. Barton, W.A.; Liu, B.P.; Tzvetkova, D.; Jeffrey, P.D.; Fournier, A.E.; Sah, D.; Cate, R. EMBO J., 2003, 22, 3291.
40. Uff, S.; Clemetson, J.M.; Harrison, T.; Clemetson, K.J.; Emsley, J. J. Biol. Chem., 2002, 277, 35657.
41. Huizinga, E.G.; Tsuji, S.; Romijn, R.A.; Schiphorst, M.E.; de Groot, P.G.; Sixma, J.J.; Gros, P. Science, 2002, 297, 1176.
42. Dumas, J.J.; Kumar, R.; Seehra, J.; Somers, W.S.; Mosyak, L. Science, 2003, 301, 222.
43. Celikel, R.; McClintock, R.A.; Roberts, J.R.; Mendolicchio, G.L.; Ware, J.; Varughese, K.I.; Ruggeri, Z.M. Science, 2003, 301, 218.
44. Varughese, K.I.; Ruggeri, Z.M.; Celikel, R. Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr., 2004, 60, 405.
45. Dumas, J.J.; Kumar, R.; McDonagh, T.; Sullivan, F.; Stahl, M.L.; Somers, W.S.; Mosyak, L. J. Biol. Chem., 2004, 279, 23327.
46. Scott, P.G.; McEwan, P.A.; Dodd, C.M.; Bergmann, E.M.; Bishop, P.N.; Bella. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 15633.
47. Scott, P.G.; Grossmann, J.G.; Dodd, C.M.; Sheehan, J.K.; Bishop, P.N. J. Biol. Chem., 2003, 278, 18353.
48. Murzin, A.G.; Lesk, A.M.; Chothia, C. J. Mol. Biol., 1994, 236, 1369.
49. Murzin, A.G.; Lesk, A.M.; Chothia, C. J. Mol. Biol., 1994, 236, 1382.
50. Lasters, I.; Wodak, S.J.; Alard, P.; van Cutsem, E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, 85, 3338.
51. Janin, J.; Chothia, C. J. Mol. Biol., 1980, 143, 95.
52. Chothia, C.; Janin, J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1981, 74, 4130.
53. Ceulemans, H.; De Maeyer, M.; Stalmans, W.; Bollen, M. FEBS Lett., 1999, 456, 349.
54. Pagano, M. Mol. Cell, 2004, 14, 414. .
55. Jackson, P.K.; Eldridge, A.G. Mol. Cell, 2002, 9, 923.
56. Cornelis, G.R. Int. J. Med. Microbiol., 2002, 291, 455.
57. Cornelis, G.R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 8778.
58. Cornelis, G.R.; Boland, A.; Boyd, A.P.; Geuijen, C.; Iriarte, M.; Neyt, C.; Sory, M.P.; Stainier, I. Microbiol. Mol. Biol. Rev., 1998, 62,1315.
59. Pizarro-Cerda, J.; Sousa, S.; Cossart, P. C. R. Biol., 2004, 327, 115.
60. Boyle, E.C.; Finlay, B.B. Curr. Opin. Cell Biol., 2003, 15, 633.
61. Cossart, P.; Pizarro-Cerda, J.; Lecuit, M. I. Trends Cell Biol., 2003, 13, 23-31.
62. Hauck, C.R. Med. Microbiol. Immunol (Berl)., 2002, 191, 55.
63. Kreft, J.; Vazquez-Boland, J.A.; Altrock, S.; Dominguez-Bernal, G.; Goebel, W. Curr. Top. Microbiol. Immunol., 2002, 264, 109.
64. Cabanes, D.; Dehoux, P.; Dussurget, O.; Frangeul, L.; Cossart, P. Trends Microbiol., 2002, 10, 238.
65. Cossart, P. Int. J. Med. Microbiol., 2002, 291, 401.
66. D'Ovidio, R.; Mattei, B.; Roberti, S.; Bellincampi, D. Biochim. Biophys. Acta, 2004, 1696, 237.
67. de Lorenzo, G.; Ferrari, S. Curr. Opin. Plant. Biol., 2002, 5, 295.
68. De Lorenzo, G.; D'Ovidio, R.; Cervone, F. Annu. Rev. Phytopathol., 2001, 39, 313.
69. Hunt, D.; Coffin, R.S.; Anderson, P.N. J. Neurocytol., 2002, 31, 93.
70. McGee, A.W.; Strittmatter, S.M. Trends Neurosci., 2003, 26, 193.
71. Fournier, A.E.; GrandPre, T.; Gould, G.; Wang, X.; Strittmatter, S.M. Prog. Brain Res., 2002, 137, 361.
72. McKerracher, L.; Winton, M.J. Neuron, 2002, 36, 345.
73. Schwab, M.E. Curr. Opin. Neurobiol., 2004, 14, 118.
74. Lee, D.H.; Strittmatter, S.M.; Sah, D.W. Nat. Rev. Drug. Discov., 2003, 2, 872.
75. Sadler, J.E. Science, 2002, 297, 1128.
76. Sadler, J.E. Science, 2003, 301, 177.
77. Kresse, H.; Hausser, H.; Schonherr, E. Experientia, 1993, 49, 403.
78. Kresse, H.; Hausser, H.; Schonherr, E. EXS, 1994, 70, 73.
79. Iozzo, R.V.; Murdoch, A.D. FASEB J., 1996, 10, 598.
80. Iozzo, RV. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol., 1997, 32, 141.
81. Iozzo, R.V. J. Biol. Chem., 1999, 274, 18843.
82. Hocking, A.M.; Shinomura, T.; McQuillan, D.J. Matrix. Biol., 1998, 17, 1.
83. Kobe, B.; Deisenhofer, J. J. Mol. Biol., 1996, 264, 1028.
84. Baglia, F.A.; Shrimpton, C.N.; Emsley, J.; Kitagawa, K.; Ruggeri, Z.M.; Lopez, J.A.; Walsh, P.N. J. Biol. Chem., 2004, 279, 49323.
85. Farid, N.R.; Szkudlinski, M.W. Endocrinology, 2004, 145, 4048. .
86. Vassart, G.; Pardo, L.; Costagliola, S. Trends Biochem. Sci., 2004, 29, 119.
87. Jiang, X.; Dreano, M.; Buckler, D.R.; Cheng, S.; Ythier, A.; Wu, H.; Hendrickson, W.A.; el Tayar, N. Structure, 1995, 3, 1341.
88. Bhowmick, N.; Huang, J.; Puett, D.; Isaacs, N.W.; Lapthorn, A.J. Mol. Endocrinol., 1996, 10, 1147.
89. Fralish, G.B.; Dattilo, B.; Puett, D. Mol. Endocrinol., 2003, 17, 1192.
90. Moyle, W.R.; Campbell, R.K.; Rao, S.N.; Ayad, N.G.; Bernard, M.P.; Han, Y.; Wang, Y. J. Biol. Chem., 1995, 270, 20020.
91. Remy, J.J.; Couture, L.; Pantel, J.; Haertle, T.; Rabesona, H.; Bozon, V.; Pajot-Augy, E.; Robert, P.; Troalen, F.; Salesse, R.; Bidart, J.M. Mol. Cell. Endocrinol., 1996, 125, 79.
92. Smits, G.; Campillo, M.; Govaerts, C.; Janssens, V.; Richter, C.; Vassart, G.; Pardo, L.; Costagliola, S. EMBO J., 2003, 22, 2692.
93. Moyle, W.R.; Xing, Y.; Lin, W.; Cao, D.; Myers, R.V.; Kerrigan, J.E.; Bernard, M.P. J. Biol. Chem., 2004, 43, 44442.
94. Akira, S.; Yamamoto, M.; Takeda, K. Biochem. Soc. Trans., 2003, 31, 637.
95. Iwasaki, A.; Medzhitov, R. Nat. Immunol., 2004, 5, 987.
96. Mitsuzawa, H.; Wada, I.; Sano, H.; Iwaki, D.; Murakami, S.; Himi, T.; Matsushima, N.; Kuroki, Y. J. Biol. Chem., 2001, 276, 41350.
97. Fujita, M.; Into, T.; Yasuda, M.; Okusawa, T.; Hamahira, S.; Kuroki, Y.; Eto, A.; Nisizawa, T.; Morita, M.; Shibata, K. J. Immunol., 2003, 171, 3675.
98. Mizel, S.B.; West, A.P.; Hantgan, R.R. J. Biol. Chem., 2003, 278, 23624.
99. Lecuit, M.; Dramsi, S.; Gottardi, C.; Fedor-Chaiken, M.; Gumbiner, B.; Cossart, P. EMBO J., 1999, 18, 3956.
100. Lecuit, M.; Vandormael-Pournin, S.; Lefort, J.; Huerre, M.; Gounon, P.; Dupuy, C.; Babinet, C.; Cossart, P. Science, 2001, 292, 1722.
101. Andrade, M.A.; Ponting, C.P.; Gibson, T. J.; Bork, P. J. Mol. Biol., 2000, 298, 521.
102. Meeds, T.; Lockard, E.; Livingston, B.T. J. Mol. Evol., 2001, 53, 180.
103. Lyons, K.M.; Stein, J.H.; Smithies, O. Genetics, 1998, 120, 267.
104. Gibbs, S.; Fijneman, R.; Wiegant, J.; van Kessel, A.G.; van De Putte, P.; Backendorf, C. Genomics., 1993, 16, 630.
105. Lehmann, P. J. Appl. Genet., 2002, 43, 403.
106. Leister, D. Trends Genet., 2004, 20, 116.
107. Hulbert, S.H.; Webb, C.A.; Smith, S.M.; Sun, Q. Annu. Rev. Phytopathol., 2001, 39, 285.
108. Young, N.D. Curr. Opin. Plant Biol., 2000, 3, 285.
109. Ellis, J.; Dodds, P.; Pryor, T. Curr. Opin. Plant. Biol., 2000, 3, 278.
110. Richter, T.E.; Ronald, P.C. Plant Mol. Biol., 2000, 42, 195.
111. Ronald, P.C. Curr. Opin. Plant Biol., 1998, 1, 294.
112. Michelmore, R.W.; Meyers, B.C. Genome Res., 1998, 8, 1113. .
113. Kuang, H.; Woo, S.S.; Meyers, B.C.; Nevo, E.; Michelmore, R.W. Plant Cell, 2004, 16, 2870.
114. Hirt, R.P.; Harriman, N.; Kajava, A.V.; Embley, T.M. Mol. Biochem. Parasitol., 2002 125, 195.
115. Tong, Z.B.; Nelson, L.M.; Dean, J. Mamm. Genome, 2000, 11, 281.
116. Shami, P.J.; Kanai, N.; Wang, L.Y.; Vreeke, T.M.; Parker, C.H. Br. J. Haematol., 2001 112, 138.
117. Haigis, M.C.; Haag, E.S.; Raines, R.T. Mol. Biol. Evol., 2002, 19, 959.
118. Ilyin, G.; Rialland,M.; Glaise, D.; Guguen-Guillouzo, C. FEBS Lett., 1999, 459, 75.
119. Fisher, L.W.; Termine, J.D.; Young, M.F. J. Biol. Chem., 1989, 264, 4571.
120. Fisher, L.W.; Heegaard, A.M.; Vetter, U.; Vogel, W.; Just, W.; Termine, J.D.; Young M.F. J. Biol. Chem., 1991, 266, 14371.
121. Dreher, K.L.; Asundi, V.; Matzura, D.; Cowan, K. Eur. J. Cell Biol., 1990, 53, 296.
122. Neame, P.J.; Choi, H.U.; Rosenberg, L.C. J. Biol. Chem., 1989, 264, 8653.
123. Xu, J.H.; Radhakrishnamurthy, B.; Srinivasan, S.R.; Berenson, G.S. Biochem. Mol. Biol. Int., 1995, 37, 263.
124. Li, W.; Vergnes, J.P.; Cornuet, P. K.; Hassell, J.R. Arch. Biochem. Biophys., 1992, 296, 190.
125. Asundi, V.K.; Dreher, K.L. Eur. J. Cell Biol., 1992, 59, 314.
126. Danielson, K.G.; Fazzio, A.; Cohen, I.; Cannizzaro, L.A.; Eichstetter, I.; Iozzo, R.V. Genomics, 1993, 15, 146.
127. Day, A.A.; McQuillan, C.I.; Termine, J.D.; Young, M.R. Biochem. J., 1987, 248, 801.
128. Abramson, S.R.; Woessner, Jr J.F. Biochim. Biophys. Acta, 1992, 1132, 225.
129. Zhan, Q.; Burrows, R.; Cintron, C. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci., 1995, 36, 206.
130. Kokenyesi, R.; Woessner, Jr. J.F. Biochem. J., 1989, 260, 413.
131. Scholzen, T.; Solursh, M.; Suzuki, S.; Reiter, R.; Morgan, J.L.; Buchberg, A.M.; Siracusa, L.D.; Iozzo, R.V. J. Biol. Chem., 1994, 269, 28270.
132. Lorenzo, P.; Aspberg, A.; Onnerfjord, P.; Bayliss, M.T.; Neame, P.J.; Heinegard, J. Biol. Chem., 2001, 276, 12201.
133. Henry, S.P.; Takanosu. M.; Boyd, T.C.; Mayne, P.M.; Eberspaecher, H.; Zhou, W.; de Crombrugghe, B.; Hook, M.; Mayne, R. J. Biol. Chem., 2001, 276, 12212.
134. Yamada, S.; Murakami, S.; Matoba, R.; Ozawa, Y.; Yokokoji, T.; Nakahira, Y.; Ikezawa, K.; Takayama, S.; Matsubara, K.; Okada, H. Gene, 2001, 275, 279.
135. Strausberg, R.L.; Feingold, E.A.; Grouse, L.H.; Derge, J.G.; Klausner, R.D.; Collins, F.S.; Wagner, L.; Shenmen, C.M.; Schuler, G.D.; Altschul, S.F.; Zeeberg, B.; Buetow, K.H.; Schaefer, C.F.; Bhat, N.K.; Hopkins, R.F.; Jordan, H.; Moore, T.; Max, S.I.; Wang, J.; Hsieh, F.; Diatchenko, L.; Marusina, K.; Farmer, A.A.; Rubin, G.M.; Hong, L.; Stapleton, M.; Soares, M.B.; Bonaldo, M.F.; Casavant, T.L.; Scheetz, T.E.; Brownstein, M.J.; Usdin, T.B.; Toshiyuki, S.; Carninci, P.; Prange, C.; Raha, S.S.; Loquellano, N.A.; Peters, G.J.; Abramson, R.D.; Mullahy, S.J.; Bosak, S.A.; McEwan, P.J.; McKernan, K.J.; Malek, J.A.; Gunaratne, P.H.; Richards, S.; Worley, K.C.; Hale, S.; Garcia, A.M.; Gay, L.J.; Hulyk, S.W.; Villalon, D.K.; Muzny, D.M.; Sodergren, E.J.; Lu, X.; Gibbs, R.A.; Fahey, J.; Helton, E.; Ketteman, M.; Madan, A.; Rodrigues, S.; Sanchez, A.; Whiting, M.; Madan, A.; Young, A.C.; Shevchenko, Y.; Bouffard, G.G.; Blakesley, R.W.; Touchman, J.W.; Green, E.D.; Dickson, M.C.; Rodriguez, A.C.; Grimwood, J.; Schmutz, J.; Myers, R.M.; Butterfield, Y.S.; Krzywinski, M.I.; Skalska, U.; Smailus, D.E.; Schnerch, A.; Schein, J.E.; Jones, S.J.; Marra, M.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 16899.
136. Grover, J.; Chen, X.N.; Korenberg, J.R.; Roughley, P.J. J. Biol. Chem., 1995, 270, 21942.
137. Blochberger, T.C.; Vergen, J.P.; Hempel, J.; Hassell, J.R. J. Biol. Chem., 1992, 267, 347.
138. Funderburgh, J.L.; Funderburgh, M.L.; Brown, S.J.; Vergnes, J.P.; Hassell, J.R.; Mann, M.M.; Conrad, G.W. J. Biol. Chem., 1993, 268, 11874.
139. Funderburgh, J.L.; Funderburgh, M.L.; Hevelone, N.D.; Stech, M.E.; Justice, M.J.; Liu, C.Y.; Kao, W.W.; Conrad, G.W. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci., 1995, 36, 2296.
140. Oldberg, A.; Antonsson, P.; Lindblom, K.; Heinegard, D. EMBO J., 1989, 8, 2601.
141. Nurminskaya, M.V.; Birk, D.E. Biochem. J., 1996, 317, 785.
142. Antonsson, P.; Heinegard, D.; Oldberg, A. Biochim. Biophys. Acta, 1993, 1174, 204.
143. Grover, J.; Chen, X.N.; Korenberg, J.R.; Recklies, A.D.; Roughley, P.J. Genomics, 1996, 38, 109.
144. Bengtsson, E.; Neame, P.J.; Heinegard, D.; Sommarin, Y. J. Biol. Chem., 1995, 270, 25639.
145. Dunlevy, J.R.; Chakravarti, S.; Gyalzen, P.; Vergnes, J.P.; Hassell, J.R. Mamm. Genome, 1998, 9, 316.
146. Liu, C.Y.; Shiraishi, A.; Kao, C.W.C.; Converse, R.L.; Funderburgh, J.L.; Corpuz, L.M.; Conrad, G.W.; Kao, W.W.Y. J. Biol. Chem., 1998, 273, 22584.
147. Corpuz, L.M.; Funderburgh, J.L.; Funderburgh, M.L.; Bottomley, G.S.; Prakash, S.; Conrad, G.W. J. Biol. Chem., 1996, 271, 9759.
148. Corpuz, L.M.; Dunlevy, J.R.; Hassell, J.R.; Conrad, A.H.; Conrad, G.W. Matrix Biol., 2000, 19, 693.
149. Sommarin, Y.; Wendel, M.; Shen, Z.; Hellman, U.; Heinegard, D. J. Biol. Chem., 1998, 273, 16723.
150. Kurita, K.; Shinomura, T.; Ujita, M.; Zako, M.; Kida, D.; Iwata, H.; Kimata, K. Biochem. J., 1996, 18, 909.
151. Shinomura, T.; Kimata, K. P. J. Biol. Chem., 1992, 267, 1265.
152. Madisen, L.; Neubauer, M.; Plowman, G.; Rosen, D.; Segarini, P.; Dasch, J.; Thompson, A.; Ziman, J.; Bentz, H.; Purchio, A.F. DNA Cell Biol., 1990, 9, 303.
153. Tasheva, E.S.; Funderburgh, M.L.; McReynolds, J.; Funderburgh, J.L.; Conrad, G.W. J. Biol. Chem., 1999, 274, 18693.
154. Ujita, M.; Shinomura, T.; Kimata, K. Gene, 1995, 158, 237.
155. Dunlevy, J.R.; Beales, M.P.; Berryhill, B.L.; Cornuet, P.K.; Hassell, J.R. Exp. Eye Res., 2000, 70, 349.
156. Corpuz, L.M.; Dunlevy, J.R.; Hassell, J.R.; Conrad, A.H.; Conrad, G.W. Matrix Biol., 2000, 19, 693.
157. Pellegrini, B.; Acland, G.M.; Ray, J. Gene, 2002, 282, 121.
158. Friedman, J.S.; Ducharme, R.; Raymond, V.; Walter, M.A. Ophthalmol. Vis. Sci., 2000, 41, 2059.
159. Friedman, J.S.; Faucher, M.; Hiscott, P.; Biron, V.L.; Malenfant, M.; Turcotte, P.; Raymond, V.; Walter, M.A. Hum. Mol. Genet., 2002, 311, 1333.
160. Reardon, A.J.; Le Goff, M.; Briggs, M.D.; McLeod, D.; Sheehan, J.K.; Thornton, D.J.; Bishop, P.N. J. Biol. Chem., 2000, 275, 2123.
161. Le Goff, M.M.; Hindson, V.J.; Jowitt, T.A.; Scott, P.G.; Bishop, P.N. J. Biol. Chem., 2003, 278, 45280.
162. Frolova, E.I.; Fokina, V.M.; Beebe, D.C. Gene Expr. Patterns, 2004, 4, 335
163. Takanosu, M.; Boyd, T.C.; Le Goff, M.; Henry, S.P.; Zhang, Y.; Bishop, P.N.; Mayne, R. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci., 2001, 42, 2202.
164. Ross, M.D.; Bruggeman, L.A.; Hanss, B.; Sunamoto, M.; Marras, D.; Klotman, M.E.; Klotman. P.E. J. Biol. Chem., 2003, 278, 33248.
165. Shimizu-Hirota, R.; Sasamura, H.; Kuroda, M.; Kobayashi, E.; Saruta, T. FEBS Lett., 2004, 563, 69.
166. Neame, P.J.; Sommarin, Y.; Boynton, R.E.; Heinegaard, D. J. Biol. Chem., 1994 269, 21547.
167. Hu, B.; Coulson, L.; Moyer. B.; Price, P.A. J. Biol. Chem., 1995, 270, 431.
168. Grover, J.; Chen, X.-N.; Korenberg, J.R.; Roughley, P.J. Genomics, 1997, 45, 379.
169. Landgren, C.; Beier, D.R.; Faessler, R.; Heinegaard, D.; Sommarin, Y. Genomics, 1998, 47, 84.
170. Shen, Z.; Gantcheva, S.; Maansson, B.; Heinegaard, D.; Sommarin, Y. Biochem. J., 1998, 330, 549.
171. Bech-Hansen, N.T.; Naylor, M.J.; Maybaum, T.A.; Sparkes, R.L.; Koop, B.; Birch, D.G.; Bergen, A.A.; Prinsen, C.F.; Polomeno, R.C.; Gal, A.; Drack, A.V.; Musarella, M.A.; Jacobson, S.G.; Young, R.S.; Weleber, R.G. Nat. Genet., 2000, 26, 319.
172. Ota,T.; Suzuki,Y.; Nishikawa, T.; Otsuki, T.; Sugiyama, T.; Irie, R.; Wakamatsu, A.; Hayashi, K.; Sato, H.; Nagai, K.; Kimura, K.; Makita, H.; Sekine, M.; Obayashi, M.; Nishi, T.; Shibahara, T.; Tanaka, T.; Ishii, S.; Yamamoto, J.; Saito, K.; Kawai, Y.; Isono Y.; Nakamura, Y.; Nagahari, K.; Murakami, K.; Yasuda, T.; Iwayanagi, T.; Wagatsuma, M.; Shiratori, A.; Sudo, H.; Hosoiri, T.; Kaku, Y.; Kodaira, H.; Kondo, H.; Sugawara, M.; Takahashi, M.; Kanda, K.; Yokoi, T.; Furuya, T.; Kikkawa, E.; Omura, Y.; Abe, K.; Kamihara, K.; Katsuta, N.; Sato, K.; Tanikawa, M.; Yamazaki, M.; Ninomiya, K.; Ishibashi, T.; Yamashita, H.; Murakawa, K.; Fujimori, K.; Tanai, H.; Kimata, M.; Watanabe, M.; Hiraoka, S.; Chiba, Y.; Ishida, S.; Ono, Y.; Takiguchi, S.; Watanabe, S.; Yosida, M.; Hotuta, T.; Kusano, J.; Kanehori, K.; Takahashi-Fujii, A.; Hara, H.; Tanase, T.O.; Nomura, Y.; Togiya, S.; Komai, F.; Hara, R.; Takeuchi, K.; Arita, M.; Imose, N.; Musashino, K.; Yuuki, H.; Oshima, A.; Sasaki, N.; Aotsuka, S.; Yoshikawa, Y.; Matsunawa, H.; Ichihara, T.; Shiohata, N.; Sano, S.; Moriya, S.; Momiyama, H.; Satoh, N.; Takami, S.; Terashima, Y.; Suzuki, O.; Nakagawa, S.; Senoh, A.; Mizoguchi, H.; Goto, Y.; Shimizu, F.; Wakebe, H.; Hishigaki, H.; Watanabe, T.; Sugiyama, A.; Takemoto, M.; Kawakami, B.; Yamazaki, M.; Watanabe, K.; Kumagai, A.; Itakura, S.; Fukuzumi, Y.; Fujimori, Y.; Komiyama, M.; Tashiro, H.; Tanigami, A.; Fujiwara, T.; Ono, T.; Yamada, K.; Fujii, Y.; Ozaki, K.; Hirao, M.; Ohmori, Y.; Kawabata, A.; Hikiji, T.; Kobatake, N.; Inagaki, H.; Ikema, Y.; Okamoto, S.; Okitani, R.; Kawakami, T.; Noguchi, S.; Itoh, T.; Shigeta, K.; Senba, T.; Matsumura, K.; Nakajima, Y.; Mizuno, T.; Morinaga, M.; Sasaki, M.; Togashi,,T.; Oyama, M.; Hata, H.; Watanabe, M.; Komatsu, T.; Mizushima-Sugano, J.; Satoh, T.; Shirai, Y.; Takahashi, Y.; Nakagawa, K.; Okumura, K.; Nagase, T.; Nomura, N.; Kikuchi, H.; Masuho, Y.; Yamashita, R.; Nakai, K.; Yada, T.; Nakamura, Y.; Ohara, O.; Isogai, T.; Sugano, S. Nat. Genet., 2004, 36, 40.
173. Carninci, P.; Hayashizaki, Y. Meth. Enzymol., 1999, 303, 19.
174. Nishiu, J.; Tanaka, T.; Nakamura, Y. Genomics, 1998, 52, 378.
175. Vourc'h, P.; Andres, C. Brain Res. Brain Res. Rev., 2004, 45, 115.
176. Mikol, D.D.; Gulcher, J.R.; Stefansson, K. J. Cell Biol. , 1990, 110, 471.
177. Viskochil, D.; Cawthon, R.M.; O'Connell, P.; Xu, G.; Stevens, J.; Culver, M.; Carey, J.; White, R. Mol. Cell Biol., 1991, 11, 906.
178. Mikol, D.D.; Rongnoparut, P.; Allwardt, B.A.; Marton, L.S.; Stefansson, K. Genomics, 1993, 17, 604.
179. Matsushima, N.; Kamiya, M.; Suzuki, N.; Tanaka, T. Genome informatics, 2000, 11, 343.
180. Lacy, S.E.; Bonnemann, C.G.; Buzney, E.A.; Kunkel, L.M. Genomics, 1999, 62, 417.
181. Bottcher, R.T.; Pollet, N.; Delius, H.; Niehrs, C. Nat. Cell Biol., 2004, 6, 38.
182. Shintani, S.; Sato, A.; Toyosawa, S.; O'hUigin, C.; Klein, J. J. Mol. Evol. 2000, 51, 363.
183. Nürnberger, T.; Brunner, F.; Kemmerling, B.; Piater, L. Immunol. Rev., 2004, 198, 249.
184. Gomez-Gomez, L.; Boller, T. Trends Plant Sci., 2002, 7, 251.
185. Forrer, P.; Binz, H.K.; Stumpp, M.T.; Pluckthun, A. Chembiochem., 2004, 5, 183.
186. Clark, H.F.; Gurney, A.L.; Abaya, E.; Baker, K.; Baldwin, D.; Brush, J.; Chen, J.; Chow, B.; Chui, C.; Crowley, C.; Currell, B.; Deuel, B.; Dowd, P.; Eaton, D.; Foster, J.; Grimaldi, C.; Gu, Q.; Hass, P.E.; Heldens, S.; Huang, A.; Kim, H.S.; Klimowski, L.; Jin, Y.; Johnson,S.; Lee, J.; Lewis, L.; Liao, D.; Mark, M.; Robbie, E.; Sanchez, C.; Schoenfeld, J.; Seshagiri, S.; Simmons, L.; Singh, J.; Smith, V.; Stinson, J.; Vagts, A.; Vandlen, R.; Watanabe, C.; Wieand, D.; Woods, K.; Xie, M.H.; Yansura, D.; Yi, S.; Yu, G.; Yuan, J.; Zhang, M.; Zhang, Z.; Goddard, A.; Wood, W.I.; Godowski, P.; Gray, A. Genome Res., 2003, 13, 2265.
187. Rothberg, J.M.; Jacobs, J.R.; Goodman, C.S.; Artavanis-Tsakonas, S. Genes Dev., 1990, 4, 2169.
188. Piper, M.; Little, M. Bioessays, 2003, 25, 32-8.
189. Sillekens, P.T.; Beijer, R.P.; Habets, W.J.; van Verooij, W.J. Nucl. Acids Res., 1989, 17, 1893
190. Habets, W.J.; Sillekens, P.T.; Hoet, M.H.; Schalken, J.A.; Roebroek, A.J.; Leunissen, J.A.; van de Ven, W.J.; van Venrooij, W.J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1987, 84, 2421.