Epithelial proteomics in multiple organs and tissues: Similarities and variations between cells, organs, and diseases

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 4, 2006, Pages 743-755

  Zhao, Hong ^a   Adler, Kenneth B ^b   Bai, Chunxue ^a   Tang, Fadi ^c   Wang, Xiangdong ^a,b  

^a FUDAN UNIVERSITY   (China)

^b NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

^c ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Biomarkers; Cancer; Differentiation; Epithelial cells; Proteomics; Tumorigenesis

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER; PROTEIN DERIVATIVE;

ANIMAL CELL; ANIMAL TISSUE; BIOINFORMATICS; CANCER; CARCINOGENESIS; CELL CULTURE; CELL ISOLATION; CELL LINE; CELLULAR DISTRIBUTION; DIFFERENTIATION; DISEASE SEVERITY; DRUG TARGETING; EPITHELIAL ORIGIN DISEASE; EPITHELIUM; EPITHELIUM CELL; GENETIC MANIPULATION; GENOMICS; HISTOLOGY; HUMAN; HUMAN CELL; HUMAN TISSUE; INTRACELLULAR FLUID; ISOTOPE LABELING; LASER CAPTURE MICRODISSECTION; METABOLITE; NONHUMAN; ORGAN; PATHOGENESIS; PATHOPHYSIOLOGY; PHYSICAL DISEASE; PRIORITY JOURNAL; PROCESSING; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN LOCALIZATION; PROTEIN METABOLISM; PROTEIN MODIFICATION; PROTEIN POLYMORPHISM; PROTEOMICS; REVIEW; SAMPLE; SAMPLE PREPARATION; SIGNAL TRANSDUCTION; STRESS; TISSUE;

CELL DIFFERENTIATION; CELL LINE, TUMOR; EPITHELIAL CELLS; FORECASTING; GENOMICS; HUMANS; MODELS, BIOLOGICAL; NEOPLASM PROTEINS; NEOPLASMS; PROTEOME; PROTEOMICS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SEVERITY OF ILLNESS INDEX; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL; VARIATION (GENETICS);

ANIMALIA;

EID: 33645754446     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050389v     Document Type: Review

References (106)

1. Leipziger, J. Am. J. Physiol. Renal. Physiol. 2003, 284, F419-F432.
2. Fink, M. P.; Delude, R. L. Crit. Care Clin. 2005, 21, 177-196.
3. Adler, K. B. J. Organ Dysfunction 2005, 1, 24-25.
4. Zhao, H.; Zhao, X.; Bai, C. X.; Wang, X. D. J. Organ Dysfunction 2005, 1, 32-44.
5. Marko-Varga, G. Am. J. Pharmacogenomics 2005, 5, 113-122.
6. Marko-Varga, G.; Nilsson, J.; Laurell, T. Electrophoresis 2004, 25, 3479-3491.
7. Marko-Varga, G.; Fehniger, T. E. J. Chromatogr. A 2004, 1053, 279-290.
8. Marko-Varga, G.; Fehniger, T. E. J. Proteome Res. 2004, 3, 167-178.
9. Malmström, J.; Malmström, L.; Marko-Varga, G. A. J. Organ Dysfunction 2005, 1, 83-94.
10. Posadas, E. M.; Davidson, B.; Kohn, E. C. Curr. Opin. Oncol. 2004, 16, 478-484.
11. Wheelock, A. M.; Zhang, L.; Tran, M. U.; Morin, D.; Penn, S.; Buckpitt, A. R.; Plopper, C. G. Am. J. Physiol Lung Cell Mol. Physiol. 2004, 206, L399-410.
12. Higenbottam, T.; Kuwano, K.; Nemery, B.; Fujita, Y. Br. J. Cancer 2004, 91, S31-37.
13. Jacobs, J. M.; Mottaz, H. M.; Yu, L. R.; Anderson, D. J.; Moore, R. J.; Chen, W. N.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E. F.; Monroe, M. E.; Thrall, B. D.; Camp, D. G.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 68-75.
14. Service, R. F. Science 2001, 294, 2074-2077.
15. Hanash, S. M.; Bobek, M. P.; Rickman, D. S.; Williams, T.; Rouillard, J. M.; Kuick, R.; Puravs, E. Proteomics 2002, 2, 69-75.
16. Wulfkuhle, J. D.; McLean, K. C.; Paweletx, C. P.; Sgroi, D. C.; Trock, B. J.; Steeg, P. S.; Petricoin, E. F., III Proteomics 2001, 1, 1205-1215.
17. Wulfkuhle, J. D.; Sgroi, D. C.; Krutzsch, H.; McLean, K.; McGarvey, K.; Knowlton, M.; Chen, S.; Shu, H.; Sahin, A.; Kurek, R.; Wallwiener, D.; Merino, M. J.; Petricoin, E. F., III; Zhao, Y.; Steeg. P. S. Cancer Res. 2002, 62, 6740-6749.
18. Souchelnnytskyi, S. J. Mammary Gland Biol. Neoplasia 2003, 7, 359-71.
19. Lichtenfels, R.; Kellner, R.; Bukur, J.; Beck, J.; Brenner, W.; Ackermann, A.; Seliger, B. Proteomics 2002, 2, 561-570.
20. Young, T. W.; Mei, F. C.; Yang, G.; Thompson-Lanza, J. A.; Liu, J.; Cheng, X. Cancer Res. 2004, 64, 4577-4584.
21. Young, T.; Mei, F.; Liu, J.; Bast, R. C.; Kurosky, A.; Cheng, X. Oncogene 2005, in press.
22. Ostrowski, L. E.; Blackburn, K.; Radde, K. M.; Moyer, M. B.; Schlatzer, D. M.; Moseley, A.; Boucher, R. C. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 451-465.
23. Dosreis, G. A.; Borges, V. M.; Zin, W. A. J. Cell Mol. Med. 2004, 8, 285-293.
24. Chen, J.; Stubbe, J. Nat. Rev. Cancer 2005, 5, 102-112.
25. Luzzi, V.; Holtschlag, V.; Watson, M. A. Am. J. Pathol. 2001, 158, 2005-2010.
26. Kondo, T.; Seike, M.; Mori, Y.; Fujii, K.; Yamada, T.; Hirohashi, S. Proteomics 2003, 3, 1758-1766.
27. Sheehan, K. M.; Calvert, V. S.; Kay, E. W.; Lu, Y.; Fishman, D.; Espina, V.; Aquino, J.; Speer, R.; Araujo, R.; Mills, G. B.; Liotta, L. A.; Petricoin, E. F.; Wulfkuhle, J. D. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 346-355.
28. Shekouh, A. R.; Thompson, C. C.; Prime, W.; Campbell, F.; Hamlett, J.; Herrington, C. S.; Lemoine, N. R.; Crnogorac-Jurcevic, T.; Buechler, M. W.; Friess, H.; Neoptolemos, J. P.; Pennington, S. R.; Costello, E. Proteomics 2003, 3, 1988-2001.
29. Andersen, J. S.; Lam, Y. W.; Leung, A. K. L.; Ong, S. E.; Lyon, C. E.; Lamond, A. I.; Lamond, A. I.; Mann, M. Nature 2005, 433, 77-83.
30. Gey, G. O.; Coffman, W. D.; Kubicek, M. T. Cancer Res. 1952, 12, 264.
31. Bonilha, V. L.; Bhattacharya, S. K.; West, K. A.; Sun, J.; Crabb, J. W.; Rayborn, M. E.; Hollyfield, J. G. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 1119-1127.
32. Hong, S.; Gronert, K.; Devchand, P. R.; Moussignac, R. L.; Serhan, C. N. J. Biol. Chem. 2003, 278, 14677-14687.
33. Lee, S. H.; Williams, M. V.; DuBois, R. N.; Blair, I. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2168-2176.
34. Chen, W. N.; Yu, L. R.; Strittmatter, E. F.; Thrall, B. D.; Camp, D. G.; Smith, R. D. Proteomics 2003, 3, 1647-1651.
35. Wattiez, R.; Falmagne, P. J. Chromatogr. B 2005, 815, 169-178.
36. Paweletz, C. P.; Trock, B.; Pennanen, M.; Tsangaris, T.; Magnant, C.; Liotta, L. A.; Petricoin, E. F. Dis. Markers 2001, 17, 301-307.
37. Liu, T.; Qian, W. J.; Strittmatter, E. F.; Camp, D. G.; Anderson, G. A.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2004, 76, 5345-5353.
38. Liu, Y., Chen, Q., Zhang, J. T. J. Proteome Res. 2004, 3, 728-735.
39. Pucci-Minafra, I.; Fontana, S.; Cancemi, P.; Alaimo, G.; Minafra, S. Ann. N.Y. Acad. Sci. 2002, 963, 122-139.
40. White, S. L.; Gharbi, S.; Bertani, M. F.; Chan, H. L.; Waterfield, M. D.; Timms, J. F. Br. J. Cancer 2004, 90, 173-181.
41. Ovaa, H.; Kessler, B. M.; Rolen, U.; Galardy, P. J.; Ploegh, H. L.; Masucci, M. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2253-2258.
42. Wilkinson, K. D.; Lee, K. M.; Deshpande, S.; Duerksen-Hughes, P.; Boss, J. M.; Pohl, J. Science 1989, 246, 670-3.
43. Li, C.; Chen, Z.; Xiao, Z.; Wu, X.; Zhan, X.; Zhang, X.; Li, M.; Li, J.; Feng, X.; Liang, S.; Chen, P.; Xie, J. Y. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 309, 253-260.
44. Boyer, B.; Valles, A. M.; Edme, N. Biochem. Pharmacol. 2000, 60, 1091-1099.
45. Demir, A. Y.; Demol, H.; Puype, M.; de Goeij, A. F.; Dunselman, G. A.; Herrler, A.; Evers, J. L.; Vandekerckhove, J.; Groothuis, P. G. Proteomics 2004, 4, 2608-2623.
46. Lim, J.; Kim, H.; Kim, J. M.; Kim, J. S.; Jung, H. C.; Kim, K. H. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2004, 36, 1624-1634.
47. Marko-Varga, G.; Lindberg, H.; Lofdahl, C. G.; Jonsson, P.; Hansson, L.; Dahlback, M.; Lindquist, E.; Johansson, L.; Foster, M.; Fehniger, T. E. J. Proteome Res. 2005, 4, 1200-1212.
48. Adam, P. J.; Berry, J.; Loader, J. A.; Tyson, K. L.; Craggs, G.; Smith, P.; De Belin, J.; Steers, G.; Pezzella, F.; Sachsenmeir, K. F.; Stamps, A. C.; Herath, A.; Sim, E.; O'Hare, M. J.; Harris, A. L; Terrett, J. A. Mol. Cancer Res. 2003, 1, 826-835.
49. Badawi, A. F.; Hirvonen, A.; Bell, D. A.; Lang, N. P.; Kadlubar, F. F. Cancer Res. 1995, 55, 5230-5237.
50. Lindquist, S.; Craig, E. A. Annu. Rev. Genet. 1988, 22, 631-677.
51. Fink, A. L Physiol. Rev. 1999, 79, 425-49.
52. Brasier, A. R.; Spratt, H.; Wu, Z.; Boldogh, I.; Zhang, Y.; Garofalo, R. P.; Casola, A.; Pashmi, J.; Haag, A.; Luxon, B.; Kurosky, A. J. Virol. 2004, 78, 11461-11476.
53. Lau, A. T.; He, Q. Y.; Chiu, J. F. Biochem. J. 2004, 382, 641-650.
54. Hermeking, H. J. Invest. Dermatol. 2005, 124, ix-x.
55. Hondermarck, H.; Vercoutter-Edouart, A. S.; Revillion, F.; Lemoine, J.; el-Yazidi-Belkoura, I.; Nurcombe, V.; Peyrat, J. P. Proteomics 2001, 1, 1216-1232.
56. Moreira, J. M.; Gromov, P.; Cells, J. E. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 410-419.
57. Bard, M. P.; Hegmans, J. P.; Hemmes, A.; Luider, T. M.; Willemsen, R.; Severijnen, L. A.; van Meerbeeck, J. P.; Burgers, S. A.; Hoogsteden, H. C.; Lambrecht, B. N. Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2004, 31, 114-121.
58. Trams, E. G.; Lauter, C. J.; Salem, N.; Heine, U. Biochim. Biophys. Acta 1981, 645, 63-70.
59. Barral, A. M.; von Herrath, M. G. Curr. Immunol. Rev. 2005, 1, 1-6.
60. van Balkom, B. W.; Hoffert, J. D.; Chou, C. L.; Knepper, M. A. Am. J. Physiol. Renal. Physiol. 2004, 286, F216-24.
61. Jiang, P. Z.; Gan, M.; Huang, H.; Shen, X. M.; Wang, S.; Yao, K. T. Acta Biochim. Biophys. Sin. 2005, 37, 97-106.
62. Yeung, W. M.; Zong, Y. S.; Chiu, C. T.; Chan, K. H.; Sham, J. S.; Choy, D. T.; Ng, M. H. Int. J. Cancer 1993, 53, 746-750.
63. Gao, Z.; Jin, J.; Yang, J.; Yu, Y. Mutat. Res. 2004, 550, 11-24.
64. Zheng, Y.; Xu, Y.; Ye, B.; Lei, J.; Weinstein, M. H.; O'Leary, M. P.; Richie, J. P.; Mok, S. C.; Liu, B. C. Cancer 2003, 98, 2576-2582.
65. Grubb, R. L.; Calvert, V. S.; Wulkuhle, J. D.; Paweletz, C. P.; Linehan, W. M.; Phillips, J. L.; Chuaqui, R.; Valasco, A.; Gillespie, J.; Emmert-Buck, M.; Liotta, L. A.; Petricoin, E. F. Proteomics 2003, 3, 2142-2146.
66. Wong, Y. F.; Cheung, T. H.; Lo, K. W.; Wang, V. W.; Chan, C. S.; Ng, T. B.; Chung, T. K.; Mok, S. C. Cancer Lett. 2004, 211, 227-234.
67. Dhanasekaran, S. M.; Barrette, T. R.; Ghosh, D.; Shah, R.; Varambally, S.; Kurachi, K.; Pienta, K. J.; Rubin, M. A.; Chinnaiyan, A. M. Nature 2001, 412, 822-826.
68. Drew, J. E.; Rucklidge, G. J.; Duncan, G.; Lufty, A.; Farquharson, A. J.; Reid, M. D.; Russell, W. R.; Morrice, P. C.; Arthur, J. R.; Duthie, G. G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 330, 81-87.
69. Fehniger, T. E.; Sato-Folatre, J. G.; Malmstrom, J.; Berglund, M.; Lindberg, C.; Brange, C.; Lindberg, H.; Marko-Varga, G. J. Proteome Res. 2004, 3, 307-320.
70. Berman, D. M.; Shih, I. M.; Burke, L. A.; Veenstra, T. D.; Zhao, Y.; Conrads, T. P.; Kwon, S. W.; Hoang, V.; Yu, L. R.; Zhou, M.; Kurman, R. J., Petricoin, E. F.; Liotta, L. A. Proteomics 2004, 4, 812-818.
71. Paweletz, C. P.; Charboneau, L; Bichsel, V. E.; Simone, N. L.; Chen, T.; Gillespie, J. W.; Emmert-Buck, M. R.; Roth, M. J.; Petricoin, E. F., III; Liotta, L. A. Oncogene 2001, 20, 1981-1989.
72. Liu, X.; Wu, Y.; Zehner, Z. E.; Jackson-Cook, C.; Ware, J. L. Electrophoresis 2003, 24, 3445-3453.
73. Waldburg, N.; Kahne, T.; Reisenauer, A.; Rocken, C.; Welte, T.; Buhling, F. Pathol. Res. Pract. 2004, 200, 147-154.
74. Hendrix, M. J.; Seftor, E. A.; Chu, Y. W.; Trevor, K. T.; Seftor, R. E. Cancer Metastasis Rev. 1996 15, 507-525.
75. Blanco, D.; Vicent, S.; Elizegi, E.; Pino, I.; Fraga, M. F.; Esteller, M.; Saffiotti, U.; Lecanda, F.; Montuenga, L. M. Lab Invest. 2004, 84, 999-1012.
76. Valkova, N.; Yunis, R.; Mak, S. K.; Kang, K.; Kultz, D. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 1009-1018.
77. Peebles, K. A.; Duncan, M. W.; Ruch, R. J.; Malkinson, A. M. Carcinogenesis 2003, 24, 651-657.
78. Andrew, A. S.; Warren, A. J.; Barchowsky, A.; Temple, K. A.; Klei, L.; Soucy, N. V.; O'Hara, K. A.; Hamilton, J. W. Environ. Health Perspect. 2003, 111, 825-835.
79. Zucchi, I. Bini, L.; Valaperta, R.; Ginestra, A.; Albani, D.; Susani, L.; Sanchez, J. C.; Liberatori, S.; Magi, B.; Raggiaschi, R.; Hochstrasser, D. F.; Pallini, V.; Vezzoni, P.; Dulbecco, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5608-5613.
80. Zhu, H.; Snyder, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 40-45.
81. Diaz, J. I.; Cazares, L. H.; Corica, A.; John Semmes, O. Urol. Oncol. 2004, 22, 329-336.
82. Yingling, J. M.; Blanchard, K. L.; Sawyer, J. S. Nat. Rev. Drug Discov. 2004, 3, 1011-1022.
83. Schmidt-Weber, C. B.; Blaser, K. Curr. Opin. Immunol. 2004, 16, 709-716.
84. Kanamoto, T.; Hellman, U.; Heldin, C. H.; Souchelnytskyi, S. EMBO J. 2002, 21, 1219-1230.
85. Paron, I.; D'Elia, A.; D'Ambrosio, C.; Scaloni, A.; D'Aurizio, F.; Prescott, A.; Damante, G.; Tell, G. Biochem. J. 2004, 378, 929-937.
86. Jones, M. B.; Krutzsch, H.; Shu, H.; Zhao, Y.; Liotta, L. A.; Kohn, E. C.; Petricoin, E. F 3rd. Proteomics 2002, 2, 76-84.
87. Sansonetti, P. J. Nat. Rev. Immunol 2004, 4, 953-964.
88. Williams, M. C. Annu. Rev. Physiol. 2003, 65, 669-695.
89. Trapnell, B. C. Am. J. Physiol 1993, 264, L199-L212.
90. Sacco, O.; Silvestri, M.; Sabatini, F.; Sale, R.; Defilippi, A. C.; Rossi, G. A. Paediatr. Respir. Rev. 2004, 5, S35-40.
91. Knepper, M. A.; Masilamani, S. Acta Physiol Scand. 2001, 173, 11-21.
92. Lotze, M. T.; Rees, R. C. Cancer Immunol. Immunother. 2004, 53, 256-261.
93. Morris, A. P.; Estes, M. K. Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol 2001, 281, G303-G310.
94. Fromm, D. Clin. Invest. Med. 1987, 10, 251-258.
95. Wang, X. D. J. Organ Dysfunction 2005, 1, 1-3.
96. Gygi, S. P., Rist, B., Gerber, S. A., Turecek, F., Gelb, M. H., Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
97. Fessler, M. B., Malcolm, K. C., Duncan, M. W., Worthen, G. S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 31291-31302.
98. Rohlff, C.; Southan, C. Curr. Opin. Mol. Ther. 2002, 4, 251-258.
99. Krieg, R. C.; Paweletz, C. P.; Liotta, L. A.; Petricoin, E. F. Technol. Cancer Res. Treat 2002, 1, 263-272.
100. Wang, X. D.; Zhao, H.; Andersson, R. J. Proteome Res. 2004, 3, 921-929.
101. Cowherd, S. M.; Espina, V. A.; Petricoin, E. F., 3rd; Liotta, L. A. Clin. Breast Cancer 2004, 5, 385-392.
102. Gershon, D. Nature 2004, 432, 243-249.
103. Crampin, E. J.; Halstead, M.; Hunter, P.; Nielsen, P.; Noble, D.; Smith, N.; Tawhai, M. Exp. Physiol. 2004, 89, 1-26.
104. Fagerquist, C. K.; Miller, W. G.; Harden, L. A.; Bates, A. H.; Vensel, W. H.; Wang, G.; Mandrell, R. E. Anal. Chem. 2005, 77, 4897-4907.
105. Fessler, M. B.; Malcolm, K. C.; Duncan, M. W.; Worthen, G. S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 31291-31302.
106. Lian, Z.; Kluger, Y.; Greenbaum, D. S.; Tuck, D.; Gerstein, M.; Berliner, N.; Weissman, S. M.; Newburger, P. E. Blood 2002, 100, 3209-3220.