Ab initio calculations of intramolecular parameters for a class of arylamide polymers

Journal of Computational Chemistry

Volumn 27, Issue 6, 2006, Pages 693-700

  Vemparala, Satyavani ^a   Ivanov, Ivaylo ^b   Pophristic, Vojislava ^c   Spiegel, Katrin ^a   Klein, Michael L ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF THE SCIENCES   (United States)

Author keywords

Ab initio calculations; Arylamide polymers; Intramolecular parameters

Indexed keywords

AB INITIO CALCULATIONS; ARYLAMIDE POLYMERS; FORCE FIELDS; INTRAMOLECULAR PARAMETERS;

CONFORMATIONS; ELECTROSTATICS; LIPIDS; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHODS; OPTIMIZATION; PARAMETER ESTIMATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; TORSIONAL STRESS;

POLYMERS;

AMIDE; POLYMER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CLASSIFICATION; COMPUTER SIMULATION;

AMIDES; COMPUTER SIMULATION; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; POLYMERS;

EID: 33644908616     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20382     Document Type: Article

References (33)

1. Gellman, S. H. Acc Chem Res 1998, 31, 173.
2. Kirshenbaum, K.; Barron, A. E.; Goldsmith, R. A.; Armand, P.; Bradley, E. K.; Truong, K. T. V.; Dill, K. A.; Cohen, F. E.; Zuckermann, R. N. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 4303.
3. Arnt, L.; Tew, G. N. J Am Chem Soc 2002, 124, 7664.
4. Ilker, M. F.; Nusslein, K.; Tew, G. N.; Coughlin, E. B. J Am Chem Soc 2004, 126, 15870.
5. Arnt, L.; Nusslein, K.; Tew, G. N. J Polym Sci Part A: Polym Chem 2004, 42, 3860.
6. Tang, H.; Doerksen, R. J.; Tew, G. N. Chem Commun 2005, 12, 1537.
7. Yin, H.; Lee, G. I.; Sedey, K. A. J Am Chem Soc 2005, 127, 10191.
8. Yin, H.; Hamilton, A. D. Angew Chem Int Ed 2005, 44, 4130.
9. Yin, H.; Lee, G. I.; Park, H. S. Angew Chem Int Ed 2005, 44, 2704.
10. Liu, D.; DeGrado, W. F. J Am Chem Soc 2001, 123, 7553.
11. Porter, E. A.; Weisblum, B.; Gellman, S. H. J Am Chem Soc 2002, 124, 7324.
12. Papo, N.; Shai, Y. Biochemistry 2003, 42, 458.
13. Tew, G. N.; Liu, D. H.; Chen, B.; Doerksen, R. J.; Kaplan, J.; Carroll, P. J.; Klein, M. L.; DeGrado, W. F. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 5110.
14. Choi, S.; Clements, D. J.; Pophristic, V.; Ivanov, I.; Vemparala, S.; Klein, M. L.; Winkler, J. D.; DeGrado, W. F. Angew Chem Int Ed 2005, 44, 6685.
15. Ernst, J.; Becerril, J.; Park, H.; Yin, H.; Hamilton, A. Angew Chem Int Ed 2003, 42, 535.
16. Gong, B. Chem Eur J 2001, 7, 4336.
17. Zeng, H.; Miller, R.; Flowers, R.; Gong, B. J Am Chem Soc 2000, 122, 2635.
18. Finikova, O.; Galkin, A.; Rozhkov, V.; Cordero, M.; Hagerhall, C.; Vinogradov, S. J Am Chem Soc 2003, 125, 4882.
19. Hue, I. Eur J Chem 2004, 1, 17.
20. Zhu, J.; Parra, R.; Zeng, H.; Skrzypczak-Jankun, E.; Zeng, X.; Gong, B. J Am Chem Soc 2000, 122, 4219.
21. Doerksen, R. J.; Chen, B.; Klein, M. L. Chem Phys Lett 2003, 380, 150.
22. Doerksen, R. J.; Chen, B.; Liu, D. H.; Tew, G. N.; DeGrado, W. F.; Klein, M. L. Chem Eur J 2004, 10, 5008.
23. NWChem, A Computational Chemistry Package for Parallel Computers, Version 4.5; Pacific Northwest National Laboratory: Richland, WA, 2003.
24. Frisch, M. J. T., G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.: Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; and Pople, J. A.; Gaussian 03; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2004.
25. Cornell, W.; Cieplak, P.; Bayly, C.; Gould, I.; Merz, K.; Ferguson, D.; Spellmeyer, D.; Fox, T.; Caldwell, J.; Kollman, P. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
26. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D. ; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
27. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J Comp Chem 2004, 25, 1157.
28. Bayly, C.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J Phys Chem B 1993, 97, 10269.
29. Case, D. A. P., D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L. ; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner P. K.; Kollman, P. A.; AMBER 7; University of California: San Francisco, 2002.
30. Vaiana, A.; Schulz, A.; Wolfrum, J.; Sauer, M.; Smith, J. J Comp Chem 2003, 24, 632.
31. Vaiana, A.; Cournia, Z.; Costescu, I.; Smith, J. Comp Phys Commun 2005, 167, 34.
32. Bernstein, J.; Davis, R. E.; Shimoni, L.; Chang, N.-L. Angew Chem Int Ed 1995, 34, 1555.
33. Pophristic, V.; Vemparala, S.; Ivanov, I.; Liu, Z.; Klein, M. L.; DeGrado, W. F. J Phys Chem B 2006, 110, 3517.