Prediction of low-energy collision-induced dissociation spectra of peptides

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 14, 2004, Pages 3908-3922

  Zhang, Zhongqi ^a  

^a AMGEN INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MASS SPECTROMETERS; MATHEMATICAL MODELS; OPTIMIZATION; SPECTRUM ANALYSIS;

COLLISION-INDUCED DISSOCIATION (CID); FRAGMENTATIONS;

POLYPEPTIDES;

PEPTIDE FRAGMENT; PROTON;

ACCURACY; ARTICLE; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; ENERGY; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; KINETICS; PARAMETER; PERFORMANCE; PREDICTION;

ALGORITHMS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE FRAGMENTS; PEPTIDES;

EID: 3242660851     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac049951b     Document Type: Article

References (76)

1. Yates, J. R. Electrophoresis 1998, 19, 893-900.
2. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
3. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
4. Wysocki, V. H.; Tsaprailis, G.; Smith, L. L.; Breci, L. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1399-1406.
5. Dongre, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8365-8374.
6. Summerfield, S. G.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 165, 509-521.
7. Burlet, O.; Orkiszewski, R. S.; Ballard, K. D.; Gaskell, S. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 658-62.
8. McCormack, A. L.; Somogyi, A.; Dongre, A. R.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 1993, 65, 2859-2872.
9. Tang, X. J.; Thibault, P.; Boyd, R. K. Anal. Chem. 1993, 65, 2824-2834.
10. Yalcin, T.; Khouw, C.; Csizmadia, I. G.; Peterson, M. R.; Harrison, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 1165-1174.
11. Yalcin, T.; Csizmadia, I. G.; Peterson, M. R.; Harrison, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 233-242.
12. Vaisar, T.; Urban, J. Eur. Mass Spectrom. 1998, 4, 359-364.
13. Dongre, A. R.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 339-350.
14. Cox, K. A.; Gaskell, S. J.; Morris, M.; Whiting, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 522-531.
15. Summerfield, S. G.; Whiting, A.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 162, 149-161.
16. Vaisar, T.; Urban, J. J. Mass Spectrom. 1998, 33, 505-524.
17. Gu, C. G.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H.; Medzihradszky, K. F. Anal. Chim. Acta 1999, 397, 247-256.
18. Paizs, B.; Lendvay, G.; Vekey, K.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 525-533.
19. Tsaprailis, G.; Nair, H.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H.; Zhong, W. Q.; Futrell, J. H.; Summerfield, S. G.; Gaskell, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5142-5154.
20. Gu, C. G.; Tsaprailis, G.; Breci, L.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2000, 72, 5804-5813.
21. Tsaprailis, G.; Somogyi, A.; Nikolaev, E. N.; Wysocki, V. H. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 196, 467-479.
22. Harrison, A. G.; Csizmadia, I. G.; Tang, T. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 427-436.
23. Harrison, A. G.; Csizmadia, I. G.; Tang, T. H.; Tu, Y. P. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 683-688.
24. Polce, M. J.; Ren, D.; Wesdemiotis, C. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1391-1398.
25. Schlosser, A.; Lehmann, W. D. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1382-1390.
26. Wu, Z.; Fenselau, C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 403-405.
27. Harrison, A. G. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 201-217.
28. Huang, Y. Y.; Wysocki, V. H.; Tabb, D. L.; Yates, J. R. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 233-244.
29. Yu, W.; Vath, J. E.; Huberty, M. C.; Martin, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 3015-3023.
30. Bakhtiar, R.; Wu, Q.; Hofstadler, S. A.; Smith, R. D. Biol. Mass Spectrom. 1994, 23, 707-710.
31. Qin, J.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5411-5412.
32. Jockusch, R. A.; Schnier, P. D.; Price, W. D.; Strittmatter, E. F.; Demirev, P. A.; Williams, E. R. Anal. Chem. 1997, 69, 1119-1126.
33. Lee, S. W.; Kim, H. S.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3188-3195.
34. Sullivan, A. G.; Brancia, F. L.; Tyldesley, R.; Bateman, R.; Sidhu, K.; Hubbard, S. J.; Oliver, S. G.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 210, 665-676.
35. Thorne, G. C.; Ballard, K. D.; Gaskell, S. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 249-257.
36. Gonzalez, J.; Besada, V.; Garay, H.; Reyes, O.; Padron, G.; Tambara, Y.; Takao, T.; Shimonishi, Y. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 150-158.
37. Vachet, R. W.; Asam, M. R.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6252-6256.
38. Breci, L. A.; Tabb, D. L.; Yates, J. R.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2003, 75, 1963-1971.
39. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci, L. A.; Wysocki, V. H.; Lin, D.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2003, 75, 1155-1163.
40. Wysocki, V. H.; Huang, Y. Y.; Triscari, J. M.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Proc. 51st ASMS Conf. Mass Spectrom. Allied Topics, Montreal, PQ, Canada, 2003.
41. Lopez, L. L.; Tiller, P. R.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 663-668.
42. Gabelica, V.; Karas, M.; De Pauw, E. Anal. Chem. 2003, 75, 5152-5159.
43. Dookeran, N. N.; Yalcin, T.; Harrison, A. G. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 500-508.
44. Tang, X. J.;Thibault, P.; Boyd, R. K. Org. Mass Spectrom. 1993, 28, 1047-1052.
45. Deery, M. J.; Summerfield, S. G.; Buzy, A.; Jennings, K. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 253-261.
46. Kaltashov, I. A.; Fabris, D.; Fenselau, C. C. J. Phys. Chem. 1995, 99, 10046-10051.
47. Ewing, N. P.; Pallante, G. A.; Zhang, X.; Cassady, C. J. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 875-881.
48. National Institute of Standards and Technology, NIST Chemistry WebBook, http://webbook.nist.gov/chemistry; 2002.
49. Nold, M. J.; Cerda, B. A.; Wesdemiotis, C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 1-8.
50. March, R. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 351-369.
51. Louris, J. N.; Amy, J. W.; Ridley, T. Y.; Cooks, R. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1989, 88, 97-111.
52. Appelhans, A. D.; Dahl, D. A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 216, 269-284.
53. Wan, K. X.; Vidavsky, I.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 85-88.
54. Zhang, Z. Q.; McElvain, J. S., Proc. 49th ASMS Conf Mass Spectrom. Allied Topics, Chicago, IL, 2001.
55. Press: W. H.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes in C, the Art of Scientific Computing, 2nd ed.; Cambridge University Press: New York, 1992; Chapter 10.
56. Goeringer, D. E.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 1998, 177, 163-174.
57. Wu, Z. C.; Fenselau, C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 777-780.
58. Carr, S. R.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 1203-1210.
59. Wu, Z. C.; Fenselau, C. Tetrahedron 1993, 49, 9197-9206.
60. Zhang, K.; Zimmerman, D. M.; Chungphillips, A.; Cassady, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10812-10822.
61. McKiernan, J. W.; Beltrame, C. E. A.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 718-723.
62. Zhang, K.; Cassady, C. J.; Chungphillips, A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11512-11521.
63. Cassady, C. J.; Carr, S. R.; Zhang, K.; Chungphillips, A. J. Org. Chem. 1995, 60, 1704-1712.
64. Wu, J. Y.; Lebrilla, C. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 91-101.
65. Wu, J. Y.; Gard, E.; Bregar, J.; Green, M. K.; Lebrilla, C. B. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9900-9905.
66. Meotner, M.; Dongre, A. R.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 829-836.
67. Vekey, K.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 911-918.
68. Price, W. D.; Schnier, P. D.; Williams, E. R. Anal. Chem. 1996, 68, 859-866.
69. Schnier, P. D.; Price, W. D.; Jockusch, R. A.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7178-7189.
70. Price, W. D.; Schnier, P. D.; Jockusch, R. A.; Strittmatter, E. F.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10640-10644.
71. Price, W. D.; Williams, E. R. J. Phy. Chem. 1997, 101, 8844-8852.
72. Schnier, P. D.; Price, W. D.; Strittmatter, E. F.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 771-780.
73. Klassen, J. S.; Kebarle, P. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6552-6563.
74. Paizs, B.; Szlavik, Z.; Lendvay, G.; Vekey, K.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 746-755.
75. Ewing, N. P.; Zhang, X.; Cassady, C. J. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1345-1350.
76. Zhang, Z. Q.; McElvain, J. S. Anal. Chem. 2000, 72, 2337-2350.