Large-scale meta-analysis of cancer microarray data identifies common transcriptional profiles of neoplastic transformation and progression

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 25, 2004, Pages 9309-9314

  Rhodes, Daniel R ^a   Yu, Jianjun ^a   Shanker, K ^b   Deshpande, Nandan ^b   Varambally, Radhika ^a   Ghosh, Debashis ^a   Barrette, Terrence ^a   Pandey, Akhilesh ^c   Chinnaiyan, Arul M ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN MEDICAL SCHOOL   (United States)

^b Institute of Bioinformatics   (India)

^c JOHNS HOPKINS UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; CANCER CELL; CANCER GROWTH; CELL DIFFERENTIATION; CLINICAL TRIAL; DNA MICROARRAY; GENE EXPRESSION; GENETIC TRANSCRIPTION; HUMAN; HUMAN TISSUE; MALIGNANT TRANSFORMATION; META ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL;

CELL TRANSFORMATION, NEOPLASTIC; DISEASE PROGRESSION; GENE EXPRESSION PROFILING; HUMANS; NEOPLASMS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; TRANSCRIPTION, GENETIC;

EID: 3042694117     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0401994101     Document Type: Article

References (49)

1. Alon, U., Barkai, N., Notterman, D. A., Gish, K., Ybarra, S., Mack, D. & Levine, A. J. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 6745-6750.
2. Dhanasekaran, S. M., Barrette, T. R., Ghosh, D., Shah, R., Varambally, S., Kurachi, K., Pienta, K. J., Rubin, M. A. & Chinnaiyan, A. M. (2001) Nature 412, 822-826.
3. Luo, J., Duggan, D. J., Chen, Y., Sauvageot, J., Ewing, C. M., Bittner, M. L., Trent, J. M. & Isaacs, W. B. (2001) Cancer Res. 61, 4683-4688.
4. Luo, J. H., Yu, Y. P., Cieply, K., Lin, F., Deflavia, P., Dhir, R., Finkelstein, S., Michalopoulos, G. & Becich, M. (2002) Mol. Carcinog. 33, 25-35.
5. Magee, J. A., Araki, T., Patil, S., Ehrig, T., True, L., Humphrey, P. A., Catalona, W. J., Watson, M. A. & Milbrandt, J. (2001) Cancer Res. 61, 5692-5696.
6. Notterman, D. A., Alon, U., Sierk, A. J. & Levine, A. J. (2001) Cancer Res. 61, 3124-3130.
7. Welsh, J. B., Zarrinkar, P. P., Sapinoso, L. M., Kern, S. G., Behling, C. A., Monk, B. J., Lockhart, D. J., Burger, R. A. & Hampton, G. M. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 1176-1181.
8. Welsh, J. B., Sapinoso, L. M., Su, A. I., Kern, S. G., Wang-Rodriguez, J., Moskaluk, C. A., Frierson, H. F., Jr., & Hampton, G. M. (2001) Cancer Res. 61, 5974-5978.
9. Frierson, H. F., Jr., El-Naggar, A. K., Welsh, J. B., Sapinoso, L. M., Su, A. I., Cheng, J., Saku, T., Moskaluk, C. A. & Hampton, G. M. (2002) Am. J. Pathol. 161, 1315-1323.
10. Garber, M. E., Troyanskaya, O. G., Schluens, K., Petersen, S., Thaesler, Z., Pacyna-Gengelbach, M., van de Rijn, M., Rosen, G. D., Perou, C. M., Whyte, R. I., et al. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 13784-13789.
11. Singh, D., Febbo, P. G., Ross, K., Jackson, D. G., Manola, J., Ladd, C., Tamayo, P., Renshaw, A. A., D'Amico, A. V., Richie, J. P., et al. (2002) Cancer Cell 1, 203-209.
12. Ye, Q. H., Qin, L. X., Forgues, M., He, P., Kim, J. W., Peng, A. C., Simon, R., Li, Y., Robles, A. I., Chen, Y., et al. (2003) Nat. Med. 9, 416-423.
13. Varambally, S., Dhanasekaran, S. M., Zhou, M., Barrette, T. R., Kumar-Sinha, C., Sanda, M. G., Ghosh, D., Pienta, K. J., Sewalt, R. G., Otte, A. P., et al. (2002) Nature 419, 624-629.
14. van 't Veer, L. J., Dai, H., van de Vijver, M. J., He, Y. D., Hart, A. A., Mao, M., Peterse, H. L., van der Kooy, K., Marton, M. J., Witteveen, A. T., et al. (2002) Nature 415, 530-536.
15. Sørlie, T., Perou, C. M., Tibshirani, R., Aas, T., Geisler, S., Johnsen, H., Hastie, T., Eisen, M. B., van de Rijn, M., Jeffrey, S. S., et al. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 10869-10874.
16. Shipp, M. A., Ross, K. N., Tamayo, P., Weng, A. P., Kutok, J. L., Aguiar, R. C., Gaasenbeek, M., Angelo, M., Reich, M., Pinkus, G. S., et al. (2002) Nat. Med. 8, 68-74.
17. Schwartz, D. R., Kardia, S. L., Shedden, K. A., Kuick, R., Michailidis, G., Taylor, J. M., Misek, D. E., Wu, R., Zhai, Y., Darrah, D. M., et al. (2002) Cancer Res. 62, 4722-4729.
18. Rickman, D. S., Bobek, M. P., Misek, D. E., Kuick, R., Blaivas, M., Kurnit, D. M., Taylor, J. & Hanash, S. M. (2001) Cancer Res. 61, 6885-6891.
19. Ramaswamy, S., Ross, K. N., Lander, E. S. & Golub, T. R. (2003) Nat. Genet. 33, 49-54.
20. Dyrskjot, L., Thykjaer, T., Kruhoffer, M., Jensen, J. L., Marcussen, N., Hamilton-Dutoit, S., Wolf, H. & Orntoft, T. F. (2003) Nat. Genet. 33, 90-96.
21. Chen, X., Cheung, S. T., So, S., Fan, S. T., Barry, C., Higgins, J., Lai, K. M., Ji, J., Dudoit, S., Ng, I. O., et al. (2002) Mol. Biol. Cell 13, 1929-1939.
22. Bhattacharjee, A., Richards, W. G., Staunton, J., Li, C., Monti, S., Vasa, P., Ladd, C., Beheshti, J., Bueno, R., Gillette, M., et al. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 13790-13795.
23. Thomas, J. W., Touchman, J. W., Blakesley, R. W., Bouffard, G. G., Beckstrom-Sternberg, S. M., Margulies, E. H., Blanchette, M., Siepel, A. C., Thomas, P. J., McDowell, J. C., et al. (2003) Nature 424, 788-793.
24. Rubin, G. M., Yandell, M. D., Wortman, J. R., Gabor Miklos, G. L., Nelson, C. R., Hariharan, I. K., Fortini, M. E., Li, P. W., Apweiler, R., Fleischmann, W., et al. (2000) Science 287, 2204-2215.
25. Rhodes, D. R., Barrette, T. R., Rubin, M. A., Ghosh, D. & Chinnaiyan, A. M. (2002) Cancer Res. 62, 4427-4433.
26. Storey, J. D. & Tibshirani, R. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 9440-9445.
27. Eisen, M. B., Spellman, P. T., Brown, P. O. & Botstein, D. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 14863-14868.
28. Rosenwald, A., Wright, G., Chan, W. C., Connors, J. M., Campo, E., Fisher, R. I., Gascoyne, R. D., Muller-Hermelink, H. K., Smeland, E. B., Giltnane, J. M., et al. (2002) N. Engl. J. Med. 346, 1937-1947.
29. Ashburner, M., Ball, C. A., Blake, J. A., Botstein, D., Butler, H., Cherry, J. M., Davis, A. P., Dolinski, K., Dwight, S. S., Eppig, J. T., et al. (2000) Nat. Genet. 25, 25-29.
30. Ramaswamy, S., Tamayo, P., Rifkin, R., Mukherjee, S., Yeang, C. H., Angelo, M., Ladd, C., Reich, M., Latulippe, E., Mesirov, J. P., et al. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 15149-15154.
31. Hande, K. R. (1998) Biochim. Biophys. Acta 1400, 173-184.
32. Adams, J. (2002) Curr. Opin. Oncol. 14, 628-634.
33. Cao, R., Wang, L., Wang, H., Xia, L., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Jones, R. S. & Zhang, Y. (2002) Science 298, 1039-1043.
34. Meneghini, M. D., Wu, M. & Madhani, H. D. (2003) Cell 112, 725-736.
35. Kleer, C. G., Cao, Q., Varambally, S., Shen, R., Ota, I., Tomlins, S. A., Ghosh, D., Sewalt, R. G., Otte, A. P., Hayes, D. F., et al. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 11606-11611.
36. Bracken, A. P., Pasini, D., Capra, M., Prosperini, E., Colli, E. & Helin, K. (2003) EMBO J. 22, 5323-5335.
37. Heyer, B. S., Kochanowski, H. & Solter, D. (1999) Dev. Dyn. 215, 344-351.
38. Li, F., Ambrosini, G., Chu, E. Y., Plescia, J., Tognin, S., Marchisio, P. C. & Altieri, D. C. (1998) Nature 396, 580-584.
39. Watson, M. A., Gutmann, D. H., Peterson, K., Chicoine, M. R., Kleinschmidt-DeMasters, B. K., Brown, H. G. & Perry, A. (2002) Am. J. Pathol. 161, 665-672.
40. Giordano, T. J., Thomas, D. G., Kuick, R., Lizyness, M., Misek, D. E., Smith, A. L., Sanders, D., Aljundi, R. T., Gauger, P. G., Thompson, N. W., et al. (2003) Am. J. Pathol. 162, 521-531.
41. Gutmann, D. H., Hedrick, N. M., Li, J., Nagarajan, R., Perry, A. & Watson, M. A. (2002) Cancer Res. 62, 2085-2091.
42. Higgins, J. P., Shinghal, R., Gill, H., Reese, J. H., Terris, M., Cohen, R. J., Fero, M., Pollack, J. R., van de Rijn, M. & Brooks, J. D. (2003) Am. J. Pathol. 162, 925-932.
43. Iacobuzio-Donahue, C. A., Maitra, A., Olsen, M., Lowe, A. W., van Heek, N. T., Rosty, C., Walter, K., Sato, N., Parker, A., Ashfaq, R., et al. (2003) Am. J. Pathol. 162, 1151-1162.
44. Khatua, S., Peterson, K. M., Brown, K. M., Lawlor, C., Santi, M. R., LaFleur, B., Dressman, D., Stephan, D. A. & MacDonald, T. J. (2003) Cancer Res. 63, 1865-1870.
45. LaTulippe, E., Satagopan, J., Smith, A., Scher, H., Scardino, P., Reuter, V. & Gerald, W. L. (2002) Cancer Res. 62, 4499-4506.
46. Mutter, G. L., Baak, J. P., Fitzgerald, J. T., Gray, R., Neuberg, D., Kust, G. A., Gentleman, R., Gullans, S. R., Wei, L. J. & Wilcox, M. (2001) Gynecol. Oncol. 83, 177-185.
47. Powell, C. A., Spira, A., Derti, A., DeLisi, C., Liu, G., Borczuk, A., Busch, S., Sabasrabudhe, S., Chen, Y., Sugarbaker, D., et al. (2003) Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 29, 157-162.
48. Schaner, M. E., Ross, D. T., Ciaravino, G., Sorlie, T., Troyanskaya, O., Diehn, M., Wang, Y. C., Duran, G. E., Sikic, T. L., Caldeira, S., et al. (2003) Mol. Biol. Cell 14, 4376-4386.
49. Sotiriou, C., Powles, T. J., Dowsett, M., Jazaeri, A. A., Feldman, A. L., Assersohn, L., Gadisetti, C., Libutti, S. K. & Liu, E. T. (2002) Breast Cancer Res. 4, R3.