Interaction between poly[R]-3-hydroxybutyrate depolymerase and biodegradable polyesters evaluated by atomic force microscopy

Langmuir

Volumn 21, Issue 25, 2005, Pages 11829-11835

  Fujita, Masahiro ^a   Kobori, Yuka ^a,c   Aoki, Yoko ^b   Matsumoto, Nobuhiko ^b   Abe, Hideki ^a,b   Doi, Yoshiharu ^a,b   Hiraishi, Tomohiro ^a  

^a RIKEN   (Japan)

^b TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Japan)

^c Rd Management Section   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIODEGRADABLE POLYESTERS; PULL-OFF EVENTS; RETRACTION CURVES; SUBSTRATE-BINDING DOMAIN (SBD);

ADSORPTION; APPROXIMATION THEORY; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; BIODEGRADATION; POLYESTERS; SELF ASSEMBLY; SURFACE ACTIVE AGENTS;

ENZYMES;

EID: 29444446408     PISSN: 07437463     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la051903e     Document Type: Article

References (51)

1. Doi, Y. Microbial Polyesters; VCH Publishers: New York, 1990.
2. Jendrossek, D. Extracellular Polyhydroxyalkanoate Depolymerase: The Key Enzymes of PHA Degradation. In Biopolymers 3b Polyesters II; Doi, Y., Steinbüchel, A., Eds.; Wiley-VCH: Weinheim, 2002; p 41.
3. Tanio, T.; Fukui, T.; Shirakura, Y.; Saito, T.; Tomita, K.; Kaiho, T.; Masamune, S. Eur. J. Biochem. 1982, 124, 71-77.
4. Shirakura, Y.; Fukui, T.; Saito, T.; Okamoto, Y.; Narikawa, T.; Koide, K.; Tomita, K.; Takemasa, T.; Masamune, S. Biochim. Biophys. Acta 1986, 880, 46-53.
5. Fukui, T.; Narikawa, T.; Miwa, K.; Shirakura, Y.; Saito, T.; Tomita, K. Biochim. Biophys. Acta 1988, 952, 164-171.
6. Saito, T.; Suzuki, K.; Yamamoto, J.; Fukui, T.; Miwa, K.; Tomita, K.; Nakanishi, S.; Odani, S.; Suzuki, J.; Ishikawa K. J. Bacteriol. 1989, 171, 184-189.
7. Saito, T.; Iwata, A.; Watanabe, T. J. Environ. Polym. Degrad. 1993, 1, 99-105.
8. Nojiri, M.; Saito, T. J. Bacteriol. 1997, 179, 6965-6970.
9. Mukai, K.; Yamada, K.; Doi, Y. Int. J. Biol. Macromol. 1993, 15, 361-366.
10. Kasuya, K.; Inoue, Y.; Doi, Y. Int. J. Biol. Macromol. 1996, 19, 35-40.
11. Shinomiya, M.; Iwata, T.; Doi, Y. Int. J. Biol. Macromol. 1998, 22, 129-135.
12. Kasuya, K.; Ohura, T.; Masuda, K.; Doi, Y. Int. J. Biol. Macromol. 1999, 24, 329-336.
13. Tomasi, G.; Scandla, M.; Briese, B. H.; Jendrossek, D. Macromolecules 1996, 29, 507-513.
14. Abe, H.; Doi, Y.; Aoki, H.; Akehata, T. Macromolecules 1998, 31, 1791-1797.
15. (a) Janshoff, A.; Neitzert, M.; Oberdörfer, Y.; Fuchs, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 3212-3237.
16. (b) Willemsen, O. H.; Snel, M. M. E.; Cambi, A.; Greve, J.; De Grooth, B. G.; Figdor, C. G. Biophys. J. 2000, 79, 3267-3281.
17. (c) Hugel, T.; Seitz, M. Macromol. Rapid Commun. 2001, 22, 989-1016.
18. (a) Florin, E. L.; Moy, V. T.; Gaub, H. E. Science 1904, 264, 415-417.
19. (b) Moy, V. T.; Florin, E. L.; Gaub, H. E. Science 1994, 266, 257-259.
20. (c) Stuart, J. K.; Hlady, V. Langmuir 1995, 11, 1368-1374.
21. (a) Dammer, U.; Hegner, M.; Anselmetti, D.; Wagner, P.; Dreier, M.; Huber, W.; Güntherodt, H. J. Biophys. J. 1996, 70, 2437-2441.
22. (b) Hinterdorfer, P.; Baumgartner, W.; Gruber, H. J.; Schilcher, K.; Schindler, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3477-3481.
23. (c) Allen, S.; Chen, X.; Davies, J.; Davies, M. C.; Dawkes, A. C.; Edwards, J. C.; Roberts, C. J.; Sefton, J.; Tendler, S. J. B.; Williams, P. M. Biochemistry 1997, 36, 7457-7463.
24. (d) Harada, Y.; Kuroda, M.; Ishida, A. Langmuir 2000, 16, 708-715.
25. (e) Avci, R.; Schweitzer, M.; Boyd, R. D.; Wittmeyer, J.; Steele, A.; Toporski, J.; Beech, I.; Arce, F. T.; Spangler, B.; Cole, K. M.; McKay, D. S. Langmuir 2004, 20, 11053-11063.
26. (f) Berquand, A.; Xia, N.; Castner, D. G.; Clare, B. H.; Abbott, N. L.; Dupres, V.; Adriaensen, Y.; Dufrêne, Y. F. Langmuir 2005, 21, 5517-5523.
27. (g) Dupres, V.; Menozzi, F. D.; Locht, C.; Clare, B. H.; Abbott, N. L.; Cuenot, S.; Bompard, C.; Raze, D.; Dufrêne, Y. F. Nat. Methods 2005, 2, 515-520.
28. Dammer, U.; Popescu, O.; Wagner, P.; Anselmetti, D.; Guntherodt, H. J.; Misevic, N. Science 1995, 267, 1173-1175.
29. (a) Lee, G. U.; Chrisey, L. A.; Colton, R. J. Science 1994, 266, 771-773.
30. (b) Rief, M.; Clausen-Schaumann, H.; Gaub, H. E. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 346-349.
31. (a) Schönherr, H.; Hruska, Z.; Vancso, G. J. Macromolecules 1998, 31, 3679-3685.
32. (b) Ortiz, C.; Hadziioannou, G. Macromolecules 1999, 32, 780-787.
33. (c) Schönherr, H.; Beulen, M. W. J.; Bügler, J.; Huskens, J.; van Veggel, F. C. J. M.; Reinhoudt, D. N.; Vancso, G. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4963-4967.
34. (d) Schönherr, H.; Hruska, Z.; Vancso, G. J. Macromolecules 2000, 33, 4532-4537.
35. (e) Zapotoczny, S.; Auletta, T.; de Jong, M. R.; Schönherr, H.; Huskens, J.; van Veggel, F. C. J. M.; Reinhoudt, D. N.; Vancso, G. J. Langmuir 2002, 18, 6988-6994.
36. (f) Schneider, J.; Barger, W.; Lee, G. U. Langmuir 2003, 19, 1899-1907.
37. (g) Kado, S.; Kimura, K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4560-4564.
38. (h) Cui, S.; Liu, C.; Wang, Z.; Zhang, X.; Strandman, S.; Tenhu, H. Macromolecules 2004, 37, 946-953.
39. (a) Sigal, G. B.; Bamdad, C.; Barberis, A.; Strominger, J.; Whitesides, G. M. Anal. Chem. 1996, 68, 490-497.
40. (b) Kroger, D.; Liley, M.; Schiweek, W.; Skerra, A.; Vogel, H. Biosens. Bioelectron. 1999, 14, 155-161.
41. (c) Lee, J. K.; Kim, Y. G.; Chi, Y. S.; Yun, W. S.; Choi, I. S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7665-7673.
42. Kobori, Y.; Iwata, T.; Doi, Y.; Abe, H. Biomacromolecules 2004, 5, 530-536.
43. Hazel, J. L.; Tsukruk, V. V. Thin Solid Films 1999, 339, 249-257.
44. Gergely, C.; Voegel J. C.; Schaaf, P.; Senger, B.; Maaloum, M.; Hörber, J. K. H.; Hemmerlé J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10802-10807.
45. Yamashita, K.; Aoyagi, Y.; Abe, H.; Doi, Y. Biomacromolecules 2001, 2, 25-28.
46. Brogan, K. L.; Shin, J. H.; Schoenfisch, M. H. Langmuir 2004, 20, 9729-9735.
47. Grandbois, M.; Beyer, M.; Rief, M.; Clausen-Schaumann, H.; Gaub, H. E. Science 1999, 283, 1727-1730.
48. (a) Conti, M.; Falini, G.; Samori, B. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 215-218.
49. (b) Schmidtt, L.; Ludwig, M.; Gaub, H. E.; Tampe, R. Biophys. J. 2000, 78, 3275-3285.
50. (c) Kienberger, F.; Kada, G.; Gruber, H. J.; Pastushenko, V. P.; Riener, C.; Trieb, M.; Knaus, H.-G.; Schindler, H.; Hinterdorfer, P. Single Mol. 2000, 1, 59-65.
51. Kienberger, F.; Kada, G.; Mueller, H.; Hinterdoefer, P. J. Mol. Biol. 2005, 347, 597-606.