Identification of novel and cell type enriched cofactors of the transcription activation domain of RelA (p65 NF-κB)

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 4, 2005, Pages 1381-1390

  Owen, Heather R ^a   Quadroni, Manfredo ^a   Bienvenut, Willy ^b   Buerki, Christine ^a   Hottiger, Michael O ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

^b UNIVERSITY OF LAUSANNE   (Switzerland)

Author keywords

Cofactors; Mass spectrometry; NF B; p65; RelA; Transcription

Indexed keywords

IMMUNOGLOBULIN ENHANCER BINDING PROTEIN; SYNAPTOTAGMIN; TRANSCRIPTION FACTOR RELA;

ARTICLE; CELL NUCLEUS; CELL TYPE; COMPLEX FORMATION; ELECTROPHORESIS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MOLECULAR BIOLOGY; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN BINDING; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN ISOLATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRANSCRIPTION REGULATION;

ANIMALS; CELL LINE; DATABASES, PROTEIN; DNA-BINDING PROTEINS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NF-KAPPA B; NUCLEAR PROTEINS; PROMOTER REGIONS (GENETICS); PROTEIN BINDING; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEIN SUBUNITS; RECOMBINANT FUSION PROTEINS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TRANS-ACTIVATION (GENETICS); TRANS-ACTIVATORS; TRANSCRIPTION FACTOR RELA;

EID: 23944471661     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0500713     Document Type: Article

References (64)

1. Pahl, H. L. Oncogene 1999, 18, 6853-6866.
2. Karin, M.; Cao, Y.; Greten, F. R.; Li, Z. W. Nat. Rev. Cancer 2002, 2, 301-310.
3. Beg, A. A.; Sha, W. C.; Bronson, R. T.; Ghosh, S.; Baltimore, D. Nature 1995, 376, 167-170.
4. Schmitz, M. L.; dos Santos Silva, M. A.; Altmann, H.; Czisch, M.; Holak, T. A.; Baeuerle, P. A. J. Biol. Chem. 1994, 269, 25613-25620.
5. Schmitz, M. L.; dos Santos Silva, M. A.; Baeuerle, P. A. J. Biol. Chem. 1995, 270, 15576-15584.
6. Perkins, N. D.; Felzien, L. K.; Betts, J. C.; Leung, K.; Beach, D. H.; Nabel, G. J. Science 1997, 275, 523-527.
7. Gerritsen, M. E.; Williams, A. J.; Neish, A. S.; Moore, S.; Shi, Y.; Collins, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 2927-2932.
8. Na, S. Y.; Lee, S. K.; Ran, S. J.; Choi, H. S.; Im, S. Y.; Lee, J. W. J. Biol. Chem. 1998, 273, 10831-10834.
9. Sheppard, K. A.; Rose, D. W.; Haque, Z. K.; Kurokawa, R.; McInerney, E.; Westin, S.; Thanos, D.; Rosenfeld, M. G.; Glass, C. K.; Collins, T. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 6367-6378.
10. Schmitz, M. L.; Stelzer, G.; Altmann, H.; Meisterernst, M.; Baeuerle, P. A. J. Biol. Chem. 1995, 270, 7219-7226.
11. Yamit-Hezi, A.; Dikstein, R. Embo J. 1998, 17, 5161-5169.
12. Dikstein, R.; Zhou, S.; Tjian, R. Cell 1996, 87, 137-146.
13. Guermah, M.; Malik, S.; Roeder, R. G. Mol. Cell. Biol. 1998, 18, 3234-3244.
14. Paal, K.; Baeuerle, P. A.; Schmitz, M. L. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1050-1055.
15. Akusjarvi, G. Trends Microbiol. 1993, 1, 163-170.
16. Uranishi, H.; Tetsuka, T.; Yamashita, M.; Asamitsu, K.; Shimizu, M.; Itoh, M.; Okamoto, T. J. Biol. Chem. 2001, 276, 13395-13401.
17. Werbajh, S.; Nojek, I.; Lanz, R.; Costas, M. A. FEBS Lett. 2000, 405, 195-199.
18. Yang, J. P.; Hori, M.; Takahashi, N.; Kawabe, T.; Kato, H.; Okamoto, T. Oncogene 1999, 18, 5177-5186.
19. Benezra, M.; Chevallier, N.; Morrison, D. J.; MacLachlan, T. K.; El-Deiry, W. S.; Licht, J. D. J. Biol. Chem. 2003, 278, 26333-26341.
20. Tetsuka, T.; Uranishi, H.; Sanda, T.; Asamitsu, K.; Yang, J. P.; Wong-Staal, F.; Okamoto, T. Eur. J. Biochem. 2004, 271, 3741-3751.
21. Covic, M.; Hassa, P. O.; Saccani, S.; Buerki, C.; Meier, N. I.; Lombardi, C.; Imhof, R.; Bedford, M. T.; Natoli, G.; Hottiger, M. O. Embo J. 2005, 24, 85-96.
22. Hassa, P. O.; Hottiger, M. O. Biol. Chem. 1999, 380, 953-959.
23. Ashburner, B. P.; Westerheide, S. D.; Baldwin, A. S., Jr. Mol. Cell Biol. 2001, 21, 7065-7077.
24. Chen, L.; Fischle, W.; Verdin, E.; Greene, W. C. Science 2001, 293, 1653-1657.
25. Higashitsuji, H.; Nagao, T.; Nonoguchi, K.; Fujii, S.; Itoh, K.; Fujita, J. Cancer Cell 2002, 2, 335-346.
26. Wu, M.; Xu, L. G.; Zhai, Z.; Shu, H. B. J. Biol. Chem. 2003, 278, 27072-27079.
27. Lee, S. K.; Na, S. Y.; Jung, S. Y.; Choi, J. E.; Jhun, B. H.; Cheong, J.; Meltzer, P. S.; Lee, Y. C.; Lee, J. W. Mol Endocrinol. 2000, 14, 915-925.
28. Yamit-Hezi, A.; Nir, S.; Wolstein, O.; Dikstein, R. J. Biol. Chem. 2000, 275, 18180-18187.
29. Wilm, M.; Shevchenko, A.; Houthaeve, T.; Breit, S.; Schweigerer, L.; Fotsis, T.; Mann, M. Nature 1996, 379, 466-469.
30. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
31. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
32. Naar, A. M.; Beaurang, P. A.; Zhou, S.; Abraham, S.; Solomon, W.; Tjian, R. Nature 1999, 398, 828-832.
33. Bouwmeester, T.; Bauch, A.; Ruffner, H.; Angrand, P. O.; Bergamini, G.; Croughton, K.; Crucial, C.; Eberhard, D.; Gagneur, J.; Ghidelli, S.; Hopf, C.; Huhse, B.; Mangano, R.; Michon, A. M.; Schirle, M.; Schlegl, J.; Schwab, M.; Stein, M. A.; Bauer, A.; Casari, G.; Drewes, G.; Gavin, A. C.; Jackson, D. B.; Joberty, G.; Neubauer, G.; Rick, J.; Kuster, B.; Superti-Furga, G. Nat. Cell. Biol. 2004, 6, 97-105.
34. Yang, J.; Yu, Y.; Hamrick, H. E.; Duerksen-Hughes, P. J. Carcinogenesis 2003, 24, 1571-1580.
35. Tibbetts, R. S.; Brumbaugh, K. M.; Williams, J. M.; Sarkaria, J. N.; Cliby, W. A.; Shieh, S. Y.; Taya, Y.; Prives, C.; Abraham, R. T. Genes Dev. 1999, 13, 152-157.
36. Salles-Passador, I.; Fotedar, A.; Fotedar, R. C.R. Acad. Sci. III 1999, 322, 113-120.
37. Canman, C. E.; Lim, D. S.; Cimprich, K. A.; Taya, Y.; Tamai, K.; Sakaguchi, K.; Appella, E.; Kastan, M. B.; Siliciano, J. D. Science 1998, 281, 1677-1679.
38. Lakin, N. D.; Jackson, S. P. Oncogene 1999, 18, 7644-7655.
39. Lee, S. J.; Dimtchev, A.; Lavin, M. F.; Dritschilo, A.; Jung, M. Oncogene 1998, 17, 1821-1826.
40. Piret, B.; Schoonbroodt, S.; Piette, J. Oncogene 1999, 18, 2261-2271.
41. Woodard, R. L.; Anderson, M. G.; Dynan, W. S. J. Biol. Chem. 1999, 274, 478-485.
42. Schmidt, D. R.; Schreiber, S. L. Biochemistry 1999, 38, 14711-14717.
43. Martinez, E.; Palhan, V. B.; Tjernberg, A.; Lymar, E. S.; Camper, A. M.; Kundu, T. K.; Chait, B. T.; Boeder, R. G. Mol. Cell. Biol. 2001, 21, 6782-6795.
44. Vassilev, A.; Yamauchi, J.; Kotani, T.; Prives, C.; Avantaggiati, M. L.; Qin, J.; Nakatani, Y. Mol. Cell. 1998, 2, 869-875.
45. Brand, M.; Yamamoto, K.; Staub, A.; Tora, L. J. Biol. Chem. 1999, 274, 18285-18289.
46. Cavusoglu, N.; Brand, M.; Tora, L.; Van Dorsselaer, A. Proteomics 2003, 3, 217-223.
47. Ikura, T.; Ogryzko, V. V.; Grigoriev, M.; Groisman, R.; Wang, J.; Horikoshi, M.; Scully, R.; Qin, J.; Nakatani, Y. Cell 2000, 102, 463-473.
48. Herceg, Z.; Li, H.; Cuenin, C.; Shukla, V.; Radolf, M.; Steinlein, P.; Wang, Z. Q. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 7011-7023.
49. McMahon, S. B.; Van Buskirk, H. A.; Dugan, K. A.; Copeland, T. D.; Cole, M. D. Cell 1998, 94, 363-374.
50. Ard, P. G.; Chatterjee, C.; Kunjibettu, S.; Adside, L. R.; Gralinski, L. E.; McMahon, S. B. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 5650-5661.
51. Yanagisawa, J.; Kitagawa, H.; Yanagida, M.; Wada, O.; Ogawa, S.; Nakagomi, M.; Oishi, H.; Yamamoto, Y.; Nagasawa, H.; McMahon, S. B.; Cole, M. D.; Tora, L.; Takahashi, N.; Kato, S. Mol. Cell. 2002, 9, 553-562.
52. Kiernan, R.; Bres, V.; Ng, R. W.; Coudart, M. P.; El Messaoudi, S.; Sardet, C.; Jin, D. Y.; Emiliani, S.; Benkirane, M. J. Biol. Chem. 2003, 278, 2758-2766.
53. Favier, D.; Gonda, T. J. Oncogene 1994, 9, 305-311.
54. Tavner, F. J.; Simpson, R.; Tashiro, S.; Favier, D.; Jenkins, N. A.; Gilbert, D. J.; Copeland, N. G.; Macmillan: E. M.; Lutwyche, J.; Keough, R. A.; Ishii, S.; Gonda, T. J. Mol. Cell. Biol. 1998, 18, 989-1002.
55. Jones, L. C.; Okino, S. T.; Gonda, T. J.; Whitlock, J. P., Jr. J. Biol. Chem. 2002, 277, 22515-22519.
56. Fan, M.; Rhee, J.; St-Pierre, J.; Handschin, C.; Puigserver, P.; Lin, J.; Jaeger, S.; Erdjument-Bromage, H.; Tempst, P.; Spiegelman, B. M. Genes Dev. 2004, 18, 278-289.
57. Fukata, M.; Nakagawa, M.; Itoh, N.; Kawajiri, A.; Yamaga, M.; Kuroda, S.; Kaibuchi, K. Mol. Cell. Biol. 2001, 21, 2165-2183.
58. Mataraza, J. M.; Briggs, M. W.; Li, Z.; Entwistle, A.; Ridley, A. J.; Sacks, D. B. J. Biol. Chem. 2003, 270, 41237-41245.
59. Briggs, M. W.; Li, Z.; Sacks, D. B. J. Biol. Chem. 2002, 277, 7453-7465.
60. Schwirzke, M.; Gnirke, A.; Bork, P.; Tarin, D.; Weidle, U. H. Anticancer Res. 1998, 18, 1409-1421.
61. Nagase, T.; Seki, N.; Ishikawa, K.; Ohira, M.; Kawarabayasi, Y.; Ohara, O.; Tanaka, A.; Kotani, H.; Miyajima, N.; Nomura, N. DNA Res. 1996, 3, 321-329, 341-354.
62. Keough, R.; Woollatt, E.; Crawford, J.; Sutherland, G. R.; Plummer, S.; Casey, G.; Gonda, T. J. Genomics 1999, 62, 483-489.
63. Blazek, E.; Mittler, G.; Meisterernst, M. Chromosoma 2005.
64. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169.