Characterization of Aromatic-Amide(Side-Chain) Interactions in Proteins through Systematic ab Initio Calculations and Data Mining Analyses

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 104, Issue 19, 2000, Pages 4521-4532

  Duan, Guilin ^a   Smith Jr , Vedene H ^a   Weaver, Donald F ^a  

^a QUEEN S UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0034682341     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp993381f     Document Type: Article

References (72)

1. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. Chem. Rev. 1994, 94, 1767.
2. Walter, E. A.; Grover, J. R.; White, M. G.; Hui, E. T. J. Phys. Chem. 1985, 89, 3814.
3. Nowak, R.; Menapace, J. A.; Bernstein, E. R. J. Chem. Phys. 1988, 89, 1309.
4. Nagy, P. I.; Ulmer, C. W.; Smith, D. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 6813.
5. Cheng, B. M.; Grover, J. R.; Waters, E. A. Chem. Phys. Lett. 1995, 232, 364.
6. Suzuki, S.; Green, P. G.; Bumgarner, R. E.; Dasgupta, S.; Goddard, W. A.; Blake, G. A. Science 1992, 257, 942.
7. Atwood, J. L.; Hamada, F.; Robinson, K. D.; Orr, G. W.; Vincent, R. L. Nature 1991, 349, 683.
8. Wasksman, G.; Kominos, D.; Robertson, S. C.; Pant, N.; Baltimore, D.; Birge, R. B.; Cowburn, H.; Hanafusa, H.; Mayer, B. J.; Overduin, M.; Resh, M. D.; Rios, C. B.; Silverman, L.; Kuriyan, J. Nature 1992, 358, 646.
9. Rodham, D. A.; Susuki, S.; Suenram, R. D.; Lovas, F. J.; Dasgupta, S.; Goddard, W. A.; Blake, G. A. Nature 1993, 362, 735.
10. Henson, B. F.; Hartland, C. V.; Venturo, V. A.; Felker, P. M. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2189.
11. Arunan, E.; Gutowsky, H. S. J. J. Chem. Phys. 1993, 98, 4294.
12. Ebata, T.; Hamakado, M.; Moriyama, S.; Morioka, Y.; Ito, M. Chem. Phys. Lett. 1992, 199, 33.
13. Karlstrom, G.; Linse, P.; Wallqvist, A.; Jonssen, B. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 377.
14. Carsky, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. Chem. Phys. 1988, 125, 165.
15. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Chem. Phys. 1990, 93, 5893.
16. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Chem. Phys. 1993, 97, 3937.
17. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3500.
18. Sun, S.; Berstein, B. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13384.
19. Tsuzuki, S.; Uchimaru, T.; Tanabe, K. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1994, 307, 107.
20. Garrett, A. W.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3402.
21. Venturo, V. A.; Felker, P. M. J. Chem. Phys. 1993, 99, 748.
22. Chipot, C.; Jaffe, R.; Maigret, B.; Pearlman, D. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11217.
23. Felker, P. M.; Maxton, P. M.; Schaeffer, M. W. Chem. Rev. 1994, 94, 1787.
24. Law, K. S.; Schauer, M.; Bernstein, E. R. J. Chem. Phys, 1984, 81, 4871.
25. Jaffe, R.; Smith, G. D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1780.
26. (a) Hunter, C. A.; Sanders, J. K. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5525.
27. (b) Stone, A. J. Theory of Intermolecular Forces; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1996; Chapter 7.
28. Burley, S. K.; Petsko, G. A. Science 1985, 229, 23.
29. Deakyne, C. A.; Meot-Ner, M. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 474.
30. Sunner, J.; Nishizawa, K.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1981, 85, 1814.
31. Singh, J.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1990, 211, 595.
32. Mitchell, J. B. O.; Nandi, C. L.; McDonald, I. K.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1994, 239, 315.
33. Dougherty, D. A. Science 1996, 271, 163.
34. Kumpfand, R. A.; Dougherty, D. A. Science 1993, 261, 1708.
35. Admas, H.; Harris, K. D. M.; Hembury, G. A.; Hunler, C. A.; Livingston, D.; McCabe, J. F. Chem. Commun. 1996, 2531.
36. Duan, G.; Smith, V. H., Jr.; Weaver, D. F. Chem. Phys. Lett. 1999, 310, 323.
37. Huiszoon, C.; Mulder, F. Mol. Phys. 1979, 38, 1497.
38. Hirota, E.; Sugisaki, R.; Vielsen, C. J.; Sorensen, O. J. Mol. Spectrosc. 1974, 49, 251.
39. Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; Kleibomer, B. K. J. Mol. Spectrosc. 1987, 124, 34.
40. Chalasinski, G.; Szczesniak, M. M. Mol. Phys. 1988, 63, 205.
41. Chalasinski, G.; Szczesniak, M, M.; Cybulski, S. M. J. Chem. Phys. 1990, 92, 2481.
42. Sadlej, J.; Buch, V. J. Chem. Phys. 1994, 100, 4272.
43. Gutowski, M.; Chalasinski, G, J. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5540.
44. Liu, B.; Mclean, A. D. J. Chem. Phys. 1989, 91, 2348.
45. Yang, J.; Kestner, N. R. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9241.
46. Eggenberger, R.; Gerber, R.; Huber, S.; Searls, D. Chem. Phys. Lett. 1991, 183, 223.
47. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; et al. Gaussian 94, Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1994.
49. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Mayer, G. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasami, M. J. Mol Biol. 1977, 112, 535.
50. (a) Duan, G. Ph.D. Thesis, Department of Chemistry, Queen's University, 2000.
51. (b) Wall, L.; Christiansen, T.; Schwartz, R. L. Programming Perl 2nd ed.; O'Reilly & Associates, Inc.: Cambridge, U.K., 1996.
52. Hobza, P.; Heinrich, L.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18790.
53. Mayer, I.; Vibok, A. Int. J. Quantum Chem. 1991, 40, 139.
54. Sadlej, A. Chem. Phys. 1991, 95, 6705.
55. Cook, D. B.; Sordo, T. L.; Sordo, J. A. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1990, 2185.
56. Karlstrom, G.; Sadlej, A. J. Theor. Chim. Acta 1982, 61, 1.
57. Novoa, J. J.; Planas, M.; Rovira, M. C. Chem. Phys. Lett. 1996, 251, 33.
58. Feyereisen, M. W.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2993.
59. Kang, H. C. Chem. Phys. Lett. 1996, 254, 135.
60. Cybulski, S. M.; Chalsinski, G. Chem. Phys. Lett. 1992, 197, 591.
61. Chalasinski, G.; Szczesniak, M. M. Chem. Rev. 1994, 94, 1723.
62. Sponer, J.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 1997, 267, 163.
63. Hobza, P.; Sponer, J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 1996, 388, 115.
64. Novou, J. J.; Sosa, C. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15837.
65. Latajka, Z.; Bouteiller, Y. J. Chem. Phys. 1994, 101, 9793.
66. Ruiz, E.; Salahub, D. R.; Vela, A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12265.
67. Hobza, P.; Bludsky, O.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Chem. Phys. 1993, 98, 6223.
68. Politzer, P.; Daiker, V. C. Molecular Electrostatic Potential and Chemical Reactivity. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH: Cambridge, U.K., 1995.
69. Thomas, K. A.; Smith, G. M.; Thomas, T. M.; Feldman, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4843.
70. Minor, W.; Steczko, J.; Stec, B.; Otwinowski, Z.; Bolin, J. T.; Walter, R.; Axelrod, B. Biochemistry 1996, 35, 10687.
71. Boulot, G.; Bentley, G. A.; Karjalainen, K.; Mariuzza, R. A. J. Mol. Biol. 1994, 235, 795.
72. Allen, K. N.; Lavie, A.; Petsko, G. A.; Ringe, D. Biochemistry, 1995, 34, 3742.