Measurement of ribose carbon chemical shift tensors for A-form RNA by liquid crystal NMR spectroscopy

Journal of the American Chemical Society

Volumn 127, Issue 20, 2005, Pages 7387-7396

  Bryce, David L ^a,b   Grishaev, Alexander ^a   Bax, Ad ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

^b UNIVERSITY OF OTTAWA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANISOTROPY; CHEMICAL BONDS; DECOMPOSITION; MAGNETIC FIELDS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; RNA; SPECTROSCOPY; X RAY ANALYSIS;

CHEMICAL SHIFT (CS); NUCLEUS-SPECIFIC CHEMICAL SHIFT; SHEILDING ANISOTROPY;

LIQUID CRYSTALS;

CARBON; RIBOSE; RIBOSOME RNA;

ANISOTROPY; ARTICLE; DECOMPOSITION; LIQUID CRYSTAL; MAGNETIC FIELD; MEASUREMENT; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN STRUCTURE; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; QUANTUM CHEMISTRY; RNA ANALYSIS;

ANISOTROPY; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; QUANTUM THEORY; RIBOSE; RNA;

EID: 19744374175     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja051039c     Document Type: Article

References (72)

1. Wüthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; John Wiley & Sons: New York, 1986.
2. Metzler, W.; Wang, C.; Kitchen, D.; Levy, R.; Pardi, A. J. Mol. Biol. 1990, 214, 711-736.
3. Ulyanov, N. B.; Gorin, A. A.; Zhurkin, V. B.; Chen, B. C; Sarma, M. H.; Sarma, R. H. Biochemistry 1992, 31, 3918-3930.
4. Allain, F. H. T.; Varani, G. J Mol. Biol. 1997, 267, 338-351.
5. Mollova, E. T.; Hansen, M. R.; Pardi, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11561-11562.
6. Bayer, P.; Varani, L.; Varani, G. J. Biomol. NMR 1999, 14, 149-155.
7. Sibille, N.; Pardi, A.; Simorre, J. P.; Blackledge. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12135-12146.
8. Stefl, R.; Wu, H. H.; Ravindranathan, S.; Sklenar, V.; Feison, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 1177-1182.
9. Mac-Donald, D.; Lu, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 337-343.
10. Barbic, A.; Zimmer, D. P.; Crothers, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 2369-2373.
11. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114.
12. Hansen, M. R.; Mueller, L.; Pardi, A. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 1065-1074.
13. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10571-10572.
14. Sass, H. J.; Musco, G.; Stahl, S. J.; Wingfield, P. T.; Grzesiek, S. J. Biomol. NMR 2000, 18, 303-309.
15. Tycko, R.; Blanco, F. J.; Ishii, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9340-9341.
16. Kim, I.; Lukavsky, P. J.; Puglisi, J. D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9338-9339.
17. Kung, H. C.; Wang. K. Y.; Goljer, I.; Bollon, P. H. J. Magn. Reson Ser. B 1995, 109, 323-325.
18. Gayathri, C.; Bothnerby, A. A.; Vanzijl, P. C. M.; Maclean, C. Chem. Phys. Lett. 1982, 87, 192-196.
19. Bryce, D. L.; Boisbouvier, J.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10820-10821.
20. Al-Hashimi, H. M.; Tolman, J. R.; Majumdar, A.; Gorin, A.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5806-5807.
21. Van Buuren, B. N. M.; Schleucher, A.; Wittmann, V.; Griesineer, C.; Schwalbe, H.; Wijmenga, S. S. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 187-192.
22. Zhang, Q.; Throolin, R.; Pitt, S. W.; Serganov, A.; Al-Hashimi, H. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10530-10531.
23. Clore, G. M.; Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1518-1525.
24. Reif, B.; Hennig, M.; Griesinger, C. Science 1997, 276, 1230-1233.
25. Tu, K. C.; Cochin, M.; Kollman, P. FASEB J. 1997, 11, A835-A835.
26. Boisbouvier, J.; Gans, P.; Blackledge, M.; Brutscher, B.; Marion, D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7700-7701.
27. Chiarparin, E.; Rudisser, S.; Bodenhausen, G., ChemPhysChem 2001, 2, 41-45.
28. Lukavsky, P. J.; Kim, I.; Otto, G. A.; Puglisi, J. D. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 1033-1038.
29. Leeper, T.; Leulliot, N.; Varani, G. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2614-2621.
30. Lawrence, D. C.; Stover, C. C.; Noznitsky, J.; Wu. Z. R.; Summers, M. F. J. Mol. Biol. 2003, 326, 529-542.
31. Wu, H. H.; Henras, A.; Chanfreau, G.; Feigon, J. Proc. Natl. Acad. U.S.A. 2004, 101, 8307-8312.
32. Boisbouvier, J.; Delaglio, F.; Bax, A. Proc. Natl. Acad. U.S.A. 2003, 100, 11333-11338.
33. Cornilescu, G.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10143-10154.
34. Lipsitz, R. S.; Tjandra, N. J. Magn. Reson 2003, 164, 171-176.
35. Cornilescu, G.; Marquardt, J. L.; Ottiger, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6836-6837.
36. Tugarinov, V.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 2003, 327, 1121-1133.
37. Markwick, P. R. L.; Sattler, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11424-11425.
38. Cisnetti, F.; Loth, K.; Pelupessy, P.; Bodenhausen, G. ChemPhysChem 2004, 5, 807-814.
39. Wu, Z. R.; Tjandra, N.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3617-3618.
40. O'Neil-Cabello, E.; Wu, Z.; Bryce, D. L.; Nikonowicz, E. P.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2004, 50, 61-70.
41. Wu, Z.; Delaglio, F.; Tjandra, N.; Zhurkin, V. B.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2003, 26, 297-315.
42. Herzfeld, J.; Griffin, R. G.; Haberkorn, R. A. Biochemistry 1978, 17, 2711-2718.
43. Stueber, D.; Grant, D. M., J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10539-10551.
44. Jaroniec, C. P.; Boisbouvier, J.; Tworowska, I.; Nikonowicz, E. P.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2005, 31, 231-241.
45. O'Neil-Cabello, E.; Bryce, D. L.; Nikonowicz, E. P.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 66-67.
46. Losonczi, J. A.; Andrec, M.; Fischer, M. W. F.; Prestegard, J. H. J. Magn. Reson 1999, 138, 334-342.
47. Sass, J.; Cordier, F.; Hoffmann, A.; Rogowski, M.; Cousin, A.; Omichinski, J. G.; Lowen, H.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2047-2055.
48. Kay, L. E.; Keifer, P.; Saarinen, T. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10663-10665.
49. Piotto, M.; Saudek, V.; Sklenár, V. J. Biomol. NMR 1992, 2, 661-665.
50. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister. G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293.
51. Geen, H.; Freeman, R. J. Magn. Reson 1991, 93, 93-141.
52. Kontaxis, G.; Clore, G. M.; Bax, A. J. Magn. Reson. 2000, 143, 184-196.
53. Frisch, M. J. et al. Gaussian03, Revision C02: Gaussian Inc.; Wallingford CT, 2004.
54. Klosterman, P. S.; Shah, S. A.; Steitz, T. A. Biochemistry 1999, 38, 14784-14792.
55. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868.
56. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396-1396.
57. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
58. Ditchfield, R. Mol. Phys. 1974, 27, 789-807.
59. Wolinski, K.; Hinton, J. F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1990. 112, 8251-8260.
60. Tjandra, N.; Tate, S.; Ono. A.; Kainosho, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6190-6200.
61. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z., Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
62. Eichele, K.; Wasylishen, R. E. WSOLIDSI NMR Simulation Package, Version 1.17.30; University of Tubingen (http://casgni3.anorg.chemie.uni-tuebingen.de/ klaus/soft/inclex.html). 2001.
63. Stark, R. E.; Jelinski, L. W.; Ruben, D. J.; Torchia, D. A.; Griffin, R. G. J. Magn. Reson 1983, 55, 266-273.
64. Teng, Q.; Iqbal, M.; Cross, T. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5312-5321.
65. Lumsden, M. D.; Wasylishen, R. E.; Eichele, K.; Schindler, M.; Penner, G. H.; Power, W. P.; Curtis, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1403-1413.
66. Schindler, M.; Kutzelnigg, W. J. Chem. Phys. 1982, 76, 1919-1933.
67. Rossi, P.; Harbison, G. S. J. Magn. Reson 2001, 151, 1-8.
68. Ebrahimi, M.; Rossi, P.; Rogers, C.; Harbison, G. S. J. Magn. Reson 2001, 150, 1-9.
69. Boisbouvier, J.; Brutscher, B.; Pardi, A.; Marion, D.; Simorre, J. P., J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6779-6780.
70. Dejaegere, A. P.; Case, D. A., J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5280-5289.
71. Scott, L. G.; Tolbert, T. J.; Williamson, J. R., Methods Enzymol. 2000, 317, 18-38.
72. Furtig, B.; Richter, C.; Bermel, W.; Schwalbe, H., J. Biomol. NMR 2004, 28, 69-79.