Density functional study of ribose and deoxyribose chemical shifts

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 102, Issue 27, 1998, Pages 5280-5289

  Dejaegere, Annick P ^a,b   Case, David A ^c  

^a UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

^b UNIVERSITÉ LOUIS PASTEUR   (France)

^c SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001497165     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp980926h     Document Type: Article

References (61)

1. Pardi, A.; Wagner, G.; Wüthrich, K. Eur. J. Biochem. 1983, 137, 445.
2. Szilagyi, L.; Jardetzky, O. J. Magn. Reson. 1989, 83, 441.
3. Pastore, A.; Saudek, V. J. Magn. Reson. 1990, 90, 165.
4. Spera, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5490.
5. Wishart, D. S.; Sykes, B. D.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1991, 222, 311.
6. Wishart, D. S.; Sykes, B. D.; Richards, F. M. Biochemistry 1992, 31, 1647.
7. Wishart, D. S.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1994, 4, 171.
8. Ösapay, K.; Case, D. A. J. Biomol. NMR 1994, 4, 215.
9. Ösapay, C.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9436.
10. Asakura, T.; Taoka, K.; Demura, M.; Williamson, M. P. J. Biomol. NMR 1995, 6, 227.
11. Williamson, M. P.; Asakura, T.; Nakamura, E.; Demura, M. J. Biomol. NMR 1992, 2, 83.
12. Williamson, M. P., Asakura, T. J. Magn. Reson. 1993, 101, 63.
13. Le, H. B.; Pearson, J. G.; de Dios, A. C.; Oldfield, E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3800.
14. Oldfield, E. J. Biomol. NMR 1995, 5, 217.
15. Sulzbach, H. M.; Schleyer, P. V. R.; Schaefer, H. F. I. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3967.
16. Sulzbach, H. M.; Schleyer, P. V. R.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2632.
17. Jiao, D.; Barfield, M.; Hruby, V. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10883.
18. Chesnut, D. B.; Phung, C. G. In Nuclear Magnetic Shieldings and Molecular Structure; Tossell, J. A., Ed.; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, 1993.
19. Malkin, V. G.; Malkina, O. L.; Casida, M. E.; Salahub, D. R. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5898.
20. Pearson, J. G.; Wang, J. F.; Markley, J. L.; Le, H.; Oldfield, E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8823.
21. de Dios, A. C.; Oldfield, E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5307.
22. Sulzbach, H. M.; Vacek, G.; Shreiner, P. R.; Galbraith, J. M.; Schleyer, P. v. R.; Schaefer, H. F. I. J. Comput. Chem. 1997, 18, 126.
23. Case, D. A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 341.
24. Giessner-Prettre, C.; Pullman, B. Q. Rev. Biophys, 1987, 20, 113.
25. van de Ven, F. J. M.; Hilbers, C. W. Eur. J. Biochem. 1988, 178, 1.
26. van de Ven, F. J. M.; Hilbers, C. W. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 5713.
27. Wijmenga, S. S.; Mooren, M. M. W.; Hilbers, C. W. In NMR of nucleic acids; from spectrum to structure; Roberts, G. C. K., Ed.; Oxford University Press: Oxford, 1993.
28. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Pen, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94 Revision C.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1994.
29. Becke, A. D. Phys. Rev. A. 1988, 38, 3098.
30. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
31. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schelyer, P. v. R.; Pople, J. A. Molecular Orbital Theory; John Wiley: New York, 1986.
32. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1983.
33. Gelbin, A.; Schneider, B.; Clowney, L.; Hsieh, S.-H.; Olson, W. K.; Berman, H. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 519.
34. Ramsey, N. F. Phys. Rev. 1950, 78, 699.
35. Kutzelnigg, W.; Fleischer, U.; Schindler, M. NMR, Basic Principles and Progress; Springer-Verlag: New York, 1990.
36. Tjandra, N.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9576.
37. Santos, R. A.; Tang, P.; Harbison, G. S. Biochemistry 1989, 28, 9372.
38. Harbison, G. S.; Smith, S. O.; Pardoen, J. A.; Courtin, J. M. L.; Lugtenburg, J.; Herzfeld, J.; Mathies, R. A.; Griffin, R. G. Biochemistry 1985, 24, 6955.
39. Sitkoff, D.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12262.
40. Raap, J.; van Boom, J. H.; van Lieshout, H. C.; Haasnoot, C. A. G. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 2736.
41. Podlasek, C. A.; Stripe, W. A.; Carmichael, I.; Shang, M.; Basu, B.; Serianni, A. S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1413.
42. Chesnut, D. B. Rev. Comput. Chem. 1996, 8, 246.
43. Ritchie, R. G. S.; Cyr, N.; Korsch, B.; Koch, H. J.; Perlin, A. S. Can. J. Chem. 1975, 53, 1424.
44. Jameson, C. J. J. Chem. Phys. 1977, 66, 4977.
45. Jameson, A. K.; Jameson, C. J. Chem. Phys. Lett. 1987, 134, 461.
46. Jameson, C. J. Chem. Rev. 1991, 91, 1375.
47. Lankhorst, P. P.; Erkelens, C.; Haasnoot, C. A. G.; Altona, C. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 7215.
48. Stone, M. P.; Winkle, S. A.; Borer, P. N. J. Biomol. Struct. Dyn. 1986, 3, 767.
49. Allain, F. H. T.; Varani, G. J. Mol. Biol. 1995, 250, 333.
50. Allain, F. H. T.; Varani, G. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 341.
51. Varani, G.; Tinoco, I. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9349.
52. Cheong, C.; Varani, G.; Tinoco, I. Nature 1990, 346, 680.
53. Jucker, F. M.; Pardi, A. Biochemistry 1995, 34, 14416.
54. Tjandra, N.; Szabo, A.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6986.
55. Havlin, R. H.; Le, H.; Laws, D. D.; deDios, A. C.; Oldfield, E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11951.
56. Walling, A. E.; Pargas, R. E.; de Dios, A. C. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7299.
57. Sitkoff, D.; Case, D. A. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc., in press.
58. Gerlt, J. A.; Youngblood, A. V. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7433.
59. Frisch, M. J.; Frisch, A.; Foresman, J. B. Gaussian 94 user's, reference; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1994.
60. Wijmenga, S. S.; Kruithof, M.; Hilbers, C. W. J. Biomol. NMR 1997, 10, 337.
61. Cheeseman, J. R.; Trucks G. W.; Keith T. A. Frisch M. J. J. Chem. Phys. 1996 104, 5497.