Mechanical unfolding and refolding of proteins: An off-lattice model study

Physical Review E - Statistical Physics, Plasmas, Fluids, and Related Interdisciplinary Topics

Volumn 63, Issue 2, 2001, Pages

  Li, Feng Yin ^a   Yuan, Jian Min ^a,b   Mou, Chung Yuan ^a  

^a NATIONAL TAIWAN UNIVERSITY   (Taiwan)

^b DREXEL UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 18344367645     PISSN: 1063651X     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1103/PhysRevE.63.021905     Document Type: Article

References (69)

1. H. Frauenfelder, F. Parak, and R. D. Young, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 17, 451 (1988).
2. P. Hohenberg and W. Kohn, Phys. Rev. A 136, 864 (1964).
3. S.-K. Ma and K. A. Bruckner, Phys. Rev. Lett. 165, 165 (1968).
4. A. K. Rajagopal and J. Callaway, Phys. Rev. B 7, 1912 (1973).
5. J. P. Perdew and M. Levy, Phys. Rev. Lett. 51, 1884 (1983).
6. L. J. Sham and M. Schlüter, Phys. Rev. B 32, 3883 (1985).
7. M. Lannoo, M. Schlüter, and L. J. Sham, Phys. Rev. B 32, 3890 (1985).
8. G. Vignale and M. Rasolt, Phys. Rev. Lett. 59, 2360 (1987).
9. G. Vignale, M. Rasolt, and D. J. W. Geldart, Phys. Rev. B 37, 2502 (1988).
10. G. Vignale and M. Rasolt, Phys. Rev. B 37, 10685 (1988).
11. R. W. Godby, M. Schlüter, and L. J. Sham, Phys. Rev. B 37, 10159 (1988).
12. A. D. Becke, Phys. Rev. A 38, 3098 (1988).
13. C. Lee, W. Yang, and R. G. Parr, Phys. Rev. B 37, 785 (1988).
14. Z. H. Levine and D. C. Allen, Phys. Rev. Lett. 63, 1719 (1989).
15. I. Papai, A. St-Alant, J. Ushio, and D. Salahub, Int. J. Quantum Chem., Quantum Chem. Symp. 24, 29 (1990).
16. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 96, 2155 (1992).
17. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 97, 9173 (1992).
18. J. P. Perdew and Y. Wang, Phys. Rev. B 45, 13244 (1992).
19. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 98, 1372 (1993).
20. A. Komornicki and G. Fitzgerald, J. Chem. Phys. 98, 1398 (1993).
21. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 98, 5648 (1993).
22. S. M. Colwell, C. W. Murray, N. C. Handy, and R. D. Amos, Chem. Phys. Lett. 210, 261 (1993).
23. C. Lee and C. Sosa, J. Chem. Phys. 100, 9018 (1994).
24. B. G. Johnson and M. Frisch, J. Chem. Phys. 100, 7429 (1994).
25. S. M. Colwell and N. C. Handy, Chem. Phys. Lett. 217, 271 (1994).
26. A. M. Lee, S. M. Colwell, and N. C. Handy, Chem. Phys. Lett. 229, 225 (1994).
27. G. Schreckenback and T. Ziegler, J. Phys. Chem. 99, 606 (1995).
28. B. J. Johnson and J. Florian, Chem. Phys. Lett. 247, 120 (1995).
29. S. J. A. van Gisbergen, J. G. Snijders, and E. J. Baerends, Chem. Phys. Lett. 259, 599 (1996).
30. K. J. Jalkanen and S. Suhai, Chem. Phys. 208, 81 (1996).
31. W. Han, K. J. Jalkanen, M. Elstner, and S. Suhai, J. Phys. Chem. 102, 2587 (1998).
32. E. Tajkhorshid, K. J. Jalkanen, and S. Suhai, J. Phys. Chem. B 102, 5899 (1998).
33. K. Frimand, H. Bohr, K. J. Jalkanen, and S. Suhai, Chem. Phys. 255, 165 (2000).
34. K. J. Jalkanen, R. N. Nieminen, K. Frimand, J. Bohr, H. Bohr, R. C. Wade, E. Tajkhorshid, and S. Suhai, Chem. Phys. 265, 125 (2001).
35. S. W. Bunte, G. M. Jensen, K. L. McNesby, D. B. Goodin, C. F. Chabalowski, R. N. Nieminen, S. Suhai, and K. J. Jalkanen, Chem. Phys. 265, 13 (2001).
36. P. Fariselli and R. Casadio, Protein Eng. 12, 15 (1999).
37. J. Bohr, H. Bohr, S. Brunak, R. M. J. Cotterill, H. Fredholm, B. Lautrup, and S. Petersen, J. Mol. Biol. 231, 861 (1993).
38. P. Pancoska, E. Bitto, V. Janota, and T. A. Keiderling, Faraday Discuss. 99, 1 (1994).
39. F. M. Bickelhaupt and E. J. Baerends, Reviews in Computational Chemistry (Wiley-VCH, New York, 2000), Vol. 15, pp. 1–86.
40. P. J. Stephens, J. Phys. Chem. 89, 748 (1985).
41. A. D. Buckingham, P. W. Fowler, and P. A. Galwas, Chem. Phys. 112, 1 (1987).
42. N. D. Mermin, Phys. Rev. A 137, 1441 (1965).
43. W. Kohn and L. J. Sham, Phys. Rev. A 140, 1133 (1965).
44. S. H. Vosko, L. Wilk, and M. Nusair, Can. J. Phys. 58, 1200 (1980).
45. R. D. Amos, Chem. Phys. Lett. 87, 23 (1982).
46. P. J. Stephens, F. J. Devlin, C. F. Chabalowski, and M. J. Frisch, J. Phys. Chem. 98, 11623 (1994).
47. P. J. Stephens, F. J. Devlin, C. S. Ashvar, C. F. Chabalowski, and M. J. Frisch, Faraday Discuss. 99, 103 (1995).
48. M. Knapp-Mohammady, K. J. Jalkanen, F. Nardi, R. C. Wade, and S. Suhai, Chem. Phys. 240, 63 (1999).
49. A. Fortunelli and J. Tamasi, Chem. Phys. Lett. 231, 34 (1994).
50. A. B. Schmidt and R. M. Fine, Mol. Simul. 13, 347 (1994).
51. G. J. Tawa, R. L. Martin, L. R. Pratt, and T. V. Russo, J. Phys. Chem. 100, 1515 (1996).
52. J. S. Craw, J. M. Guest, M. D. Cooper, N. A. Burton, and I. H. Hillier, J. Phys. Chem. 100, 6304 (1996).
53. K. Ösapay, W. S. Young, D. Bashford, C. L. Brooks, and D. A. Case, J. Phys. Chem. 100, 2698 (1996).
54. P. J. Stephens, J. Phys. Chem. 91, 1712 (1987).
55. R. D. Amos, N. C. Handy, K. J. Jalkanen, and P. J. Stephens, Chem. Phys. Lett. 133, 21 (1987).
56. R. D. Amos, K. J. Jalkanen, and P. J. Stephens, J. Phys. Chem. 92, 5571 (1988).
57. L. D. Barron, Molecular Light Scattering and Optical Activity (Cambridge University Press, Cambridge, 1982).
58. L. D. Barron, S. J. Ford, A. F. Bell, G. Wilson, L. Hecht, and A. Cooper, Faraday Discuss. 99, 217 (1994).
59. J. R. Maple, M.-J. Hwang, K. J. Jalkanen, T. P. Stockfisch, and A. T. Hagler, J. Comput. Chem. 19, 430 (1998).
60. I. Grabec and W. Sachse, J. Acoust. Soc. Am. 85, 1226 (1989).
61. R. J. Williams and D. Zipser, Neural Comput. 1, 270 (1989).
62. T. J. Sejnowski and C. R. Rosenberg, Complex Syst. 1, 45 (1987).
63. H. Bohr, J. Bohr, S. Brunak, R. M. J. Cotterill, B. Lautrup, L. Nørskov, O. H. Olsen, and S. Petersen, FEBS Lett. 241, 223 (1988).
64. L. H. Holley and M. Karplus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 152 (1986).
65. H. Bohr, J. Bohr, S. Brunak, R. M. J. Cotterill, H. Fredholm, B. Lautrup, and S. Petersen, FEBS Lett. 261, 43 (1990).
66. D. E. Rumelhart et al, Parallel Distributed Processing (MIT, Cambridge, MA, 1986).
67. R. C. Wade, H. Bohr, and P. G. Wolynes, J. Am. Chem. Soc. 114, 8284 (1992).
68. B. W. Mathews, Biochim. Biophys. Acta 405, 442 (1975).
69. L. D. Barron, A. R. Gargaro, L. Hecht, and P. L. Polavarapu, Spectrochim. Acta, Part A 47, 1001 (1991).