Solvation free energy calculations using a continuum dielectric model for the solvent and gradient-corrected density functional theory for the solute

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 5, 1996, Pages 1515-1523

  Tawa, Gregory J ^a,b   Martin, Richard L ^a   Pratt, Lawrence R ^a   Russo, Thomas V ^a  

^a LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b SAIC FREDERICK INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 5844392393     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp951780e     Document Type: Article

References (95)

1. Jorgensen, W. L.; Madura, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 1407.
2. Jorgensen, W. L.; Swensen, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 1489.
3. Alagona, G.; Tani, A. THEOCHEM 1988, 166, 375.
4. Dunn, W .J., III; Nagy, P. I. J. Phys. Chem. 1990, 94, 2099.
5. Klopman, G. Chem. Phys. Lett. 1967, 1, 200.
6. Rinaldi, D.; Rivail, J. L. Theor. Chim. Acta 1973, 32, 57.
7. Germer, H. A. Theor. Chim. Acta 1974, 34, 145.
8. Hylton, J.; Christoffersen, R. E.; Hall, G. G. Chem. Phys. Lett. 1974, 26, 501.
9. Miertus, S.; Kysel, O. Chem. Phys. 1977, 21, 27;
10. Miertus, S.; Kysel, O. Chem. Phys. 1977, 33, 47.
11. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
12. Bonaccorsi, R.; Cimiraglia, R.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 1983, 4, 567.
13. Cammi, R.; Olivares Del Valle, F. J.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1988, 63.
14. Hoshi, H.; Sakurai, M.; Inoue, Y.; Chujo, R. J. Chem. Phys. 1987, 87, 1107.
15. Mikkelsen, K. V.; Dalgaard, E.; Swanstrom, P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 3081.
16. Aguilar, M. A.; Olivares del Valle, F. J. Chem. Phys. 1989, 129, 439.
17. Lim, C.; Bashford, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1991, 95, 5610.
18. Chudinov, G. E.; Napolov, D. V.; Basilevsky, M. V. Chem. Phys. 1991, 160, 41.
19. Agren, H.; Mikkelsen, K. V. THEOCHEM 1991, 234, 425.
20. Wong, M. W.; Frisch, M. J.; Wiberg, K. B. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4776.
21. Cramer, J.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8305.
22. Ford, G. P.; Wang, B. J. Comput. Chem. 1992, 13, 229.
23. Rauhut, G.; Clark, T.; Steinke, T. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9174.
24. Rosch, N.; Zerner, M. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5817.
25. De Vries, A. H.; Van Duijnen, P. T. H.; Juffer, A. H. Int. J. Quantum Chem., Quantum Chem. Symp. 1993, 27, 451.
26. Karelson, M.; Tamm, T.; Zerner, M. C. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11901.
27. Tomasi, J.; Bonaccorsi, R.; Cammi, R.; Olivares del Valle, F. J. THEOCHEM 1991, 234, 401.
28. Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Pople, J. A. J. Phys. Chem. 1993, 98, 5612.
29. Andzelm, J.; Wimmer, E. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1280.
30. Ziegler, T. Chem. Rev. 1991, 91, 651.
31. Delley, B.; Wrinn, M.; Luthi, H. P. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5785.
32. Deeth, R. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11625.
33. Li, J.; Schreckenbach, G.; Ziegler, T. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4838.
34. Russo, T. V.; Martin, R. L.; Hay, P. J. J. Chem. Phys, in press.
35. Tapia, O. Theor. Chim. Acta 1978, 47, 157.
36. Tapia, O.; Poulain, E.; Sussman, F. Theor. Chim. Acta 1978, 47, 171.
37. Mikkelsen, K. V.; Agren, H.; Hensen, H. J. A.; Helgaker, T. U. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3086.
38. Rivail, J. L. C. R. Acad. Sci. (Paris) 1990, 311, 307.
39. Olivares del Valle, F. J.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1991, 150, 139.
40. Aguilar, M. A.; Olivares del Valle, F. J.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1991, 150, 151.
41. Olivares del Valle, F. J.; Bonaccorsi, R.; Cammi, R.; Tomasi, J. THEOCHEM 1991, 230, 295.
42. Frisch, M. J.; Head-Gordon, M.; Trucks, G. W.; Foresman, J. B.; Schlegel, H. B.; Raghavachari, K.; Robb, M. A.; Wong, M. W.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Melius, C. F.; Baker, J.; Martin, R. L.; Kahn, L. R.; Stewart, J. J. P.; Topiol, S.; Pople, J. A. GAUSSIAN 91; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1991.
43. Wong, M. W.; Wiberg, K. B.; Frisch, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 523.
44. Wong, M. W.; Wiberg, K. B.; Frisch, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 1645.
45. Olivares del Valle, F. J.; Aguilar, M. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 115.
46. Chipot, C.; Rinaldi, D.; Rivail, J. L. Chem. Phys. Lett. 1992, 191, 287.
47. Chipot, C.; Gorb, L. G.; Rivail, J. L. J. Chem. Phys. 1994, 98, 1601.
48. Rashin, A. A.; Young, L.; Topol, I. A. Biophys. Chem. 1994, 51, 359.
49. Rashin, A. A.; Bukatin, M. A.; Andzelm, J.; Hagler, A. T. Biophys. Chem. 1994, 51, 375.
50. Hall, R. J.; Davidson, M. M.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Phys. Chem. 1995, 99, 921.
51. Chen, J. L.; Noodleman, L.; Case, D. A.; Bashford, D. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11059.
52. Murphy, R. B.; Friesner, R. A.; Ringnalda, M. N.; Goddard, W. A., III. J. Chem. Phys. 1994, 101, 2986.
53. Tannor, D. J.; Marten, B.; Murphy, R.; Friesner, R. A.; Sitkoff, D.; Nicholls, A.; Honig, B.; Ringnalda, M.; Goddard, W. A., III. J. Am. Chem. Soc., in press.
54. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J. Mol. Biol. 1986, 186, 815.
55. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J. Comput. Chem. 1988, 9, 171.
56. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
57. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
58. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
59. Wei, D.; Salahub, D. R. Chem. Phys. Lett. 1994, 224, 291.
60. Wesolowski, T. A.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8050.
61. Wesolowski, T. A.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5183.
62. Martin, R. L.; Russo, T. V.; Lengsfield, B. H., III; Saxe, P. W.; Tawa, G. J.; Page, M.; Schneider, B.; Hay, P. J.; Rappé, A. K. TRUCHAS, 1995.
63. Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1993, 209, 506.
64. Russo, T. V.; Martin, R. L.; Hay, P. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 7729.
65. Connolly, M. L. J. Appl. Crystallogr. 1985, 18, 499.
66. Tawa, G. J.; Pratt, L. R. Structure and Reactivity in Aqueous Solution, Characterization of Chemical and Biological Systems; ACS Symposium Series 568; Cramer, C. J., Truhlar, D. H., eds.; American Chemical Society: Washington, D.C., 1994; Chapter 5. Pratt, L. R.; Tawa, G. J.; Hummer, G.; Garcia, A. E.; Corcelli, S. A. LA-UR-95-2659, Chem-ph/9510003.
67. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765 (Table 19).
68. Tawa, G. J.; Pratt, L. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1625.
69. Pascual-Ahuir, J. L.; Silla, E.; Tomasi, J.; Bonaccorsi, R. J. Comput. Chem. 1987, 8, 778.
70. Rashin, A. A.; Namboodiri, K. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6003.
71. Yoon, B. J.; Lenhoff, A. M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 1080.
72. Juffer, A. H.; Botta, E. F. F.; van Keulen, A. M.; van der Ploeg, A.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1991, 97, 144.
73. Wang, B.; Ford, G. P. J. Chem. Phys. 1992, 97, 4162.
74. Briggs, W. L. A Multigrid Tutorial; Siam: Philadelphia, 1987; Chapter 5.
75. Hammersley, J. M.; Handscomb, D. C. Monte Carlo Methods; Chapman and Hall: London, 1964; pp 31-36.
76. Press, W. H.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes, The Art of Scientific Computing, 2nd ed.; Cambridge University Press: New York, 1992; §7.7.
77. Jackson, J. D. Classical Electrodynamics, 2nd ed.; John Wiley and Sons: New York, 1975; Chapter 4.
78. Williams, D. E. J. Comput. Chem. 1988, 9, 745.
79. Williams, D. E. J. Comput. Chem. 1994, 7, 719.
80. Born, M. Z. Phys. 1920, 1, 45.
81. McClelland, B. J.; Modinos, A. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1991, 87, 1117.
82. Lim, C.; Chan, S. L.; Tole, P. Structure and Reactivity in Aqueous Solution, Characterization of Chemical and Biological Systems; ACS Symposium Series 568; Cramer, C. J., Truhlar, D. H., Eds.; American Chemical Society: Washington, D.C., 1994; Chapter 4.
83. Pratt, L. R.; Hummer, G.; Garcia, A. E. Biophys. Chem. 1994, 51, 147.
84. Levy, R. M.; Belhadj, M.; Kitchen, D. B. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3627.
85. Floris, F.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 1989, 10, 616.
86. Rinaldi, D.; Costa Cabral, B. J.; Rivail, J. L. Chem. Phys. Lett. 1986, 125, 495.
87. Linder, B. Adv. Quantum Chem. 1972, 6, 203.
88. Morrison, R. T.; Boyd, R. N. Organic Chemistry, 3rd ed.; Allyn and Bacon, Inc.: New York, 1973; pp 41, 74.
89. Blom, C. E.; Otto, L. P.; Altona, C. Mol. Phys. 1976, 32, 1137.
90. Jeffrey, G. A.; Ruble, J. R.; McMullan, R. K.; DeFrees, D. J.; Pople, J. A. Acta Crystallogr., Sect. B 1980, 36, 2292.
91. Hine, J.; Mookerjee, P. K. J. Org. Chem. 1975, 40, 292.
92. Cabani, S.; Gianni, P.; Mollica, V.; Lepori, L. J. Solution Chem. 1981, 10, 563.
93. Ben-Naim, A.; Marcus, Y. J. Chem. Phys. 1984, 81, 2016.
94. Wagman, D. D.; Evans, W. H.; Parker, V. B.; Schumm, R. H.; Halow, I.; Bailey, S. M.; Churney, K. L.; Nuttal, R. C. J. Phys. Chem. Ref. Data 1982, 11, Suppl. 2.
95. Pearson, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6109.