Crystal Structure of the Covalent Intermediate of Amylosucrase from Neisseria polysaccharea

Biochemistry

Volumn 43, Issue 11, 2004, Pages 3104-3110

  Jensen, Malene H ^a   Mirza, Osman ^a   Albenne, Cecile ^b   Remaud Simeon, Magali ^b   Monsan, Pierre ^b   Gajhede, Michael ^a   Skov, Lars K ^a  

^a UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

^b UMR792 INGÉNIERIE DES SYSTÈMES BIOLOGIQUES ET DES PROCÉDÉS   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMISTRY; CHEMICAL BONDS; CRYSTAL STRUCTURE; ENZYMES; MUTAGENESIS; REACTION KINETICS;

OLIGOSACCHARIDES; REACTION INTERMEDIATES;

CARBOHYDRATES;

AMYLOSUCRASE; ASPARTIC ACID; GLUCOPYRANOSIDE; GLYCOSIDASE; OLIGOSACCHARIDE; SUCRASE; SUCROSE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; BINDING SITE; CATALYST; COVALENT BOND; CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLIZATION; ENZYME ACTIVITY; ENZYME BINDING; NEISSERIA; NEISSERIA POLYSACCHAREA; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL;

BACTERIAL PROTEINS; BINDING SITES; CONSERVED SEQUENCE; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; GLUCOSYLTRANSFERASES; GLUTAMIC ACID; GLUTAMINE; NEISSERIA; SUBSTRATE SPECIFICITY; WATER;

BACTERIA (MICROORGANISMS); NEGIBACTERIA; NEISSERIA; NEISSERIA POLYSACCHAREA;

EID: 1542427981     PISSN: 00062960     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/bi0357762     Document Type: Article

References (49)

1. Hehre, E. J., and Hamilton, D. M. (1946) J. Biol. Chem. 166, 777-778.
2. Hehre, E. J. (1949) J. Biol. Chem. 177, 267-279.
3. Glockner, F. O., Kube, M., Bauer, M., Teeling, H., Lombardot, T., Ludwig, W., Gade, D., Beck, A., Borzym, K., Heitmann, K., Rabus, R., Schlesner, H., Amann, R., and Reinhardt, R. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 8298-8303.
4. da Silva, A. C. R., Ferro, J. A., Reinach, F. C., Farah, C. S., Furlan, L. R., Quaggio, R. B., Monteiro-Vitorello, C. B., Van Sluys, M. A., Almeida, N. F., Alves, L. M. C., do Amaral, A. M., Bertolini, M. C., Camargo, L. E. A., Camarotte, G., Cannavan, F., Cardozo, J., Chambergo, F., Clapina, L. P., Cicarelli, R. M. B., Coutinho, L. L., Cursino-Santos, J. R., El Dorry, H., Faria, J. B., Ferreira, A. J. S., Ferreira, R. C. C., Ferro, M. I. T., Formighieri, E. F., Franco, M. C., Greggio, C. C., Gruber, A., Katsuyama, A. M., Kishi, L. T., Leite, R. P., Lemos, E. G. M., Lemos, M. V. F., Locali, E. C., Machado, M. A., Madeira, A. M. B. N., Martinez-Rossi, N. M., Martins, E. C., Meidanis, J., Menck, C. F. M., Miyaki, C. Y., Moon, D. H., Moreira, L. M., Novo, M. T. M., Okura, V. K., Oliveira, M. C., Oliveira, V. R., Pereira, H. A., Rossi, A., Sena, J. A. D., Silva, C., de Souza, R. F., Spinola, L. A. F., Takita, M. A., Tamura, R. E., Teixeira, E. C., Tezza, R. I. D., dos Santos, M. T., Truffi, D., Tsai, S. M., White, F. F., Setubal, J. C., and Kitajima, J. P. (2002) Nature 417, 459-463.
5. Nierman, W. C., Feldblyum, T. V., Laub, M. T., Paulsen, I. T., Nelson, K. E., Eisen, J., Heidelberg, J. F., Alley, M. R. K., Ohta, N., Maddock, J. R., Potocka, I., Nelson, W. C., Newton, A., Stephens, C., Phadke, N. D., Ely, B., DeBoy, R. T., Dodson, R. J., Durkin, A. S., Gwinn, M. L., Haft, D. H., Kolonay, J. F., Smit, J., Craven, M. B., Khouri, H., Shetty, J., Berry, K., Utterback, T., Tran, K., Wolf, A., Vamathevan, J., Ermolaeva, M., White, O., Salzberg, S. L., Venter, J. C., Shapiro, L., and Fraser, C. M. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 4136-4141.
6. White, O., Eisen, J. A., Heidelberg, J. F., Hickey, E. K., Peterson, J. D., Dodson, R. J., Haft, D. H., Gwinn, M. L., Nelson, W. C., Richardson, D. L., Moffat, K. S., Qin, H. Y., Jiang, L. X., Pamphile, W., Crosby, M., Shen, M., Vamathevan, J. J., Lam, P., McDonald, L., Utterback, T., Zalewski, C., Makarova, K. S., Aravind, L., Daly, M. J., Minton, K. W., Fleischmann, R. D., Ketchum, K. A., Nelson, K. E., Salzberg, S., Smith, H. O., Venter, J. C., and Fraser, C. M. (1999) Science 286, 1571-1577.
7. MacKenzie, C. R., McDonald, I. J., and Johnson, K. G. (1978) Can. J. Microbiol. 24, 357-362.
8. Riou, J. Y., Guibourdenche, M., and Popoff, M. Y. (1983) Ann. Microbiol. 134B, 257-267.
9. Okada, G., and Hehre, E. J. (1973) Carbohydr. Res. 26, 240-243.
10. Albenne, C., Skov, L. K., Mirza, O., Gajhede, M., Potocki-Veronese, G., Monsan, P., and Remaud-Simeon, M. (2002) FEBS Lett. 527, 67-70.
11. Albenne, C., Skov, L. K., Mirza, O., Gajhede, M., Feller, G., D'Amico, S., Andre, G., Potocki-Veronese, G., van der Veen, B. A., Monsan, P., and Remaud-Simeon, M. (2004) J. Biol. Chem. 279, 726-734.
12. Potocki de Montalk, G., Remaud-Simeon, M., Willemot, R. M., Sarcabal, P., Planchot, V., and Monsan, P. (2000) FEBS Lett. 471, 219-223.
13. Potocki de Montalk, G., Remaud-Simeon, M., Willemot, R., and Monsan, P. (2000) FEMS Microbiol. Lett. 186, 103-108.
14. Sarcabal, P., Remaud-Simeon, M., Willemot, R. M., De Montalk, G. P., Svensson, B., and Monsan, P. (2000) FEBS Lett. 474, 33-37.
15. Koshland, D. E. (1953) Biol. Rev. Cambridge Philos. Soc. 28, 416-436.
16. Henrissat, B. (1991) Biochem. J. 280, 309-316.
17. Henrissat, B., and Bairoch, A. (1993) Biochem. J. 293, 781-788.
18. Lawson, C. L., Vanmontfort, R., Strokopytov, B., Rozeboom, H. J., Kalk, K. H., Devries, G. E., Penninga, D., Dijkhuizen, L., and Dijkstra, B. W. (1994) J. Mol. Biol. 236, 590-600.
19. Zhang, D. H., Li, N., Lok, S. M., Zhang, L. H., and Swaminathan, K. (2003) J. Biol. Chem. 278, 35428-35434.
20. Watanabe, K., Hata, Y., Kizaki, H., Katsube, Y., and Suzuki, Y. (1997) J. Mol. Biol. 269, 142-153.
21. Matsuura, Y., Kusunoki, M., Harada, W., and Kakudo, M. (1984) J. Biochem. 95, 697-702.
22. Uitdehaag, J. C., Mosi, R., Kalk, K. H., van der Veen, B. A., Dijkhuizen, L., Withers, S. G., and Dijkstra, B. W. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 432-436.
23. Vocadlo, D. J., Davies, G. J., Laine, R., and Withers, S. G. (2001) Nature 412, 835-838.
24. Ducros, V., Charnock, S. J., Derewenda, U., Derewenda, Z. S., Dauter, Z., Dupont, C., Shareck, F., Morosoli, R., Kluepfel, D., and Davies, G. J. (2000) J. Biol. Chem. 275, 23020-23026.
25. Notenboom, V., Birsan, C., Warren, R. A. J., Withers, S. G., and Rose, D. R. (1998) Biochemistry 37, 4751-4758.
26. Notenboom, V., Birsan, C., Nitz, M., Rose, D. R., Warren, R. A. J., and Withers, S. G. (1998) Nat. Struct. Biol. 5, 812-818.
27. Sulzenbacher, G., Mackenzie, L. F., Wilson, K. S., Withers, S. G., Dupont, C., and Davies, G. J. (1999) Biochemistry 38, 4826-4833.
28. Silverstein, R., Voet, J., Reed, D., and Abeles, R. H. (1967) J. Biol. Chem. 242, 1338-1346.
29. Braun, C., Lindhorst, T., Madsen, N. B., and Withers, S. G. (1996) Biochemistry 35, 5458-5463.
30. McCarter, J. D., and Withers, S. G. (1996) J. Biol. Chem. 271, 6889-6894.
31. Howard, S., He, S. M., and Withers, S. G. (1998) J. Biol. Chem. 273, 2067-2072.
32. Ly, H. D., Howard, S., Shum, K., He, S. M., Zhu, A., and Withers, S. G. (2000) Carbohydr. Res. 329, 539-547.
33. Lee, S. S., He, S. M., and Withers, S. G. (2001) Biochem. J. 359, 381-386.
34. Nieman, C. E., Wong, A. W., He, S. M., Clarke, L., Hopwood, J. J., and Withers, S. G. (2003) Biochemistry 42, 8054-8065.
35. Mosi, R. M., and Withers, S. G. (2002) Methods Enzymol. 354, 64-84.
36. Wicki, J., Rose, D. R., and Withers, S. G. (2002) Methods Enzymol. 354, 84-105.
37. Skov, L. K., Mirza, O., Henriksen, A., De Montalk, G. P., Remaud-Simeon, M., Sarcabal, P., Willemot, R. M., Monsan, P., and Gajhede, M. (2001) J. Biol. Chem. 276, 25273-25278.
38. Mirza, O., Skov, L. K., Remaud-Simeon, M., De Montalk, G. P., Albenne, C., Monsan, P., and Gajhede, M. (2001) Biochemistry 40, 9032-9039.
39. Skov, L. K., Mirza, O., Sprogoe, D., Dar, I., Remaud-Simeon, M., Albenne, C., Monsan, P., and Gajhede, M. (2002) J. Biol. Chem. 277, 47741-47747.
40. Skov, L. K., Mirza, O., Henriksen, A., Potocki, D. M., Remaud-Simeon, M., Sarcabal, P., Willemot, R. M., Monsan, P., and Gajhede, M. (2000) Acta Crystallogr. D56, 203-205.
41. Otwinowski, Z., and Minor, W. (1997) Methods Enzymol. 276, 307-326.
42. Perrakis, A., Morris, R., and Lamzin, V. S. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 458-463.
43. Bailey, S. (1994) Acta Crystallogr. D50, 760-763.
44. Jones, T. A., Zou, J. Y., Cowan, S. W., and Kjeldgaard, M. (1991) Acta Crystallogr. A47, 110-119.
45. Brunger, A. T., Adams, P. D., Clore, G. M., DeLano, W. L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R. W., Jiang, J. S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N. S., Read, R. J., Rice, L. M., Simonson, T., and Warren, G. L. (1998) Acta Crystallogr. D54, 905-921.
46. Laskowski, R. A., Macarthur, M. W., Moss, D. S., and Thornton, J. M. (1993) J. Appl. Crystallogr. 26, 283-291.
47. Mcdonald, I. K., and Thornton, J. M. (1994) J. Mol. Biol. 238, 777-793.
48. Katsuya, Y., Mezaki, Y., Kubota, M., and Matsuura, Y. (1998) J. Mol. Biol. 281, 885-897.
49. Hasegawa, K., Kubota, M., and Matsuura, Y. (1999) Protein Eng. 12, 819-824.