Evaluation of "shotgun" proteomics for identification of biological threat agents in complex environmental matrices: Experimental simulations

Analytical Chemistry

Volumn 77, Issue 3, 2005, Pages 923-932

  VerBerkmoes, Nathan C ^a   Hervey, W Judson ^a   Shah, Manesh ^a   Lands, Miriam ^a   Hauser, Loren ^a   Larimer, Frank W ^a   Van Berkel, Gary J ^a   Goeringer, Douglas E ^a  

^a OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIODIVERSITY; BIOLOGICAL MATERIALS; DATABASE SYSTEMS; ESCHERICHIA COLI; HAZARDOUS MATERIALS; PROTEINS;

BIOLOGICAL THREAT AGENTS; BIOTHREAT DETECTION; MICROBIAL SPECIES; PROTEOMICS; RAPID DETECTION;

CHEMICAL WARFARE;

CHEMICAL WARFARE AGENT;

AGRICULTURE; ARTICLE; ENVIRONMENTAL FACTOR; ESCHERICHIA COLI; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE ANALYSIS; PROTEIN EXPRESSION; PROTEOMICS;

BIOLOGICAL WARFARE; COMPUTER SIMULATION; DATABASES, FACTUAL; ENVIRONMENTAL MONITORING; ESCHERICHIA COLI; EVALUATION STUDIES; MASS SPECTROMETRY; PROTEOME; PROTEOMICS; TIME FACTORS;

EID: 13244298310     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac049127n     Document Type: Article

References (39)

1. Dworzanski, J. P.; Snyder, A. P.; Chen, R.; Zhang, H.; Wishart, D.; Li, L. Anal. Chem. 2004, 76, 2355-2366.
2. Broussard, L. A. Mol. Diagn. 2001, 6, 323.
3. Ivnitski, D.; O'Neil, D. J.; Gattuso, A.; Schlicht, R.; Calidonna, M.; Fisher, R. Biotechniques 2003, 35, 862.
4. Long, G. W.; O'Brien, T. J. Appl. Microbiol. 1999, 87, 214.
5. De, B. K.; Bragg, S. L.; Sanden, G. N.; Wilson, K. E.; Diem, L. A.; Marston, C. K.; Hoffmaster, A. R.; Barnett, G. A.; Weyant, R. S.; Abshire, T. G.; Ezzell, J. W.; Popovic, T. Emerging Infect. Dis. 2002, 8, 1060.
6. McBride, M. T.; Gammon, S.; Pitesky, M.; O'Brien, T. W.; Smith, T.; Aldrich, J.; Langlois, R. G.; Colston, B.; Venkateswaran, K. S. Anal. Chem. 2003, 75, 1924.
7. McBride, M. T.; Masquelier, D.; Hindson, B. J.; Makarewicz, A. J.; Brown, S.; Burris, K.; Metz, T.; Langlois, R. G.; Tsang, K. W.; Bryan, R; Anderson, D. A.; Venkateswaran, K. S.; Milanovich F. P.; Colston, B. W., Jr. Anal. Chem. 2003, 75, 5293.
8. Mann, M.; Hendrickson, R. C.; Pandey, A. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 437.
9. Guo, B. Anal. Chem. 1999, 71, 333R.
10. Christie, W. W. Lipids 1998, 33, 343.
11. Murphy, R. C.; Fiedler, J.; Hevko, J. Chem. Rev. 2001, 101, 479.
12. Barshick, S. A.; Wolf, D. A.; Vass, A. A. Anal. Chem. 1999, 71, 633.
13. Griest, W. H.; Wise, M. B.; Hart, K. J.; Lammert, S. A.; Thompson, C. V.; Vass, A. A. Field Anal. Chem. Technol. 2001, 5, 177.
14. Krishnamurthy, T.; Ross, P. L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1992.
15. Demirev, P. A.; Ho, Y. P.; Ryzhov, V.; Fenselau, C. Anal. Chem. 1999, 71, 2732.
16. Demirev, P. A.; Ramirez, J.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 5725.
17. Fenselau, C.; Demirev, P. A. Mass Spectrom. Rev. 2001, 20, 157.
18. Jones, J. J.; Stump, M. J.; Fleming, R. C.; Lay, J. O., Jr.; Wilkins, C. L. Anal. Chem. 2003, 75, 1340.
19. Hathout, Y.; Setlow, B.; Cabrera-Martinez, R.-M.; Fenselau, C.; Setlow, P. Appl. Environ. Microbiol. 2003, 69, 1100
20. Wahl, K. L.; Wunschel, S. C.; Jarman, K. H.; Valentine, N. B.; Petersen, C. E.; Kingsley, M. T.; Zartolas, K. A.; Saenz, A. J. Anal. Chem. 2002, 74, 6191.
21. Lee, H.; Williams, S. K.; Wahl, K. L.; Valentine, N. B. Anal. Chem. 2003, 75, 2746.
22. Demirev, P. A.; Ramirez, J.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 5725.
23. Cargile, B. J.; McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 2001, 73, 1277.
24. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; Bundy, J. L. Curr. Opin. Biotechnol. 2002, 13, 57.
25. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353.
26. Harris, W. A.; Reilly, J. P. Anal. Chem. 2002, 74, 4410.
27. English, R. D.; Warscheid, B.; Fenselau, C.; Cotter, R. J. Anal. Chem. 2003, 75, 6886.
28. Warscheid, B.; Jackson, K.; Sutton, C.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2003, 75, 5608.
29. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242.
30. VerBerkmoes, N. C.; Bundy, J. L.; Hauser, L.; Asano, K. G.; Razumovskaya, J.; Larimer, F.; Hettich, R. L.; Stephenson, J. L., Jr. J. Proteome Res. 2002, 1, 239.
31. Lipton, M. S.; Pasa-Toli', L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Aubetty, D. L; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fedrickson, J.; Hixson, K. K.; et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049.
32. Corbin, R. W.; Paliy, O.; Yang, F.; Shabanowitz, J.; Platt, M.; Lyons, C. E., Jr.; Root, K.; McAuliffe, J.; Jordan, M. I.; Kustu, S.; Soupene, E.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 9232.
33. Larimer, F. W.; Chain, P.; Hauser, L.; Lamerdin, J.; Malfatti, S.; Do, L.; Land, M. L.; Pelletier, D. A.; Beatty, J. T.; Lang, A. S.; Tabita, F. R.; Gibson, J. L.; Hanson, T. E.; Bobst, C.; Torres, J. L.; Peres, C.; Harrison, F. H.; Gibson J.; Harwood, C. S. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 55.
34. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., III J. Proteome Res. 2002, 1, 21.
35. Blattner, F. R.; Plunkett, G., III; Bloch, C. A.; Perna, N. T.; Burland, V.; Riley, M.; Collado-Vides, J.; Glasner, J. D.; Rode, C. K.; Mayhew, G. F.; Gregor, J.; Davis, N. W.; Kirkpatrick, H. A.; Goeden, M. A.; Rose, D. J.; Mau, B.; Shao, Y. Science 1997, 277, 1453.
36. Heidelberg, J. F.; Paulsen, I. T.; Nelson, K. E.; Gaidos, E. J. Nelson, W. C.; Read, T. D.; Eisen, J. A.; Seshadri, R.; Ward, N.; Methe, B.; Clayton, R. A.; Meyer, T.; et al. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 1118.
37. Mewes, H. W.; Albermann, K.; Bahr, M.; Frishman, D.; Gleissner, A.; Hani, J.; Heumann, K.; Heine, K.; Maierl, A.; Oliver, S. G.; Pfeiffer, F.; Zollner, A. Nature 1997, 387S, 7.
38. The Arabidopsis Initiative. Nature 2000, 408, 796.
39. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III J. Am. Mass Spectrum. 1994, 5, 976.