Current development in proteomics;Současný vývoj v proteomice

Chemicke Listy

Volumn 98, Issue 12, 2004, Pages 1112-1118

  Collinsová, Michaela ^a   Jiráček, Jiří ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMISTRY; CORRELATION ANALYSIS; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; RATING SCALE; REVIEW; TECHNIQUE;

EID: 11444259661     PISSN: 00092770     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Review

References (68)

1. Adams M. D., Celniker S. E., Holt R. A., Evans C. A., Gocayne J. D., Amanatides P. G., Scherer S. E., Li P. W., Hoskins R. A., Galle R. F., George R. A., Lewis S. E., Richards S., Ashburner M., Henderson S. N., Sutton G. G., Wortman J. R., Yandell M. D., Zhang Q., Chen L. X., Brandon R. C., Rogers Y. H. C., Blazej R. G., Champe M., Pfeiffer B. D., Wan K. H., Doyle C., Baxter E. G., Helt G., Nelson C. R., Miklos G. L. G., Abril J. F., Agbayani A., An H. J., Andrews-Pfannkoch C., Baldwin D., Ballew R. M., Basu A., Baxendale J., Bayraktaroglu L., Beasley E. M., Beeson K. Y., Benos P. V., Berman B. P., Bhandari D., Bolshakov S., Borkova D., Botchan M. R., Bouck J., Brokstein P., Brottier P., Burtis K. C., Busam D. A., Butler H., Cadieu E., Center A., Chandra I., Cherry J. M., Cawley S., Dahlke C., Davenport L. B., Davies A., de Pablos B., Delcher A., Deng Z. M., Mays A. D., Dew I., Dietz S. M., Dodson K., Doup L. E., Downes M., Dugan-Rocha S., Dunkov B. C., Dunn P., Durbin K. J, Evangelista C. C., Ferraz C., Ferriera S., Fleischmann W., Fosler C., Gabrielian A. E., Garg N. S., Gelbart W. M., Glasser K., Glodek A., Gong F. C., Gorrell J. H., Gu Z. P., Guan P., Harris M., Harris N. L., Harvey D., Heiman T. J., Hernandez J. R., Houck J., Hostin D., Houston D. A., Howland T. J., Wei M. H., Ibegwam C., Jalali M., Kalush F., Karpen G. H., Ke Z. X., Kennison J. A., Ketchum K. A., Kimmel B. E., Kodira C. D., Kraft C., Kravitz S., Kulp D., Lai Z. W., Lasko P., Lei Y. D., Levitsky A. A., Li J. Y., Li Z. Y., Liang Y., Lin X. Y., Liu X. J., Mattei B., McIntosh T. C., McLeod M. P., McPherson D., Merkulov G., Milshina N. V., Mobarry C., Morris J., Moshrefi A., Mount S. M., Moy M., Murphy B., Murphy L., Muzny D. M., Nelson D. L., Nelson D. R., Nelson K. A., Nixon K., Nusskern D. R., Pacleb J. M., Palazzolo M., Pittman G. S., Pan S., Pollard J., Puri V., Reese M. G., Reinert K., Remington K., Saunders R. D. C., Scheeler F., Shen H., Shue B. C., Siden-Kiamos I., Simpson M., Skupski M. P., Smith T., Spier E., Spradling A. C., Stapleton M., Strong R., Sun E., Svirskas R., Tector C., Turner R., Venter E., Wang A. H. H., Wang X., Wang Z. Y., Wassarman D. A., Weinstock G. M., Weissenbach J., Williams S. M., Woodage T., Worley K. C., Wu D., Yang S., Yao Q. A., Ye J., Yeh R. F., Zaveri J. S., Zhan M., Zhang G. G., Zhao Q., Zheng L. S., Zheng X. Q. H., Zhong F. N., Zhong W. Y., Zhou X. J., Zhu S. P., Zhu X. H., Smith H. O., Gibbs R. A., Myers E. W., Rubin G. M., Venter J. C.: Science 287, 2185 (2000).
2. The C. elegans Sequencing Consortium: Science 282, 2012 (1998).
3. The Arabidopsis Genome Initiative: Nature 408, 796 (2000).
4. International Human Genome Sequencing Consortium: Nature 409, 860 (2001).
5. Collins F. S., Morgan M., Patrinos A.: Science 300, 286 (2003).
6. Lottspeich F.: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 38, 2476 (1999).
7. Rao P. V., Garrow T. A., John F., Garland D., Millian N. S., Zigler J. S., Jr.: J. Biol. Chem. 273, 30669 (1998).
8. Abbott A.: Nature 402, 715 (1999).
9. Jenkins R. E., Pennington S. R.: Proteomics 1, 13 (2001).
10. Pandey A., Mann M.: Nature 405, 837 (2000).
11. Eisenberg D., Marcotte E. M., Xenarios I., Yeates T. O.: Nature 405, 823 (2000).
12. Klose J., Kobalz U.: Electrophoresis 16, 1034 (1995).
13. Corthals G. L., Wasinger V. C., Hochstrasser D. F., Sanchez J.-C.: Electrophoresis 21, 1104 (2000).
14. Anderson N. L., Anderson N. G.: Electrophoresis 19, 1853 (1998).
15. Görg A., Obermaier Ch., Boguth G., Harder A., Scheibe B., Wildgruber R., Weiss W.: Electrophoresis 21, 1037 (2000).
16. Quadroni M., James P.: Electrophoresis 20, 664 (1999).
17. Righetti P. G., Castagna A., Herbert B., Reymond F., Rossier J. S.: Proteomics 3, 1397 (2003).
18. Lopez M. F.: Electrophoresis 21, 1082 (2000).
19. Lopez M. F., Kristal B. S., Chernokalskaya E., Lazarev A., Shestopalov A. I., Bogdanova A., Robinson M.: Electrophoresis 21, 3427 (2000).
20. Rabilloud T.: Electrophoresis 19, 758 (1998).
21. Herbert B. R., Molloy M. P., Gooley A. A., Walsh B. J., Bryson W. G., Williams K. L.: Electrophoresis 19, 845 (1998).
22. Molloy M. P., Herbert B. R., Walsh B. J., Tyler M. I., Traini M., Sanchez J.-C., Hochstrasser D. F., Williams K. L., Gooley A. A.: Electrophoresis 19, 837 (1998).
23. Santoni V., Molloy M., Rabilloud T.: Electrophoresis 21, 1054 (1999).
24. Deshusses J. M. P., Burgess J. A., Scherl A., Wenger Y., Walter N., Converset V., Paesano S., Corthals G. L., Hochstrasser D. F., Sanchez J.-C.: Proteomics 3, 1418 (2003).
25. Görg A., Postel W., Günther S.: Electrophoresis 9, 531 (1988).
26. Görg A., Obermaier Ch., Boguth G., Weiss W.: Electrophoresis 20, 712 (1999).
27. Aebersold R. H., Leavitt J., Saavedra R. A., Hood L. E., Kent S. B. H.: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84, 6970 (1987).
28. Rabilloud T.: Proteomics 2, 3 (2002).
29. Gygi S. P., Corthals G. L., Zhang Y., Rochon Y., Aebersold R.: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 9390 (2000).
30. Link A. J., Eng J., Schieltz D. M., Carmack E., Mize G. J., Morris D. R., Garvik B. M., Yates J. R. 3.: Nat. Biotechnol. 17, 676 (1999).
31. Washburn M. P., Wolters D., Yates J. R. 3.: Nat. Biotechnol. 19, 242 (2001).
32. Wolters D. A., Washburn M. P., Yates J. R. 3.: Anal. Chemistry 73, 5683 (2001).
33. Washburn M. P., Ulaszek R., Deciu C., Schieltz D. M., Yates J. R. 3.: Anal. Chem. 74, 1650 (2002).
34. Gygi S. P., Rist B., Gerber S. A., Turecek F., Gelb M. H., Aebersold R.: Nat. Biotechnol. 77, 994 (1999).
35. Templin M. F., Stoll D., Schwenk J. M., Potz O., Kramer S., Joos T. O.: Proteomics 3, 2155 (2003).
36. Wells W. A.: Chem. Biol. 6, R259-R260 (1999).
37. Kodadek T.: Chem. Biol. 8, 105 (2001).
38. MacBeath G., Schreiber S. L.: Science 289, 1760 (2000).
39. Cho S., Park S. G., Lee D. H., Park D. C.: J. Biochem. Mol. Biol. 37, 45 (2004).
40. Collinsová M., Castro C., Garrow T. A., Yiotakis A., Dive V., Jiráček J.: Chem. Biol. 10, 113 (2003).
41. Collinsová M., Jiráček J.: Curr. Med. Chem. 7, 629 (2000).
42. Dive V., Lucet-Levannier K., Georgiadis D., Cotton J., Vassiliou S., Cuniasse P., Yiotakis A.: Biochem. Soc. Trans. 28, 455 (2000).
43. Nuhse T. S., Stensballe A., Jensen O. N., Peck S. C.: Proteomics 2, 1234 (2003).
44. Blackstock W. P., Weir M. P.: Trends Biotechnol. 17, 121 (1999).
45. Witzmann F. A., Carpenter R. L., Ritchie G. D., Wilson C. L., Nordholm A. F., Rossi III J.: Electrophoresis 21, 2138 (2000).
46. Krapfenbauer K., Berger M., Lubec G., Fountoulakis M.: Electrophoresis 22, 2086 (2001).
47. McKerrow J. H., Bhargava V., Hansell E., Huling S., Kuwahara T., Matley M., Coussens L., Warren R.: Mol. Med. 6, 450 (2000).
48. Eberini I., Agnello D., Miller I., Villa P., Fratelli M., Ghezzi P., Gemeiner M., Chan J., Aebersold R., Gianazza E.: Electrophoresis 21, 2170 (2000).
49. Steiner S., Gatlin C. L., Lennon J. J., McGrath A. M., Aponte A. M., Makusky A. J., Rohrs M. C., Anderson N. L.: Electrophoresis 21, 2129 (2000).
50. Rohlff Ch.: Electrophoresis 21, 1227 (2000).
51. Celis J. E., Celis P., Ostergaard M., Basse B., Lauridsen J. B., Ratz G., Rasmussen H. H., Orntoft T. F., Hein B., Wolf H., Celis A.: Cancer Res. 59, 3003 (1999).
52. Celis J. E., Wolf H., Ostergaard M.: Electrophoresis 21, 2115 (2000).
53. Spahr C. S., Davis M. T., McGinley M. D., Robinson J. H., Bures E. J., Beierle J., Mort J., Courchesne P. L., Chen K., Wahl R. C., Yu W., Luethy R., Patterson S. D.: Proteomics 1, 93 (2001).
54. Cash P.: Electrophoresis 21, 1187 (2000).
55. Wulfkuhle J. D., Liotta L. A., Petricoin E. F.: Nat. Rev. Cancer 3, 267 (2003).
56. Alaiya A. A., Franzén B., Auer G., Linder S.: Electrophoresis 21, 1210 (2000).
57. Anderson N. L., Esquer-Blasco R., Hofmann J.-P., Anderson N. G.: Electrophoresis 12, 907 (1991).
58. Fountoulakis M., Berndt P., Boelsterli U. A., Crameri F., Winter M., Albertini S., Suter L.: Electrophoresis 21, 2148 (2000).
59. Fountoulakis M., Juranville J.-F., Berndt P., Langen H., Suter L.: Electrophoresis 22, 1747 (2001).
60. Fountoulakis M., Berndt P., Langen H., Suter L.: Electrophoresis 23, 311 (2002).
61. Perrot M., Sagliocco F., Mini T., Monribot Ch., Schneider U., Schevchenko A., Mann M., Jenö P., Boucherie H.: Electrophoresis 20, 2280 (1999).
62. Jung E., Heller M., Sanchez J.-C., Hochstrasser D. F.: Electrophoresis 21, 3369 (2000).
63. Witzmann F. A., Fultz C. D., Grant R. A., Wright L. S., Kornguth S. E., Siegel F. L.: Electrophoresis 19, 2491 (1998).
64. Celis J. E., Ostergaard M., Jensen N. A., Gromova I., Rasmussen H. H., Gromov P.: FEBS Lett. 430, 64 (1998).
65. Unlu M., Morgan M. E., Minden J. S.: Electrophoresis 18, 2071 (1997).
66. Zhou G., Li H., DeCamp D., Chen S., Shu H., Gong Y., Flaig M., Gillespie J. W., Hu N., Taylor P. R., Emmert-Buck M. R., Liotta L. A., Petricoin III E. F., Zhao Y.: Moll. Cell. Proteomics 1, 117 (2002).
67. Knowles M. R., Cervino S., Skynner H. A., Hunt S. P., de Felipe C., Salim K., Meneses-Lorente G., McAllister G., Guest P. C.: Proteomics 3, 1162 (2003).
68. Collinsová M., Jiráček J.: nepublikované výsledky.