Resonance Raman and UV-Vis spectroscopic characterization of FADH• in the complex of photolyase with UV-damaged DNA

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 44, 2003, Pages 12352-12362

  Schelvis, Johannes P M ^a   Ramsey, Meghan ^b   Sokolova, Olga ^a   Tavares, Celia ^a   Cecala, Christine ^a   Connell, Katelyn ^b   Wagner, Stacey ^b   Gindt, Yvonne M ^b  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

^b LAFAYETTE COLLEGE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; DIMERS; ELECTRON TRANSITIONS; ENZYMES; ESCHERICHIA COLI; HYDROGEN BONDS; PHOTOLYSIS; PROTEINS; RAMAN SPECTROSCOPY; ULTRAVIOLET RADIATION;

ELECTROCHROMIC SHIFT; FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE; FLAVOENZYME; PHOTOLYASE; VIBRATIONAL STARK EFFECT;

DNA;

EID: 0345356187     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp034209l     Document Type: Article

References (69)

1. Görner, H. J. Photochem. Photobiol., B 1994, 26, 117-139.
2. Perdiz, D.; Gróf, P.; Mezzina, M.; Nikaido, O.; Moustacchi, E.; Sage, E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 26732-26742.
3. Husain, I.; Griffith, J.; Sancar, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558-2562.
4. McAteer, K.; Jing, Y.; Kao, J.; Taylor, J.-S.; Kennedy, M. A. J. Mol. Biol. 1998, 282, 1013-1032.
5. Park, H.; Zhang, K.; Ren, Y.; Nadji, S.; Sinha, N.; Taylor, J.-S.; Kang, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15965-15970.
6. You, Y.-H.; Lee, D.-H.; Yoon, J.-H.; Nakajima, S.; Yasui, A.; Pfeirer, G. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 44688-44694.
7. Vink, A.; Roza, L. J. Photochem. Photobiol., B 2001, 64, 101-104.
8. Sancar, A. Biochemistry 1994, 33, 2-9.
9. Yasui, A.; Eker, A. P. M. In DNA Damage and Repair, Vol. 2: DNA Repair in Higher Eukaryotes; Nickoloff, J. A., Hoekstra, M. F., Eds.; Humana Press Inc.: Totowa, NJ, 1998; pp 9-32.
10. Todo, T. Mutat. Res. 1999, 434, 89-97.
11. Sancar, A.; Smith, F. W.; Sancar, G. B. J. Biol. Chem. 1984, 259, 6028-6032.
12. Jorns, M. S.; Sancar, G. B.; Sancar, A. Biochemistry 1984, 23, 2673-2679.
13. Johnson, J. L.; Hamm-Alvarez, S.; Payne, G.; Sancar, G. B.; Rajagopalan, K. V.; Sancar, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2046-2050.
14. Sancar, G. B.; Smith, F. W.; Sancar, A. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 6667-6678.
15. Okamura, T.; Sancar, A.; Heelis, P. F.; Begley, T. P.; Hirata, Y.; Mataga, N. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 3143-3145.
16. Gindt, Y. M.; Vollenbroek, E.; Westphal, K.; Sackett, H.; Sancar, A.; Babcock, G. T. Biochemistry 1999, 38, 3857-3866.
17. Aubert, C.; Vos, M. H.; Mathis, P.; Eker, A. P. M.; Brettel, K. Nature 2000, 405, 586-590.
18. Li, Y. F.; Hellis, P. F.; Sancar, A. Biochemistry 1991, 30, 6322-6329.
19. Heelis, P. F.; Payne, G.; Sancar, A. Biochemistry 1987, 26, 4634-4640.
20. Sancar, G. B. Mutat. Res. 2000, 451, 25-37.
21. Husain, I.; Sancar, A. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 1109-1120.
22. Sancar, G. B.; Smith, F. W.; Sancar, A. Biochemistry 1985, 24, 1849-1855.
23. Husain, I.; Sancar, G. B.; Holbrook, S. R.; Sancar, A. J. Biol. Chem. 1987, 262, 13188-13197.
24. Baer, M. E.; Sancar, G. B. J. Biol. Chem. 1993, 268, 16717-15724.
25. Kim, S.-T.; Sancar, A. Biochemistry 1991, 30, 8623-8630.
26. Park, H.-W.; Kim, S.-T.; Sancar, A.; Deisenhofer, J. Science 1995, 268, 1866-1872.
27. Tamada, T.; Kitadokoro, K.; Higuchi, Y.; Inaka, K.; Yasui, A.; de Ruiter, P. E.; Eker, A. P. M.; Miki, K. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 887-891.
28. Komori, H.; Masui, R.; Kuramitsu, S.; Yokoyama, S.; Shibata, T.; Inoue, Y.; Miki, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 13560-13565.
29. Vande Berg, B. J.; Sancar, G. B. J. Biol. Chem. 1998, 273, 20276-20282.
30. Sanders, D. B.; Wiest, O. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5127-5134.
31. Hahn, J.; Michel-Beyerle, M.-E.; Rösch, N. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2001-2007.
32. Antony, J.; Medvedev, M.; Stuchebruhkov, A. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1057-1065.
33. Weber, S.; Richter, G.; Schleicher, E.; Bacher, A.; Mobius, K.; Kay, C. W. M. Biophys. J. 2001, 81, 1195-1204.
34. Jorns, M. S.; Wang, B.; Jordan, S. P.; Chanderkar, L. P. Biochemistry 1990, 552-561.
35. MacFarlane, A. W., IV.; Stanley, R. J. Biochemistry 2001, 40, 15204-15214.
36. Christine, K. S.; MacFarlane, A. W.; Yang, K.; Stanley, R. J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 38339-38344.
37. Morris, M. D.; Bienstock, R. J. In Advances in Spectroscopy Vol. 13: Spectroscopy of Biological Systems; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; Wiley & Sons: New York, 1986; pp. 395-442.
38. McFarland, J. T. In Biological Applications of Raman Spectroscopy Vol. 2: Resonance Raman Spectra of Polyenes and Aromatics; Spiro, T. G., Ed.; Wiley: New York, 1987; pp 211-302.
39. Murgida, D. H.; Schleicher, E.; Bacher, A.; Richter, G.; Hildebrandt, P. J. Raman Spec. 2001, 32, 551-556.
40. Jorns, M. S.; Sancar, G. B.; Sancar, A. Biochemistry 1985, 24, 1856-1861.
41. Dutta, P. K.; Spiro, T. G. Biochemistry 1980, 19, 1590-159.
42. Nishina, Y.; Shiga, K.; Horiike, K.; Tojo, H.; Kasai, S.; Matsui, K.; Watari, H.; Yamano, T. J. Biochem. 1980, 88, 411-416.
43. Kitagawa, T.; Sakamoto, H.; Sugiyama, T.; Yamano, T. J. Biol. Chem 1982, 257, 12075-12080.
44. Benecky, M. J.; Copeland, R. A.; Spiro, T. G. Biochim. Biophys. Acta 1983, 760, 163-168.
45. Sugiyama, T.; Nisimoto, Y.; Mason, H. S.; Loehr, T. M. Biochemistry 1985, 24, 3012-3019.
46. Lively, C. R.; Gustafson, W. G.; McFarland, J. T. In Flavins and Flavoproteins; Edmondson, D. E., McCormick, D. B., Eds.; W. de Gruyter & Co.: Berlin, 1987; pp 283-286.
47. Su, Y.; Tripathi, G. N. R. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4406-4407.
48. Sakai, M.; Takahashi, H. J. Mol. Struct. 1996, 379, 9-18.
49. Taylor, J. S. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 76-82.
50. Harm, W. Mutat. Res. 1970, 10, 277-290.
51. Sancar, G. B.; Smith, F. W.; Reid, R.; Payne, G.; Sancar, A. J. Biol. Chem. 1987, 262, 478-485.
52. Edmondson, D. E.; Tollin, G. Biochemistry 1971, 10, 113-124.
53. Shiga, K.; Nishina, Y.; Ohmine, I.; Horiike, K.; Kasai, S.; Matsui, K.; Watari, H.; Yamano, T. J. Biochem. 1980, 87, 281-287.
54. Eaton, W. A.; Hofrichter, J.; Makinen, M. W.; Andersen, R. D.; Ludwig, M. L. Biochemistry 1975, 14, 2146-2151.
55. Nishina, Y.; Kitagawa, T.; Shiga, K.; Watari, H.; Yamano, T. J. Biochem. 1980, 87, 831-839.
56. Zheng, Y.; Massey, V.; Schaller, A.; Palfey, B. A.; Carey, P. R. J. Raman Spectrosc. 2001, 32, 579-586.
57. Nishina, Y.; Shiga, K.; Miura, R.; Tojo, H.; Ohta, M.; Miyake, Y.; Yamano, T.; Watari, H. J. Biochem. 1983, 94, 1979-1990.
58. Nishima, Y.; Tojo, H.; Shiga, K. J. Biochem. 1988, 104, 227-231.
59. Bowman, W. D.; Spiro, T. G. Biochemistry 1981, 20, 3313-3318.
60. Lively, C. R.; McFarland, J. T. J. Phys. Chem. 1990, 94, 3980-3994.
61. Zheng, Y.; Dhong, J.; Palfey, B. A.; Carey, P. R. Biochemistry 1999, 38, 16727-16732.
62. Wang, B.; Jorns, M. S. Biochemistry 1989, 28, 1148-1152.
63. Irwin, R. M.; Visser, A. J. W. G.; Lee, J.; Carreira, L. A. Biochemistry 1980, 19, 4639-4646.
64. Kay, C. W. M.; Feicht, R.; Schulz, K.; Sadewater, P.; Sancar, A.; Bacher, A.; Möbius, K.; Richter, G.; Weber, S. Biochemistry 1999, 38, 16740-16748.
65. Weber, S.; Möbius, K.; Richter, G.; Kay, C. W. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3790-3798.
66. Andrew, S. S.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 11853-11863.
67. Park, E. S.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 5800-5806.
68. Oklejas, V.; Sjostrom, C.; Harris, J. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2408-2409.
69. Liptay, W. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1969, 8, 177-188.