Single-Step Perturbations to Calculate Free Energy Differences from Unphysical Reference States: Limits on Size, Flexibility, and Character

Journal of Computational Chemistry

Volumn 24, Issue 14, 2003, Pages 1730-1739

  Oostenbrink, Chris ^a   Van Gunsteren, Wilfred F ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Factor Xa; Free energy calculation; Molecular dynamics simulation; Single step perturbation; Soft core interaction

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DERIVATIVES; DRUG PRODUCTS; MOLECULAR DYNAMICS; PERTURBATION TECHNIQUES; PROTEINS;

SINGLE-STEP PERTURBATIONS;

FREE ENERGY;

EID: 0141956086     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.10304     Document Type: Article

References (24)

1. Liu, H. Y. Mark, A. E. van Gunsteren, W. F. J Phys Chem 1996, 100, 9485.
2. Schäfer, H. van Gunsteren, W. F. Mark, A. E. J Comput Chem 1999, 20, 1604.
3. Pitera, J. W. van Gunsteren, W. F. J Phys Chem B 2001, 105, 11264.
4. Mark, A. E. Xu, Y. W. Liu, H. Y. van Gunsteren, W. F. Acta Biochim Pol 1995, 42, 525.
5. Oostenbrink, B. C. Pitera, J. W. Van Lipzig, M. M. H. Meerman, J. H. N. van Gunsteren, W. F. J Med Chem 2000, 43, 4594.
6. Beutler, T. C. Mark, A. E. Van Schaik, R. C. Gerber, P. R. van Gunsteren, W. F. Chem Phys Lett 1994, 222, 529.
7. A literature search on "factor Xa inhibitors" yielded 167 articles, published in the last 5 years. See, for example, refs. 8-12.
8. Matter, H. Defossa, E. Heinelt, U. Blohm, P. M. Schneider, D. Müller, A. Herok, S. Schreuder, H. Liesum, A. Brachvogel, V. Lönze, P. Walser, A. Al-Obeidi, F. Wildgoose, P. J Med Chem 2002, 45, 2749.
9. Ewing, W. R. Becker, M. R. Manetta, V. E. Davis, R. S. Pauls, H. W. Mason, H. Maignan, S. Guilloteau, J. P. Brown, K. Colussi, D. Bentley, R. Bostwick, J. Kasiewski, C. J. Morgan, S. R. Leadley, R. J. Dunwiddie, C. T. Perrone, M. H. Chu, V. J Med Chem 1999, 42, 3557.
10. Herron, D. K. Goodson, T. J. Wiley, M. R. Weir, L. C. Kyle, J. A. Yee, Y. K. Tebbe, A. L. Tinsley, J. M. Mendel, D. Masters, J. J. Franciskovitch, J. B. Sawyer, J. S. Beight, D. W. Ratz, A. M. Milot, G. Hall, S. E. Klimkowski, V. J. Wikel, J. H. Eastwood, B. J. Towner, R. D. Gifford-Moore, D. S. Craft, T. J. Smith, G. F. J Med Chem 2000, 43, 859.
11. Klein, S. I. Czekaj, M. Gardner, C. J. Guertin, K. R. Cheney, D. L. Spada, A. P. Bolton, S. A. Brown, K. Colussi, D. Heran, C. L. Morgan, S. R. Leadley, R. J. Dunwiddie, C. T. Perrone, M. H. Chu, V. J Med Chem 1998, 41, 437.
12. Han, Q. Dominguez, C. Stouten, P. F. W. Park, J. M. Duffy, D. E. Galemmo, R. A. J. Rossi, K. A. Alexander, R. S. Smallwood, A. M. Wong, P. C. Wright, M. M. Luettgen, J. M. Knabb, R. M. Wexler, R. R. J Med Chem 2000, 43, 4398.
13. Maduskuie, T. P. J. McNamara, K. J. Ru, Y. Knabb, R. M. Stouten, P. F. W. J Med Chem 1998, 41, 53.
14. Beveridge, D. L. DiCapua, F. M. Ann Rev Biophys Biophys Chem 1989, 18, 431.
15. Kollman, P. Chem Rev 1993, 93, 2395.
16. van Gunsteren, W. F. Billeter, S. R. Eising, A. A. Hünenberger, P. H. Krüger, P. Mark, A. E. Scott, W. R. P. Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide Vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich: Zürich, 1996.
17. Schuler, L. D. Daura, X. van Gunsteren, W. F. J Comput Chem 2001, 22, 1205.
18. Berendsen, H. J. C. Postma, J. P. M. van Gunsteren, W. F. Hermans, J. Intermolecular Forces Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981 p 331.
19. Maignan, S. Guilloteau, J. P. Pouzieux, S. Choi-Sledeski, Y. M. Becker, M. R. Klein, S. I. Ewing, W. R. Pauls, H. W. Spada, A. P. Mikol, V. J Med Chem 2000, 43, 3226.
20. Berendsen, H. J. C. Postma, J. P. M. van Gunsteren, W. F. Dinola, A. Haak, J. R. J Chem Phys 1984, 81, 3684.
21. Tironi, I. G. Sperb, R. Smith, P. E. van Gunsteren, W. F. J Chem Phys 1995, 102, 5451.
22. Heinz, T. N. van Gunsteren, W. F. Hünenberger, P. H. J Chem Phys 2001, 115, 1125.
23. Ryckaert, J. P. Ciccotti, G. Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1977, 23, 327.
24. Oostenbrink, C. van Gunsteren, W. F., accepted for publication in Proteins 2003.