Determination of protein-oligosaccharide binding by nanoelectrospray fourier-transform ion cyclotron resonance mass spectrometry

Methods in Enzymology

Volumn 362, Issue , 2003, Pages 376-397

  Wang, Weijie ^a   Kitova, Elena N ^a   Klassen, John S ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN; CONCANAVALIN A; DITHIOTHREITOL; LYSOZYME; N ACETYLGLUCOSAMINE; NANOPARTICLE; OLIGOSACCHARIDE; SINGLE CHAIN FRAGMENT VARIABLE ANTIBODY; TRISACCHARIDE; VEROTOXIN 1;

ARTICLE; BINDING AFFINITY; CALCULATION; CYCLOTRON; DISSOCIATION; FOURIER TRANSFORMATION; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR INTERACTION; MOLECULAR RECOGNITION; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CARBOHYDRATE INTERACTION; QUANTITATIVE ANALYSIS; STOICHIOMETRY;

EID: 0042025069     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(03)01027-9     Document Type: Article

References (32)

1. J. J. Lundquist and E. J. Toone, Chem. Rev. 102, 555 (2002); D. R. Bundle, Methods Enzymol. 247, 288-305 (1994); D. R. Bundle, in "Carbohydrates" (S. Hecht, ed.), p. 370. Oxford University Press, Oxford, 1998.
2. J. J. Lundquist and E. J. Toone, Chem. Rev. 102, 555 (2002); D. R. Bundle, Methods Enzymol. 247, 288-305 (1994); D. R. Bundle, in "Carbohydrates" (S. Hecht, ed.), p. 370. Oxford University Press, Oxford, 1998.
3. J. J. Lundquist and E. J. Toone, Chem. Rev. 102, 555 (2002); D. R. Bundle, Methods Enzymol. 247, 288-305 (1994); D. R. Bundle, in "Carbohydrates" (S. Hecht, ed.), p. 370. Oxford University Press, Oxford, 1998.
4. J. M. Daniel, S. D. Friess, S. Rajagopalan, S. Wendt, and R. Zenobi, Int. J. Mass Spectrom. 216, 1 (2002).
5. M. S. Wilm and M. Mann, Anal. Chem. 68, 1 (1996).
6. A. Ayed, A. N. Krutchinsky, W. Ens, K. G. Standing, and H. W. Duckworth, Rapid Commun. Mass Spectrom. 12, 339 (1998).
7. M. J. Greig, H. Gaus, L. L. Cummins, H. Sasmor, and H. R. Griffey, J. Am. Chem. Soc. 117, 10765 (1995).
8. T. J. D. Jorgensen, P. Roepstorff, and A. J. R. Heck, Anal. Chem. 70, 4427 (1998); K. A. Sannes-Lowery, R. H. Griffey, and S. A. Hofstadler, Anal. Biochem. 280, 264 (2000).
9. T. J. D. Jorgensen, P. Roepstorff, and A. J. R. Heck, Anal. Chem. 70, 4427 (1998); K. A. Sannes-Lowery, R. H. Griffey, and S. A. Hofstadler, Anal. Biochem. 280, 264 (2000).
10. R. H. Griffey, K. A. Sannes-Lowery, J. J. Drader, V. Mohan, E. E. Swayze, and S. A. Hofstadler, J. Am. Chem. Soc. 122, 9933 (2000).
11. B. Ganem, Y.-T. Li, and J. D. Henion. J. Am. Chem. Soc. 113, 7818 (1991).
12. W. D. van Dongent and A. J. R. Heck, Analyst 125, 583 (2000).
13. E. J. Toone, Curr. Opin. Struct. Biol. 4, 719 (1994); T. K. Dam, R. Roy, S. K. Das, S. Oscarson, and C. F. Brewer, J. Biol. Chem. 275, 14223 (2000).
14. E. J. Toone, Curr. Opin. Struct. Biol. 4, 719 (1994); T. K. Dam, R. Roy, S. K. Das, S. Oscarson, and C. F. Brewer, J. Biol. Chem. 275, 14223 (2000).
15. A. Zdanov, Y. Li, D. R. Bundle, S.-J. Deng, C. R. MacKenzie, S. A. Narang, N. M. Young, and M. Cygler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 6423 (1994).
16. E. N. Kitova, P. I. Kitov, D. R. Bundle, and J. S. Klassen, Glycobiology 11, 605 (2001).
17. G. Mulvey, R. Vanmaele, M. Mrazek, M. Cahill, and G. D. Armstrong, J. Microbiol. Methods 32, 247 (1998).
18. D. R. Bundle, E. Eichler, M. A. J. Gidney, M. Meldal, A. Ragauskas, B. W. Sigurskjold, B. Sinnot, D. C. Watson, M. Yaguchi, and N. M. Young, Biochemistry 33, 5172 (1994).
19. C. Tanford, "Physical Chemistry of Macromolecules." John Wiley & Sons, New York, 1961.
20. G. J. Van Berkel, F. Zhou, and J. T. Aronson, Int. J. Mass Spectrom. 162, 55 (1997).
21. G. J. Van Berkel, K. G. Asano, and P. D. Schnier, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 12, 853 (2001).
22. D. R. Bundle, unpublished results (1996).
23. K. Hirose, J. Inclusion Phenomena Macrocyclic Chem. 39, 193 (2001).
24. J. A. Loo, P. Hu, P. McConnel, W. T. Mueller, T. K. Sawyer, and V. Thanabal, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 8, 234 (1997); H.-K. Lim, Y. L. Hsieh, B. Ganem, and J. Henion, J. Mass Spectrom. 30, 708 (1995); R. H. Griffey, S. A. Hofstadler, K. A. Sannes-Lowery, D. J. Ecker, and S. T. Crooke, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 10129 (1999).
25. J. A. Loo, P. Hu, P. McConnel, W. T. Mueller, T. K. Sawyer, and V. Thanabal, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 8, 234 (1997); H.-K. Lim, Y. L. Hsieh, B. Ganem, and J. Henion, J. Mass Spectrom. 30, 708 (1995); R. H. Griffey, S. A. Hofstadler, K. A. Sannes-Lowery, D. J. Ecker, and S. T. Crooke, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 10129 (1999).
26. J. A. Loo, P. Hu, P. McConnel, W. T. Mueller, T. K. Sawyer, and V. Thanabal, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 8, 234 (1997); H.-K. Lim, Y. L. Hsieh, B. Ganem, and J. Henion, J. Mass Spectrom. 30, 708 (1995); R. H. Griffey, S. A. Hofstadler, K. A. Sannes-Lowery, D. J. Ecker, and S. T. Crooke, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 10129 (1999).
27. C. V. Robinson, E. W. Chung, B. B. Kragelund, J. Knudsen, R. T. Aplin, F. M. Poulsen, and C. M. Dobson, J. Am. Chem. Soc. 118, 8646 (1996); V. Gabelica, E. De Pauw, and F. Rosu, J. Mass Spectrom. 34, 1328 (1999).
28. C. V. Robinson, E. W. Chung, B. B. Kragelund, J. Knudsen, R. T. Aplin, F. M. Poulsen, and C. M. Dobson, J. Am. Chem. Soc. 118, 8646 (1996); V. Gabelica, E. De Pauw, and F. Rosu, J. Mass Spectrom. 34, 1328 (1999).
29. H. Shimizu, R. A. Field, S. W. Homans, and A. Donohue-Rolfe, Biochemistry 37, 11078 (1998).
30. H. Ling, A. Boodhoo, B. Hazes, M. D. Cummings, G. D. Armstrong, J. L. Brunton, and R. J. Read, Biochemistry 37, 1777 (1998);
31. D. J. Bast, L. Banerjee, C. Clark, R. J. Read, and J. L. Brunton, Mol. Microbiol. 32, 953 (1999).
32. P. M. St. Hilaire, M. K. Boyd, and E. J. Toone, Biochemistry 33, 14452 (1994).