Improving macromolecular atomic models at moderate resolution by automated iterative model building, statistical density modification and refinement

Acta Crystallographica - Section D Biological Crystallography

Volumn 59, Issue 7, 2003, Pages 1174-1182

  Terwilliger, Thomas C ^a  

^a LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ALGORITHM; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METHODOLOGY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ALGORITHMS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; MODELS, MOLECULAR; PROTEINS;

EID: 0038793604     PISSN: 09074449     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444903009922     Document Type: Article

References (38)

1. Adams, P. D., McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Hung, L.-W., Ioerger, T. R., Moriarty, N. W., Read, R. J., Sacchettini, J. C., Sauter, N. K. & Terwilliger, T. C. (2002). Acta Cryst. D58, 1948-1954.
2. Brayer, G. D. & McPherson, A. (1983). J. Mol. Biol. 169, 565-596.
3. Chen, C. C. H., Kim, A., Zhang, H., Howard, A. J., Sheldrick, G. M., Dunaway-Mariano, D. & Herzberg, O. (2002). Biochemistry, 41, 13162-13169.
4. Collaborative Computational Project, Number 4 (1994). Acta Cryst. D50, 760-763.
5. Cowtan, K. D. (1998). Acta Cryst. D54, 750-756.
6. Fitz-Gibbon, S. T., Ladner, H., Kim, U. J., Stetter, K. O., Simon, M. I. & Miller, J. H. (2002). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 99, 984-989.
7. Folkers, P. J. M., Nilges, M., Folmer, R. H. A., Konings, R. N. H. & Hilbers, C. W. (1994). J. Mol. Biol. 236, 229-246.
8. Gordon, E. J., Flouret, B., Chantalat, L., van Heijenoort, J., Mengin-Lecreulx, D. & Dideberg, O. (2001). J. Biol. Chem. 276, 10999-11006.
9. Greer, J. (1985). Methods Enzymol. 115, 206-224.
10. Huber, A. H., Nelson, W. J. & Weis, W. I. (1997). Cell, 90, 871-882.
11. Ioerger, T. R. & Sacchettini, J. C. (2002). Acta Cryst. D58, 2043-2054.
12. Jones, T. A., Zou, J. Y., Cowan, S. W. & Kjeldgaard, M. (1991). Acta Cryst. A47, 110-119.
13. Kleywegt, G. J. (1996). Acta Cryst. D52, 842-857.
14. Lamzin, V. S. & Wilson, K. S. (1993). Acta Cryst. D49, 129-147.
15. Levitt, D. G. (2001). Acta Cryst. D57, 1013-1019.
16. McPherson, A., Jurnak, F. A., Wang, A. H. J., Molineux, I. & Rich, I. (1979). J. Mol. Biol. 134, 379-400.
17. Morris, R. J., Perrakis, A. & Lamzin, V. S. (2002). Acta Cryst. D58, 968-975.
18. Murshudov, G. N., Vagin, A. A. & Dodson, E. J. (1997). Acta Cryst. D53, 240-255.
19. Oldfield, T. (2002). Acta Cryst. D58, 487-493.
20. Peat, T. S., Newman, J., Waldo, G. S., Berendzen, J. & Terwilliger, T. C. (1998). Structure, 6, 1207-1214.
21. Pédelacq, J.-D., Piltch, E., Liong, E. E., Berendzen J., Kim, C.-Y., Rho, B.-S., Park, M. S., Terwilliger, T. C. & Waldo, G. S. (2002). Nature Biotechnol. 20, 927-932.
22. Perrakis, A., Harkiolaki, M., Wilson, K. S. & Lamzin, V. S. (2001). Acta Cryst. D57, 1445-1450.
23. Perrakis, A., Morris, R. M. & Lamzin, V. S. (1999). Nature Struct. Biol. 6, 458-463.
24. Perrakis, A., Sixma, T. K., Wilson, K. S. & Lamzin, V. S. (1997). Acta Cryst. D53, 448-455.
25. Read, R. J. (2001). Acta Cryst. D57, 1373-1382.
26. Rossmann, M. G. (1972). The Molecular Replacement Method. New York: Gordon & Breach.
27. Shah, S. A., Shen, B. W. & Brünger, A. T. (1997). Structure, 5, 1067-1075.
28. Skinner, M. M., Zhang, H., Leschnitzer, D. H., Guan, Y., Bellamy, H., Sweet, R. M., Gray, C. W., Konings, R. N. H., Wang, A. H.-J. & Terwilliger, T. C. (1994). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 91, 2071-2075.
29. Terwilliger, T. C. (2000). Acta Cryst. D56, 965-972.
30. Terwilliger, T. C. (2001a). Acta Cryst. D57, 1755-1762.
31. Terwilliger, T. C. (2001b). Acta Cryst. D57, 1763-1775.
32. Terwilliger, T C. (2002a). Acta Cryst. D58, 2213-2215.
33. Terwilliger, T. C. (2002b). Acta Cryst. D58, 2082-2086.
34. Terwilliger, T. C. (2003a). Acta Cryst. D59, 38-44.
35. Terwilliger, T. C. (2003b). Acta Cryst D59, 45-49.
36. Terwilliger, T. C. & Berendzen, J. (1999). Acta Cryst. D55, 849-861.
37. Vellieux, F. M. D. (1998). Acta Cryst. D54, 81-85.
38. Yarbrough, D., Wachter, R. M., Kallio, K., Matz, M. V. & Remington, S. J. (2001). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 98, 462-467.