Structure and function of the ribosomal frameshifting pseudoknot RNA from beet western yellow virus

Helvetica Chimica Acta

Volumn 86, Issue 5, 2003, Pages 1709-1727

  Egli, Martin ^a   Sarkhel, Sanjay ^a   Minasov, George ^b   Rich, Alexander ^c  

^a VANDERBILT UNIVERSITY   (United States)

^b NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

^c MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CRYSTAL STRUCTURE; MAGNESIUM PRINTING PLATES; PROTEINS; VIRUSES;

RIBOSOMES;

RNA;

MAGNESIUM; RIBOSOMAL FRAMESHIFTING PSEUDOKNOT RNA; RIBOSOME RNA; UNCLASSIFIED DRUG; VIRUS RNA;

ARTICLE; BEET WESTERN YELLOW VIRUS; CRYSTAL STRUCTURE; IN VITRO STUDY; IN VIVO STUDY; MUTATIONAL ANALYSIS; NONHUMAN; PLANT VIRUS; PRIORITY JOURNAL; RNA STRUCTURE; SEQUENCE ALIGNMENT;

EID: 0037735185     PISSN: 0018019X     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/hlca.200390142     Document Type: Article

References (47)

1. C. W. A. Pleij, L. Bosch, Methods Enzymol. 1989, 180, 289.
2. C. W. A. Pleij, K. Rietveld, L. Bosch, Nucleic Acids Res. 1985, 13, 1717.
3. C. W. Hilbers, P. J. A. Michiels, H. A. Heus, Biopolymers 1998, 48, 132
4. D. P. Giedroc, C. A. Theimer, P. L. Nixon, J. Mol, Biol. 2000, 298, 167.
5. T. Powers, H. F. Noller, EMBO J. 1991, 10, 2203.
6. T. Jacks, K. Townsley, H. E. Varmus, J. Majors, Proc. Natl. Acad. Sci. US.A. 1987, 94, 4298.
7. D. S. McPheeters, G. D. Stormo, L. Gold, J. Mol. Biol. 1988, 201, 517.
8. E. S. Hass, J. W. Brown, C. Pitulle, N. R. Pace, Proc. Natl. Acad. Sci. US.A. 1994, 91, 2527.
9. E. Jabri, S. Aigner, T. R. Cech, Biochemistry 1997, 36, 16345.
10. A. R. Ferré-D'Amaré, K. Zhou, J. A. Doudna, Nature 1998, 395, 567.
11. D. Gilley, E. H. Blackburn, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6621.
12. E. B. ten Dam, K. Pleij, D. Draper, Biochemistry 1992, 31, 11665.
13. C. Wilson, J. Nix, J. Szostak. Biochemistry 1998, 37,14410.
14. C. K. Tang, D. E. Draper, Cell 1989, 57, 531.
15. C. Ehresmann, C. Philippe, E. Westhof, L. Bénard, C. Portier, B. Ehresmann. Biochem. Cell. Biol. 1995, 73, 1131.
16. P. J. Farabaugh, Microbiol. Rev. 1996, 60, 103.
17. R. E Gesteland, J. E Atkins, Annu. Rev. Biochem. 1996, 65, 741.
18. Y.-X. Feng, T. D. Copeland, S. Oroszlan, A. Rein, J. G. Levin, Proc. Natl. Acad. Sci. US.A. 1990, 87, 8860.
19. N. M. Wills, R. F. Gesteland. J. F. Atkins, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 6991.
20. T. Jacks, H. D. Madhani, F. R. Masiarz, H. E. Varmus, Cell 1988, 55, 447.
21. L. X. Shen, I. Tinoco Jr., J. Mol. Biol. 1995, 247, 963.
22. Z. Du, D. P. Giedroc, D. W. Hoffman. Biochemistry 1996, 35, 4187.
23. Z. Du. J. A. Holland, M. R. Hansen, D. P. Giedroc, D. W. Hoffman, J. Mol. Biol. 1997, 270, 464.
24. H. Kang, I. Tinoco Jr., Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1943.
25. M. H. Kolk, M. van der Graaf, S. S. Wijmenga, C. W. A. Pleij, H. A. Heus, C. W. Hilbers, Science 1998, 280, 434.
26. P. L. Nixon, A. Rangan, Y.-G. Kim, A. Rich, D. W. Hoffman, M. Hennig, D. P. Giedroc, J. Mol. Biol. 2002, 322, 621.
27. L. Su, L. Chen, M. Egli, J. Berger, A. Rich, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 285.
28. M. Egli, G. Minasov, L Su, A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 2002, 99, 4302.
29. W. A. Miller, S. P. Dinesh-Kumar, C. P. Paul, Crit. Rev. Plant Sci. 1995, 14, 179.
30. Web address: http://www.rcsb.org.
31. R. Lavery, J. Sklenar, J. Biomol. Struct. Dyn. 1988, 6, 63; R. Lavery, H. Sklenar, J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 655.
32. R. Lavery, J. Sklenar, J. Biomol. Struct. Dyn. 1988, 6, 63; R. Lavery, H. Sklenar, J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 655.
33. P. L. Nixon, D. P. Giedroc, J. Mol. Biol. 2000, 296, 659.
34. P. L. Nixon. D. P. Giedroc, Biochemistry 1998, 37, 16116.
35. V. Tereshko, C. J. Wilds, G. Minasov. M. A. Mater, T. Prakash, A. Howard, Z. Wawrzak, M. Manoharan, M. Egli, Nucleic Acids Res. 2001, 29, 1208.
36. S. Basu, R. P. Rambo, J. Strauss-Soukup, J. H. Cate, A. Ferré-D'Amaré, S. A. Strobel, J. A. Doudna, Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 986.
37. Y.-G. Kim, L. Su, S. Maas, A. O'Neill, A. Rich, Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14234.
38. P. Somogyi, A. J. Jenner, I. Brierley, S. C. Inglis, Mol. Cell. Biol. 1993, 13, 6931.
39. Y.-G. Kim, S. Maas, A. Rich, Nucleic Acid Res. 2001, 29, 1125.
40. G. Z. Yusupova, M. M. Yusupov, J. H. D. Care, H. E Noller, Cell 2001, 106, 233.
41. N. Ban, P. Nissen, J. Hansen, P. B. Moore, T A. Steitz, Science 2000, 289, 902.
42. J. Harms, F. Schluenzen, R. Zarivach, A. Bashan. S. Gat. I. Agmon. H. Bartels, F. Franceschi, A. Yonath, Cell 2001, 107, 679.
43. B. T. Wimberly, D. E. Brodersen, W. M. Clemons Jr., R. J. Morgan-Warren, A. P. Carter, C. Vonrhein, T. Hartsch, V. Ramakrishnan, Nature 2000, 407. 327.
44. E Schluenzen, A. Tocilj, R. Zarivach, J. Harms, M. Gluehmann, D. Janell, A. Bashan, H. Bartels, Agmon, E Franceschi, A. Yonath, Cell 2000, 102, 615.
45. M.M. Yusupov, G. Z. Yusupova, A. Baucom, K. Lieberman, T. N. Earnest, J. H. D. Care, H. E Noller, Science 2001, 292, 883.
46. W. Saenger, 'Principles of Nucleic Acid Structure', Springer Verlag, Berlin, 1984.
47. A. Rich, in 'Ribosomes', Eds. M. Nomura, A. Tissieres, P. Lengyel, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1974, pp. 871-884.