Free energy calculations of watson-crick base pairing in aqueous solution

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 41, 1999, Pages 9503-9508

  Stofer, E ^b   Chipot, C ^b   Lavery, R ^a  

^a INST DE BIOLOGIE PHYSICO CHIMIQUE   (France)

^b NANCY UNIVERSITÉ   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENINE; CYTOSINE; GUANINE; THYMINE;

AQUEOUS SOLUTION; ARTICLE; BASE PAIRING; CALCULATION; CHEMICAL STRUCTURE; HYDROGEN BOND; REACTION ANALYSIS; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 0032753202     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja991092z     Document Type: Article

References (49)

1. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
2. Goswami, S.; Hamilton, A. D. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 3425.
3. Rotello, V. M.; Viani, E. A.; Deslongchamps, G.; Murray, B. A.; Rebek, J., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 797.
4. Lebrun, A.; Lavery, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 348.
5. Yanson, I. K.; Teplitsky, A. R.; Sukhodub, L. F. Biopolymers 1979, 18, 1149.
6. Kyoguku, Y.; Lord, R. C.; Rich, A. J. Am. Chem. Soc. 1967, 89, 496.
7. Kyoguku, Y.; Lord, R. C.; Rich, A. Biophys. Biochem. Acta 1969, 179, 10.
8. Newmark, R. A.; Cantor, C. R. J. Am. Chem. Soc. 1968, 90, 5010.
9. Jorgensen, W.; Pranata, J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2008
10. Schneider, H. J. Chem. Soc. Rev. 1994, 22, 227.
11. Breslauer, K. J.; Frank, R.; Blöcker, H.; Marky, L. A. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1986, 83, 3746.
12. Vesnaver, G.; Breslauer, K. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 3569.
13. Levitt, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 640.
14. Freier, S. M.; Sugimoto, N.; Sinclair, A.; Alkema, D.; Neilson, T.; Kierzek, R.; Caruthers, M. H.; Turner, D. H. Biochemistry 1986, 25, 3214.
15. Turner, D. H.; Sugimoto, N.; Kierzek, R.; Dreiker, S. D. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 3783.
16. Tanner, N. K.; Cech, T. R. Biochemistry 1987, 26, 3330.
17. Guckian, K. M.; Schweitzer, B. A.; Ren R. X.-F.; Scheils, C. J.; Paris, P. L.; Tahmassebi, D. C.; Kool E. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8182.
18. Iza, N.; Gill, M.; Montero, J. L.; Morcillo, J. J. Mol. Struct. 1988, 175, 19.
19. Morcillo, J.; Gallego, E.; Peral, F. J. Mol. Struct. 1987, 157, 353.
20. Friedman, R. A.; Honig, B. Biophys. J. 1995, 69, 1528.
21. Lee G. U.; Chrisey, L. A.; Colton, R. J. Science 1994, 266, 771.
22. Noy, A.; Vezenov, D. V.; Kayyem, J. F.; Meade, T. J.; Lieber, C. M. Chem. Biol. 1997, 4, 519.
23. Essevaz-Roulet, B.; Bockelmann, U.; Heslot, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 11935.
24. Rief, M.; Clausen-Schaumann, H.; Gaub, H. E. Nature Struct. Biol. 1999, 6, 346.
25. Boland, T.; Ratner, B. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 5297.
26. Pincet, F.; Rawicz, W.; Perez, E.; Lebeau, L.; Mioskowski, C.; Evans, E. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 1949.
27. Friedman, R. A.; Honig, B. Biopolymers 1992, 32, 145.
28. Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 3734.
29. Dang, L. X.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 503.
30. Sun, Y.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3599.
31. Carlson, H. A.; Nguyen, T. B.; Orozco, M.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1240.
32. Chipot, C.; Jaffe, R.; Maigret, B.; Pearlman, D. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11217.
33. Chipot, C.; Kollman, P. A.; Pearlman, D. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1012.
34. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. C.; Ross, W. S.; Cheatham, T. C.; Seibel, G.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. AMBER 4.1, University of California, San Francisco: San Francisco, CA, 1994.
35. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. C.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
36. Hobza, P.; Kabelac, M.; Sponer, J.; Mejzlik, P.: Vondrasek, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1136.
37. Flatters, D.; Zakrzewska, K.; Lavery, R. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1043.
38. Duan, Y.; Wilkosz, P.; Crowley, M.; Rosenberg, J. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 553.
39. Young, M. A.; Beveridge, D. A. Biophys. J. 1997, 73, 2313.
40. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620.
41. Ryckaert, J.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
42. Pearlman, D. A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 8946.
43. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
44. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P.; van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
45. Mezei, M.; Beveridge, D. L. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1986, 482, 1.
46. Evans, E.; Ritchie, K. Biophys. J. 1997, 72, 1541.
47. Viovy, J.-L.; Heller, C.; Caron, F.; Cluzel, P.; Chatenay, D. C. R. Acad. Sci. Paris, Life Sci. 1994, 317, 795.
48. Florian, J.; Sponer, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 884.
49. Ahora, N.; Jayaram, B. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6139.