Prodomains and protein folding catalysis

Chemical Reviews

Volumn 102, Issue 12, 2002, Pages 4805-4815

  Bryan, Philip N ^a  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND BIOTECHNOLOGY INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIMOLECULAR FOLDING REACTION; KINETIC BARRIERS; SUBSTILISIN; ZYMOGEN PRECURSORS;

BIOCATALYSTS; CHEMICAL ACTIVATION; CONFORMATIONS; ENZYME INHIBITION; ENZYME KINETICS; MOLECULAR STRUCTURE;

PROTEINS;

BACTERIAL PROTEIN; ENZYME PRECURSOR; PROTEIN PRECURSOR; PROTEINASE;

CATALYSIS; CHEMISTRY; ENZYME STABILITY; PROTEIN FOLDING; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW;

BACTERIAL PROTEINS; CATALYSIS; ENDOPEPTIDASES; ENZYME PRECURSORS; ENZYME STABILITY; PROTEIN FOLDING; PROTEIN PRECURSORS; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

EID: 0036882399     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr010190b     Document Type: Article

References (112)

1. Khan, A. R.; James, M. N. Protein Sci. 1998, 7, 815.
2. Agard, D. A. Science 1993, 260, 1903.
3. Baker, D.; Shiau, A. K.; Agard, D. A. Curr. Opin. Cell Biol. 1993, 5, 966.
4. Baker, D.; Agard, D. Biochemistry 1994, 33, 7505.
5. Baker, D. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 1021.
6. Inouye, M. Enzyme 1991, 45, 314.
7. Shinde, U.; Li, Y.; Chatterjee, S.; Inouye, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 6924.
8. Shinde, U.; Inouye, M. Trends Biochem. Sci. 1993, 18, 442.
9. Shinde, U.; Inouye, M. Adv. Exp. Med. Biol. 1996, 379, 147.
10. Shinde, U.; Inouye, M. Intramolecular Chaperones and Protein Folding; R. G. Landes Company: Austin, 1995.
11. James, M. N.; Delbaere, L. T.; Brayer, G. D. Can. J. Biochem. 1978, 56, 396.
12. Siezen, R. J.; Leunissen, J. A. Protein Sci. 1997, 6, 501.
13. Steiner, D.; Smeekens, S. P.; Ohagi, S.; Chan, S. J. J. Mol. Biol. 1992, 267, 23435.
14. Wells, J. A.; Ferrari, E.; Henner, D. J.; Estell, D. A.; Chen, E. Y. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 7911.
15. Vasantha, N.; Thompson, L. D.; Rhodes, C.; Banner, C.; Nagle, J.; Filpula, D. J. Bacteriol. 1984, 159, 811.
16. Wong, S.; Doi, R. J. Biol. Chem. 1986, 261, 10176.
17. Power, S. D.; Adams, R. M.; Wells, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 3096.
18. Ikemura, H.; Takagi, H.; Inouye, M. J. Biol. Chem. 1987, 262, 7859.
19. Zhu, X.; Ohta, Y.; Jordan, F.; Inouye, M. Nature 1989, 339, 483.
20. Ikemura, H.; Inouye, M. J. Biol. Chem. 1988, 263, 12959.
21. Ohta, Y.; Hojo, H.; Aimoto, S.; Kobayashi, T.; Zhu, X.; Jordan, F.; Inouye, M. Mol. Microbiol. 1991, 5, 1507.
22. Silen, J. L.; McGrath, C. N.; Smith, K. R.; Agard, D. A. Gene 1988, 69, 237.
23. Silen, J. L.; Agard, D. A. Nature 1989, 341, 462.
24. Winther, J. R.; Sorensen, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9330.
25. Zhou, Y.; Lindberg, I. J. Biol. Chem. 1993, 268, 5615.
26. Baier, K.; Nicklisch, S.; Maldener, I.; Lockau, W. Eur. J. Biochem. 1996, 241, 750.
27. Fabre, E.; Nicaud, J. M.; Lopez, M. C.; Gaillardin, C. J. Biol. Chem. 1991, 266, 3782.
28. Fabre, E.; Tharaud, C.; Gaillardin, C. J. Biol. Chem. 1992, 267, 15049.
29. Chang, Y. C.; Kadokura, H.; Yoda, K.; Yamasaki, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996, 219, 463.
30. Baardsnes, J.; Sidhu, S.; MacLeod, A.; Elliott, J.; Morden, D.; Watson, J.; Borgford, T. J. Bacteriol. 1998, 180, 3241.
31. van den Hazel, H. B.; Kielland-Brandt, M. C.; Winther, J. R. J. Biol. Chem. 1993, 268, 18002.
32. Cawley, N. X.; Olsen, V.; Zhang, C. F.; Chen, H. C.; Tan, M.; Loh, Y. P. J. Biol. Chem. 1998, 273, 584.
33. Fukuda, R.; Horiuchi, H.; Ohta, A.; Takagi, M. J. Biol. Chem. 1994, 269, 9556.
34. Nirasawa, S.; Nakajima, Y.; Zhang, Z. Z.; Yoshida, M.; Hayashi, K. Biochem. J. 1999, 341 (Pt 1), 25.
35. Marie-Claire, C.; Ruffet, E.; Beaumont, A.; Roques, B. P. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1911.
36. Cao, J.; Hymowitz, M.; Conner, C.; Bahou, W. F.; Zucker, S. J. Biol. Chem. 2000, 275, 29648.
37. Ventura, S.; Villegas, V.; Sterner, J.; Larson, J.; Vendrell, J.; Hershberger, C. L.; Aviles, F. X. J. Biol. Chem. 1999, 274, 19925.
38. Wetmore, D. R.; Hardman, K. D. Biochemistry 1996, 35, 6549.
39. Yamamoto, Y.; Watabe, S.; Kageyama, T.; Takahashi, S. Y. Arch. Insect Biochem. Physiol. 1999, 42, 167.
40. Baker, D.; Silen, J. L.; Agard, D. A. Proteins 1992, 12, 339.
41. Baker, D.; Sohl, J. L.; Agard, D. A. Nature 1992, 356, 263.
42. Derman, A. I.; Agard, D. A. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 394.
43. Chen, B.-L.; Baase, W. A.; Schellman, J. A. Biochemistry 1989, 28, 691.
44. Eder, J.; Rheinnecker, M.; Fersht, A. R. Biochemistry 1993, 32, 18.
45. Eder, J.; Rheinnecker, M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1993, 233, 293.
46. Carter, P.; Wells, J. A. Nature 1988, 332, 564.
47. Bryan, P.; Alexander, P.; Strausberg, S.; Schwarz, F.; Wang, L.; Gilliland, G.; Gallagher, D. T. Biochemistry 1992, 31, 4937.
48. Alexander, P. A.; Ruan, B.; Bryan, P. N. Biochemistry 2001, 40, 10634.
49. Hu, Z.; Haghjoo, K.; Jordan, F. J. Biol. Chem. 1996, 271, 3375.
50. Gallagher, T. D.; Gilliland, G.; Wang, L.; Bryan, P. Structure 1995, 3, 907.
51. Hu, Z.; Zhu, X.; Jordan, F.; Inouye, M. Biochemistry 1994, 33, 562.
52. Volkov, A.; Jordan, F. J. Mol. Biol. 1996, 262, 595.
53. Li, Y.; Inouye, M. J. Biol. Chem. 1994, 269, 4169.
54. Li, Y.; Inouye, M. J. Mol. Biol. 1996, 262, 591.
55. Shinde, U.; Inouye, M. J. Mol. Biol. 1995, 247, 390.
56. Shinde, U.; Inouye, M. J. Mol. Biol. 1995, 252. 25.
57. Yabuta, Y.; Subbian, E.; Takagi, H.; Shinde, U.; Inouye, M. J. Biochem. (Tokyo) 2002, 131, 31.
58. Yabuta, Y.; Takagi, H.; Inouye, M.; Shinde, U. J. Biol. Chem. 2001, 276, 44427.
59. Anderson, D. E.; Peters, R. J.; Wilk, B.; Agard, D. A. Biochemistry 1999, 38, 4728.
60. Sauter, N. K.; Mau, T.; Rader, S. D.; Agard, D. A. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 945.
61. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Ruczinski, I.; Baker, D. Biochemistry 2000, 39, 11177.
62. Baker, D. Nature 2000, 405, 39.
63. Goldenberg, D. P. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 987.
64. Roder, H.; Colon, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 15.
65. Baldwin, R. L. Fold Des. 1996, 1, R1.
66. Baldwin, R. L.; Rose, G. D. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 77.
67. Baldwin, R. L.; Rose, G. D. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 26.
68. Englander, S. W. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 213.
69. Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Hiller, R.; Englander, S. W. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 149.
70. Jain, S. C.; Shinde, U.; Li, Y.; Inouye, M.; Berman, H. M. J. Mol. Biol. 1998, 284, 137.
71. Sohl, J. L.; Jaswal, S. S.; Agard, D. A. Nature 1998, 395, 817.
72. Ottesen, M.; Svendsen, I. Methods Enzymol. 1970, 19, 199.
73. Hayashi, T.; Matsubara, M.; Nohara, D.; Kojima, S.; Miura, K.; Sakai, T. FEBS Lett. 1994, 350, 109.
74. McPhalen, C. A.; James, M. N. G. Biochemistry 1988, 27, 6582.
75. Gallagher, T. D.; Bryan, P.; Gilliland, G. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1993, 16, 205.
76. Almog, O.; Gallagher, T.; Tordova, M.; Hoskins, J.; Bryan, P.; Gilliland, G. L. Proteins 1998, 31, 21.
77. Bryan, P. N. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1543, 203.
78. Alexander, P. A.; Ruan, B.; Strausberg, S. L.; Bryan, P. N. Biochemistry 2001, 40, 10640.
79. Strausberg, S.; Alexander, P.; Wang, L.; Schwarz, F.; Bryan, P. Biochemistry 1993, 32, 8112.
80. Deeb, R.; Breslow, E. Biochemistry 1996, 35, 864.
81. Cunningham, E. L.; Mau, T.; Truhlar, S. M.; Agard, D. A. Biochemistry 2002, 41, 8860.
82. Wang, L.; Ruvinov, S.; Strausberg, S.; Gallagher, T. D.; Gilliland, G.; Bryan, P. Biochemistry 1995, 15.
83. Sohl, J. L.; Shiau, A. K.; Rader, S. D.; Wilk, B. J.; Agard, D. A. Biochemistry 1997, 36, 3894.
84. Li, Yu.; Hu, Z.; Jordan, F.; Inouye, M. J. Biol. Chem. 1995, 270, 25127.
85. Peters, R. J.; Shiau, A. K.; Sohl, J. L.; Anderson, D. E.; Tang, G.; Silen, J. L.; Agard, D. A. Biochemistry 1998, 37, 12058.
86. Tangrea, M. A.; Alexander, P.; Bryan, P. N.; Eisenstein, E.; Toedt, J.; Orban, J. Biochemistry 2001, 40, 5488.
87. Tangrea, M. A.; Bryan, P. N.; Sari, N.; Orban, J. J. Mol. Biol. 2002, 320, 801.
88. Guasch, A.; Coll, M.; Aviles, F. X.; Huber, R. J. Mol. Biol. 1992, 224, 141.
89. Coll, M.; Guasch, A.; Aviles, F. X.; Huber, R. EMBO J. 1991, 10, 1.
90. Bryan, P.; Wang, L.; Hoskins, J.; Ruvinov, S.; Strausberg, S.; Alexander, P.; Almog, O.; Gilliland, G.; Gallagher, T. D. Biochemistry 1995, 34, 10310.
91. Shinde, U. P.; Liu, J. J.; Inouye, M. Nature 1997, 389, 520.
92. Shinde, U.; Fu, X.; Inouye, M. J. Biol. Chem. 1999, 274, 15615.
93. Ruvinov, S.; Wang, L.; Ruan, B.; Almog, O.; Gilliland, G.; Einstein, E.; Bryan, P. Biochemistry 1997, 36, 10414.
94. Kojima, S.; Minagawa, T.; Miura, K. FEBS Lett. 1997, 411, 128.
95. Kojima, S.; Minagawa, T.; Miura, K. J. Mol. Biol. 1998, 277, 1007.
96. Ruan, B.; Hoskins, J.; Bryan, P. N. Biochemistry 1999, 38, 8562.
97. Kojima, S.; Yanai, H.; Miura, K. J. Biochem. (Tokyo) 2001, 130, 471.
98. Ruan, B.; Hoskins, J.; Wang, L.; Bryan, P. N. Protein Sci. 1998, 7, 2345.
99. Wang, L.; Ruan, B.; Ruvinov, S.; Bryan, P. N. Biochemistry 1998, 37, 3165.
100. Ruan, B. Ph.D. Dissertation, University of Maryland, College Park, 1998.
101. Brandts, J. F.; Halvorson, H. R.; Brennan, M. Biochemistry 1975, 14, 4953.
102. Cunningham, E. L.; Jaswal, S. S.; Sohl, J. L.; Agard, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 11008.
103. Levinthal, C. J. Chim. Phys. 1968, 65, 44.
104. Bai, Y.; Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Englander, S. W. Science 1995, 269, 192.
105. Chamberlain, A. K.; Handel, T. M.; Marqusee, S. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 782.
106. Chung, E. W.; Nettleton, E. J.; Morgan, C. J.; Gross, M.; Miranker, A.; Radford, S. E.; Dobson, C. M.; Robinson, C. V. Protein Sci. 1997, 6, 1316.
107. Jaswal, S. S.; Sohl, J. L.; Davis, J. H.; Agard, D. A. Nature 2002, 415, 343.
108. Voordouw, G.; Milo, C.; Roche, R.S. Biochemistry 1976, 15, 3716.
109. Poland, D. C.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1965, 3, 379.
110. Pace, C. N.; Grimsley, G. R.; Thomson, J. A.; Barnett, B. J. J. Biol. Chem. 1988, 263, 11820.
111. Bresnahan, P. A.; Leduc, R.; Thomas, L.; Thorner, J.; Gibson, H. L.; Brake, A. J.; Barr, P. J.; Thomas, G. J. Cell Biol. 1990, 111, 2851.
112. Hosaka, M.; Nagahama, M.; Kim, W. S.; Watanabe, T.; Hatsuzawa, K.; Ikemizu, J.; Murakami, K.; Nakayama, K. J. Biol. Chem. 1991, 266, 12127.