Ab Initio Structure of the Active Site of Phosphotriesterase

Journal of Chemical Information and Computer Sciences

Volumn 41, Issue 1, 2001, Pages 8-17

  Krauss, M ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF STANDARDS AND TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARYLDIALKYLPHOSPHATASE; CADMIUM; ESTERASE; ZINC;

ARTICLE; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METABOLISM; PROTEIN CONFORMATION;

ARYLDIALKYLPHOSPHATASE; BINDING SITES; CADMIUM; ESTERASES; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; ZINC;

EID: 0035234441     PISSN: 00952338     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ci000046b     Document Type: Article

References (28)

1. Jensen, J. H.; Day, P. N.; Gordon, M. S.; Basch, H.; Cohen, D.; Garmer, D. R.; Krauss, M.; Stevens, W. J. Modeling the Hydrogen Bond; Smith, D. A., Ed.; ACS Symposium Series 569; American Chemical Society: Washington, DC, pp 139-151.
2. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968.
3. Stevens, W. J.; Basch, H.; Krauss, M. J. Chem. Phys. 1984, 81, 6026.
4. Stevens, W. J.; Krauss, M.; Basch, H.; Jasien, P. G. Can. J. Chem. 1992, 70, 612.
5. Tuovinen, K.; Korhonen, E. K.; Raushel, F. M.; Hanninen, O. Fundam. Appl. Toxicol. 1996, 31, 210.
6. Vilanova, E.; Sogorb, M. A. Crit. Rev. Toxicol. 1999, 29, 21.
7. Hong, S.; Raushel, F. M. Biochemistry 1996, 35, 10904.
8. Watkins, L.M.; Kuo, J. M.; Chen-Goodspeed, M.; Raushel, F. M. Proteins 1997, 29, 553.
9. Vanhooke, J. L.; Benning, M. M.; Raushel, F. M.; Holden, H. M. Biochemistry 1996, 35, 6020.
10. Benning, M. M.; Kuo, J. M.; Raushel, F. M.; Holden, H. M. Biochemistry 1995, 34, 7973.
11. Garmer, D. R.; Krauss, M. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10247.
12. Argos, P.; Garavito, M.; Eventoff, W.; Rossman, M. G. J. Mol. Biol. 1978, 126, 141.
13. Alberts, I. L.; Nadassy, K.; Wodak, S. J. Protein Sci. 1998, 7, 1700.
14. Christianson, D. W. Adv. Prot. Chem. 1991, 42, 281.
15. Ryde, U.; Olsson, M. H. M.; Pierloot, K.; Roos, B. O. J. Mol. Biol. 1996, 261, 586.
16. Dekerpel, J. O. A.; Pierloot, K.; Roos, B. O. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4638-47.
17. Pierloot, K.; DeKerpel, J. O. A.; Ryde, U.; Roos, B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 218-26.
18. Pierloot, K.; DeKerpel, J. O. A.; Ryde, U.; Olsson, M. H. M.; Roos, B. O. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 13156.
19. De Kerpel, J. O. A.; Ryde, U. Proteins 1999, 36, 157.
20. Kafafi, S.; Krauss, M. Int. J. Quantum Chem. 1999, 75, 289.
21. Zhan, C.; de Souza, N. O.; Rittenhouse, R.; Ornstein, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7279.
22. Gilson, H. S. R.; Krauss, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6984.
23. Gilson, H. S. R.; Gresh, N.; Krauss, M. Ab initio inherent structures of the zinc-lactamase active site: Effect of water binding, protonation state, and protein environment. Manuscript in preparation.
24. Wilcox, D. E. Chem. Rev. 1996, 96, 2435-58.
25. Schmidt, M. W.; Baldridge, K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
26. Worthington, S. E.; Krauss, M. Comput. Chem. 2000, in press.
27. Dumas, D. P.; Raushel, F. M. J. Biol. Chem. 1990, 265, 21498.
28. Omburo, G. A.; Kuo, J. M.; Mullins, L. S.; Raushel, F. M. J. Biol. Chem. 1992, 267, 13278.