B-DNA's BU conformer substate population increases with decreasing water activity. 1. A Molecular dynamics study of d(CGCGAATTCGCG)2

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 47, 2000, Pages 11349-11353

  Winger, Rudolf H ^a   Liedl, Klaus R ^a   Pichler, Arthur ^a   Hallbrucker, Andreas ^a   Mayer, Erwin ^a  

^a UNIVERSITY OF INNSBRUCK   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; MOLECULAR DYNAMICS; NITROGEN COMPOUNDS; PHOSPHATES; WATER;

PURINE; PYRIMIDINE;

DNA;

EID: 0034315813     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp001842n     Document Type: Article

References (57)

1. Suck, D.; Lahm, A.; Oefner, C. Nature 1988, 332, 464-468.
2. Otwinowski, Z.; Schevitz, R. W.; Zhang, R. G.; Lawson, C. L.; Joachimiak, A.; Marmorstein, R. Q.; Luisi, B. F.; Sigler, P. B. Nature 1988, 335, 321-329.
3. Wolberger, C.; Dong, Y. C.; Ptashne, M.; Harrison, S. C. Nature 1988, 335, 789-795.
4. Jordan, S. R.; Pabo, C. O. Science 1988, 242, 893-899.
5. Carrondo, M. A.; Coll, M.; Aymami, J.; Wang, A. H.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Rich, A. Biochemistry 1989, 28, 78497859.
6. Luisi, B. F.; Xu, W. X.; Otwinowski, Z.; Freedman, L. P.; Yamamoto, K. R.; Sigler, P. B. Nature 1991, 552, 497-505.
7. Somers, W. S.; Phillips, S. E. Nature 1992, 359, 387-393.
8. Beamer, L. J.; Pabo, C. O. 7. Mol. Biol. 1992, 227, 177-196.
9. Beese, L. S.; Derbyshire, V.; Steitz, T. A. Science 1993,260,352355.
10. Shakked, Z.; Guzikevich-Guerstein, G.; Frolow, F.; Rabinovich, D.; Joachimiak, A.; Sigler, P. B. Nature 1994, 368, 469-473.
11. Luger, K.; Mäder, A. W.; Richmond, R. K.; Sargent, D. F.; Richmond, T. J. Nature 1997, 389, 251-260.
12. Becker, S.; Groner, B.; Mller, C. W. Nature 1998, 394, 145-151.
13. Chen, Y.-Q.; Gosh, S.; Gosh, G. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 6773.
14. Pabo, C. O.; Sauer, R. T. Ann. Rev. Biochem. 1992, 61, 10531095.
15. Hartmann, B.; Piazzola, D.; Lavery, R. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 561-568.
16. Schneider, B.; Neidle, S.; Berman, H. M. Biopolymers 1997, 42, 113-124.
17. Berman, H. M. Biopolymers 1997, 44, 23-44.
18. Hartmann, B.; Lavery, R. Q. Reu. Biophys. 1996, 29, 309-368.
19. Rüdisser, S.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. 7. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12251-12256.
20. Pichler, A.; Rüdisser, S.; Mitterböck, M.; Huber, C. G.; Winger, R. H.; Liedl, K. R.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. Biophys. J. 1999, 77, 398409.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
22. York, D. M.; Wlodawer, A.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1994, 91, 8715-8718.
23. Cheatham, T.; Miller, J.; Fox, T.; Darden, T.; Kollman, P. 7. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4193-4194.
24. Gupta, G.; Bansal, M.; Sasiskharan, V. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1980, 77, 6486-6490.
25. Privé, G. G.; Heinemann, U.; Chandrasegaran, S.; Kan, L.-S.; Kopka, M. L.; Dickerson, R. E. Science 1987, 238, 498-504.
26. Gorenstein, D. G. Chem. Reu 1994, 94, 1315-1338.
27. Cheatham, T. E., III.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 779, 4805-4825.
28. Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1997, 73, 2313-2336.
29. Shui, X.; McFail-Isom, L.; Hu, G. G.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 8341-8355.
30. Bertrand, H. O.; Ha-Duong, T.; Fermandjian, S.; Hartmann, B. Nucleic Acids Res. 1998,20, 1261-1267.
31. Winger, R. H.; Liedl, K. R.; Rüdisser, S.; Pichler, A.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. J. Phys. Chem. B 1998, 702, 8934-8940.
32. Shindo, H.; Fujiwara, T.; Akutsu, H.; Masumoto, U.; Shimidzu, M. J. Mol. Biol. 1984, 174, 221-229.
33. Sklenar, V.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 709, 7525-7526.
34. Roongta, V. A.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 5245-5258.
35. von Kitzing, E. Methods Enzymol. 1992, 277, 449-467.
36. Beveridge, D. L.; Ravishanker, G. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 246-255.
37. Louise-May, S.; Auffinger, P.; Westhof, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 289-298.
38. Borden, K. L. B.; Jenkins, T. C.; Skelly, J. V.; Brown, T.; Lane, A. N. Biochemistry 1992, 31, 5411-5422.
39. Chou, S.; Cheng, J.; Fedoroff, O. Y.; Chuprina, V. P.; Reid, B. R. J. Am. Chem. Soc. 1992,114, 3114-3115.
40. Mitra, R.; Petitt, B. M.; Blake, R. D. Biopolymers 1995, 36, 169179.
41. Lefebvre, A.; Mauffret, O.; Lescot, E.; Hartmann, B.; Fermandjian, S. Biochemistry 1996, 35, 12560-12569.
42. Garner, M. M.; Burg, M. B. Am. J. Physiol. 1994, 266, C877C892.
43. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 779, 59-69.
44. de Souza, O. N.; Ornstein, R. L.' J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 14,. 607-611.
45. de Souza, O. N.; Ornstein, R. L. Biophys. J. 1997, 72,2395-2397.
46. Amott, S.; Campbell-Smith, P. J.; Chandrasekaran, R. Atomic Coordinates and Molecular Conformation for DNA-DNA, RNA-RNA, and DNA-RNA Helices. CRC Press: Boca Raton, FL, 1976; pp 411-422.
47. Chandrasekaran, R.; Arnott, S. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 1015-1027.
48. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; ROSS, W. S.; Cheatham, T. E., III.; Ferguson, D. M.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 4.1; University of California, San Francisco, 1995.'
49. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 703, 335-340.
50. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, 3. R. /. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
51. Pichler, A.; Rüdisser, S.; Winger, R. H.; Liedl, K. R.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. J. Am. Chem. Soc. 2000, 722, 716-717.
52. Ravishanker, G.; Swaminathan, S.; Beveridge, D. L.; Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 669-699.
53. Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1988, 6, 63-91.
54. Grzeskowiak, K.; Yanagi, K.; Privé, G. G.; Dickerson, R. E. /. Biol. Chem. 1991, 266, 8861-8883.
55. Hatcher, M. E.; Mattiello, D. L.; Meints, G. A.; Orban, J.; Drobny, G. P. J. Am. Chem. Soc. 1998, 720, 9850-9862.
56. Robinson, B. H.; Mailer, C.; Drobny, G. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 629-658.
57. Kopka, M. L.; Fratini, A. V.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1983, 763, 129-146.