Surface plasmon resonance study of DNA polymerases binding to template/primer DNA duplexes immobilized on supported lipid monolayers

Langmuir

Volumn 16, Issue 16, 2000, Pages 6590-6596

  Tsoi, Pui Yan ^a   Yang, Jun ^b   Sun, Yu Tong ^b   Sui, Sen Fang ^b   Yang, Mengsu ^a  

^a CITY UNIVERSITY OF HONG KONG   (Hong Kong)

^b TSINGHUA UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOSENSORS; BIOTECHNOLOGY; ENZYME IMMOBILIZATION; LIPIDS; MONOLAYERS;

BINDING AFFINITIES; EXONUCLEASE ACTIVITIES; KLENOW FRAGMENT (KF); LIPID MONOLAYERS; MOLECULAR RECOGNITION; POLYMERASE ACTIVITITES; SURFACE PLASMON RESONANCE (SPR);

DNA;

EID: 0034249665     PISSN: 07437463     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la9912951     Document Type: Article

References (80)

1. Kornberg, A.; Baker, T.A. DNA Replication; W. H. Freeman & Co.: San Francisco, CA, 1991.
2. (a) Ollis, D. L.; Brick, P.; Hamlin, R.; Xuong, N. G.; Steitz, T. A. Nature 1985, 313, 762-766.
3. (b) Ollis, D. L.; Kline, C.; Steitz, T. A. Nature 1985, 313, 818-819.
4. (c) Joyce, C. M.; Steitz, T. A. Trends Biochem. Sci. 1987, 12, 288-292.
5. (d) Freemont, P. S., Friedman, J. M.; Beese, L. S.; Sanderson, M. R.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8924-8928.
6. (e) Beese, L. S.; Steitz, T. A. EMBO J. 1991, 10, 25-33.
7. (f) Beese, L. S.; Friedman, J. M.; Steitz, T. A. Biochemistry 1993, 32, 14095-14101.
8. (g) Beese, L. S.; Derbyshire, V.; Steitz, T. A. Science 1993, 260, 352-355.
9. (h) Wang, J.; Yu, P.; Lin, T. C.; Konigsberg, W. H.; Steitz, T. A. Biochemistry 1996, 35, 8110-8119.
10. (i) Doublié, S.; Tabor, S.; Long, A. M.; Richardson, C. C.; Ellenberger, T. Nature 1998, 391, 251-258.
11. (j) Pelletier, H.; Sawaya, M. R.; Kumar, A.; Wilson, S. H.; Kraut, J. Science 1994, 264, 1891-1903.
12. (k) Eom, S. H.; Wang, J.; Steitz, T. A. Nature 1996, 382, 278-281.
13. (l) Kiefer, J. R.; Mao, C.; Hansen, C. J.; Basehore, S. L.; Hogrefe, H. H.; Braman, J. C.; Beese, L. S. Structure 1997, 5, 95-108.
14. (a) Joyce, C. M.; Fujii, d. M.; Laks, H. S.; Hughes, C.M.; Grindley, N. D. F. J. Mol. Biol. 1985, 186, 283-293.
15. (b) Derbyshire, V.; Freemont, P. S.; Sanderson, M. R.; Beese, L.; Friedman, J. M.; Joyce, C. M.; Steitz, T. A. Science 1988, 240, 199-201.
16. (c) Polesky, A. H.; Steitz, T. A.; Grindley, N. D. F.; Joyce, C. M. J. Biol. Chem. 1990, 265, 14579-14591.
17. (d) Derbyshire, V.; Grindley, N. D. F.; Joyce, C. M. EMBO J. 1991, 10, 17-24.
18. (e) Minnick, D. T.; Astatke, M.; Joyce, C. M.; Kunkel, T. A. J. Biol. Chem. 1996, 277, 24954-24961.
19. (f) Pisani, F. M.; De Felice, M.; Rossi, M. Biochemistry 1998, 37, 15005-15012.
20. (g) Frey, M. W.; Nossal, N. G.; Capson, T. L.; Benkovic, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 2579-2583.
21. (h) Spacciapoli, P.; Nossal, N. G. J. Biol. Chem. 1994, 269, 438-446.
22. Marquez, L. A.; Reha-Krantz, L. J. J. Biol. Chem. 1996, 271, 28903-28911.
23. (j) Abdus Sattar, A. K. M.; Lin, T. C.; Jones, C.; Konigsberg, W. H. Biochemistry 1996, 35, 16621-16629.
24. (k) Goodrich, L. D.; Lin, T. C.; Spicer, E. K.; Jones, C.; Konigsberg, W. H. Biochemistry 1997, 36, 10474-10481.
25. (l) Wu, P.; Nossal, N.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1998, 37, 14748-14755.
26. (m) Wong, I.; Patel, S. S.; Johnson, K. A. Biochemistry 1991, 30, 526-537.
27. (n) Donlin, M. J.; Johnson, K. A. Biochemistry 1994, 33, 14908-14917.
28. (o) Tabor, S.; Richardson, C. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 6339-6343.
29. (p) Yang, X. M.; Richardson, C. C. J. Biol. Chem. 1997, 272, 6599-6606.
30. (a) Millar, D. L.; Allen, D. J.; Benkovic, S. J. Proc. SPIE-Int. Soc. Opt. Eng. 1990, 1204, 392-403.
31. (b) Guest, C. R.; Hochstrasser, R. A.; Dupuy, C. G.; Allen, D. J.; Benkovic, S. J.; Millar, D. P. Biochemistry 1991, 30, 8759-8770.
32. (c) Bloom, L. B.; Otto, M. R.; Beechem, J. M.; Goodman, M. F. Biochemistry 1993, 32, 11247-11258.
33. (d) Hochstrasser, R. A.; Carver, T. E.; Sowers, L. C.; Millar, D. P. Biochemistry 1994, 33, 11971-11979.
34. (e) Lam, W. C.; Van der Schans, E. J. C.; Joyce, C. M.; Millar, D. P. Biochemistry 1998, 37, 1513-1522.
35. (f) Carver, T. E.; Millar, D. P. Biochemistry 1998, 37, 7, 1898-1904.
36. (g) Furey, W. S.; Joyce, C. M.; Osborne, M. A.; Klenerman, D.; Peliska, J. A.; Balasubramanian, S. Biochemistry 1998, 37, 2979-2990.
37. (h) Frey, M. W.; Sowers, L. C.; Millar, D. P.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1995, 34, 9185-9192.
38. (i) Beechem, J. M.; Otto, M. R.; Bloom, L. B.; Eritja, R.; Reha-Krantz, L. J.; Goodman, M. F. Biochemistry 1998, 37, 10144-10155.
39. (j) Reha-Krantz, L. J.; Marquez, L. A.; Elisseeva, E.; Baker, R. P.; Bloom, L. B.; Dunford, H. B.; Goodman, M. F. J. Biol. Chem. 1998, 273, 22969-22976.
40. (k) Otto, M. R.; Bloom, L. B.; Goodman, M. F.; Beechem, J. M. Biochemistry 1998, 37, 10156-10163.
41. (a) Malmqvist, M. Curr. Opin. Immunol. 1993, 5, 282-286.
42. (b) O'Shannessy, D. J. Curr. Opin. Immunol. 1994, 5, 65-71.
43. (c) Fisher, R. J.; Fivash, M. Curr. Opin. Biotechnol. 1994, 5, 389-395.
44. (d) Szabo, A.; Stolz, L.; Granzow, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 699-705.
45. (e) Morton, T. A.; Myszka, D. G.; Chaiken, I. M. Anal. Biochem. 1995, 223, 176-185.
46. (f) Bowles, M. R.; Hall, D. R.; Pond, S. M.; Winzor, D. J. Anal. Biochem. 1997, 244, 133-143.
47. (a) Zhou, M.; Felder, S.; Rubinstein, M.; Hurwitz, D. R.; Ullrich, A.; Lax, I.; Schlessinger, J. Biochemistry 1993, 32, 8193-8198.
48. (b) Myszka, D. G.; Arulanantham, P. R.; Sana, T.; Wu, Zining; Morton, T. A.; Ciardelli, T. L. Protein Sci. 1996, 5, 2468-2478.
49. Brigham-Burke, M.; Edwards, J. R.; O'Shannessy, D. J. Anal. Biochem. 1992, 205, 125-131.
50. (a) End, P.; Gout, J.; Fry, M. J.; Panayotou, G.; Dhand, R.; Yonezawa, K.; Kasuga, M.; Waterfield, M. D. J. Biol. Chem. 1993, 268, 10066-10075.
51. (b) Schuster, S. C.; Swanson, R. V.; Alex, L. A.; Bourret, P. B.; Simon, M. I. Nature 1993, 365, 343-346.
52. (a) Bondeson K.; Frostell-Karlsson, Å.; Fägerstam, L.; Magnusson, G. Anal. Biochem. 1993, 214, 245-251.
53. (b) Fisher, R. J.; Fivash, M.; Casas-Finet, J.; Erickson, J. W.; Kondoh, A.; Bladen, S. V.; Fisher, C.; Watson, D. K.; Papas, T. Protein Sci. 1994, 3, 257-266.
54. (c) Malmborg, A. C.; Johansson, K.; Sigvardsson, M.; Borrebaeck, C. A. K.; Leanderson, T. Mol. Immunol. 1995, 32, 1429-1442.
55. (a) Qin, H.; Liu, Z.; Sui, S. F. Biophys. J. 1995, 68, 2493-2496.
56. (b) Xiao, C. D.; Yang, M.; Sui, S. F. Thin Solid Films 1998, 329, 647-651.
57. Liedberg, B.; Nylander, C.; Lundstrm, I. Sensors Actuators 1983, 4, 299-304.
58. Raether, H. Springer Tracts in Modern Physics; Springer, Berlin Heidelberg: New York, 1989; Vol 111.
59. Stenberg, E.; Persson, B.; Roos, H.; Urbaniczky, C. J. Colloid Interface Sci. 1991, 143, 513-526.
60. (a) Chaires, J. B.; Dattagupta, N.; Crothers, D. M. Biochemistry 1982, 21, 3927-3932.
61. (b) Attie, A. D.; Raines, R. T. J. Chem. Edu. 1995, 72, 119-124.
62. (a) Garlick, R. K.; Giese, R. W. J. Biol. Chem. 1988, 263, 210-215.
63. (b) Bayer, E. A.; Wilchek, M. Methods Biochem. Anal. 1990, 26, 1-45.
64. (a) Liu, Z.; Qin, H.; Xiao, C.; Wen, C. H.; Wang, S. P.; Sui, S. F. Eur. Biophys. J. 1995, 23, 1-8.
65. (b) Xiao, C.; Sui, S. F. Eur. Biophys. J. 1999, 28, 151-157.
66. (a) Modrich, P. M. Annu. Rev. Biochemistry 1987, 56, 435-466.
67. (b) Kunkel, T. A. Cell 1993, 267, 18251-18254.
68. (c) Goodman, M. F.; Creighton, S. et al. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1993, 28, 83-126.
69. Brutlag, D.; Atkinson, M. R.; Setlow, P.; Kornberg, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1969, 37, 982-989.
70. (a) Dahlberg, M. E.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1991, 30, 4835-4843.
71. (b) Eger, B. T.; Kuchta, R. D.; Carrol, S. S.; Benkovic, P. A.; Dahlberg, M. E.; Joyce, C. M.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1991, 30. 1441 -1448.
72. (c) Kuchta, R. D.; Benkovic, P.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1987, 26, 8410-8417.
73. (d) Kuchta, R. D.; Benkovic, P.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1988, 27, 6716-6725.
74. Mohan, P. M.; Basu, A.; Abraham, K. L.; Modak, M. J. Biochemistry 1988, 27, 226-233.
75. (21 ) Allen, D. J.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1989, 28, 9586-9593.
76. (a) Brutlag, D.; Kornberg, A. J. Biol. Chem. 1972, 247, 241-248.
77. (b) Capson, T. L.; Peliska, J. A.; Kaboord, B. F.; Frey, M. W.; Lively, C.; Dahlberg, M.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1992, 31, 10984-10994.
78. (c) Han, H.; Rifkind, J. M.; Mildvan, A. S. Biochemistry 1991, 30, 11104-11108.
79. (d) Bloom, L. B.; Otto, M. R.; Eritja, R.; Reha-Krantz, L. J.; Goodman, M. F.; Beechem, J. M. Biochemistry 1994, 33, 7576-7586.
80. Donlin, M. J.; Patel, S. S.; Johnson, K. A. Biochemistry 1991, 30, 538-546.