A statistical basis for testing the significance of mass spectrometric protein identification results

Analytical Chemistry

Volumn 72, Issue 5, 2000, Pages 999-1005

  Eriksson, Jan ^a   Chait, Brian T ^a   Fenyö, David ^a  

^a ROCKEFELLER UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; COMPUTER PROGRAM; DATA BASE; GENOME; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PROTEIN ANALYSIS;

GENOME; HYDROLYSIS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR WEIGHT; PEPTIDE MAPPING; PROTEINS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TRYPSIN;

EID: 0034161650     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac990792j     Document Type: Article

References (34)

1. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad Sci U.S.A. 1993, 90, 5011-5.
2. Pappin, D. J. C ; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-332.
3. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66 (6), 4390-9.
4. Mortz, E.; Vorm, O., Mann, M ; Roepstorff, P. Biol. Mass. Spectrom. 1994, 23, 249-61.
5. Shevchenko, A.; Jensen, O. N , Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F ; Wilm, M., Vorm, O.; Mortensen, P.; Boucherie, H.; Mann, M Proc Natl Acad. Sci U.S.A. 1996, 93, 14440-5.
6. Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Mann, M. Anal. Chem. 1997, 69 (9), 4741-50.
7. Sechi, S.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1998, 70, 5150-8.
8. Rabilloud, T.; Kieffer, S.; Procaccio, V.; Louwagie, M.; Courchesne, P. L.; Patterson, S. D ; Martinez, P.; Garin, J., Lunardi, J. Electrophoresis 1998, 19, 1006-14.
9. Yates, J. R., III. Electrophoresis 1998, 19, 893-900.
10. Science 1998, 282, 2012-8.
11. Blattner, F. R.; Plunkett, G., III; Bloch, C. A.; Perna, N T.; Burland, V.; Riley, M ; Collado-Vides, J., Glasner, J. D.; Rode, C. K.; Mayhew, G. F.; Gregor, J.; Davis, N. W.; Kirkpatrick, H. A.; Goeden, M. A.; Rose, D. J.; Mau, B.; Shao, Y Science 1997, 277, 1453-74.
12. Fraser, C. M.; Fleischmann, R. D. Electrophoresis 1997, 18, 1207-16.
13. Goffeau, A.; Barrell, B. G.; Bussey, H.; Davis, R. W.; Dujon, B.; Feldmann, H.; Galibert, F.; Hoheisel, J. D.; Jacq, C.; Johnston, M.; Louis, E. J., Mewes, H. W.; Murakami, Y.; Philippsen, P.; Tettelin, H.; Oliver, S. G. Science 1996, 274, 546, 563-7.
14. Clauser, K. R.; Hall, S. C.; Smith, D. M.; Webb, J. W.; Andrews, L. E.; Tran, H. M , Epstein, L. B.; Burlingame, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 5072-6.
15. Varga-Weisz, P. D.; Wilm, M.; Bonte, E.; Dumas, K.; Mann, M.; Becker, P. B. Nature 1997, 388, 598-602.
16. Schmidt, G.; Sehr, P.; Wilm, M.; Selzer, J.; Mann, M.; Aktories, K. Nature 1997, 387, 725-9.
17. Yaron, A.; Hatzubai, A., Davis, M ; Lavon, I., Amit, S.; Manning, A. M.; Andersen, J. S.; Mann, M.; Mercurio, F.; Ben-Neriah, Y. Nature 1998, 396, 590-4.
18. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R., Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc Natl Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6.
19. Neubauer, G ; Gottschalk, A.; Fabrizio, P.; Seraphin, B.; Luhrmann, R.; Mann, M. Proc. Natl. Acad Sci. U S A. 1997, 94, 385-90.
20. Grant, P. A., Sehieltz, D ; Pray-Grant, M. G.; Steger, D. J ; Reese, J. C.; Yates, J. R., III; Workman, J. L. Cell 1998, 94, 45-53.
21. Wigge, P. A.; Jensen, O N.; Holmes, S.; Soues, S ; Mann, M.; Kilmartin, J. V. J. Cell Biol 1998, 141, 967-77
22. Jensen, O. N.; Mortensen, P ; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1997, 69 (9), 1706-14.
23. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-45.
24. Zhang, W.; Chair, B. T. Submitted to Anal. Chem
25. -r)((N - r)I/NI)).
26. Davies, O. L.; Goldsmith, P. L. Statistical Methods in Research and Production; Longman Group Ltd.: London, 1976; 0-582-03040-4.
27. Mann, M. 43rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics; Atlanta, Georgia, May 21-26, 1995.
28. Fenyo, D.; Qin, J.; Chait, B. T. Electrophoresis 1998, 19, 998-1005.
29. Jensen, O. N.; Vorm, O.; Mann, M. Electrophoresis 1996, 17, 938-44.
30. Levitt, M.; Gerstein, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5913-20.
31. Eriksson, J.; Chait, B. T.; Fenyo, D. Manuscript in preparation.
32. Yates, J. R., III; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67 (7), 1426-36.
33. Haynes, P. A.; Fripp, N., Aebersold, R. Electrophoresis 1998, 19, 939-45.
34. McLafferty, F W.; Kelleher, N. L.; Begley, T. P.; Fridriksson, E. K.; Zubarev, R. A.; Horn, D. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 571-8.