Accurate DNA dynamics without accurate long-range electrostatics

Journal of the American Chemical Society

Volumn 120, Issue 42, 1998, Pages 10928-10937

  Mazur, Alexey K ^a  

^a France   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; SOLVENT; WATER;

ARTICLE; DNA CONFORMATION; ELECTRICITY; MOLECULAR DYNAMICS; SIMULATION; TECHNIQUE;

EID: 0032576192     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja981498w     Document Type: Article

References (55)

1. Levitt, M. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1983. 47, 251-262.
2. Jayaram, B.; Beveridge, D. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 367-394.
3. Ravishanker, G.; Auffinger, P.; Langley, D. R.; Jayaram, B.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. In Reviews in Computational Chemistry, Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH Publishers: New York. 1997; pp 317-372.
4. Auffinger, P.; Westhof, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 227-236.
5. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
6. MacKerell, A. D., Jr; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975.
7. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
8. Mazur, A. K.; Abagyan, R. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 815-832.
9. Jain, A.; Vaidehi, N.; Rodriguez, G. J. Comput. Phys. 1993, 106, 258-268.
10. Rice, L. M.; Brünger, A. T. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1994, 19, 277-290.
11. Mazur, A. K. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1354-1364.
12. Abagyan, R. A.; Mazur, A. K. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 833-345.
13. Mazur, A. K. J. Chem. Phys., submitted.
14. Drew, H.; Wing, R.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Proc. Natl. Acad. U.S.A. 1981, 78, 2179-2183.
15. Wing, R.; Drew, H.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Nature 1980, 257, 755-758.
16. Rao, S. N.; Kollman, P. Biopolymers 1990, 29, 517-532.
17. Srinvasan, J.; Withka, J. M.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1990, 58, 533-547.
18. Swaminathan, S.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5027-5040.
19. Miaskiewicz, K.; Osman, R.; Weinstein, H. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 1526-1537.
20. Kumar, S.; Duan, Y.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1994, 12, 487-525.
21. McConnell, K. J.; Nirmala, R.; Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4461-4462.
22. York, D. M.; Yang, W.; Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5001-5002.
23. Yang, L.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. B 1996, 100, 2564-2566.
24. MacKerell, A. D., Jr J. Phys Chem. B 1997, 101, 646-650.
25. Duan, Y.; Wlkosz, P.; Crowley, M.; Rosenberg, J. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 552-572.
26. Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1997, 73, 2313-2336.
27. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 119, 59-69.
28. Cieplak, P.; Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6722-6730.
29. Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4658-4667.
30. Gō, N.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1970, 3, 178-187.
31. Jorgensen, W. L.; Chandreskhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys 1991, 79, 926-935.
32. Tidor, B.; Irikura, K. K.; Brooks, B. R.; Karplus, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1983, 1, 231-251.
33. Mazur, J.; Jernigan, R. L. Biopolymers 1991, 31, 1615-1629.
34. Lavery, R.; Zakrzewska, K.; Sklenar, H. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 135-158.
35. Mazur, A. K. J. Comput. Phys. 1997, 136, 354-365.
36. Mazur, A. K. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 473-479.
37. Arnott, S.; Hukins, D. W. L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1972, 47, 1504-1509.
38. McClarin, J. A.; Frederick, C. A.; Wang, B.-S.; Greene, P.; Boyer, H. W.; Grable, J.; Rosenberg, J. M. Science 1986, 234, 1526-1541.
39. Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S. H.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. Biophys J. 1992, 63, 751-159.
40. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
41. Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1988, 6, 63-91.
42. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. C.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; Ferguson, D. M.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 4.1; University of California: San Francisco, CA, 1995.
43. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535-542.
44. Lin, D.; Matsumoto, A.; Gō, N. J. Chem. Phys 1997, 107, 3684-3690.
45. Flatters, D.; Zakrzewska, K.; Lavery, R. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1043-1055.
46. Ravishanker, G.; Swaminathan, S.; Beveridge, D. L.; Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 669-699.
47. Ulyanov, N. B.; James, T. L. Methods Enzymol. 1995, 261, 90-120.
48. Hartmann, B.; Lavery, R. Q. Rev. Biophys. 1996, 29, 309-368.
49. Guenot, J.; Kollman, P. A. Protein Sci. 1992, 1, 1185-1205.
50. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Am. chem. Soc. 1997, 119, 4805-4825.
51. Dickerson, R. E. Methods Enzymol. 1992, 211, 67-111.
52. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1996, 259, 434-444.
53. Shui, X.; McFail-Isom, L.; Hu, G. G.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 8341-8355.
54. Klein, B. J.; Pack, G. R. Biopolymers 1983, 22, 2331-2352.
55. Jayaram, B.; Sharp, K. A.; Honig, B. Biopolymers 1989, 28, 975-993.