Molecular dynamics studies of the conformational preferences of a DNA double helix in water and an ethanol/water mixture: Theoretical considerations of the a ⇔ B transition

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 23, 1998, Pages 4658-4667

  Sprous, D ^a   Young, M A ^a   Beveridge, D L ^a  

^a WESLEYAN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000115258     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp980548g     Document Type: Article

References (49)

1. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
2. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
3. Cheatham, T. E., III; Miller, J. L.; Fox, T.; Darden, T. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4193-4194.
4. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1995, 98, 10089-10092.
5. Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1997, 73, 2313-2336.
6. Drew, H. R.; Wing, R. M.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itikura, K.; Dickerson, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 2179-2183.
7. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1981, 151, 535-556.
8. Dickerson, R. E.; Drew, H. R. J. Mol. Biol. 1981, 149, 761-786.
9. Drew, H. R.; Samson, S.; Dickerson, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4040-4044.
10. Fratini, A. V.; Kopka, M. L.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1982, 257, 14686-707.
11. Wing, R. M.; Drew, H. R.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, I.; Dickerson, R. E. Nature 1980, 287, 755-758.
12. Lane, A.; Jenkins, T. C.; Brown, T.; Neidle, S. Biochemistry 1991, 30, 1372-1385.
13. Ivanov, V. I.; Minchenkova, L. E.; Minyat, E. E.; Frank-Kamentskii, M. D.; Schyolkina, A. K. J. Mol. Biol. 1974, 87, 817-833.
14. Basham, B.; Schroth, G. P.; Ho, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 6464-6468.
15. Ivanov, V. I.; Minchenkova, L. E.; Schyolkina, A. K.; Poletayev, A. I. Biopolymers 1973, 12, 98-110.
16. Fedoroff, O. Y.; Salazar, M.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1993, 233, 509-572.
17. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
18. Kim, Y.; Geiger, J. H.; Hahn, S.; Sigler, P. B. Nature 1993, 365, 512-520.
19. Kim, J. L.; Nikolov, D. B.; Burley, S. K. Nature 1993, 365, 520-527.
20. Cheatham, T. E., III; Crowley, M. F.; Fox, T.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 1997, 94, 9626-30.
21. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1996, 259, 434-444.
22. Feig, M.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1997, 101, 7361-7363.
23. MacKerell, A. D. J. J. Phys. Chem. 1997, 101, 646-650.
24. Yang, Y.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2564-2566.
25. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1990, 29, 992-1023.
26. McCammon, A. J.; Harvey, S. C. Dynamics of Proteins and Nucleic Acids; Cambridge University Press: Cambridge, 1986.
27. Beveridge, D. L.; Swaminathan, S.; Ravishanker, G.; Withka, J. M.; Srinivasan, J.; Prevost, C.; Louise-May, S.; Langley, D. R.; DiCapua, F. M.; Bolton, P. H. In Water and Biological Molecules; Westhof, E., Ed.; The Macmillan Press, Ltd.: London, 1993; pp 165-225.
28. Mackerell, A. D., Jr.; Wiorkiewicz-Kuizera, T.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975.
29. Duan, Y.; Wilkosz; Crowley, M.; Rosenberg, J. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 553-572.
30. Nornberg, J.; Nilsson, L. J. Chem. Phys. 1996, 15, 6052-6057.
31. Mooers, B. H.; Schroth, G. P.; Baxter, W. W.; Ho, P. S. J. Mol. Biol. 1995, 249, 772-784.
32. Arnott, S.; Campbell-Smith, P. J.; Chandrasekaran, R. In CRC Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Vol. 2; Fasman, G., Ed.; CRC Press: Cleveland, 1976; pp 411-422.
33. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; Fergusen, D. M.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. 4.1 ed.; UCSF: San Francisco, CA, 1995.
34. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 345-350.
35. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 341-345.
36. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335-340.
37. Fox, T.; Kollman, P. A. Preprint, 1997.
38. Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. 1986, 90, 1276-1284.
39. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1357-1377.
40. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
41. Ravishanker, G. Wesleyan University, Middletown, CT, 1991.
42. Mehrotra, P. K.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4287-4294.
43. Mezei, M.; Beveridge, D. L. Methods Enzymol. 1986, 127, 21-47.
44. Flatters, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L.; Lavery, R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 14, 1-8.
45. Langley, D. R. Manuscript in preparation.
46. Alden, C. J.; Kim, S. H. J. Mol. Biol. 1979, 132, 411-434.
47. Jayaram, B.; Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc., submitted.
48. Jayaram, B.; Liu, Y.; Beveridge, D. L. J. Chem. Phys., in press.
49. Jayaram, B.; Sprous, D.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem., submitted.