Normal mode analysis of a double-stranded DNA dodecamer d(CGCGAATTCGCG)

Journal of Chemical Physics

Volumn 107, Issue 9, 1997, Pages 3684-3690

  Lin, Donghai ^a,b   Matsumoto, Atsushi ^a   Go, Nobuhiro ^a  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b XIAMEN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000933223     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.474724     Document Type: Article

References (33)

1. N. Go, T. Noguti, and T. Nishikawa, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 80, 3696 (1983).
2. T. Nishikawa and N. Go, Proteins 2, 308 (1987).
3. T. Yamato., J. Higo, Y. Seno and N. Go, Proteins 16, 327 (1993).
4. A. Levitt, C. Sander and P. S. Stern, J. Mol. Biol. 181, 423 (1985).
5. B. Brooks and M. Karplus, Proc. Natl. Sci. USA 80, 6571 (1983).
6. M. Tomimoto, A. Kitao and N. Go (unpublished).
7. M. Tomimoto and N. Go (unpublished).
8. M. Tomimoto and N. Go, J. Phys. Chem. 99, 563 (1995).
9. M. Tomimoto, H. Wako and N. Go, J. Comput. Chem. 17, 910 (1996).
10. W. Braun, S. Yoshioki and N. Go, J. Phys. Soc. Jpn. 53, 3269 (1984).
11. J. Higo, Y. Seno and N. Go, J. Phys. Soc. Jpn. 54, 4053 (1985).
12. H. R. Drew, R. M. Wing, T. Takano, C. Broka, S. Tanaka, I. Itakura, and R. E. Dickerson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 78, 2179 (1981).
13. H. R. Drew, S. Samson, and R. E. Dickerson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 79, 4040 (1982).
14. R. E. Dickerson and H. R. Drew, J. Mol. Biol. 149, 761 (1981).
15. R. E. Dickerson and H. R. Drew, J. Mol. Biol. 151, 535 (1981).
16. A. V. Frantini, M. L. Kopka, H. R. Drew, and R. E. Dickerson, J. Mol. Chem. 257, 14686 (1982).
17. M. L. Kopka, A. V. Frantini, H. R. Drew, and R. E. Dickerson, J. Mol. Biol. 163, 129 (1983).
18. R. H. Stephen and S. H. Kim, J. Mol. Biol. 173, 361 (1984).
19. T. Wing, H. Drew, T. Takano, C. Broka, S. Tanaka, I. Itakura, and R. E. Dickerson, Nature (London) 287, 755 (1980).
20. E. Westhof, J. Biomol. Struct. Dyn. 5, 581 (1987).
21. J. Srinivasan, J. M. Withka, and D. L. Beveridge, Biophys. J. 58, 533 (1990).
22. R. E. Dickerson and H. R. Drew, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 78, 7318 (1981).
23. S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. A. Case, U. C. Singh, C. Ghio, G. Alagona, Jr., S. Profeta, and P. Weiner, J. Am. Chem. Soc. 106, 765 (1984).
24. S. Endo, J. Higo, K. Nagayama, and H. Wako, J. Comput. Chem. 17, 476 (1996).
25. H. Abe, W. Braun, T. Noguti and N. Go, Comput. Chem. 8, 239 (1984).
26. T. Noguti and N. Go, J. Phys. Soc. Jpn. 52, 3685 (1983).
27. H. Wako and N. Go, J. Comput. Chem. 8, 625 (1987).
28. E. B. Wilson, J. C. Decius, and P. C. Cross, in Molecular Vibrations (McGraw-Hill, New York, 1995).
29. C. Eckart, Phys. Rev. 47, 552 (1935).
30. A. E. Garcia, G. Gupta, M. H. Sarma, and R. H. Sarma, J. Biomol. Struc. Dyn. 6, 525 (1988).
31. H. Frauenfelder, G. A. Petsko and D. Tsermoglou, Nature (London) 280, 558 (1979).
32. J. L. Sussman, S. R. Holbrook, R. W. Warrant, G. M. Church, and S. H. Kim, J. Mol. Biol. 123, 607 (1978).
33. T. Noguti and N. Go, Biopolymers 24, 527 (1995).