Gaseous conformational structures of cytochrome c

Journal of the American Chemical Society

Volumn 120, Issue 19, 1998, Pages 4732-4740

  McLafferty, Fred W ^a   Guan, Ziqiang ^a   Haupts, Ulrich ^a   Wood, Troy D ^a,b   Kelleher, Neil L ^a  

^a and Materials Science Center   (United States)

^b UNIVERSITY AT BUFFALO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYTOCHROME C;

ARTICLE; BINDING SITE; CONFORMATIONAL TRANSITION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTON TRANSPORT; STRUCTURE ANALYSIS; TEMPERATURE SENSITIVITY;

EID: 0032550657     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja9728076     Document Type: Article

References (68)

1. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133-7155. Richards, F. M. Sci. Am. 1991, 264, 54-63. Scheraga, H. A. Protein Science 1992, 1, 691-693.
2. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133-7155. Richards, F. M. Sci. Am. 1991, 264, 54-63. Scheraga, H. A. Protein Science 1992, 1, 691-693.
3. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133-7155. Richards, F. M. Sci. Am. 1991, 264, 54-63. Scheraga, H. A. Protein Science 1992, 1, 691-693.
4. Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2426-2427.
5. Marqusee, S.; Baldwin, R. L. In Protein Folding; Gierasch, L. M.; King, J., Eds.; American Association for the Advancement of Science: Washington, DC, 1992; pp 85-94.
6. Margoliash, E.; Schejter, A. In Cytochrome c; Scott, R. A., Maak, A. G., Eds.; University Science Books: Sausalito, CA, 1996; pp 3-31.
7. (a) Bai, Y.; Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Englander, S. W. Science 1995, 269, 192-197.
8. (b) Marmorino, J. L.; Pielak, G. J. Biochemistry 1995, 34, 3140-3143.
9. Pielak, G. J.; Auld, D. S.; Beasley, J. R.; Betz, S. F.; Cohen, D. S.; Doyle, D. F.; Finger, S. A.; Fredericks, Z. L.; Hilgen-Willis, S.; Saunders: A. J.; Trojak, S. K. Biochemistry 1995, 34, 3268-3276. Colón, W.; Elove, G. A.; Wakem, L. P.; Sherman, F.; Roder, H. Biochemistry 1996, 35, 5538-5549.
10. Pielak, G. J.; Auld, D. S.; Beasley, J. R.; Betz, S. F.; Cohen, D. S.; Doyle, D. F.; Finger, S. A.; Fredericks, Z. L.; Hilgen-Willis, S.; Saunders: A. J.; Trojak, S. K. Biochemistry 1995, 34, 3268-3276. Colón, W.; Elove, G. A.; Wakem, L. P.; Sherman, F.; Roder, H. Biochemistry 1996, 35, 5538-5549.
11. Frauenfelder, H.; Parak, F.; Young, R. D. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 451-479. Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N.; Thirumalai, D. Science 1995, 267, 1619-1620.
12. Frauenfelder, H.; Parak, F.; Young, R. D. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 451-479. Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N.; Thirumalai, D. Science 1995, 267, 1619-1620.
13. Griebenow, K.; Klibanov, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11695-11700. Schmitke, J. L.; Stern, L. J.; Klibanov, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4250-4255.
14. Griebenow, K.; Klibanov, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11695-11700. Schmitke, J. L.; Stern, L. J.; Klibanov, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4250-4255.
15. Kim, P. S.; Minor, D. L., Jr. Nature 1994, 371, 264-267. Smith, C. K.; Regan, L. Acc. Chem. Res. 1997, 30, 153-161.
16. Kim, P. S.; Minor, D. L., Jr. Nature 1994, 371, 264-267. Smith, C. K.; Regan, L. Acc. Chem. Res. 1997, 30, 153-161.
17. (a) Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M., III; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 790-793.
18. (b) Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Wampler, F. M., III; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2451-2454.
19. (c) O'Connor, P. B.; Speir, J. P.; Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Guan, Z. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 555-559.
20. Schnier, P. D.; Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6747-6757. Gross, D. S.; Schnier, P. D.; Rodriguez, S. E.; Fagerquist, C. K.; Williams, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3143-3148.
21. Schnier, P. D.; Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6747-6757. Gross, D. S.; Schnier, P. D.; Rodriguez, S. E.; Fagerquist, C. K.; Williams, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3143-3148.
22. (a) Ganem, B.; Li, Y.-T.; Henion, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6294-6296 and 7818-7819.
23. (b) Katta, V.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8534-8535.
24. (c) Li, Y.-Ti.; Hsiah, Y.-L.; Henion, J. D.; Ganem, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 631-637.
25. (d) Konishi, Y.; Feng, R. Biochemistry 1994, 33, 9706-9711
26. (e) Gross, D. S.; Zhao, Y.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 519-524..
27. (a) Li, Y.-T.; Hsieh, Y.-L.; Henion, J. D.; Senko, M. W.; McLafferty, F. W.; Ganem, B. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 8409-8413.
28. (b) Cox, K. A.; Gaskell, S. J.; Morres, M.; Whiting, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 522-531.
29. (c) Loo, J. A. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 1-23.
30. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1990, 62, 693-698.
31. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1990, 62, 693-698.
32. Cheng, X.; Chen, R.; Bruce, J. E.; Schwartz, B. L.; Anderson, G. A.; Hofstadler, S. A.; Gale, D. C.; Smith, R. D.; Gao, J.; Sigal, G. B.; Mammen, M.; Whitesides, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8859-8860.
33. Marshall, A. G.; Grosshans, P. B. Anal. Chem. 1991, 63, 215A-229A.
34. Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. W., III; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 557-565. McLafferty, F. W. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 379-386.
35. Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. W., III; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 557-565. McLafferty, F. W. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 379-386.
36. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
37. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835-3837. Covey, T. R.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616-623. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355-8364.
38. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835-3837. Covey, T. R.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616-623. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355-8364.
39. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835-3837. Covey, T. R.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616-623. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355-8364.
40. (a) Clemmer, D. W.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141-10142.
41. (b) Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240-2248.
42. (c) Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3558-3566.
43. (d) Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577-592.
44. (e) Chen, Y.-L.; Collings, B. A.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 681-687.
45. (f) Clemmer, D. E. Private communication.
46. Schweikhard, L.; Guan, S.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1992, 120, 71-83.
47. Speir, J. P.; Gorman, G. S.; Pitsenberger, C. C.; Turner, C. A.; Wang, P. P.; Amster, I. J. Anal. Chem. 1993, 65, 1746-1752. Wood, T. D.; Ross, C. W., III: Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 900-907.
48. Speir, J. P.; Gorman, G. S.; Pitsenberger, C. C.; Turner, C. A.; Wang, P. P.; Amster, I. J. Anal. Chem. 1993, 65, 1746-1752. Wood, T. D.; Ross, C. W., III: Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 900-907.
49. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobson, D. B. Anal. Chim. Acta 1991, 246, 211-225. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2808.
50. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobson, D. B. Anal. Chim. Acta 1991, 246, 211-225. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2808.
51. Cohen, D. S.; Pielak, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1675-1677. Winkler, J. R.; Wittung-Statshede, P.; Ledener, J.; Malmstrom, B. G.; Gray, H. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4246-4249.
52. Cohen, D. S.; Pielak, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1675-1677. Winkler, J. R.; Wittung-Statshede, P.; Ledener, J.; Malmstrom, B. G.; Gray, H. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4246-4249.
53. Dharmasiri, K.; Smith, D. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 1039-1045.
54. (a) Morand K.; Talbo, G.; Mann, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1993, 7, 738-743.
55. (b) VanBerkel, G. J.; Zhou, F.; Aronson, J. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1997, 162, 55-67.
56. 2O background requires extensive pump out.
57. Theorell, H.; Akesson, A. J. Am. Chem. Soc. 1941, 63, 1818-1820.
58. Zubarev, R.; Kelleher, N. L.; McLafterty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
59. Chan, H. S.; Dill, K. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 425-459.
60. Price, W. D.; Schnier, P. D.; Williams, E. R. Anal. Chem. 1996, 68, 859-866.
61. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 1997, 69, 281-285. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688-1696.
62. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 1997, 69, 281-285. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688-1696.
63. Wu, Q.; van Orden, S.; Cheng, X.; Bakhtiar, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1995, 67, 2498-2509.
64. 28 of cytochrome c ions appears to cause far less H/D scrambling and more extensive dissociation; its use is under further investigation.
65. Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12840-12854. Schnier, D.; Price, W. D.; Jockusch, R. A.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7178-7189.
66. Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12840-12854. Schnier, D.; Price, W. D.; Jockusch, R. A.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7178-7189.
67. Chothia, C.; Hubbard, T.; Brenner, S.; Barns, H.; Murzin, A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 597-627.
68. Camara, E.; Green, M. K.; Penn, S. G.; Lebrilla, C. B. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8751-8752.