Linkage disequilibrium mapping in isolated populations: The example of Finland revisited

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 95, Issue 21, 1998, Pages 12416-12423

  De La Chapelle, Albert ^a   Wright, Fred A ^a  

^a OHIO STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CANCER SUSCEPTIBILITY; CHLORIDE DIARRHEA; CHROMOSOMAL LOCALIZATION; CONFERENCE PAPER; FINLAND; GENE LINKAGE DISEQUILIBRIUM; GENE MAPPING; GENE MUTATION; GENETIC DISORDER; HAPLOTYPE; HUMAN; MYOCLONUS EPILEPSY; POPULATION GENETICS; PRIORITY JOURNAL;

EID: 0032514681     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.95.21.12416     Document Type: Article

References (114)

1. Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M. & Davis, R. W. (1980) Am. J. Hum. Genet. 32, 314-331.
2. Dib, C., Fauré, S., Fizames, C., Samson, D., Drouot, N., Vignal, A., Millasseau, P., Marc, S., Hazan, J., Seboun, E., et al. (1996) Nature (London) 380, 152-154.
3. Ramsay, G. (1998) Nat. Biotech. 16, 40-44.
4. Wang, D. G., Fan, J.-B., Siao, C.-J., Berno, A., Young, P., Sapolsky, R., Ghandour, G., Perkins, N., Winchester, E. & Spencer, J. (1998) Science 280, 1077-1082.
5. Peterson, A. C., Rienzo, A. D., Lehesjoki, A.-E., de la Chapelle, A., Slatkin, M. & Freimer, N. B. (1995) Hum. Mol. Genet. 4, 887-894.
6. Thompson, E. A. & Neel, J. V. (1997) Am. J. Hum. Genet. 60, 197-204.
7. Collins, A. & Morton, N. E. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 1741-1745.
8. Morral, N., Bertranpetit, J., Estivill, X., Nunes, V., Casals, T., Giménez, J., Reis, A., Varon-Mateeva, R., Macek, M., Jr., Kalaydjieva, L., et al. (1994) Nat. Genet. 7, 169-175.
9. Kaplan, N. L., Lewis, P. O. & Weir, B. S. (1994) Am. J. Hum. Genet. 8, 216-218.
10. Nevanlinna, H. R. (1972) Hereditas 71, 195-236.
11. Workman, P. L., Mielke, J. H. & Nevanlinna, H. R. (1976) Am. J. Phys. Anthropol 44, 341-367.
12. Norio, R., Nevanlinna, H. R. & Perheentupa, J. (1973) Ann. Clin. Res. 5, 109-141.
13. de la Chapelle, A. (1993) J. Med. Genet. 30, 857-865.
14. Ikonen, E. & Peltonen, L. (1992) Hum. Mutat. 1, 361-365.
15. Aaltonen, J., Horelli-Kuitunen, N., Fan, J. B., Björses, P., Perheentupa, J., Myers, R., Palotie, A. & Peltonen, L. (1997) Genome Res. 7, 820-829.
16. Nagamine, K., Peterson, P., Scott, H. S., Kudoh, J., Minoshima, S., Heino, M., Krohn, K. J., Lalioti, M. D., Mullis, P. E., Antonarakis, S. E., et al. (1994) Nat. Genet. 17, 393-398.
17. Sulisalo, T., Klockars, J., Mäkitie, O., Francomano, C. A., de la Chapelle, A., Kaitila, I. & Sistonen, P. (1994) Am. J. Hum. Genet. 55, 937-945.
18. Sulisalo, T., Sistonen, P., Hästbacka, J., Wadelius, C, Mäkitie, O., de la Chapelle, A. & Kaitila, I. (1993) Nat. Genet. 3, 338-341.
19. Hellsten, E., Vesa, J., Speer, M. C., Mäkelä, T. P., Järvelä, I., Alitalo, K., Ott, J. & Peltonen, L. (1993) Genomics 16, 720-725.
20. Vesa, J., Hellsten, E., Verkruyse, L. A., Camp, L. A., Rapola, J., Santavuori, P., Hofmann, S. L. & Peltonen, L. (1995) Nature (London) 376, 584-587.
21. Järvelä, I. (1991) Genomics 10, 333-337.
22. Sleat, D. E., Donnelly, R. J., Lackland, H., Liu, C. G., Sohar, I., Pullarkat, R. K. & Lobel, P. (1997) Science 277, 1802-1805.
23. Savukoski, M., Kestilä, M., Williams, R., Järvelä, I., Sharp, J., Harris, J., Santavuori, P., Gardiner, M. & Peltonen, L. (1994) Am. J. Hum. Genet. 55, 695-701.
24. Klockars, T., Savukoski, M., Isosomppi, J., Laan, M., Järvelä, I., Petrukhin, K., Palotie, A. & Peltonen, L. (1996) Genomics 35, 71-78.
25. Tahvanainen, E., Norio, R., Karila, E., Ranta, S., Weissenbach, J., Sistonen, P. & de la Chapelle, A. (1994) Nat. Genet. 7, 201-204.
26. Kolehmainen, J., Norio, R., Kivitie-Kallio, S., Tahvanainen, E., de la Chapelle, A. & Lehesjoki, A. E. (1997) Eur. J. Hum. Genet. 5, 206-213.
27. Kere, J., Sistonen, P., Holmberg, C. & de la Chapelle, A. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 10686-10689.
28. Höglund, P., Haila, S., Socha, J., Tomaszewski, L., Saarialho-Kere, U., Karjalainen-Lindsberg, M.-L., Airola, K., Holmberg, C., de la Chapelle, A. & Kere, J. (1996) Nat. Genet. 14, 316-319.
29. Männikkö, M., Lenkkeri, U., Kashtan, C. E., Kestilä, M., Holmberg, C. & Tryggvason, K. (1996) Am. J. Soc. Nephrol. 7, 2700-2703.
30. Kestilä, M., Lenkkeri, U., Männikkö, M., Lamerdin, J., McCready, P., Putaala, H., Ruotsalainen, V., Morita, T., Nissinen, M., Herva, R., et al. (1998) Mol. Cell 1, 575-582.
31. Tahvanainen, E., Forsius, H., Karila, E., Ranta, S., Eerola, M., Weissenbach, J., Sistonen, P. & de la Chapelle, A. (1995) Genomics 26, 290-293.
32. Tahvanainen, E., Forsius, H., Damsten, M., Karila, E., Kolehmainen, J., Weissenbach, J., Sistonen, P. & de la Chapelle, A. (1995) Genomics 30, 409-414.
33. Hästbacka, J., de la Chapelle, A., Kaitila, I., Sistonen, P., Weaver, A. & Lander, E. (1992) Nat. Genet. 2, 204-211.
34. Hästbacka, J., de la Chapelle, A., Mahtani, M. M., Clines, G., Reeve-Daly, M. P., Daly, M., Hamilton, B. A., Kusumi, K., Trivedi, B., Weaver, A., et al. (1994) Cell 78, 1073-1087.
35. Lauteala, T., Sistonen, P., Savontaus, M.-L., Mykkänen, J., Simell, J., Lukkarinen, M., Simell, O. & Aula, P. (1997) Am. J. Hum. Genet. 60, 1479-1486.
36. Savilahti, E., Launiala, K. & Kuitunen, P. (1983) Arch. Dis. Child 58, 246-252.
37. Mitchell, G. A., Brody, L. C., Sipila, I., Looney, J. E., Wong, C., Engelhardt, J. F., Patel, A. S., Steel, G., Obie, C., Kaiser-Kupfer, M., et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 197-201.
38. Salonen, R. & Herva, R. (1990) J. Med. Genet. 27, 756-759.
39. Kure, S., Takayanagi, M., Narisawa, K., Tada, K. & Leisti, J. (1992) J. Clin. Invest. 90, 160-164.
40. Nikali, K., Suomalainen, A., Terwilliger, J., Koskinen, T., Weissenbach, J. & Peltonen, L. (1995) Am. J. Hum. Genet. 56, 1088-1095.
41. Nikali, K., Isosomppi, J., Lönnqvist, T., Mao, J. I., Suomalainen, A. & Peltonen, L. (1997) Genomics 39, 185-191.
42. Herva, R., Leisti, J., Kirkinen, P. & Seppänen, U. (1985) Am. J. Hum. Genet. 20, 431-439.
43. Mäkelä-Bengs, P., Järvinen, N., Vuopala, K., Suomalainen, A.. Ignatius, J., Sipilä, M., Herva, R., Palotie, A. & Peltonen, L. (1998) Am. J. Hum. Genet. 63, 506-515.
44. Paavola, P., Salonen, R., Weissenbach, J. & Peltonen, L. (1995) Nat. Genet. 11, 213-215.
45. Aminoff, M., Tahvanainen, E., Gräsbeck, R., Weissenbach, J., Broch, H. & de la Chapelle, A. (1995) Am. J. Hum. Genet. 57, 824-831.
46. Avela, K., Lipsanen-Nyman, M., Perheentupa, J., Wallgren-Pettersson, C., Marchand, S., Fauré, S., Sistonen, P., de la Chapelle, A. & Lehesjoki, A.-E. (1997) Am. J. Hum. Genet. 60, 896-902.
47. Santavuori, P., Somer, H., Sainio, K., Rapola, J., Kruus, S., Nikitin, T., Ketonen, L. & Leisti, J. (1985) Brain Dev. 11, 147-153.
48. Kallio, A.-K. & Jauhiainen, T. (1985) Adv. Audiol. 3, 86-90.
49. Aittomäki, L. (1994) Am. J. Hum. Genet. 54, 844-851.
50. Aittomäki, K., Lucena, J. L., Pakarinen, P., Sistonen, P., Tapanainen, J., Gromoll, J., Kaskikari, R., Sankila, E.-M., Lehväslaiho, H., Reyes Engel, A., et al. (1995) Cell 82, 959-968.
51. Salonen, R., Somer, M., Haltia, M., Lorentz, M. & Norio, R. (1991) Clin. Genet. 39, 287-293.
52. Somer, M. (1993) J. Med. Genet. 30, 932-936.
53. Hakola, H. P. A. (1972) Acta Psychiatr. Neurol. Scand. 232, Suppl., 1-173.
54. Pekkarinen, P., Hovatta, I., Hakola, P., Järvi, O., Kestilä, M., Lenkkeri, U., Adolfsson, R., Holmgren, G., Nylander, P. O., Tranebjaerg, L., et al. (1998) Am. J. Hum. Genet. 62, 362-372.
55. Tahvanainen, E., Ranta, S., Hirvasniemi, A., Karila, E., Leisti, J., Sistonen, P., Weissenbach, J., Lehesjoki, A.-E. & de la Chapelle, A. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 7267-7270.
56. Ranta, S., Lehesjoki, A.-E., de Fatima Bonaldo, M., Knowles, J. A., Hirvasniemi, A., Ross, B., de Jong, P. J., Soares, M., de la Chapelle, A. & Gilliam, T. C. (1997) Genome Res. 7, 887-896.
57. Lehesjoki, A.-E., Koskiniemi, M., Sistonen, P., Miao, J., Hastbacka, J., Norio, R. & de la Chapelle, A. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 3696-3699.
58. Pennacchio, L. A., Lehesjoki, A-E., Stone, N. E., Willour, V. L., Virtaneva, K., Miao, J., D'Amato, E., Ramirez, L., Faham, M., Koskiniemi, M., et al. (1996) Science 271, 1731-1734.
59. Haataja, L., Schleutker, J., Laine, A. P., Renlund, M., Savontaus, M. L., Dib, C., Weissenbach, J., Peltonen, L. & Aula, P. (1994) Am. J. Hum. Genet. 54, 1042-1049.
60. Sankila, E.-M., Pakarinen, L., Kääriäinen, H., Aittomäki, K., Karjalainen, S., Sistonen, P. & de la Chapelle, A. (1995) Hum. Mol. Genet. 4, 93-98.
61. Joensuu, T., Blanco, G., Pakarinen, L., Sistonen, P., Kääriäinen, H., Brown, S., de la Chapelle, A. & Sankila, E. M. (1996) Genomics 38, 255-263.
62. Sankila, E.-M., Lehner, T., Eriksson, A. W., Forsius, H., Kärnä, J., Page, D. C., Ott, J. & de la Chapelle, A. (1989) Hum. Genet. 84, 66-70.
63. Sankila, E.-M., Tolvanen, R., van den Hurk, J. A. J. M., Cremers, F. P. M. & de la Chapelle, A. (1992) Nat. Genet. 1, 109-113.
64. Maury, C. P. J., Kere, J., Tolvanen, R. & de la Chapelle, A. (1990) FEBS Lett. 276, 75-77.
65. de la Chapelle, A., Tolvanen, R., Boysen, G., Santavy, J., Bleeker-Wagemakers, L., Maury, C. P. & Kere, J. (1992) Nat. Genet. 2, 157-160.
66. Alitalo, T., Kruse, T. A. & de la Chapelle, A. (1991) Genomics 9, 505-510.
67. Sauer, C. G., Gehrig, A., Warneke-Wittstock, R., Marquardt, A., Ewing, C. C., Gibson, A., Lorenz, B., Jurklies, B. & Weber, B. H. (1997) Nat. Genet. 17, 164-170.
68. Udd, B. (1992) J. Med. Genet. 29, 383-389.
69. Haravuori, H., Mäkelä-Bengs, P., Udd, B., Partanen, J., Pulkkinen, L., Somer, H. & Peltonen, L. (1998) Am. J. Hum. Genet. 62, 620-626.
70. Hästbacka, J., Kaitilia, I., Sistonen, P. & de la Chapelle, A. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 8056-8059.
71. Virtaneva, K., Miao, J., Träskelin, A.-L., Stone, N., Warrington, J. A., Weissenbach, J., Myers, R. M., Cox, D. R., Sistonen, P., de la Chapelle, A. & Lehesjoki, A.-E. (1996) Am. J. Hum. Genet. 58, 1247-1253.
72. Lehesjoki, A.-E., Koskiniemi, M., Norio, R., Tirrito, S., Sistonen, P., Lander, E. & de la Chapelle, A. (1993) Hum. Mol. Genet. 2, 1229-1234.
73. Stone, N. E., Fan, J.-B., Willour, V., Pennachio, L. A., Warrington, J. A., Hu, A., de la Chapelle, A., Lehesjoki, A-E., Cox, D. R. & Myers, R. M. (1996) Genome Res. 6, 218-225.
74. Lalioti, M. D., Scott, H. S., Buresi, C., Rossier, C., Bottani, A., Morris, M. A., Malafosse, A. & Antonarakis, S. E. (1997) Nature (London) 386, 847-851.
75. Virtaneva, K., D'Amato, E., Miao, J., Koskiniemi, M., Norio, R., Avanzini, G., Franceschetti, S., Michelucci, R., Tassinari, C. A. & Orner, S. (1997) Nat. Genet. 15, 393-396.
76. Virtaneva, K., Paulin, L., Krahe, R., de la Chapelle, A. & Lehesjoki, A.-E. (1998) Hum. Mutat. 12, 218.
77. Höglund, P., Sistonen, P., Norio, R., Holmberg, C., Dimberg, A., Gustavson, K.-H., de la Chapelle, A. & Kere, J. (1995) Am. J. Hum. Genet. 57, 95-102.
78. Höglund, P., Haila, S., Gustavson, K.-H., Taipale, M., Hannula, K., Popinska, K., Holmberg, C., Socha, S., de la Chapelle, A. & Kere, J. (1998) Hum. Mutat. 12, 321-327.
79. Kinzler, K. W. & Vogelstein, B. (1996) Cell 87, 159-160.
80. Peltomäki, P. & de la Chapelle, A. (1997) in Advances in Cancer Research, ed. Vande Woude, G. K. (Academic, San Diego), Vol. 71, pp. 93-119.
81. Nyström-Lahti, M., Sistonen, P., Mecklin, J.-P., Pylkkänen, L., Aaltonen, L., Järvinen, H., Weissenbach, J., de la Chapelle, A. & Peltomäki, P. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 6054-6058.
82. Nyström-Lahti, M., Wu, Y., Moisio, A-L., Hofstra, R. M. W., Osinga, J., Mecklin, J-P., Järvinen, H. J., Leisti, J., Buys, C. H. C. M., de la Chapelle, A. & Peltomäki, P. (1996) Hum. Mol. Genet. 5, 763-769.
83. Risch, N., de Leon, D., Ozelius, L., Kramer, P., Almasy, L., Singer, B., Fahn, S., Breakefield, X. & Bressman, S. (1995) Nat. Genet. 9, 152-159.
84. Moisio, A.-L., Sistonen, P., Weisenbach, J., de la Chapelle, A. & Peltomäki, P. (1996) Am. J. Hum. Genet. 59, 1243-1251.
85. Jennings, H. S. (1917) Genetics 2, 97-154.
86. Robbins, R. B. (1918) Genetics 3, 375-389.
87. Bodmer, W. F. (1986) Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51, 1-13.
88. Lander, E. S. & Botstein, D. (1986) Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51, 49-61.
89. Hill, W. G. & Wier, B. S. (1994) Am. J. Hum. Genet. 54, 705-714.
90. Slatkin, M. (1994) Genetics 137, 331-336.
91. Jorde, L. B. (1995) Am. J. Hum. Genet. 56, 11-14.
92. Cox, T. K., Kerem, B., Rommens, J., Iannuzzi, M. C., Drumm, M., Collins, F. S., Dean, M., Tsui, L-C. & Chakravarti, A. (1989) Am. J. Hum. Genet. 45, Suppl., A136, Abstr.
93. Snell, R. G., Lazarou, L. P., Youngman, S., Quarrell, O. W., Wasmuth, J. J., Shaw, D. J. & Harper, P. S. (1989) J. Med. Genet. 26, 673-675.
94. Ramsay, M., Williamson, R., Estivill, X., Wainwright, B. J., Ho, M.-F., Halford, S., Kere, J., Savilahti, E., de la Chapelle, A., Schwartz, M., et al. (1993) Hum. Mol. Genet. 2, 1007-1014.
95. Ott, J. (1991) Analysis of Human Genetic Linkage (Johns Hopkins Univ. Press, Baltimore).
96. Luria, S. E. & Delbruck, M. (1943) Genetics 28, 491-511.
97. Kaplan, N. L., Hill, W. G. & Weir, B. S. (1995) Am. J. Hum. Genet. 56, 18-32.
98. Cox, D. R. & Hinkley, D. V. (1974) Theoretical Statistics (Chapman and Hall, New York).
99. Kaplan, N. L. & Weir, B. S. (1995) Am. J. Hum. Genet. 57, 1486-1498.
100. Xiong, M. & Guo, S.-W. (1997) Genetics 145, 1201-1218.
101. Rannala, B. & Slatkin, M. (1998) Am. J. Hum. Genet. 62, 459-473.
102. Xiong, M. & Guo, S.-W. (1997) Am. J. Hum. Genet. 60, 1513-1531.
103. Terwilliger, J. D. (1995) Am. J. Hum. Genet. 56, 777-787.
104. Devlin, B., Risch, N. & Roeder, K. (1996) Genomics 36, 1-16.
105. Wright, F. A. & Kong, A. (1997) Genetics 146, 417-425.
106. Terwilliger, J. D. (1996) Am. J. Hum. Genet. 58, 1093-1095.
107. Lindsay, B. G. (1988) Contemp. Math. 80, 221-239.
108. Kong, A. & Wright, F. (1994) Proc. Natl Acad. Sci. USA 91, 9705-9709.
109. Lazzeroni, L. C. (1998) Am. J. Hum. Genet. 62, 159-170.
110. Efron, B. (1979) Ann. Stat. 7, 1-26.
111. Sham, P. C. & Curtis, D. (1995) Ann. Hum. Genet. 59, 97-105.
112. Edwards, J. H. (1997) in Genetic Mapping of Disease Genes, eds. Pawlowitzki, I.-V., Edwards, J. H. & Thompson, E. A. (Academic, San Diego), pp. 31-57.
113. van der Meulen, M. A. & te Meerman, G. J. (1997) in Genetic Mapping of Disease Genes, eds. Pawlowitzki, I.-V., Edwards, J. H. & Thompson, E. A. (Academic, San Diego), pp. 115-135.
114. Olson, J. M. & Wijsman, E. M. (1994) Am. J. Hum. Genet. 55, 574-580.