The role of backbone oxygen atoms in the organization of nucleic acid tertiary structure: Zippers, networks, clamps, and C-H ··· O hydrogen bonds

Chemistry - A European Journal

Volumn 3, Issue 9, 1997, Pages 1400-1404

  Berger, Imre ^a   Egli, Martin ^b,c  

^a NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

^b MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^c ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

DNA structures; Hydrogen bonds; Nucleic acids; RNA; Tertiary structure

Indexed keywords

EID: 0030767082     PISSN: 09476539     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.19970030905     Document Type: Article

References (31)

1. J. H. Cate, A. R. Gooding, E. Podell, K. Zhou, B. L. Golden, C. E. Kundrot, T. R. Cech, J. A. Doudna, Science 1996, 273, 1678-1685.
2. J. H. Cate, A. R. Gooding, E. Podell, K. Zhou, B. L. Golden, A. A. Szewczak, C. E. Kundrot, T. R. Cech, J. A. Doudna, Science 1996, 273, 1696-1699.
3. a) J. H. Cate, J. A. Doudna, Structure 1996, 4, 1221-1229;
4. b) J. H. Cate, H. L. Raven, J. A. Doudna, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 553-558.
5. G. J. Quigley, A. Rich, Science 1976, 194, 796-806.
6. M. Egli, S. Portmann, N. Usman, Biochemistry 1996, 35, 8489-8494.
7. M. Egli, N. Usman, A. Rich, Biochemistry 1993, 32, 3221-3237.
8. C. Ban, B. Ramakrishnan, M. Sundaralingam, J. Mol. Biol. 1994, 236, 275-285.
9. K. Musier-Forsyth, P. Schimmel, Nature 1992, 357, 513-515.
10. U. von Ahsen, R. Green, R. Schroeder, H. F. Noller. RNA 1997, 3, 49-56.
11. F. Michel, E. Westhof, Science 1996, 273, 1676-1677.
12. A. C. Dock-Bregeon, B. Chevrier, A. Podjarny, D. Moras, J. S. deBear, G. R. Gough, P. T. Gilham, J. E. Johnson, Nature 1988, 335, 375-378.
13. H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, S.-H. Hsieh, A. R. Srinivasan, B. Schneider, Biophys. J. 1992, 63, 751-759.
14. M. Egli, S. Portmann, D. Tracz, C. Workman, N. Usman, Acta Crystallogr. D 1995, 51, 1065-1070.
15. a) L. Pauling, R. B. Corey, Nature 1953, 171, 346;
16. b) L. Pauling, R. B. Corey, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1953, 39, 84.
17. A.C. Dock-Bregeon, B. Chevrier, A. Podjarny, J. E. Johnson, J. S. deBear, G. R. Gough, P. T. Gilham, D. Moras, J. Mol. Biol. 1989, 209, 459-474.
18. S. Portmann, N. Usman, M. Egli. Biochemistry 1995, 34, 7569-7575.
19. F. M. Jucker, A. Pardi, RNA 1995, 1, 219-222.
20. H. W. Pley, K. M. Flaherty, D. B. McKay, Nature 1994, 372, 68-74.
21. W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Cell 1995, 81, 991-1002.
22. I. Berger, M. Egli, A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 12116-12121.
23. M. Egli, R. V. Gessner, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995, 92, 180-184.
24. K. Gehring, J.-L. Leroy, M. Guéron, Nature 1993, 363, 561-565.
25. I. Berger, C. H. Kang, A. Fredian, R. Ratliff, R. Moyzis, A. Rich, Nature Struct. Biol. 1995, 2, 416-425.
26. C. H. Kang, I. Berger, C. Lockshin, R. Ratliff, R. Moyzis, A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994, 91, 11636-11640.
27. P. M. Takahara, C. A. Frederick, S. J. Lippard, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12309-12321.
28. U. Heinemann, C. Alings, M. Bansal, EMBO J. 1995, 11, 1931-1939.
29. D. S. Goodsell, K. Grzeskowiak, R. E. Dickerson, Biochemistry 1995, 34, 1022-1029.
30. Y. Timsit, E. Westhof, R. P. P. Fuchs, D. Moras, Nature 1989, 341, 459-462.
31. Y. Timsit, D. Moras in Biological Structure and Dynamics Vol. 2 (Eds.: R. H. Sarma, M. H. Sarma), Adenine Press, New York, 1996, pp. 235-246.