Structure-based ligand design by a build-up approach and genetic algorithm search in conformational space

Journal of Computational Chemistry

Volumn 22, Issue 16, 2001, Pages 1956-1970

  Budin, Nicolas ^a   Majeux, Nicolas ^a   Tenette Souaille, Catherine ^a   Caflisch, Amedeo ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Genetic algorithm; Implicit solvation; Ligand docking; Peptidomimetics; Structure based design

Indexed keywords

EID: 0001687986     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.1145     Document Type: Article

References (37)

1. Ajay, A.; Walters, W. P.; Murcko, M. A. J Med Chem 1998, 41, 3314.
2. Zou, X.; Sun, Y.; Kuntz, I. D. J Am Chem Soc 1999, 121, 8033.
3. Apostolakis, J.; Caflisch, A. Comb Chem High Throughput Screen 1999, 2, 91.
4. Hattori, M. Nature 2000, 405, 311.
5. Dunham, I. Nature 1999, 402, 489.
6. Adams, M. D. Science 2000, 287, 2185.
7. Sánchez, R.; Śali, A. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 13597.
8. Wolf, B. B.; Green, D. R. J Biol Chem 1999, 274, 20049.
9. Thornberry, N. A.; et al. J Biol Chem 1997, 272, 17907.
10. Stennicke, H. S.; Renatus, M.; Meldal, M.; Salvesen, G. S. Biochem J 2000, 350, 563.
11. Moon, J. B.; Howe, W. J. Proteins Struct Funct Genet 1991, 11, 314.
12. Davis, L. Handbook of Genetic Algorithms; Van Nostrand Reinhold: New York, 1991.
13. Goldberg, D. E. Genetic Algorithms in Search Optimization and Machine Learning; Addison-Wesley: Reading, MA, 1989.
14. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C. J Mol Biol 1995, 245, 43.
15. Majeux, N.; Scarsi, M.; Caflisch, A. Proteins Struct Funct Genet 2001, 42, 256.
16. Scarsi, M.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. J Phys Chem A 1997, 101, 8098.
17. Scarsi, M.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. J Phys Chem B 1998, 102, 3637.
18. Majeux, N.; Scarsi, M.; Apostolakis, J.; Ehrhardt, C.; Caflisch, A. Proteins Struct Funct Genet 1999, 37, 88.
19. Scarsi, M.; Majeux, N.; Caflisch, A. Proteins Struct Funct Genet 1999, 37, 565.
20. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J Am Chem Soc 1990, 112, 6127.
21. Caflisch, A. J Comput-Aided Mol Design 1996, 10, 372.
22. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res 2000, 28, 235.
23. Rano, T. A.; Timkey, T.; Peterson, E. P.; Rotonda, J.; Nicholson, D. W.; Becker, J. W.; Chapman, K. T.; Thornberry, N. A. Chem Biol 1997, 4, 149.
24. Mittl, P. R. E.; Di Marco, S.; Krebs, J. F.; Bai, X.; Karanewsky, D. S.; Priestle, J. P.; Tomaselli, K. J.; Grütter, M. G. J Biol Chem 1997, 272, 6539.
25. Blanchard, H.; Kodandapani, L.; Mittl, P. R. E.; Di Marco, S.; Krebs, J. F.; Wu, J. C.; Tomaselli, K. Grütter, M. G. Structure 1999, 7, 1125.
26. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comput Chem 1983, 4, 187.
27. Thornberry, N. A.; et al. Nature 1992, 356, 768.
28. Nicholson, D. W.; et al. Nature 1995, 376, 37.
29. Garcia-Calvo, M.; Peterson, E. P.; Leiting, B.; Ruel, R.; Nicholson, D. W.; Thornberry, N. J Biol Chem 1998, 273, 32608.
30. Blanchard, H.; Donepudi, M.; Tschopp, M.; Kodandapani, L.; Wu, J. C. G.; Grütter, M. J Mol Biol 2000, 302, 9.
31. Wilson, K. P.; Black, J. P.; Thomson, J. A.; Kim, E. E.; Griffith, J. P.; Navia, M. A.; Murcko, M. A.; Chambers, S. P. A.; Aldape, R.; Raybuck, S. A. J.; Livingston, D. Nature 1994, 370, 270.
32. Böhm, H. J. J Comput-Aided Mol Design 1996, 10, 265.
33. Frenkel, D.; Clark, D. E.; Li, J.; Murray, C. W.; Robson, B.; Waszkowycz, B.; Westhead, D. R. J Comput-Aided Mol Design 1995, 9, 213.
34. Miller, M.; Schneider, J.; Sathyanarayana, B. K.; Toth, M. V.; Marshall, G. R.; Clawson, L.; Selk, L.; Kent, S. B. H.; Wlodawer, A. Science 1989, 246, 1149.
35. Rini, J. M.; Schulze-Gahmen, U.; Wilson, I. A. Science 1992, 255, 959.
36. Arevalo, J. H.; Stura, E. A.; Taussig, M. J.; Wilson, I. A. J Mol Biol 1993, 231, 103.
37. Wang, Z.; Canagarajah, B. J.; Boehm, J. C.; Kassisa, S.; Cobb, M. H.; Young, P. R.; Abdel-Meguid, S.; Adams, J. L.; Goldsmith, E. J. Structure 1998, 6, 1117.