In vitro selection of catalytic polynucleotides

Chemical Reviews

Volumn 97, Issue 2, 1997, Pages 371-390

  Breaker, Ronald R ^a  

^a YALE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000917638     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr960008k     Document Type: Article

References (131)

1. Kruger, K.; Grabowski, P. J.; Zaug, A. J.; Sands, J.; Gottschling, D. E.; Cech, T. R. Cell 1982, 31, 147-157.
2. Guerrier-Takada, C.; Gardiner, K.; Marsh, T.; Pace, N.; Altman, S. Cell 1983, 35, 849-857.
3. Peebles, C. L.; Perlman, P. S.; Mecklenburg, K. L.; Petrillo, M. L.; Tabor, J. H.; Jarrell, K. A.; Cheng, H.-L. Cell 1986, 44, 213-223.
4. Prody, G. A.; Bakos, J. T.; Buzayan, J. M.; Schneider, I. R.; Bruening, G. Science 1986, 231, 1577-1580.
5. Buzayan, J. M.; Gerlach, W. L.; Bruening, G. Nature 1986, 323, 349-353.
6. Sharmeen, L.; Kuo, M. Y. P., Dinter-Gottlieb, G.; Taylor, J. J. Viral. 1988, 62, 2674-2679.
7. Saville, B. J.; Collins, R. A. Cell 1990, 61, 685-696.
8. Sharp, P. Science 1991, 253, 663.
9. Noller, H. F.; Hoffarth, V.; Zimniak, L. Science 1992, 256, 1416-1419.
10. Symons, R. H. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 641-671.
11. Cech, T. R.; Bass, B. L. Annu. Rev. Biochem. 1986, 55, 599-629.
12. Wintermeyer, W.; Zachau, H. G. Biochem. Biophys. Acta 1973, 299, 82-90.
13. Werner, C.; Krebs, B.; Keith, G.; Dirheimer, G. Biochim. Biophys. Acta 1976, 432, 161-175.
14. Dange, V.; Van Atta, R. B.; Hecht, S. M. Science 1990, 248, 585-588.
15. Kazakov, S.; Altman, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 7939-7943.
16. Yarus, M. FASEB J. 1993, 7, 31-39.
17. Pyle, A. M. Science 1993, 261, 709-714.
18. Breaker, R. R.; Joyce, G. F. J. Mol. Evol. 1994, 40, 551-558.
19. Robertson, D. L.; Joyce, G. F. Nature 1990, 344, 467-468.
20. Herschlag, D.; Cech, T. R. Nature 1990, 344, 405-409.
21. Perreault, J.-P.; Altman, S. J. Mol. Biol. 1992, 226, 399-409.
22. Mört, M.; Niemer, I.; Schmelzer, C. Cell 1992, 70, 803-810.
23. Zimmerley, S.; et al. Cell 1995, 83, 529-538.
24. Yang, J.; Zimmerly, S.; Perlman, P. S.; Lambowitz, A. M. Nature 1996, 381, 332-335.
25. Piccirilli, J. A.; McConnell, T. S.; Zaug, A. J.; Noller, H. F.; Cech, T. R. Science 1992, 256, 1420-1423.
26. Gilbert, W. Nature 1986, 319, 618.
27. Benner, S. A.; Ellington, A. D.; Tauer, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86, 7054-7058.
28. Hirao, I.; Ellington, A. D. Curr. Biol. 1995, 5, 1017-1022.
29. Green, R.; Ellington, A. D.; Bartel, D. P.; Szostak, J. W. Methods 1991, 2, 75-86.
30. Szostak, J. W. Trends Biochem. Sci. 1992, 17, 89-93.
31. Joyce, G. F. Pure Appl. Chem. 1993, 65, 1205-1212.
32. Szostak, J. W.; Ellington, A. D. The RNA World 1993, 511-533.
33. Famulok, M.; Szostak, J. W. In Nucleic Acids and Molecular Biology 1993, 7, 271-284.
34. Breaker, R. R.; Joyce, G. F. Trends Biotechnol. 1994, 12, 268-275.
35. Joyce, G. F. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 331-336.
36. Chapman, K. B.; Szostak, J. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 618-622.
37. Burgstaller, P.; Famulok, M. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1995, 34, 1189-1192.
38. Kumar, P. K. R.; Ellington, A. D. FASEB J. 1995,9, 1183-1195.
39. Breaker, R. R. Curr. Opin. Biotechnol. 1996, 7, 442-448.
40. Hager, A. J.; Pollard, J. D. Jr.; Szostak, J. W. Chem. Biol. 1996, 3, 717-725.
41. Pyle, A. M.; Green, J. B. Curr. Biol. 1995, 5, 303-310.
42. Corey, M. J.; Corey, E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 11428-11434.
43. Mills, D. R.; Peterson, R. L.; Spiegelman, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1967, 58, 217-224.
44. Spiegelman, S. Q. Rev. Biophys. 1971, 4, 213-253.
45. Joyce, G. F.; Inoue, T. Nucleic Acids Res. 1989, 17, 711-722.
46. Bartel, D. P.; Szostak, J. W. Science 1993, 261, 1411-1418.
47. Horton, R. M.; Hunt, H. D.; Ho, S. N.; Pullen, J. K.; Pease, L. R. Gene 1989, 77, 61-68.
48. Gold, L.; Polisky, B.; Uhlenbeck, O.; Yarus, M. Annu. Rev. Biochem. 1995, 64, 763-797.
49. Lam, K. S.; Salmon, S. E.; Hersh, E. M.; Hruby, V. J.; Kazmierski, W. M.; Knapp, R. J. Nature 1991, 354, 82-84.
50. Pagan-Ramos, E.; Lee, Y.; Engelke, D. R. RNA 1996, 2, 1100-1109.
51. Joyce, G. F. In Antisense RNA and DNA; T. R. Cech Wiley-Liss: New York, 1992; pp 353-372.
52. Saiki, R. K.; Gelfand, D. H.; Stoffel, S.; Scharf, S. J.; Higuchi, R.; Horn, G. T.; Mullis, K. B.; Erlich, H. A. Science 1988, 239, 487-491.
53. Fahy, E.; Kwoh, D. Y.; Gingeras, T. R. PCR Methods Appl. 1991, 1, 25-33.
54. Cadwell, R. C.; Joyce, G. F. PCR Methods Appl. 1992 2, 28-33.
55. Cadwell, R. C.; Joyce, G. F. PCR Methods Appl. 1994 3, S136-S140.
56. Breaker, R. R.; Joyce, G. F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 6093-6097.
57. Breaker, R. R.; Joyce, G. F. In Self-production of Supramolecular Structures; Fleischaker, G. R., Colonna, S. C., Luisi, P. L., Eds.; 1994; pp 127-135.
58. Breaker, R. R.; Banerji, A.; Joyce, G. F. Biochemistry 1994, 33, 11980-11986.
59. Cech, T. R. Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 543-568.
60. McSwiggen, J. A.; Cech, T. R. Science 1989, 244, 679-683.
61. Rajagopal, J.; Doudna, J. A.; Szostak, J. W. Science 1989, 244, 692-694.
62. Joyce, G. F. Gene 1989, 82, 83-87
63. Beaudry, A. A.; Joyce, G. F. Science 1992, 257, 635-641.
64. Tsang, J.; Joyce, G. F. Biochemistry 1994, 33, 5966-5973.
65. Tsang, J.; Joyce, G. F. J. Mol. Biol. 1996, 262, 31-42.
66. Guthrie, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 3991-4001.
67. Lehman, N.; Joyce, G. F. Nature 1993, 361, 182-185.
68. Lehman, N.; Joyce, G. F. Curr. Biol. 1993, 3, 723-734.
69. Green, R.; Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1990, 347, 406-408.
70. Green, R.; Szostak, J. W. J. Mol. Biol. 1994 235, 140-155.
71. Green, R.; Szostak, J. W. Science 1992 258, 1910-1915.
72. Williams, K. P.; Imahori, H.; Fujimoto, D. N.; Inoue, T. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2003-2009.
73. Forster, A. C.; Altman, S. Science 1990 249, 783-786
74. Yuan, Y.; Altman, S. Science 1994, 263, 1269-1273.
75. Liu, F.; Altman, S. Cell 1994, 77, 1093-1100.
76. Pan, T. Biochemistry 1995, 34, 8458-8464.
77. Forster, A. C.; Symons, R. H. Cell 1987, 49, 211-220.
78. Haseloff, J.; Gerlach, W. L. Nature 1988, 334, 585-591.
79. Hertel, K. J.; Herschlag, D.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1994, 33, 3374-3385.
80. Nakamaye, K. L.; Eckstein, F. Biochemistry 1994, 33, 1271-1277.
81. Long, D. M.; Uhlenbeck, O. C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 6977-6981.
82. Ishizaka, M.; Ohshima, Y.; Tani, T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995, 214, 403-409.
83. Lieber, A.; Strauss, M. Mol. Cell Biol. 1995, 15, 540-551.
84. McCall, M. J.; Hendry, P.; Jennings, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 5710-5714.
85. Hendry, P.; McCall, M. J.; Santiago, F. S.; Jennings, P. A. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3922-3927.
86. Hampel, A.; Tritz, R. Biochemistry 1989, 28, 4929-4933.
87. Berzal-Harranz, A.; Joseph, A.; Burke, J. A. Genes Dev. 1992, 6, 129-134.
88. Chowrira, B. M.; Berzal-Herranz, A.; Burke, J. M. Nature 1991, 354, 320-322.
89. Joseph, S.; Berzal-Herranz, A.; Chowrira, B. M.; Butcher, S. E.; Burke, J. M. Genes Dev. 1993, 7, 130-138.
90. Berzal-Herranz, A.; Joseph, S.; Chowrira, B. M.; Butcher, S. E.; Burke, J. M. EMBO J. 1993, 12, 2567-2574.
91. Joseph, S.; Burke, J. M. J. Biol. Chem. 1993, 268, 24515-24518.
92. Kawakami, J.; Kumar, P. K. R.; Suh, Y.; Nishikawa, F.; Kawakami, K.; Taira, T.; Ohtsuka, E.; Nishikawa, S. Eur. J. Biochem. 1993, 217, 29-36.
93. Nishikawa, F.; Kawakami, J.; Chiba, A.; Shirai, M.; Kumar, P. K. R.; Nishikawa, S. Eur. J. Biochem. 1996, 237, 712-718.
94. Brown, R. S.; Hingerty, B. E.; Dewan, J. C.; Klug, A. Nature 1983, 303, 543-546.
95. Kazakov, S.; Altman, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991, 88, 9193-9197.
96. Pan, T.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1992, 31, 3887-3895.
97. Dichtl, B.; Pan, T.; DiRenzo, A. B.; Uhlenbeck, O. C. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 531-535.
98. Pan, T.; Uhlenbeck, O. C. Nature 1992, 358, 560-563.
99. Pan, T.; Dichtl, B.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1994, 33, 9561-9565.
100. Williams, K. P.; Ciafre, S.; Tocchini-Valentini, G. P. EMBO J. 1995, 14, 4551-4557.
101. Breaker, R. R.; Joyce, G. F. Chem., Biol. 1995, 2, 655-660.
102. Chapman, K. B.; Szostak, J. W. Chem., Biol. 1995, 2, 325-333.
103. Ekland, E. H.; Szostak, J. W.; Bartel, D. P. Science 1995, 269, 364-370.
104. Ekland, E. C.; Bartel, D. P. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3231-3238.
105. Ekland, E. H.; Bartel, D. P. Nature 1996, 382, 373-376.
106. Herschlag, D.; Cech, T. R. Biochemistry 1990, 29, 10159-10171.
107. Shimayama, T.; Nishikawa, S.; Taira, K. FEBS Lett. 1995, 368, 304-306.
108. Sassanfar, M.; Szostak, J. W. Nature 1993, 364, 550-553.
109. Connell, G. J.; Christian, E. L. Origins Life 1993, 23, 291-297.
110. Lorsch, J. R.; Szostak, J. W. Nature 1994, 371, 31-36.
111. Lorsch, J. R.; Szostak, J. W. Biochemistry 1995, 34, 15315-15327.
112. Lerner, R. A.; Benkovic, S. J.; Schultz, P. G. Science 1991, 252, 659-667.
113. Schultz, P. G.; Lerner, R. A. Science 1995, 269, 1835-1842.
114. Szathmary, E. Nature 1990, 344, 115.
115. Abelson, J. Science 1990, 249, 448-489.
116. Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1992, 355, 850-852.
117. Morris, K. N.; Tarasow, T. M.; Julin, C. M.; Simons, S. L.; Hilvert, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 13028-13032.
118. Prudent, J. R.; Uno, T.; Schultz, P. G. Science 1994, 264, 1924-1927.
119. Conn, M. M.; Prudent, J. R.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7012-7013.
120. Li, Y.; Sen, D. Nature Struct. Biol. 1996, 3, 743-747.
121. Wilson, C.; Szostak, J. W. Nature 1995, 374, 777-782.
122. Illangasekare, M.; Sanchez, G.; Nickles, T.; Yarus, M. Science 1995, 267, 643-647.
123. Lohse, P. A.; Szostak, J. W. Nature 1996, 381, 442-444.
124. Dai, X.; DeMesmaeker, A.; Joyce, G. F. Science 1995, 267, 237-240.
125. Dai, X.; De Mesmaeker, A.; Joyce, G. F. Science 1996, 272, 18-19.
126. Breaker, R. R.; Joyce, G. F. Chem., Biol. 1994, 1, 223-229.
127. Cuenoud, B.; Szostak, J. W. Nature 1995, 375, 611-614.
128. Li, Y.; Geyer, R.; Sen, D. Biochemistry 1996, 35, 6911-6922.
129. Hertel, K. J.; et al. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 3252.
130. Perrotta, A. T.; Been, M. D. Nature 1991, 350, 434-436.
131. Tanner, N. K.; Schaff, S.; Thill, G.; Petit-Koskas, E.; Crain-Denoyelle, A.-M.; Westhof, E. Curr. Biol. 1994, 4, 488-498.