Hydrogen-Bonding Interactions in the Active Site of a Low Molecular Weight Protein-Tyrosine Phosphatase

Journal of Computational Chemistry

Volumn 21, Issue 13, 2000, Pages 1192-1203

  Alhambra, Cristobal ^a,b   Gao, Jiali ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ARKANSAS   (United States)

^b UNIVERSITY AT BUFFALO   (United States)

Author keywords

Combined QM MM method; Enzyme catalysis; Hydrogen bonding interactions; Molecular dynamics simulation; Protein tyrosine phosphatase

Indexed keywords

EID: 0000846380     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1096-987X(200010)21:13<1192::AID-JCC8>3.0.CO;2-I     Document Type: Article

References (47)

1. Ullrich, A.; Schlessinger, J. Cell 1990, 61, 203.
2. Cantley, L. C.; Auger, K. R.; Carpenter, C.; Duckworth, B.; Graziani, A.; Kapeller, R.; Soltoff, S. Cell 1991, 64, 281.
3. Walton, K. M.; Dixon, J. E. Annu Rev Biochem 1993, 62, 101.
4. Zhang, Z.-Y. Curr Top Cell Regul 1997, 35, 21.
5. Fauman, E. B.; Saper, M. A. Trends Biochem Sci 1996, 21, 413.
6. Struckey, J. A.; Schubert, H. L.; Fauman, E. B.; Zhang, Z.-Y.; Dixon, J. E.; Saper, M. E. Nature 1994, 370, 571.
7. Zhang, M.; Stauffacher, C. V.; Lin, D.; Van Etten, R. L. J Biol Chem 1998, 273, 21714.
8. Zhang, M.; Van Etten, R. L.; Stauffacher, C. V. Biochemistry 1994, 33, 11097.
9. Wang, S.; Tabernero, L.; Zhang, M.; Harms, E.; Van Etten, R. L.; Stauffacher, C. V. Biochemistry 2000, ACS ASAP.
10. Wang, S.; Stauffacher, C. V.; Van Etten, R. L. Biochemistry 2000, 39, 1234.
11. Tabernero, L.; Evans, B. N.; Tishmack, P. A.; Van Etten, R. L.; Stauffacher, C. V. Biochemistry 1999, 38, 11651.
12. Zhang, M.; Zhou, M.; Van Etten, R. L.; Stauffacher, C. V. Biochemistry 1997, 36, 15.
13. Alhambra, C.; Wu, L.; Zhang, Z.-Y.; Gao, J. J Am Chem Soc 1998, 120, 3858.
14. Hansson, T.; Nordlund, P.; Aaqvist, J. J Mol Biol 1997, 265, 118.
15. Zhang, Z.; Harms, E.; Van Etten, R. L. J Biol Chem 1994, 269, 25947.
16. Zhang, Z.-Y.; Malachowski, W. P.; Van Etten, R. L.; Dixon, J. E. J Biol Chem 1994, 269, 8140.
17. Zhang, Z. Y.; Davis, J. P.; Van Etten, R. L. Biochemistry 1992, 31, 1701.
18. Su, X. D.; Taddel, N.; Stefani, M.; Ramponl, G.; Nordlund, P. Nature 1994, 370, 575.
19. Barford, D.; Flint, A. J.; Tonks, N. K. Science 1994, 263, 1397.
20. Hoffmann, K. M. V.; Tonks, N. K.; Barford, D. J Biol Chem 1997, 272, 27505.
21. Jia, Z.; Barford, D.; Flint, A. J.; Tonks, N. K. Science 1995, 268, 1754.
22. Kolmodin, K.; Hansson, T.; Danielsson, J.; Aqvist, J. ACS Symp Ser 1999, 721, 370.
23. Kolmodin, K.; Aqvist, J. FEBS Lett 1999, 456, 301.
24. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-MacCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
25. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comput Chem 1983, 4, 187.
26. Feng, M.-H.; Philippopoulos, M.; MacKerell, A. D., Jr.; Lim, C. J Am Chem Soc 1996, 118, 11265-11277.
27. Gitany, R.; MacEwen, R. S. J Chem Soc Perkin Trans 2 1975, 57.
28. Karle, J. M.; Karle, I. L. Acta Crystallogr Sect C Cryst Struct Commun 1988, C44, 135.
29. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Kelin, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926.
30. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. J Comput Chem 1993, 15, 667.
31. Brooks, C. L., III; Montgomery Pettitt, B.; Karplus, M. J Chem Phys 1985, 83, 5897.
32. Brunger, A.; Karplus, M. Proteins Struct Funct Genet 1988, 4, 148.
33. Wo, Y. Y. P.; Zhou, M. M.; Stevis, P.; Davis, J. P.; Zhang, Z. Y.; Van Etten, R. L. Biochemistry 1992, 31, 1712.
34. Evans, B.; Tishmack, P. A.; Pokalsky, C.; Zhang, M.; Van Etten, R. L. Biochemistry 1996, 35, 13609.
35. Davis, J. P.; Zhou, M. M.; Van Etten, R. L. Biochemistry 1994, 33, 1278.
36. Davis, J. P.; Zhou, M. M.; Van Etten, R. L. J Biol Chem 1994, 264, 8734.
37. Zhang, Z. Y.; Dixon, J. E. Biochemistry 1993, 32, 9340.
38. Zhang, Z. Y.; Maclean, D.; McNamara, D. J.; Sawyer, T. K.; Dixon, J. E. Biochemistry 1994, 33, 2285.
39. Denu, J. M.; Lohse, D. L.; Vijaylakshmi, J.; Saper, M. A.; Dixon, J. E. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 2493.
40. Brooks, C. L., III; Karplus, M. J Mol Biol 1989, 208, 159.
41. Bruenger, A. T.; Brooks, C. L., III; Karplus, M. Proc Natl Acad Sci USA 1985, 82, 8458.
42. Van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Angew Chem Int Ed Engl 1990, 29, 992.
43. Brooks, C. L., III; Karplus, M. J Chem Phys 1983, 79, 6312.
44. Ryckaert, J. P.; Cicotti, G.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1977, 23, 327.
45. Hart, J. C.; Hillier, I. H.; Burton, N. A.; Sheppard, D. W. J Am Chem Soc 1998, 120, 13535.
46. Zhou, M.; Van Etten, R. L. Biochemistry 1999, 38, 2636.
47. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Head-Gordon, M.; Gill, P. M. W.; Wong, M. W.; Foresman, J. B.; Johnson, B. G.; Schlegel, H. B.; Robb, M. A.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Andres, J. L.; Raghavachari, K.; Binkley, J. S.; Gonzalez, C.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Defrees, D. J.; Borker, J.; Stewart, J. J. P.; Pople, J. A. Gaussian 92; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1992.